Новые мутационные профили обратной транскриптазы вич-1, коррелирующие с фенотипической резистентностью к лекарственным средствам

Изобретение относится к области медицины и касается новых мутаций, комбинаций мутаций или мутационных профилей генов обратной транскриптазы ВИЧ-1 и/или протеазы, коррелирующих с фенотипической резистентностью к лекарственным средствам против ВИЧ. Более конкретно, настоящее изобретение относится к применению генотипической характеристики популяции-мишени ВИЧ и последующей корреляции данной информации с фенотипической интерпретацией, с целью установления корреляции мутационных профилей вируса с резистентностью к лекарственным средствам. Преимущество изобретения заключается в использовании полученных данных для скрининга лекарственных препаратов против ВИЧ-инфекции, 12 з.п. ф-лы, 13 табл., 2 ил.

 

Текст описания приведен в факсимильном виде.

1. Способ оценки эффективности противовирусной терапии ВИЧ-инфицированного пациента, предусматривающий

(a) отбор образца у ВИЧ-инфицированного пациента;

(b) определение отсутствия или наличия в образце нуклеиновой кислоты, кодирующей фермент ВИЧ, имеющий, по меньшей мере, одну мутацию; и

(c) определение эффективности указанной противовирусной терапии по наличию или отсутствию, по меньшей мере, одной мутации со стадии b) с помощью компьютерной системы, содержащей, по меньшей мере, одну базу данных, выбранную из:

(i) базы данных, по меньшей мере, одной мутации в обратной транскриптазе вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) и фенотипической резистентности, по меньшей мере, одного штамма ВИЧ к ингибитору обратной транскриптазы, содержащей, по меньшей мере, один набор записей, выбранных из

набора записей, соответствующих корреляции, по меньшей мере, между одной мутацией, выбранной из 44D, 77L, 115F, 118I, 184V, 208Y, 210W, 211К, 214F, 215F, 215Y, 219Е, 219N и 219Q, и резистентностью к d4T;

записи, соответствующей корреляции между мутацией 1841 и резистентностыо к ламивудину;

набора записей, соответствующих корреляции, по меньшей мере, между одной мутацией, выбранной из 115F и 184V, и резистентностыо к абакавиру;

записи, соответствующей комбинации 62V, 75Т, 77L, 116Y и 151М и резистентности ко всем нуклеозидным аналогам;

набора записей, соответствующих корреляции, по меньшей мере, между одной мутацией, выбранной из 101Н, 101Р, 103Н, 103S, 103Т, 106М, 181S, 190Q и 236L, и резистентностью к невирапину;

набора записей,. соответствующих корреляции, по меньшей мере, между одной мутацией, выбранной из 101Н, 101Р, 103Н, 103N, 103S, 103Т, 106М, 181С, 181S и 190Q, и резистентностью к делавирдину;

набора записей, соответствующих корреляции, по меньшей мере, между одной мутацией, выбранной из 101Н, 101Р, 103Н, 103S, 103Т, 106М, 181S, 190Q и 236L, и резистентностью к эфавиренцу;

записи, соответствующей комбинации 184V и 41L и 215Y, в которой мутация резистентности 184V обращает эффекты мутаций 41L и 215Y в отношении зидовудина;

записи, соответствующей мутации 236L, которая повышает чувствительность к невирапину;

(ii) базы данных, увязывающей наличие, по меньшей мере, одной мутации в протеазе вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) и резистентность, по меньшей, мере, одного штамма ВИЧ к ингибитору протеазы, содержащей набор записей, соответствующих корреляции между, по меньшей мере, одной мутацией, выбранной из 54L, 54М, 54V и любой мутацией в кодоне 84, и резистентностью к ингибитору протеазы.

2. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении d4T, а мутация выбрана из 44D, 77L, 115F, 118I, 184V, 208Y, 210W, 211К; 214F, 215F, 215Y, 219Е, 219N и 219Q.

3. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении ламивудина, а мутация представляет собой 118I.

4. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным.ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении абакавира, а мутация выбрана из 115F и 184V.

5. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении нуклеозидного аналога, а мутация выбрана из 62V, 75T, 77L, 116Y и 151М.

6. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении невирапина, а мутация выбрана из 101Н, 101Р, 103Н, 103S, 103Т, 106М, 181S, 190Q и 236L.

7. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении делавирдина, а мутация выбрана из 101Н, 101Р, 103Н, 103N, 103S, 103Т, 106М, 181С, 181S, 190Q и 236L.

8. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении эфавиренца, а мутация выбрана из 101Н, 101Р, 103Н, 103S, 103Т, 106М, 181S, 190Q и 236L.

9. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является обратная транскриптаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в ведении зидовудина, а мутация выбрана из 41L, 184V и 215Y.

10. Способ по п.1, отличающийся тем, что указанным ферментом является протеаза ВИЧ, указанная противовирусная терапия состоит в введении ингибитора протеазы ВИЧ, а мутация выбрана из 54L, 54М, 54V и любой мутации в кодоне 84.

11. Способ по п.10, отличающийся тем, что мутация в кодоне 84 выбрана из 84А, 84С и 84L.

12. Способ по п.10 или 11 при котором, по меньшей мере, одна мутация в протеазе ВИЧ объединена, по меньшей мере, с одной мутацией в обратной транскриптазе ВИЧ в кодоне 10 и/или кодоне 90.

13. Способ по любому из пп.9-11, при котором, по меньшей мере, одна мутация в протеазе ВИЧ объединена, по меньшей мере, с одной мутацией в обратной транскриптазе ВИЧ, выбранной из 101, 20R, 20Т, 241, 33F, 33I, 33L, 36I, 46L, 71Т, 71V, 77I, 77V, 82I, 82V или 90М.