Способ выявления бактерий рода azospirillum, имеющих общие антигенные детерминанты в составе липополисахаридов

Авторы патента:

Шелудько Андрей Вячеславович (RU)

Кацы Елена Ильинична (RU)

Филипьечева Юлия Анатольевна (RU)

Матора Лариса Юрьевна (RU)

Щеголев Сергей Юрьевич (RU)

Бурыгин Геннадий Леонидович (RU)

Широков Александр Александрович (RU)

C12Q1/04 - установление присутствия и(или) вида микроорганизма; использование селективных сред для испытания антибиотиков или бактерицидов; составы, содержащие химический индикатор для этих целей

Владельцы патента RU 2572350:

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов Российской академии наук (ИБФРМ РАН) (RU)

Изобретение касается способа выявления серологического родства микробов, имеющих общие детерминанты в составе липополисахаридов. Способ включает получение специфических антител на липополисахариды. Определение "рабочей" концентрации антител на липополисахариды "модельного штамма", серологическое родство с которым необходимо установить. Выращивание культур исследуемых штаммов бактерий рода Azospirillum и добавление антител в "рабочей" концентрации к бактериальным суспензиям с последующим приготовлением препаратов для световой микроскопии. Оценку подвижности бактерий рода Azospirillum. Выявление бактерий, имеющих общие детерминанты в составе полисахаридов, по снижению подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма". В качестве "рабочей" концентрации антител используют удвоенную концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного модельного штамма бактерий рода Azospirillum. Представленное изобретение позволяет сократить время на выявление серологически родственных штаммов бактерий рода Azospirillum непосредственно в жидких бактериальных культурах. 1 ил., 2 табл.

Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа быстрого выявления серологического родства микробов, имеющих общие детерминанты в составе липополисахаридов, по изменениям в подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии поликлональных антител к О-антигенам.

Известны способы исследования серологических свойств липополисахаридов (ЛПС, О-антигенов) азоспирилл (Azospirillum), которые могут быть использованы для определения серологической специфичности этих бактерий (Коннова О.Н., Бойко А.С., Бурыгин Г.Л., Федоненко Ю.П., Матора Л.Ю., Коннова С.А., Игнатов В.В. Химические и серологические исследования липополисахаридов бактерий рода Azospirillum // Микробиология. - 2008. - Т.77. №3. - С.350-357).

Известны способы определения титра антител, вызывающих агглютинацию клеток (Бойко А.С., Смолькина О.Н., Федоненко Ю.П., Здоровенко Э.Л., Качала В.В., Коннова С.А., Игнатов В.В. Особенности структуры О-полисахаридов азоспирилл серогруппы I // Микробиология. - 2010. - Т.79. №2. - С.219-227).

Известны способы определения наличия антигенных перекрестов экстрактов ЛПС в реакциях иммунопреципитации в геле или твердофазного иммуноферментного анализа (ИФА) с использованием специфических антител (Федоненко Ю.П., Бойко А.С., Здоровенко Э.Л., Коннова С.А., Шашков А.С., Игнатов В.В., Книрель Ю.А. Структурные особенности О-специфических полисахаридов бактерий Azospirillum серогруппы III // Биохимия. - 2011. - Т.76. Вып.7. - С.976-982).

Использование данных методов позволило провести исследование серологических свойств и структур (хемотипов) липополисахаридов (ЛПС, О-антигенов) и выделить на сегодняшний день три серогруппы азоспирилл.

Однако для постановки реакций иммунопреципитации в геле и проведения твердофазного иммуноферментного анализа (ИФА) необходимо выделение бактериальных липополисахаридов. Кроме того, для ИФА или для определения титра антител, вызывающих агглютинацию клеток, необходимы планшеты соответствующего типа, а в случае иммунопреципитации требуются пластины агарозного геля. Время регистрации результатов с начала постановки реакции без учета времени подготовки образцов составляет от 3-х до 24-х часов в случае всех трех методов.

Ближайшим аналогом заявляемого решения является способ регистрации изменений в подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии поликлональных антител на поверхностные структуры бактерий для выявления общих детерминант в составе клеточной мембраны и чехла, покрывающего полярный жгутик, обеспечивающий подвижность бактерий, а также при исследовании углеводных антигенных детерминант, представленных в составе клеточной поверхности близкородственных штаммов (Sp107 и Sp245) (Бурыгин Г.Л., Широков А.А., Шелудько А.В., Кацы Е.И., Щеголев С.Ю., Матора Л.Ю. Выявление чехла на поверхности полярного жгутика Azospirillum brasilense // Микробиология. 2007. Т.76. №6. С.822-829; Шелудько А.В. Генетико-физиологические аспекты социального поведения ассоциативных бактерий Azospirillum brasilense // Автореф. дис. … д-ра биол. наук. - Саратов: ИБФРМ РАН, 2010. - 48 с.).

Однако известный способ предполагает для определения процента подвижных клеток и их скорости движения у тестируемых штаммов проведения записи видеофайлов подвижности бактерий при добавлении и без добавления антител с последующим компьютерным анализом видеоизображения, поскольку используются антитела в концентрациях, значительно снижающих показатели подвижности, но не останавливающих движение всех клеток в бактериальной суспензии. Последнее обстоятельство значительно увеличивает время регистрации результатов, ограничивая число штаммов, которые можно проанализировать в одном эксперименте. Данный способ предполагает дополнительную операцию по отмыванию клеток от культуральной жидкости и суспендирования их в фосфатном буфере при подготовке бактериальных суспензий.

Задачей, на решение которой направлено заявляемое техническое решение, является оптимизация подходов выявления серологического родства микробов и условий регистрации изменений в подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии поликлональных антител к О-антигенам.

Технический результат, достигаемый при использовании заявляемого изобретения, заключается в сокращении времени на выявление серологически родственных штаммов бактерий рода Azospirillum непосредственно в жидких бактериальных культурах, независимо от использованных для культивирования сред и условий подготовки клеточных суспензий.

Поставленная задача решается тем, что в СПОСОБЕ ВЫЯВЛЕНИЯ БАКТЕРИЙ РОДА AZOSPIRILLUM, ИМЕЮЩИХ ОБЩИЕ АНТИГЕННЫЕ ДЕТЕРМИНАНТЫ В СОСТАВЕ ЛИПОПОЛИСАХАРИДОВ, включающем: - получение специфических антител на липополисахариды; - определение “рабочей" концентрации антител на липополисахариды "модельного штамма", серологическое родство с которым необходимо установить; - выращивание культур исследуемых штаммов бактерий рода Azospirillum на жидких средах при температуре 30°С и подготовку бактериальных суспензий на основе выращенных бактерий рода Azospirillum; - добавление антител в "рабочей" концентрации к бактериальным суспензиям с последующим приготовлением препаратов для световой микроскопии при комнатной температуре; - оценку подвижности бактерий рода Azospirillum при микроскопии препаратов; - выявление бактерий, имеющих общие детерминанты в составе полисахаридов, по снижению подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма", согласно заявляемому решению в качестве "рабочей" концентрации антител используют удвоенную концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного модельного штамма бактерий рода Azospirillum в поле зрения микроскопа; "рабочую" концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного штамма бактерий рода Azospirillum, сохраняют неизменной, независимо от партии полученных антител; для определения "рабочей" концентрации антител проводят оценку процента подвижных клеток гомологичного штамма бактерий рода Azospirillum в поле зрения микроскопа; в качестве исследуемых штаммов бактерий рода Azospirillum используют 18-часовые культуры, разведенные 50 мМ фосфатно-солевым буфером (ФСБ, рН 7) до значений A₆₀₀=0.3-0.5 (1=1 см), без отмывания клеток от культуральной жидкости; о наличии микробов, имеющих общие детерминанты в составе полисахаридов, судят но остановке движения бактерий рода Azospirillum в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма".

Сущность заявляемого решения заключается в том, что способ включает определение "рабочей" концентрации антител, предварительно полученных одним из известных способов, на липополисахариды "модельного штамма" серогруппы, принадлежность к которой требуется установить, выращивание культур тестируемых микроорганизмов и подготовку бактериальных суспензий, добавление антител к бактериальным суспензиям с последующим приготовлением препаратов для световой микроскопии, оценку подвижности микроорганизмов при микроскопии препаратов.

О наличии серологического родства (принадлежности к серогруппе) судят по остановке движения клеток в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма". Штаммы, клетки которых неподвижны в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма", можно считать серологически близкими.

Преимущество изобретения заключается в быстром и простом способе выявления микробов, имеющих общие антигенные детерминанты (то есть обладающих серологическим родством) в составе О-антигена липополисахаридов, преобладающих компонентов внешней мембраны грамотрицательных бактерий, как правило, определяющих серологическую специфичность бактерий, что является существенным в иммутотаксономических исследованиях бактерий рода Azospirillum.

Изобретение поясняется чертежом, на котором представлен график изменения средней скорости движения (1) и количества (2) подвижных клеток A. brasilense Sp245 с увеличением концентрации антител на липополисахарид этого штамма.

Описание сущности технического решения.

Бактерии рода Azospirillum из семейства Rhodospirillaceae в естественных условиях обитают в основном на корнях высших растений, произрастающих в разнообразных климатических условиях. Интерес к изучению этих бактерий объясняется их способностью стимулировать рост широкого круга растений, в том числе и агрономически значимых. Прогресс в их исследовании в качестве потенциальных стимуляторов роста растений в значительной степени зависит от развития быстрых и надежных способов качественного определения данных микроорганизмов. Выявляющие системы на основе антител являются весьма удобным средством мониторинга разнообразных микроорганизмов. На клетках азоспирилл, поддерживаемых в жидких средах, имеется один полярно расположенный жгутик, обуславливающий подвижность и хемотаксис - важные факторы для эффективной колонизации растений данными бактериями. Полярный жгутик бактерий A. brasilense покрыт чехлом, в формировании которого показано участие молекул липополисахаридов (ЛПС), что может позволить быстро выявлять антигенные перекресты между штаммами при таксономических исследованиях на основании изменения характеристик подвижности микроорганизмов в присутствии антител на ЛПС.

Заявляемый способ включает получение одним из известных способов специфических антител на липополисахариды, определение "рабочей" концентрации антител на липополисахариды "модельного штамма" серогруппы, принадлежность к которой требуется установить, выращивание тестируемых культур микроорганизмов и подготовку бактериальных суспензий, добавление антител к бактериальным суспензиям с последующим приготовлением препаратов для световой микроскопии, оценку подвижности микроорганизмов при микроскопии препаратов. О наличии серологического родства (принадлежности к серогруппе) свидетельствует остановка движения клеток в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма".

Штаммы, клетки которых неподвижны в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма", можно считать серологически близкими.

Антитела получают одним из известных способов, например для получения специфических антител на ЛПС готовят суспензию грамотрицательных бактерий в 2%-ном растворе глутарового альдегида, после чего проводят иммунизацию кроликов обработанной суспензией с последующим забором крови и выделением из нее антител в виде фракции иммуноглобулинов класса G.

Для определения "рабочей концентрации" антител проводят оценку подвижных клеток "модельного штамма" в присутствии этих антител в поле зрения микроскопа. Клетки 18-часовых жидких культур "модельного штамма", выращенные при 30°С, осаждают центрифугированием в течение 15 мин при 5000 g, удаляют надосадочную жидкость, затем суспендируют в 50 мМ фосфатно-солевом буфере (ФСБ) с рН 7) и повторно центрифугируют в течение 15 мин при 5000 g, осадок ресуспендируют в ФСБ до значений А₆₀₀=0.5 (1=1 см). Полученную суспензию клеток используют для определения характеристик подвижности клеток (процент подвижных клеток и их средняя скорость движения) в присутствии различных концентраций штаммоспецифических антител к ЛПС (диапазон конечных концентраций антител 0.01-1000 мкг/мл с шагом, кратным 10). Для этого определяют концентрацию полученных и очищенных антител (мкг/мл), затем антитела в концентрациях 0.02, 0.2, 2, 20, 200 и 2000 мкг/мл последовательно в соотношении 1:1 быстро смешивают на покровном стекле с суспензией бактерий (в итоге концентрация антител станет 0.01, 0.1, 1, 10, 100 и 1000 мкг/мл), покровное стекло каплей вниз помещают на предметное стекло с лункой (препарат "висячая капля"). При микроскопии препарата "висячая капля" проводят запись видеофайлов подвижности бактерий. Определяют процент подвижных клеток и их среднюю скорость движения, используя доступную программу анализа видеоизображения. Результаты трех независимых экспериментов используют для построения диаграммы зависимости количества подвижных клеток (в процентах) и скорости их движения (мкм/с) от концентрации штаммоспецифических антител на ЛПС. На диаграмме выбирают концентрацию антител, значительно снижающую процент подвижных клеток и их скорость движения. Результаты подвижности бактерий в присутствии этого количества антител можно использовать при исследовании углеводных антигенных детерминант, представленных в составе поверхности интактных клеток. Удвоенную концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки в поле зрения микроскопа, используют в качестве "рабочей" для быстрого определения серологического родства.

Процедуру определения "рабочей концентрации" антител для определения серологического родства можно упростить, исключив этап получения видеозаписи с последующим определением скорости движения клеток, ограничившись оценкой процента подвижных клеток в поле зрения при микроскопии, поскольку данный показатель является наиболее выраженным.

Определение "рабочей концентрации" для каждой партии антител достаточно провести один раз. Необходимо отметить, что независимо от партии антител (антител, полученных после иммунизации разных животных, или антител, выделенных в разное время из сыворотки одного животного) концентрация антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного штамма (то есть "рабочая" концентрация), остается неизменной, а концентрация антител, значительно снижающая процент подвижных клеток и их скорость движения, может варьировать. Как показала практика, "рабочая" концентрация (то есть концентрация антител, останавливающая движение всех клеток) для всех антител, полученных после иммунизации разных животных, или антител, выделенных в разное время из сыворотки одного животного, была одной и той же.

Следующим этапом является оценка подвижности клеток тестируемых штаммов в присутствии рабочей концентрации антител.

- 18 ч культуры исследуемых штаммов, выращенных при 30°С, разводят 50 мМ фосфатно-солевым буфером (ФСБ, рН 7) до значений A₆₀₀=0.3-0.5 (1=1 см). Количество жизнеспособных клеток при данных значениях A₆₀₀ составляет 10⁸ в мл.

- Далее проводят микроскопию разведенных культур и оценивают подвижность бактерий без добавления антител. Как правило, в случае бактерий рода Azospirillum, выращенных в жидких средах, 60-90% клеток в популяции подвижны.

- Затем разведенную бактериальную культуру в соотношении 1:1 (оптимальное соотношение 2 к 2 мкл) быстро смешивают на покровном стекле с антителами в рабочей концентрации, покровное стекло каплей вниз помещают на предметное стекло с лункой (препарат "висячая капля"). Препарат "висячая капля" микроскопируют с использованием объектива с широким охватом ноля зрения.

- При микроскопии препарата "висячая капля" оценивают процент подвижных клеток в поле зрения микроскопа. По результатам трех независимых наблюдений делают заключение о влиянии антител на подвижность бактерий.

Клеточные агрегаты, возникающие в результате взаимодействия антител с корпускулярными антигенами, не принимаются во внимание. Необходимо отметить, что некоторая доля бактерий (менее 10%) в жидких средах образует агрегаты независимо от присутствия в среде антител. Агрегация характерна для азоспирилл и может усиливаться вследствие воздействия на бактериальную популяцию каких-либо внешних факторов. Штаммы, клетки которых неподвижны в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма", можно считать серологически близкими. Процент подвижных клеток в присутствии рабочей концентрации антител на ЛПС в случае таких штаммов составляет не более 10%, что может являться результатом снижения количества свободных антител при их взаимодействии с полисахаридами, экскретируемыми бактериями в культуральную жидкость.

Таким образом, наблюдаемая при микроскопии остановка 90% двигающихся (подвижных) клеток в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма" свидетельствует о наличии серологического родства (принадлежности к серогруппе).

- В результате общее время на выявление бактерий - от смешивания антител с бактериальной культурой до регистрации результатов без учета времени подготовки образцов - составляет от 1-3 мин.

В табл.1 представлены характеристики подвижности клеток A. brasilense в присутствии антител на ЛПС штаммов Sp7 и Sp245 в фосфатно-солевом буфере.

Штамм А. brasilense	Подвижность азоспирилл
Штамм А. brasilense	без антител (контроль)	с ATSp245, 10 мкг/мл	с ArSp7, 100 мкг/мл
подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с	подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с	подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с
Sp7	85.5±2.2	36.7±2.8	84.0±3.3	36.0±3.7	3.0±0.8	21.0±1.7
Cd	87.3±2.6	34.6±3.1	80.4±3.2	35.9±3.4	21.0±1.7	26.0±4.5
SR55	58.3±9.4	27.1±2.4	40.6±8.2	24.3±4.1	7.1±2.1	20.3±1.7
SR80	51.6±9.0	23.1±2.4	51.3±3.4	23.6±2.2	9.5±2.4	15.2±3.1
Sp245	85.8±3.8	29.9±3.5	1.1±0.9	21.4±2.9	82.5±2.2	32.7±1.8

Штамм А. brasilense	Подвижность азоспирилл
Штамм А. brasilense	без антител (контроль)	с ATSp245, 10 мкг/мл	с ATSp7, 100 мкг/мл
подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с	подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с	подвижные клетки, %	скорость движения, мкм/с
S27	85.2±1.0	30.6±2.0	6.2±3.9	13.7±4.8	82.0±2.0	29.6±3.6
SR15	86.6±3.8	27.8±3.4	5.0±0.9	17.6±2.6	83.9±3.3	28.2±3.9
SR75	60.9±5.4	30.3±3.3	11.4±2.7	23.6±1.9	54.1±4.9	27.3±3.6
Sp107	84.0±2.8	31.3±5.2	81.1±2.9	28.1±2.1	84.1±4.8	33.6±4.5
Ат - антитела. ЛПС - липополисахарид

В табл.2 представлены результаты взаимодействия антител на ЛПС штаммов, относящихся к серогруппам I и II, с клетками и экстрактами липополисахаридов.

Штамм	Остановка движения клеток антителами	Агглютинация клеток антителами, титр антител	Иммунопреципитация экстрактов ЛПС
ATSp7, 1000 мкг/мл	ATSp245, 100, мкг/мл	ATSp7	ATSp245	ATSp7	ATSp245
А. brasilense:
Sp7	+	-	1:128	-	(++)	-
Cd	+	-	1:256	-	(++)	-
SR14	+	-	1:32	-	(+)	-
SR55	+	-	1:32	-	(+)	-
SR80	+	-	1:128	-	(+)	-
Sp245	-	+	-	1:512	-	(++)
Sp107	-	+	-	1:256	-	(++)
S27	-	+	-	1:256	-	(++)
SR15	-	+	-	1:256	-	(++)
SR75	-	+	-	1:512	-	(++)
SR8	-	-	-	-	-	-
SR32	-	-	-	-	-	-
SR41	-	-	-	-	-	-
SR50	-	-	-	-	-	-
SR64	-	-	-	-	-	-
SR72	-	-	-	-	-	-

Штамм	Остановка движения клеток антителами	Агглютинация клеток антителами, титр антител	Иммунопреципитация экстрактов ЛПС
АтSp7, 1000 мкг/мл	АтSp245, 100, мкг/мл	АтSp7	AтSp245	АтSp7	АтSp245
SR87	-	-	-	-	-	-
SR88	-	-	-	-	-	-
Azospirillum sp.
SR81	-	+	-	1:256	-	(++)
A. lipoferum:
Sp59b	-	-	-	-	-	-
RG20A	-	+	-	1:128	-	(+)
A. irakense:
KBC1	-	-	-	-	-	-
KA3	-	-	-	-	-	-
Ат - антитела,
ЛПС - липополисахариды,
+- остановка движения клеток,
(++)/(+) - две/одна полоса преципитации в реакции иммунодиффузии

На чертеже представлен график изменения средней скорости движения (1) и количества (2) подвижных клеток A. brasilense Sp245 с увеличением концентрации антител на липополисахарид этого штамма.

Заявляемый способ осуществляют следующим образом.

В модельных экспериментах проведен анализ подвижности 23-х штаммов, относящихся к Azospirillum brasilense, Azospirillum lipoferum, Azospirillum irakense и Azospirillum sp., в присутствии антител на ЛПС штаммов Sp7 или Sp245, относящихся к разным серогруппам.

Определили "рабочую" концентрацию антител на ЛПС, предварительно полученных одним из известных способов. Бактерии "модельного штамма" выращивали на жидкой синтетической малатной среде, содержащей в 1 л: малат Na - 5 г, KH₂PO₄ - 0.4 г, K₂HPO₄ - 0.4 г, NaCl - 0.1 г, MgSO₄ - 0.2 г, FeSO₄·7H₂O - 0.02 г, Na₂MoO₄·2H₂O - 0.002 г, NH₄Cl - 1 г (рН 6.8-7.0). Далее клетки 18-ч жидких культур, выращенных при 30°С, осаждали центрифугированием в течение 15 мин при 5000 g, удаляли надосадочную жидкость, затем суспендировали в 50 мМ фосфатно-солевом буфере (ФСБ, рН 7) и повторно центрифугировали в течение 15 мин при 5000 g, осадок ресуспендировали в ФСБ до значений А₆₀₀=0.5 (1=1 см). Полученную суспензию клеток использовали для определения характеристик подвижности клеток (процент подвижных клеток и их среднюю скорость движения) в присутствии различных концентраций штаммоспецифических антител к ЛПС (диапазон конечных концентраций антител 0.01-1000 мкг/мл с шагом, кратным 10). Для этого при комнатной температуре антитела в концентрациях 0.02, 0.2, 2, 20, 200 и 2000 мкг/мл последовательно в соотношении 1:1 (2 и 2-м мкл) быстро смешивали на покровном стекле с суспензией бактерий, покровное стекло каплей вниз помещали на предметное стекло с лункой (препарат "висячая капля"). Микроскопию препарата проводили при комнатной температуре, используя объектив с широким охватом поля зрения. При микроскопии препарата "висячая капля" записывали видеофайлы подвижности бактерий и определяли процент подвижных клеток и их среднюю скорость движения, используя доступную программу анализа видеоизображения. По результатам трех независимых экспериментов строили диаграммы зависимости количества подвижных клеток (в процентах) и скорости их движения (мкм/с) от концентрации штаммоспецифических антител на ЛПС. На фиг.1 представлен график изменения средней скорости движения (1) и количества подвижных (2) клеток А. brasilense Sp245 с увеличением концентрации антител на липополисахарид этого штамма. На диаграмме выбирали концентрацию антител, значительно снижающую процент подвижных клеток и их скорость движения. Результаты подвижности бактерий в присутствии этого количества антител использовали при исследовании углеводных антигенных детерминант, представленных в составе клеточной поверхности. Концентрация антител на ЛПС штамма Sp245, значительно снижающая процент подвижных клеток и их скорость движения, составляет 10 мкг/мл. При концентрации этих антител 100 мкг/мл все клетки Sp245 неподвижны (фиг.1). Удвоенную концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки в поле зрения микроскопа, использовали в качестве "рабочей" для быстрого определения серологического родства. Таким образом, для быстрого определения серологического родства со штаммом Sp245 "рабочая концентрация" антител на ЛПС этого штамма составляет 200 мкг/мл. В случае антител на ЛПС штамма Sp245 концентрация антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного штамма оставалась неизменной (100 мкг/мл при этом "рабочая" концентрация составляла 200 мкг/мл), независимо от партии антител, а концентрация антител, значительно снижающая процент подвижных клеток и их скорость движения варьировала от 10 до 30 мкг/мл. Определение "рабочей концентрации" антител для определения серологического родства проводили также по упрощенной схеме, ограничившись оценкой процента подвижных клеток в поле зрения микроскопа, поскольку данный показатель является наиболее выраженным. Для определения "рабочей концентрации" антител на ЛПС штамма Sp7 использовали данный подход. Так, процент подвижных клеток Sp7 в присутствии антител на ЛПС этого штамма составляет 80-90%, 20-30, 5-10 и 0% в присутствии соответственно 1, 10, 100 и 1000 мкг/мл белка. Таким образом, для быстрого определения серологического родства со штаммом Sp7 "рабочая концентрация" антител на ЛПС этого штамма составляет 2000 мкг/мл, а концентрация антител, значительно снижающая процент подвижных клеток и их скорость движения, составляет 100-300 мкг/мл. В случае антител на ЛПС штамма Sp7 концентрация антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного штамма, также оставалась неизменной. Таким образом, определение рабочей концентрации для каждой партии антител достаточно провести один раз.

В случае ряда штаммов бактерии, выращенные на жидкой синтетической малатной среде, осаждали центрифугированием в течение 15 мин при 5000 g, удаляли надосадочную жидкость, затем суспендировали в 50 мМ фосфатно-солевом буфере (ФСБ, рН 7) и повторно центрифугировали в течение 15 мин при 5000 g, осадок ресуспендировали в ФСБ до значений А₆₀₀=0.5 (1=1 см). Суспензию бактерий в ФСБ в соотношении 1:1 (2 к 2 мкл) быстро смешивали на покровном стекле последовательно с антителами к ЛПС Sp7 или Sp245. Концентрация антител в итоге составляла величину, значительно снижающую процент подвижных клеток и их скорость движения у штаммов Sp7 или Sp245 (100 и 10 мкг/мл соответственно). Покровное стекло каплей вниз помещали на предметное стекло с лункой (препарат "висячая капля"). При микроскопии препарата "висячая капля" записывали видеофайлы подвижности бактерий и определяли процент подвижных клеток и их среднюю скорость движения, используя программу анализа видеоизображения. В серии экспериментов по исследованию подвижности клеток азоспирилл 9-ти штаммов определены штаммы (результаты представлены в табл. 1), подвижность которых снижалась в присутствии антител к ЛПС Sp7 и Sp245 в концентрации 100 и 10 мкг/мл, соответственно (концентрации Ат, значительно снижающие показатели подвижности гомологичных штаммов). Однако подвижность клеток штамма Sp107, относящегося к серогругше I в присутствии 10 мкг/мл антител к ЛПС Sp245, изменялась незначительно (табл. 1). ЛПС двух близкородственных штаммов A. brasilense Sp245 и Sp107 в тесте иммунодиффузии демонстрировали лишь минорные антигенные различия, выражающиеся в образовании небольшой шпоры при слиянии полос преципитации. Наличие данной шпоры свидетельствовало о том, что в составе ОПС1 штамма Sp107 отсутствуют некие антигенные детерминанты, присутствующие в составе ОПС1 штамма Sp245. Вполне вероятно, это может объяснять лишь незначительное изменение подвижности клеток Sp107 в присутствии использованной концентрации Ат (10 мкг/мл) на ЛПС Sp245 (табл. 1). Ингибирующего эффекта удалось достичь увеличением концентрации Ат на ЛПС Sp245 до 100 мкг/мл (концентрация антител ингибирующая подвижность всех клеток штамма Sp245), поскольку это приводило к увеличению количества антител на общие для Sp245 и Sp107 детерминанты (табл. 2). Таким образом, антитела в концентрациях, останавливающих подвижность всех клеток гомологичного штамма, добавленные к исследуемым бактериям, ингибируют подвижность клеток независимо от топких особенностей организации клеточной поверхности азоспирилл.

Для оценки подвижности клеток тестируемых штаммов в присутствии рабочей концентрации антител (антитела в конечной концентрации, останавливающие подвижность всех клеток гомологичного штамма) бактерии выращивали на жидкой синтетической малатной среде (см. выше) или богатой среде LB, содержащей в 1 л: триптон - 10 г, дрожжевой экстракт - 5 г, NaCl - 5 г (рН 7.5). 18 ч культуры исследуемых штаммов, выращенных при 30°С, разводили 50 мМ фосфатно-солевым буфером (ФСБ, рН 7) до значений А₆₀₀=0.3-0.5 (1=1 см). Количество жизнеспособных клеток при данных значениях А₆₀₀составляло 10⁸ в мл. Этап отмывания клеток не проводили. Далее при комнатной температуре проводили микроскопию разведенных культур и оценивали подвижность бактерий без добавления антител. Подвижные клетки в популяции исследуемых штаммов составляли не менее 60%. При комнатной температуре разведенную бактериальную суспензию в соотношении 1:1 (2 и 2 мкм) быстро смешивали на покровном стекле последовательно с антителами к ЛПС Sp7 или Sp245 в концентрации 2000 и 200 мкг/мл соответственно (в итоге концентрация антител составляла 1000 и 100 мкг/мл). Покровное стекло каплей вниз помещали на предметное стекло с лункой (препарат "висячая капля"). Микроскопию препарата проводили при комнатной температуре, используя объектив с широким охватом поля зрения, оценивая процент подвижных клеток в присутствии антител. По результатам трех независимых наблюдений делали заключение о влиянии антител на подвижность бактерий. Результаты представлены в табл. 2. Этапы записи видеофайлов и их обработки при помощи программы компьютерного анализа видеоизображения не проводили. Антитела на ЛПС Sp7 (серотип II) или Sp245 (серотип I) останавливали движение бактерий только тех штаммов, клетки которых агглютинировали с антителами (табл. 2). Также выявлена корреляция между наличием антигенных перекрестов в реакции иммунодиффузии и снижением подвижности клеток в присутствии антител на ЛПС Sp7 или Sp245 у штаммов Sp7, CD, SR14, SR55, SR80 или Sp245, Sp107, S27, SR15, SR75, SR81 и SpRG20a (табл. 2). Из семи штаммов, взаимодействующих с Ат к ЛПС Sp245, для A. brasilense Sp245, Sp107, S27, SR75 и A. lipoferum RG20a, установлена идентичность структуры повторяющегося звена О-специфических полисахаридов (ОПС), представленного линейным пента-D-рамнаном. ОПС штамма SR15 является D-рампаном, но с тетрасахаридным повторяющимся звеном. Полученные в работе данные позволяют дополнить серогруппу I штаммом Azospirillum sp.SR81. Штаммы Azospirillum серогруппы II характеризуются наличием гетерополисахаридных ОПС, дающих перекрестную реакцию с антителами к ЛПС типового штамма A. brasilense Sp7. Из пяти штаммов, взаимодействующих с Ат к ЛПС Sp7, для трех описана структура повторяющегося звена ОПС. Результаты данной работы позволяют дополнить серотип II штаммом A. brasilense SR14. Необходимо отметить, что результаты влияния антител на подвижность бактерий заметны уже через 1 мин после приготовления препаратов для микроскопии (препарат "висячая капля"). Клетки штаммов, подвижных в присутствии антител, продолжали двигаться даже после 30-60 мин инкубации с антителами. Влияние антител к ЛПС на подвижность клеток не зависит от среды культивирования бактерий и способа подготовки бактериальной суспензии. Так, влияние антител на подвижность клеток в бактериальных культурах (не отмытых от среды культивирования) или отмытых и суспендированных в ФБ азоспирилл, не различалось. Влияние антител на бактерии, выращенные как на жидкой синтетической малатной среде, так и на богатой среде LB, было одинаковым. Клеточные агрегаты, возникающие в результате взаимодействия антител с корпускулярными антигенами, не принимались во внимание. Необходимо отметить, что некоторая доля бактерий (менее 10%) в жидких средах образует агрегаты независимо от присутствия в среде антител. Агрегация характерна для азоспирилл и может усиливаться вследствие воздействия на бактериальную популяцию каких-либо внешних факторов. Таким образом, заявляемый способ, заключающийся в ингибировании подвижности бактерий при добавлении к клеточной суспензии антител на ЛПС, может быть использован при определении штаммов, демонстрирующих антигенные перекресты с относящимися к разным серологическим типам штаммами Sp7 (серотип II) и Sp245 (серотип I). Результаты влияния антител на подвижность согласуются с данными таких тестов, как агглютинация клеток антителами и выявления наличия антигенных перекрестов в реакции иммунодиффузии.

Способ выявления бактерий рода Azospirillum, имеющих общие антигенные детерминанты в составе липополисахаридов, включающий: - получение специфических антител на липополисахариды; - определение "рабочей" концентрации антител на липополисахариды "модельного штамма", серологическое родство с которым необходимо установить; - выращивание культур исследуемых штаммов бактерий рода Azospirillum на жидких средах при температуре 30°C и подготовку бактериальных суспензий на основе выращенных бактерий рода Azospirillum; - добавление антител в "рабочей" концентрации к бактериальным суспензиям с последующим приготовлением препаратов для световой микроскопии при комнатной температуре; - оценку подвижности бактерий рода Azospirillum при микроскопии препаратов; - выявление бактерий, имеющих общие детерминанты в составе полисахаридов, по снижению подвижности бактерий рода Azospirillum в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма", отличающийся тем, что в качестве "рабочей" концентрации антител используют удвоенную концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного модельного штамма бактерий рода Azospirillum в поле зрения микроскопа; "рабочую" концентрацию антител, в присутствии которой неподвижны все клетки гомологичного штамма бактерий рода Azospirillum, сохраняют неизменной независимо от партии полученных антител; для определения «рабочей» концентрации антител проводят оценку процента подвижных клеток гомологичного штамма бактерий рода Azospirillum в поле зрения микроскопа; в качестве исследуемых штаммов бактерий рода Azospirillum используют 18-часовые культуры, разведенные 50 мМ фосфатно-солевым буфером (ФСБ, рН 7) до значений А₆₀₀=0.3-0.5 (1=1 см), без отмывания клеток от культуральной жидкости; о наличии микробов, имеющих общие детерминанты в составе полисахаридов, судят по остановке движения бактерий рода Azospirillum в присутствии антител на липополисахариды "модельного штамма".

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ определения наличия в биологических жидкостях, окружающей среде и продуктах питания бактерий Escherichia coli штамма O157:Н7, включающий дезинтеграцию бактерий ферментативной обработкой и лизис неионным детергентом, адсорбцию на парамагнитных частицах при помощи специфического моноклонального антитела, детекцию антигена бактерий Е.coli O157:Н7 при помощи специфического биотинилированного моноклонального антитела, связывание полученного комплекса с нековалентным коньюгатом ДНК-матрицы с нейтравидином, диссоциацию твердофазного комплекса "антитело-антиген Е.coli O157:Н7 - биотинилированное антитело-коньюгат" добавлением раствора глицин - HCl рН 2.6, ПЦР-амплификацию ДНК-матрицы и выявление наличия бактерий Е.coli O157:Н7 по скорости нарастания флуоресцентного сигнала.

Лиофилизированная питательная среда для визуального выявления ureaplasma urealyticum // 2568062

Изобретение относится к области медицинской микробиологии. Изобретение представляет собой питательную среду для визуального выявления Ureaplasma urealyticum, содержащую питательную основу, стимуляторы роста, мочевину, селективные компоненты, лошадиную сыворотку, pH индикатор и дистиллированную воду.

Способ определения в кондитерских изделиях микроорганизмов, вырабатывающих липазы // 2566561

Изобретение относится к микробиологии и может быть использовано для определения микроорганизмов, вырабатывающих липазы в кондитерских изделиях. Способ определения в кондитерских изделиях микроорганизмов, вырабатывающих липазы, предусматривает отбор пробы, приготовление из пробы исходного разведения пробы и ряда десятикратных разведений с последующим высевом в две параллельные чашки Петри.

Способ дифференциации возбудителей чумы и псевдотуберкулеза по n-ацетил-бета-d-глюкозаминидазной активности // 2566559

Способ дифференциации возбудителей чумы и псевдотуберкулеза по N-ацетил-β-D-глюкозаминидазной активности предусматривает получение суспензии агаровой культуры исследуемых бактерий в концентрации (1-5)×109 м.к., подготовку синтетического субстрата, в качестве которого используют 4-метилумбеллиферил-N-ацетил-β-D-глюкозаминид в количестве 50 мкМ.

Средство для получения препаратов для диагностики риккетсиоза, вызываемого rickettsia sibirica subsp. sibirica bj-90 // 2560581

Изобретение относится к области биотехнологии и касается применения штамма Rickettsia sibirca subsp. sibirica.

Средство для получения препаратов для диагностики риккетсиоза, вызываемого rickettsia slovaca // 2560422

Изобретение относится к области биотехнологии и касается применения штамма Rickettsia slovaca. Представлено применение штамма Rickettsia slovaca "Карпунино-19/69", депонированного во Всероссийском музее риккетсиозных культур ФГБУ НИИЭМ им.

Способ обнаружения провируса лейкоза крупного рогатого скота // 2558252

Представленное изобретение относится к области биотехнологии и касается способа обнаружения провируса лейкоза крупного рогатого скота. Охарактеризованный способ включает выявление фрагмента LTR (Long Terminal Repeat) - последовательности провируса лейкоза.

Избирательный лизис клеток // 2556130

Группа изобретений относится к области лизиса клеток. Предложен способ избирательного лизиса животных клеток, а также прибор для обнаружения микроорганизмов.

Способ дифференциации токсигенных генетически измененных штаммов vibrio cholerae биовара эль тор с разным эпидемическим потенциалом методом мультиплексной полимеразной цепной реакции и тест-система для его осуществления // 2556127

Изобретения относятся к области медицинской микробиологии и касаются способа дифференциации токсигенных генетически измененных штаммов V.cholerae биовара Эль Тор и тест-системы.

Лиофилизированная питательная среда для визуального выявления mycoplasma hominis // 2553549

Изобретение относится к медицинской микробиологии. Может быть использовано для культивирования и идентификации урогенитальных микоплазм, в частности Mycoplasma hominis.

Способ определения сапрофитных бактерий, стимулирующих рост listeria monocytogenes в морских микробных сообществах // 2572572

Изобретение относится к микробиологии, а именно к санитарно-гигиеническому контролю за инфицированностью Listeria monocytogenes морской воды и морепродуктов. Способ определения сапрофитных бактерий, стимулирующих рост Listeria monocytogenes в морских микробных сообществах, предусматривает засев «газоном» одной половины чашки Петри с агаризованной средой СММ испытуемыми культурами, а другой половины чашки с ГРМ-агаром - тест-культурами листерий. Для нанесения тест-культур используют бумажные диски, пропитанные суспензией листерий. Критерием стимулирующей активности сапрофитных бактерий является величина зоны роста тест-культур вокруг бумажного диска, равная или большая 0,9 см, за вычетом размера диска. Изобретение позволяет повысить возможность выявления активных сапрофитных морских бактерий, стимулирующих рост патогенных бактерий, и увеличение точности, экономичности и простоты их учета при проведении санитарных и экологических мониторинговых исследований, в том числе и в экспедиционных условиях. 2 з.п. ф-лы, 7 ил., 4 табл., 4 пр.

Способ связывания mycobacteria // 2573921

Изобретение относится к биотехнологии. Предложен способ связывания Mycobacteria и/или фрагментов Mycobacteria, присутствующих в водной жидкости, с твердой поверхностью. Добавляют к указанной жидкости достаточное количество водорастворимого полимера в присутствии твердой поверхности для вытеснения Mycobacteria и/или их фрагментов из указанной жидкости на твердую поверхность. Поверхность может быть представлена в виде микросферы. В качестве водорастворимого полимера может быть выбран, например, декстран, полиэтиленгликоль, поливинилпирролидон. Изобретение позволяет осуществлять связывание с твердой поверхностью бактерий Mycobacteria и их фрагментов, которые не осаждаются в условиях центрифугирования. 18 з.п. ф-лы, 11 пр.

Способ дифференциации энтерококков кишечной микрофлоры человека // 2575086

Изобретение относится к медицинской микробиологии и может быть использовано в практической работе бактериологических лабораторий для дифференциации энтерококков кишечной микрофлоры человека на нормальную и патогенную микрофлору. Способ предусматривает выделение из кишечной микрофлоры человека чистых культур энтерококков, их идентифицикацию и определение у выделенных штаммов энтерококков видов E. faecalis и E. faecium способности к инактивации гемоглобина (антигемоглобиновой активности - AHbA). К нормальной микрофлоре кишечника человека относят штаммы микроорганизмов видов E. faecalis и E. faecium, не обладающие AhbA, и Е. faecalis, обладающие AHbA при уровне выраженности данного признака, равном или меньше 12,0 г/л, а Е. faecium при уровне выраженности данного признака, равном или меньше 13,7 г/л. Изобретение позволяет повысить точность идентификации энтерококков. 3 пр., 1 табл.

Штамм o №2108/забайкальский/2010 вируса ящура aphtae epizooticae типа о для изготовления биопрепаратов для диагностики ящура типа о // 2575801

Изобретение относится к области ветеринарной вирусологии и биотехнологии и касается нового штамма вируса ящура Aphtae epizooticae типа О сем. Picornaviridae, рода Aphtovirus, депонированного в коллекции ФГБУ «ВНИИЗЖ» под регистрационным номером вирус ящура штамм О №2108/Забайкальский/2010. Представленный штамм репродуцируется в первично трипсинизированной монослойной культуре клеток почки свиньи (СП), перевиваемых культурах клеток почки сибирского горного козерога (ПСГК-30) и почки свиньи (IB-RS-2). В течение 18-24 часов инкубирования урожай вируса в указанных культурах клеток достигает значений 6,25-6,75 lg ТЦД50/см3. При высокой множественности заражения (1-10 ТЦД/клетка) вызывает ЦПД через 5 часов, сохраняя исходные характеристики при пассировании в клеточных культурах на протяжении 10 пассажей. Представленный штамм может быть использован для контроля антигенной и иммуногенной активности противоящурных вакцин и для изготовления биопрепаратов для диагностики ящура типа О. 4 з.п. ф-лы, 1 ил., 7 табл., 4 пр.

Штамм риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки вида rickettsia heilongjiangensis, используемый для идентификации риккетсий и получения диагностических препаратов // 2583286

Изобретение относится к области биотехнологии и касается штамма риккетсий "Приморье - 25/81". Охарактеризованный штамм является представителем вида Rickettsia heilongjiangensis. Изолирован на территории РФ. Штамм является патогеном человека и депонирован во Всероссийском музее риккетсиозных культур ГУ НИИЭМ им. Н.Ф.Гамалеи под №159. Изобретение может быть использовано для идентификации риккетсий группы клещевой пятнистой лихорадки и получения диагностических препаратов. 3 пр.

Способы, композиции и наборы для определения вируса иммунодефицита человека (вич) // 2584573

Изобретение относится к биохимии. Описана выделенная молекула нуклеиновой кислоты для обнаружения вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), которая содержит: 5′-agg pnn tgn atg pan tgg atg-3′ (SEQ ID NO: 10) или 5′-agg pnn tgn ntg ptn tgg atg-3′ (SEQ ID NO: 11) и набор, содержащий данную молекулу и инструкцию, где p = универсальный нуклеотид, который представляет собой 3-нитропиррол, 2′-дезоксинуклеозид и 5-нитроиндол или 6Н,8Н-3,4-дигидропиримидо[4,5-с][1,2]оксазин-7-он, и n = аналог цитидина, имеющий модификацию С-5. Представлена композиция для обнаружения ВИЧ, содержащая эффективное количество описанной молекулы, а также первый прямой праймер, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO: 14, и первый обратный праймер, имеющий последовательность, представленную в SEQ ID NO: 15, и дополнительные реагенты. Представлен способ обнаружения ВИЧ в образце, включающий проведение ПЦР с использованием праймера, содержащего SEQ ID NO: 10, и праймера, содержащего SEQ ID NO: 11. 7 н. и 3 з.п. ф-лы, 2 табл., 1 пр.

Способ определения чувствительности helicobacter pylori к антибиотикам // 2588469

Изобретение относится к медицинской микробиологии и может быть использовано в гастроэнтерологии. Предложен способ определения чувствительности Helicobacter pylori к антибактериальным препаратам. Проводят серию двукратных разведений антибактериальных препаратов в бульоне Шедлера с рН 7,6±0,2 в горизонтальных лунках 96-луночного планшета. Приготовленную взвесь бактерий вносят в лунки, культуру инкубируют в микроаэрофильных условиях в течение 24 часов при температуре 37°С. Добавляют реагент, используемый при постановке уреазного теста идентификации Helicobacter pylori. Измеряют оптическую плотность содержимого лунок планшета с помощью спектрофотометра, используя длину волны 630 нм. Минимальная подавляющая концентрация антибиотика определяется при построении графика соотношения концентрации антибиотика и оптической плотности и находится в точке выхода кривой на нулевой уровень значения оптической плотности. Способ обеспечивает повышение точности определения чувствительности культур Helicobacter pylori к антибактериальным препаратам. 2 ил., 6 табл., 2 пр.

Жидкость для отбора микробиологических проб при отрицательных температурах // 2588481

Изобретение относится к области микробиологии, ветеринарии, пищевой и фармацевтической промышленности. Предложена смывная нейтрализующая жидкость для отбора проб микроорганизмов при отрицательных температурах. Жидкость содержит 7,5 мас.% гипосульфита натрия, пропиленгликоль - 30,0 мас.% или 40,0 мас.% и, по необходимости, 10 мас.% глицерина. Изобретение обеспечивают возможность отбора проб при температурах до -30°С. Срок хранения проб без ухудшения жизнеспособности микроорганизмов в нейтрализующей жидкости без глицерина увеличивается до 3 суток, с добавкой глицерина - до 10 суток. 1 з.п. ф-лы, 2 табл., 2 пр.

Способ определения пораженности грунтов газообразующими микроорганизмами // 2592268

Изобретение относится к методам определения пораженности грунтов микроорганизмами. Способ включает в себя помещение образца грунта в прибор для измерения деформации грунта со стрелочным индикатором, заливку дистиллированной водой или водой питьевого качества (контроль) или раствором специального состава (опыт). Осуществляют считывание показаний стрелочного индикатора прибора через определенные интервалы времени. Большая величина показаний стрелочного индикатора для опытного образца свидетельствует о наличии в грунте газообразующих микроорганизмов. Преимущество способа - сокращение времени исследований. 1 з.п. ф-лы, 2 ил. 1 пр.

Микробиологическая питательная среда и ее применение // 2592682

Группа изобретений относится к микробиологии. Предложены жидкая микробиологическая питательная среда и ее применение. Жидкая микробиологическая питательная среда содержит: от 10 до 20 масс. частей дрожжевого экстракта, от 15 до 30 масс. частей пептона, от 35 до 75 масс. частей моно- и дисахаридов, до 3 масс. частей минеральных веществ, от 0,02 до 1 масс. части устойчивого желирующего вещества, а также воду. Питательная среда стерилизована в автоклаве или подвергнута ультравысокой температурной обработке (УВТ). При этом желирующее вещество является устойчивым к воздействию стерилизации в автоклаве или УВТ-обработки. Питательную среду, готовую к использованию, применяют для микробиологического скрининга в пищевой промышленности, при производстве животноводческих кормов, в косметологии, фарминдустрии, а также в области диагностики. 2 н. и 8 з.п. ф-лы, 1 пр.