Прогноз кинетики вируса гепатита с при лечении, исключающем интерферон



Прогноз кинетики вируса гепатита с при лечении, исключающем интерферон
Прогноз кинетики вируса гепатита с при лечении, исключающем интерферон

Владельцы патента RU 2590691:

Ф.ХОФФМАНН-ЛЯ РОШ АГ (CH)

Изобретение относится к области биотехнологии и вирусологии. Описаны способ прогнозирования раннего снижения вирусной нагрузки у человека, инфицированного вирусом гепатита С (ВГС), в ответ на лечение без применения интерферона, способ выбора длительности лечения без интерферона и способ прогнозирования ответа человека, инфицированного ВГС, на лечение без применения интерферона. Способы предусматривают выявление в образце, полученном от субъекта, нуклеотида, находящегося в положении однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, и интерпретацию полученных результатов на основе наличия в данном положении аллелей С или Т. Предложенная группа изобретений может быть использована в медицине. 3 н. и 12 з.п. ф-лы, 2 ил., 3 табл., 1 пр.

 

Настоящее изобретение относится к способам, которые можно применить для прогнозирования ответа пациентов, инфицированных вирусом гепатита С (ВГС), на фармакологическое лечение.

В случае гепатита С стандартный уход заключается в комбинировании пэгинтерферона с рибавирином [1]. Общий устойчивый вирусологический ответ (УВО), который оценивают после лечения по стандартной схеме, составляет примерно 50% [2-4], хотя трудно прогнозировать, будет ли у конкретного пациента достигнут УВО.

Вероятность достижения УВО варьирует в зависимости от состава анализируемых пациентов и свойств вируса. Например, более молодые пациенты, представители европеоидной и азиатской рас, и индивидуумы без фиброза печени на поздней стадии, наиболее вероятно освобождаются от инфицирования ВГС после лечения [5-8]. Аналогичным образом пациенты, инфицированные ВГС с генотипами 2 или 3, предпочтительнее, чем инфицированные ВГС с генотипом 1, а также те индивидуумы, у которых низкие исходные уровни РНК ВГС в сыворотке, имеют наилучшие шансы на выздоровление [2-4, 6, 8].

Более точный прогноз УВО в настоящее время возможен только после начала лечения. Независимо от генотипа ВГС индивидуумы, у которых нет РНК ВГС через 4 или 12 недель лечения, имеют больше шансов достигнуть УВО, чем те индивидуумы, у которых наблюдают персистентную виремию [9]. Быстрый вирусологический ответ (БВО, невыявляемая РНК ВГС через 4 недели) является уверенным показателем УВО; напротив, отсутствие достижения раннего вирусологического ответа (РВО, снижение РНК ВГС более чем на 2 log через 12 недель) служит уверенным показателем отсутствия ответа, независимо от показателей предварительного лечения [10].

Способность заранее дифференцировать пациентов с хроническим гепатитом С на отвечающих и неотвечающих на стандартное лечение дает большое преимущество при лечении таких пациентов. Выбор схемы лечения может быть персонализирован, исходя из вероятности ответа пациента на стандартное лечение. Например, у пациентов с наименьшей вероятностью достижения УВО при современном стандартном лечении может быть задержано лечение до тех пор, пока доступны противовирусные агенты прямого действия. Напротив, у пациентов с высокой вероятностью достижения УВО следует инициировать лечение немедленно по известному режиму.

Помимо признаков организма-хозяина и вируса генетическое разнообразие хозяина также оказывает воздействие на стандартное лечение [11]. Из предшествующих исследований связи с геномом следует, что однонуклеотидные полиморфизмы (ОНП) в области промотора гена IL-28b оказывают сильное воздействие на вероятность УВО у пациентов, которых лечат пэгинтерфероном в сочетании с рибавирином [12-14]. Однако воздействие генотипа IL-28b хозяина на режимы лечения без применения интерферона неизвестны.

Настоящее изобретение основано на обнаружении связи, имеющейся между генотипом ОНП в положении rs12979860 и кинетикой вируса у пациентов, которых лечили режимами без применения интерферона. В одном из вариантов осуществления настоящего изобретения предусматривают способ прогнозирования раннего снижения вирусной нагрузки у человека, инфицированного ВГС, в ответ на лечение без применения интерферона, включающее по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, который предусматривает получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, имеющегося по месту однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта показывает повышенную вероятность раннего снижения вирусной нагрузки от указанного лечения без применения интерферона относительно субъекта без двух аллелей С в положении rs12979860.

В другом варианте осуществления настоящего изобретения предусматривают способ прогнозирования раннего снижения вирусной нагрузки у человека, инфицированного ВГС, в ответ на лечение без применения интерферона, включающее по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, который предусматривает получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, имеющегося по месту однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей Т или одного аллеля Т и одного аллеля С в положении rs12979860 у указанного субъекта показывает пониженную вероятность раннего снижения вирусной нагрузки от указанного лечения без применения интерферона относительно субъекта с двумя аллелями С в положении rs12979860.

В другом варианте осуществления настоящего изобретения предусматривают способ выбора длительности лечения без применения интерферона, включающего по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, для достижения устойчивого вирусологического ответа у человека, инфицированного ВГС, который предусматривает получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, имеющегося по месту однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта показывает меньшее по длительности лечение без применения интерферона для достижения устойчивого вирусологического ответа относительно субъекта без двух аллелей С в положении rs12979860.

В еще одном варианте осуществления настоящего изобретения предусматривают способ прогнозирования ответа человека, инфицированного ВГС, на лечение без применения интерферона, включающее по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, который предусматривает получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, имеющегося по месту однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта показывает повышенную вероятность раннего вирусологического ответа или устойчивого вирусологического ответа, достигаемого указанным субъектом в результате указанного лечения без применения интерферона относительно субъекта без двух аллелей С в положении rs12979860.

В другом варианте осуществления настоящего изобретения предусматривают способ прогнозирования ответа человека, инфицированного ВГС, на лечение без применения интерферона, включающее по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, который предусматривает получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, имеющегося по месту однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей Т или одного аллеля Т и одного аллеля С в положении rs12979860 у указанного субъекта показывает повышенную вероятность отсутствия раннего вирусологического ответа или устойчивого вирусологического ответа, достигаемого указанным субъектом в результате указанного лечения без применения интерферона относительно субъекта с двумя аллелями С в положении rs12979860.

Фиг.1. Распределение снижения вирусной нагрузки (МЕ/мл) в зависимости от генотипа (СС против аллелей без СС), группы С, D, Е, F, G на 14 сутки. В рамках представлен диапазон распределения 25-75 процентилей; линия в центре представляет среднее значение. Пунктирные линии выше и ниже рамок представляют диапазоны распределения 75-100 процентилей и 0-25 процентилей, соответственно. Синие точки представляют среднее распределение.

Фиг.2. Снижение вирусной нагрузки (МЕ/мл) в зависимости от генотипа, группы F и G.

Для того чтобы настоящее изобретение было лучше понято, ниже приведены значения ряда понятий. Понятия, разъясняемые в настоящем изобретении, имеют те значения, которые обычно подразумеваются специалистами в области, соответствующей настоящему изобретению. Отдельные примеры не являются исключительными и представляют общий класс, к которому принадлежит конкретный пример, используемый в качестве иллюстрации. Терминология, используемая в настоящем изобретении, применяется для описания определенных вариантов его осуществления, однако ее применение не ограничивает настоящее изобретение, за исключением указанных в формуле изобретения.

Понятие «ответ» на лечение означает требуемый ответ на введение агента. Понятие «лечение без интерферона» относится к лечению пациентов без применения экзогенного интерферона или пэгелированного интерферона согласно описанному ниже. Вирусологические конечные точки включают «ранний вирусологический ответ» (РВО), означающий снижение в сыворотке РНК ВГС («вирусной нагрузки») более чем на 2 log относительно исходного уровня через 12 недель (по тест-системе Cobas Amplicor HCV Monitor Test, v2.0, предел подсчета 600 МЕ/мл), полный РВО (пРВО) означающий невыявляемый уровень РНК ВГС в сыворотке (по тест-системе Cobas Amplicor HCV Test v2.0, предел подсчета 50 МЕ/мл) и «устойчивый вирусологический ответ» (УВО), означающий невыявляемый уровень РНК ВГС (<50 МЕ/мл) в конце 24-недельного последующего периода без лечения.

Понятия «образец» или «биологический образец» относятся к образцу ткани или жидкости, полученной от индивидуума, включая, но ими не ограничиваясь, например, биопсию ткани, плазму, сыворотку, цельную кровь, спинномозговую жидкость, лимфу, внешние слои кожи, дыхательной системы, пищеварительного пути и мочеполовой системы, рвоту, слюну, молоко, клетки крови, опухоли, органы. Эти понятия также относятся к компонентам культур клеток in vitro (включая, но ими не ограничиваясь, кондиционированную среду, образующуюся в результате роста клеток в культуральной среде, предположительно инфицированных вирусом клеток, рекомбинантных клеток и компонентов клеток).

Понятия «интерферон» и «интерферон-альфа» в контексте настоящего изобретения применяются взаимозаменяемо и относятся к семейству высокогомологичных видоспецифичных белков, которые подавляют репликацию вируса и клеточную пролиферацию, а также модулируют иммунный ответ. К обычно применяемым интерферонам относятся, но ими перечень не ограничивается, рекомбинантный интерферон альфа-2b, например продукт Intron®-A интерферон, который можно приобрести на фирме Schering Corporation, Kenilworth, Нью-Джерси, рекомбинантный интерферон альфа-2а, например продукт Roferon®-A интерферон, который можно приобрести на фирме Hoffmann-La Roche, Nutley, Нью-Джерси, рекомбинантный интерферон альфа-2С, например продукт Berofor® alpha 2 интерферон, который можно приобрести на фирме Boehringer Ingelheim Pharmaceutical, Inc., Ridgefield, Коннектикут, интерферон альфа-n1, очищенная смесь природных интерферонов альфа, например продукт Sumiferon®, который можно приобрести на фирме Sumitomo, Япония, или продукт Wellferon® интерферон альфа-n1 (INS), который можно приобрести на фирме Glaxo-Wellcome Ltd., Лондон, Великобритания, или консенсусный альфа интерферон, например из числе описанных в US 4897471 и 4695623 (особенно в примерах 7, 8 или 9), и специфический продукт можно приобрести на фирме Amgen, Inc., Newbury Park, Калифорния, или интерферон альфа-n3, смесь природных альфа интерферонов Interferon Sciences, которые можно приобрести на фирме Purdue Frederick Co., Norwalk, Коннектикут, под торговой маркой Alferon. Применение интерферона альфа-2а или альфа-2b является предпочтительным. К интерферонам могут относиться пэгелированные интерфероны согласно указанному ниже.

Понятия «пэгелированный интерферон», «пэгелированный интерферон альфа» и «пэгинтерферон», которые в контексте настоящего изобретения применяются взаимозаменяемо, относятся к конъюгатам интерферона альфа, предпочтительно интерферона альфа-2а и альфа-2b, модифицированным полиэтиленгликолем. Обычно применимыми пэгелированными интерферонами альфа являются продукты Pegasys® и Peg-Intron®, но ими перечень не ограничивается.

Понятие «рибавирин» относится к соединению, амиду 1-((2R,3R,4S,5R)-3,4-дигидрокси-5-гидроксиметил-тетрагидро-фуран-2-ил)-1Н-[1,2,4]триазол-3-карбоновой кислоты, которое является синтетическим, не индуцирующим интерферона аналогом противовирусного нуклеозида широкого спектра действия, и которое можно приобрести под названием продукт Virazole® и продукт Copegus®.

«Противовирусные агенты прямого действия» вызывают специфические противовирусные эффекты, независимо от иммунной функции. К примерам противовирусных агентов прямого действия против ВГС относятся, но ими перечень не ограничивается, ингибиторы протеазы, ингибиторы полимеразы, ингибиторы NS5A, ингибиторы IRES и ингибиторы геликазы.

Обозначения «RG7128» и «RO5024048», которые в контексте настоящего изобретения применяются взаимозаменяемо, относятся к диизобутиловому эфиру пролекарства аналога нуклеозида цитозина b-D-2'-дезокси-2'-фтор-2'-С-метицитидина, который является ингибитором РНК-полимеразы NS5B ВГС. К другим ингибиторам полимеразы NS5B ВГС относятся «ANA-598» фирмы Anadys Pharmaceuticals, «АВТ-333» фирмы Abbott, «VX-222» фирмы Vertex Pharmaceuticals, «BI-207127» фирмы Boehringer Ingelheim и «филибувир» фирмы Pfizer.

Понятия «данопревир», «RG7227», «RO5190591» и «ITMN-191», которые в контексте настоящего изобретения применяются взаимозаменяемо, относятся к макроциклическому пептидомиметику ингибитору протеазы NS3/4A ВГС, 4-фтор-1,3-дигидро-изоиндол-2-карбоновой кислоте (Z)-(1S,4R,6S,14S,18R)-14-tert-бутоксикарбониламино-4-циклопропансульфониламинокарбонил-2,15-диоксо-3,16-диаза-трицикло[14.3.0.0*4,6*]нонадес-7-ен-18-иловому эфиру. К другим ингибиторам протеаз NS3 и NS3/4A ВГС относятся «боцепревир» или «SCH-503034»: (1R,5S)-N-[3-амино-1(циклобутилметил)-2,3-диоксопропил]-3-[2(S)-[[[(1,1-диметилэтил)амино]карбонил]амино]-3,3-диметил-1-оксобутил]-6,6-диметил-3-азабицикло[3.1.0]гексан-(S)-карбоксамид; и «телапревир» или «VX-950»: (1S,3aR,6aS)-2-[(2S)-2-[[(2S)-циклогексил[(пиразинилкарбонил)амино]ацетил]амино]-3,3-диметилбутаноил]-N-[(1S)-1-[(циклопропиламино)оксоацетил]бутил]октагидроциклопента[с]пиррол-1-карбоксамид; «ванипревир» или «МК-7009»: (1R,21S,24S)-21-tert-бутил-N-((1R,2R)-1-{[(циклопропилсульфонил)амино]карбонил}-2-этилциклопропил)-16,16-диметил-3,19,22-триоксо-2,18-диокса-4,20,23-триазатетрацикло[21.2.1.1.0]гептакоза-6,8,10-триен-24-карбоксамид; и «нарлапревир» или «SCH-900518»: (1R,2S,5S)-3-((S)-2-(3-(1-(tert-бутилсульфонилметил)циклогексил)уреидо)-3,3-диметилбутаноил)-N-((S)-1-(циклопропиламино)-1,2-диоксогептан-3-ил)-6,6-диметил-3-азабицикло[3.1.0]гексан-2-карбоксамид.

Для пациентов с хроническим гепатитом С (ХГС) в настоящее время рекомендована первая линия лечения, принятая в качестве стандарта лечения (СЛ), которая представляет применение пэгелированного интерферона альфа в комбинации с рибавирином на протяжении 48 недель для пациентов с вирусом генотипа 1 или 4, и на протяжении 24 недель для пациентов с вирусом генотипа 2 или 3. Установлено, что комбинированное лечение с рибавирином более эффективно, чем монотерапия интерфероном альфа, у пациентов, у которых возникает рецидив после одного или нескольких курсов лечения интерфероном альфа, а также у пациентов, ранее не подвергавшихся лечению. Однако рибавирин проявляет тяжелые побочные эффекты, в том числе тератогенность и канцерогенность. Кроме того, рибавирин вызывает гемолитическую анемию, вынуждающую снижать дозу или прерывать дозирование рибавирина примерно у 10-20% пациентов, что может быть связано с накоплением рибовирина трифосфата в эритроцитах. Следовательно, чтобы уменьшить стоимость лечения и частоту побочных эффектов, желательно уменьшить длительность лечения без ущерба для эффективности. Уменьшенная «длительность лечения» для пациентов с генотипом 1 с помощью пэгелированного интерферона альфа с рибовирином может составлять, например, 24 недели. Уменьшенная длительность лечения для пациентов с генотипом 1 противовирусным агентом прямого действия может быть короткой и составлять 8 недель, 12 недель или 16 недель.

В контексте настоящего изобретения понятия «аллель» и «аллельный вариант» относятся к другим формам гена, включающим интроны, экзоны, соединения интрона/экзона и 3' и/или 5' нетранслируемые области, которые ассоциированы с геном или его частями. Обычно аллели занимают один и тот же локус или положение на гомологичных хромосомах. Если у субъекта имеется два идентичных аллеля гена, такого субъекта называют гомозиготным по данному гену или аллелю. Если у субъекта имеется два разных аллеля гена, такого субъекта называют гетерозиготным по данному гену. Аллели специфичного гена могут отличаться друг от друга одним нуклеотидом, несколькими нуклеотидами или могут включать замещения, делеции и инсерции нуклеотидов.

В контексте настоящего изобретения понятие «полиморфизм» относится к совместному существованию более одной формы нуклеиновой кислоты, включающей экзоны и интроны или их часть (например, аллельный вариант). Часть гена, имеющую по меньшей мере две разные формы, т.е. две разные нуклеотидные последовательности, называют полиморфной областью гена. Полиморфная область может быть единичным нуклеотидом, т.е. это пример «однонуклеотидного полиморфизма» или «ОНП», который различается в разных аллелях. Полиморфная область также может составлять несколько нуклеотидов в длину.

Известно много разных методов выявления полиморфизмов, которые могут применяться в настоящем изобретении. Обычно они включают идентификацию одной или нескольких мутаций в нижерасположенной последовательности нуклеиновой кислоты или непосредственно (например, гибридизацией in situ), или опосредованно (выявляя изменения относительно вторичной молекулы, например, белковой последовательности или связывания белка).

Одним из распространенных методов обнаружения полиморфизмов является аллель-специфичная гибридизация с применением зондов, перекрывающих сайт мутации или полиморфизма и имеющих примерно 5, 10, 20, 25 или 30 нуклеотидов вокруг мутации или полиморфной области. Для применения в наборе для пользователей предусмотрено, например, несколько зондов, способных к специфической гибридизации с аллельными вариантами, например с однонуклеотидными полиморфизмами, или они даже присоединены к плотной основе, например к гранулам или чипам.

Однонуклеотидные полиморфизмы «rs28416813», «rs12979860» и «rs810314» относятся к ОНП, обозначенным инвентарными номерами в базе данных ОНП (днОНП, www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/), расположены на 19 хромосоме человека в гене IL28b и его промоторной области.

Использование исходных генетических показателей для ответной реакции на интерферон позволяет приспособить лечебные средства прямого действия, а также стандартное лечение интерфероном. Пациенты, которые были определены в качестве плохо отвечающих на интерферон, т.е. с двумя аллелями Т в rs12979860 (или двумя аллелями С в rs8103142 или 2 аллелями G в rs2841683), могут быть плохими кандидатами для терапии низкомолекулярными средствами, которые рассчитаны на аддитивные или синергетические эффекты эндогенных или экзогенных опосредованных интерфероном метаболических путей - особенно, если их применяют в качестве единственного агента в дополнение к СЛ. Опасным может быть то обстоятельство, что у этих пациентов имеется повышенный риск развития мутаций устойчивости к лекарственным средствам в результате эффективной монотерапии.

Напротив, пациенты с фенотипом ответа на применение интерферона, т.е. с двумя аллелями С в rs12979860 (или двумя аллелями Т в rs8103142, или двумя аллелями С в rs2841683), могли бы стать главными кандидатами на более краткие курсы терапии только по СЛ или в комбинации с низкомолекулярными агентами. Также дополнительно следует принять во внимание, что генетическая предрасположенность к ответу на интерферон позволяет «настроить» комбинацию агентов прямого действия. Пациенты, которые по прогнозу имеют приемлемую реактивность на эндогенный интерферон, могут быть превосходными кандидатами для применения лекарственных средств, которые нацеливаются на вирусные функции, например, для применения ингибиторов протеазы, которые также обладают ингибирующей ролью на ответ на эндогенный интерферон, и более слабыми кандидатами для лекарственных средств, которые снижают количества вирусных патоген-ассоциированных молекулярных паттернов (ПАМП), поскольку они могут служить для ослабления способности пациентов содействовать их собственному излечению через реактивность на эндогенный интерферон. Сходным образом пациенты, которые по прогнозу обладают слабой реактивностью на интерферон, могут быть кандидатами на «четырехкратную» терапию в качестве первой линии терапии (2 противовирусных агента прямого действия, добавленных к пэгинтерферону с рибавирином), по сравнению с одним только противовирусным агентом прямого действия, или кандидатом на тройную терапию (СЛ с одним противовирусным агентом прямого действия, ПАПД).

Результаты анализа исследования INFORM-1 (описанного в примерах) подтверждают, что фенотипы реактивности на интерферон и слабой реактивности на интерферон проявляют ранние отличия на 2 объединенных противовирусных агента прямого действия для лечения ХГС в отсутствии СЛ. Поскольку известно, что ранние ответы коррелируют с устойчивым вирусологическим ответом для пациентов с ХГС, лечение которых было СЛ, маркеры реактивности на интерферон могут потенциально применяться для управления лечением без применения интерферона. Например, группы пациентов с двумя аллелями С в rs12979860 (или двумя аллелями Т в rs8103142, или двумя аллелями С в rs2841683), которые являются показателем фенотипа реактивности в отношении интерферона, могут достичь УВО при меньшей длительности применения или при сниженных дозах двух или более объединенных противовирусных агентов прямого действия без СЛ по сравнению с группами пациентов с двумя аллелями Т в rs12979860 (или с двумя аллелями С в rs8103142, или с двумя аллелями G в rs2841683), которые являются показателем фенотипа плохой реактивности в отношении интерферона. Генотип IL28B в комбинации с клиническими и другими лабораторными параметрами также можно использовать для выбора оптимального режима лечения для отдельного пациента из лечения с применением интерферона и лечения без применения интерферона. За счет минимизации, где это возможно, ожидаемой длительности и интенсивности лечения, необходимого для достижения УВО, безопасность лекарственных средств, в плане степени проявления побочных эффектов, и эффективность, в плане степени соответствия лечения, могут быть улучшены.

Примеры

1. Методы

1.1 Планирование исследования и получение образцов ДНК

Анализ генотипа полиморфизмов IL28B проводят у пациентов с хроническим гепатитом С (ХГС), включенных в исследование INFORM-1. Цель исследования INFORM-1 заключается в демонстрации того, что комбинация двух экспериментальных агентов прямого противовирусного действия (ПАПД) без пэгелированного интерферона или рибавирина, которые в настоящее время представляют стандартное лечение (СЛ) для ХГС, может вводиться безопасно и обеспечивать существенное противовирусное действие без возникновения устойчивости. Исследуемые лекарственные средства представлены RG7128 (также обозначаемым RO5024048), диизобутиловым эфиром пролекарства аналога цитозинового нуклеотида β-D-2'-дезокси-2'-фтор-2'-С-метилцитидина, являющегося ингибитором РНК-полимеразы NS5B ВГС, и данопревиром (также обозначаемым RG7227, RO5190591 и ITMN-191), макроциклическим пептидомиметиком ингибитором протеазы NS3/4A ВГС. Оба лекарственных средства проявляют действие in vitro и in vivo против ВГС, и во время этого исследования оба соединения были на I фазе исследования.

INFORM-1 представляет фазу 16, рандомизированного, двойного слепого, с плацебо контролем, с возрастанием дозы исследования. Пациентами, которые могут быть включены в настоящее исследование, могут быть мужчины и женщины, которые не планируют рождения ребенка, в возрасте 18-65 лет с хронической инфекцией ВГС с генотипом 1, без цирроза и с минимальным исходным содержанием РНК ВГС 105 МЕ/мл (анализ Roche Taqman Assay). Исследование включает пациентов, не подвергавшихся СЛ, пациентов, для которых лечение было неэффективным, и пациентов, совершенно не реагирующих на лечение (нулевых респондеров). Пациенты, не подвергавшиеся лечению, это пациенты, которые никогда не подвергались воздействию режима лечения для ХГС, основанному на интерфероне; пациенты, для которых лечение было неэффективным (но не те, которые совершенно не реагируют на лечение), отличаются либо рецидивами (пациенты, у которых РН ВГС падает ниже предела выявления, хотя они получают СЛ, но у которых после окончания терапии возникают рецидивы), либо являются частичными респондерами (пациентами, которые обладают снижением РНК ВГС по меньшей мере на 2 log10 единиц после 12 недель лечения, несмотря на предшествующее лечение СЛ, но у которых РНК ВГС всегда остается обнаруживаемой в крови). Нулевые респондеры проявляют снижение менее чем на 1 log10 единиц РНК ВГС за месяц и/или менее чем на 2 log10 после 12 недель предшествующей терапии СЛ. Включенных в исследование пациентов рандомизируют либо для изучения лечения, либо для применения плацебо согласно табл.1. В группах B-G пациенты получают экспериментальную терапию в течение 13 суток. Несмотря на то, что во всех группах показано существенное снижение вирусной нагрузки, в группах С, D, F и G пациенты получают наивысшие дозы исследуемого лекарственного средства и сопоставимые экспозиции. Эти группы также показывают сходное снижение нагрузки вируса.

Таблица 1.
Схема лечения по группам в исследовании INFORM 1.
Группы Предшествующее СЛ Доза данопревира Доза RG7128
В Ранее не подвергались лечению 100 мг каждые 8 ч 500 мг дважды в сутки
С1 Ранее не подвергались лечению 100 мг каждые 8 ч 1000 мг дважды в сутки
С2 Ранее не подвергались лечению 200 мг каждые 8 ч 500 мг дважды в сутки
D Ранее не подвергались лечению 200 мг каждые 8 ч 1000 мг дважды в сутки
Е Лечение неудачно 600 мг дважды в сутки 1000 мг дважды в сутки
F Нулевые респондеры 900 мг дважды в сутки 1000 мг дважды в сутки
G Ранее не подвергались лечению 900 мг дважды в сутки 1000 мг дважды в сутки

После завершения исследования пациентам разрешают инициировать лечения СЛ по выбору практикующего врача.

Уровни РНК ВГС измеряют методом COBAS TaqMan HCV assay, версия 2, (фирма Roche Molecular Systems) при нижнем пределе подсчета 43 МЕ/мл и нижнем пределе обнаружения 15 МЕ/мл. Уровни РНК ВГС измеряют во время скрининга, на исходном уровне и при лечении в разное время до конца введения лекарственного средства и на протяжении последующих 90 суток.

Дополнительные детали построения эксперимента, критерии включения и исключения и первичные результаты этих исследований опубликованы в другом месте.

Образцы крови для генетического анализа, взятые у пациентов, которые согласились участвовать в генетическом анализе, хранят в биобанке Roche Sample Repository. ДНК экстрагируют в Roche Sample Repository и нормализуют до 50 нг/мкл.

1.2 Анализ данных

Исследуют 53 пациента (37 ранее не подвергались лечению, у 8 предшествующее лечение было неудачным, поскольку пациенты были частичными респондерами/возникали рецидивы после СЛ, и 8 были нулевыми респондерами в отношении СЛ), которые получают комбинированную терапию в разных дозах на протяжении 14 суток. Пациентов, ранее не подвергавшихся лечению, рандомизировали по 4 группам, отличающимся дозой и схемой применения лекарственных средств. Генотипы в положении локусов rs28416813, rs12979860 и rs8103142 определяют прямым секвениованием частей гена IL28B и расположенных выше по цепи областей. Профили кинетики вируса на протяжении 13 суток терапии без применения интерферона, а также через 4 и 12 недель последующего СЛ сравнивали по генотипу. При проведении анализа самые низкие дозы группы (В) не учитывались.

2. Результаты

Общие частоты генотипов rs12979860 для всех 53 пациентов в исследовании INFORM 1 составляют СС - 28,3%, СТ - 58,5% и ТТ - 13,2%. Частота генотипа СС примерно одинакова во всех группах применения высоких доз (n=45) (табл.2). Результаты по генотипам rs28416813 и rs8103142 были в существенной степени равны результатам по rs12979860.

Таблица 2.
Распределение генотипов rs12979860 в группах C-G с сопоставимыми дозами.
Генотип rs12979860 Ранее не подвергались лечению Лечение неудачно Нулевые респондеры Всего
С D G Е F
СС 6 2 3 1 0 12 27%
СТ 7 4 4 7 5 27 60%
ТТ 1 2 0 0 3 6 13%
Всего 14 8 7 8 8 45  

Различия в кинетике вирусов (не являющиеся статистически значимыми из-за малого числа исследуемых пациентов) наблюдают на протяжении 13 суток лечения без применения интерферона, когда пациенты были разделены по генотипу rs12979860.

Среди пациентов, получающих сопоставимые дозы исследуемых лекарственных средств (фиг.1, табл.3), у тех, которые обладают генотипом СС в rs12979860, снижается вирусная нагрузка в среднем примерно на 0,5 log 10 единиц больше, чем у пациентов с другими генотипами, через 14 суток лечения, и распределение ответов сдвигается по сравнению с показателями у тех пациентов, которые имеют генотип, отличный от СС.

Таблица 3.
Число пациентов, у которых не выявляют РНК ВГС после лечения ПАПД.
Генотип n <15 МЕ/мл РНК ВИЧ через 13 суток после лечения ПАПД
Все пациенты 53  
СС 15 6 (40%)
Отличный от СС 38 10 (26%)
Группы пациентов с сопоставимыми дозами 45  
СС 12 6 (50%)
NON-CC 33 9 (27%)

Дифференциация в кинетике вирусов по генотипу лучше видна у пациентов, получавших наивысшие дозы исследуемого лекарственного средства (фиг.2).

Эти данные означают, что генотип IL28B может влиять на раннюю кинетику вируса у пациентов, у которых лечат гепатит С без применения интерферона, но это воздействие проявляется в меньшей степени, чем при лечении интерфероном. Это наблюдение согласуется с гипотезой, заключающейся в том, что информация по генотипу IL28B отражает реактивность эндогенного интерферона. Информация по генотипу IL28B может определить выбор лечения ХГС в плане лекарственных средств, доз или длительности обоих режимов, и без интерферона, и с применением интерферона.

Все композиции и/или способы, описанные и заявленные в настоящем изобретении, могут быть получены и применены без проведения эксперимента в свете настоящего описания. Хотя композиции и способы по настоящему изобретению представлены в виде предпочтительных вариантов его осуществления, специалистам в данной области очевидно, что могут быть применены вариации композиций и/или способов на конкретных стадиях или в последовательности стадий способа, описанного в настоящем изобретении, без отклонения от концепции, духа и рамок охвата настоящего изобретения. Все подобные замещения и модификации, очевидные для специалистов в данной области, рассматриваются в соответствие с духом, рамками охвата и концепцией настоящего изобретения, представленными в прилагаемой формуле изобретения.

Литература

1. Ghany MG, Strader DB, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C: An update. Hepatology 49, 2009, c.1335-1374.

2. Manns MP, McHutchison JG, Gordon SC, Rustgi VK, Shiffman M, Reindollar R, Goodman ZD, Koury K, Ling M, Albrecht JK. Peginterferon alfa-2b plus ribavirin compared with interferon alfa-2b plus ribavirin for initial treatment of chronic hepatitis C: a randomised trial. Lancet 358, 2001, c.958-965.

3. Fried MW, Shiffman ML, Reddy KR, Smith C, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Lin A, Hoffman J, Yu J. Peginterferon alfa-2a plus ribavirin for chronic hepatitis C virus infection. N Engl J Med 347, 2002, c.975-982.

4. Hadziyannis SJ, Sette H, Jr., Morgan TR, Balan V, Diago M, Marcellin P, Ramadori G, Bodenheimer H, Jr., Bernstein D, Rizzetto M, Zeuzem S, Pockros PJ, Lin A, Ackrill AM. Peginterferon-alpha2a and ribavirin combination therapy in chronic hepatitis C: a randomized study of treatment duration and ribavirin dose. Ann Intern Med 140, 2004, c.346-355.

5. Conjeevaram HS, Fried MW, Jeffers LJ, Terrault NA, Wiley-Lucas ТЕ, Afdhal N, Brown RS, Belle SH, Hoofnagle JH, Kleiner DE, Howell CD. Peginterferon and ribavirin treatment in African American and Caucasian American patients with hepatitis C genotype 1. Gastroenterology 131, 2006, c.470-477.

6. Dienstag JL, McHutchison JG. American Gastroenterological Association technical review on the management of hepatitis C. Gastroenterology 130, 2006, c.231-264.

7. Missiha S, Heathcote J, Arenovich T, Khan K. Impact of asian race on response to combination therapy with peginterferon alfa-2a and ribavirin in chronic hepatitis C. Am J Gastroenterol 102, 2007, c.2181-2188.

8. Reddy KR, Messinger D, Popescu M, Hadziyannis SJ. Peginterferon alpha-2a (40 kDa) and ribavirin: comparable rates of sustained virological response in sub-sets of older and younger HCV genotype 1 patients. J Viral Hepat 16, 2009, c.724-731.

9. Ferenci P, Fried MW, Shiftman ML, Smith CI, Marinos G, Goncales FL, Jr., Haussinger D, Diago M, Carosi G, Dhumeaux D, Craxi A, Chaneac M, Reddy KR. Predicting sustained virological responses in chronic hepatitis C patients treated with peginterferon alfa-2a (40 KD)/ribavirin. J Hepatol 43, 2005, c.425-433.

10. Martinot-Peignoux M, Maylin S, Moucari R, Ripault MP, Boyer N, Cardoso AC, Giuily N, Castelnau C, Pouteau M, Stern C, Auperin A, Bedossa P, Asselah T, Marcellin P. Virological response at 4 weeks to predict outcome of hepatitis C treatment with pegylated interferon and ribavirin. Antivir Ther 14, 2009, c.501-511.

11. Asselah T, Bieche I, Sabbagh A, Bedossa P, Moreau R, Valla D, Vidaud M, Marcellin P. Gene expression and hepatitis C virus infection. Gut 58, 2009, c.846-858.

12. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, Simon JS, Shianna KV, Urban TJ, Heinzen EL, Qiu P, Bertelsen AH, Muir AJ, Sulkowski M, McHutchison JG, Goldstein DB. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature 461, 2009, c.399-401.

13. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, Berg T, Weltman M, Abate ML, Bassendine M, Spengler U, Dore GJ, Powell E, Riordan S, Sheridan D, Smedile A, Fragomeli V, Muller T, Bahlo M, Stewart GJ, Booth DR, George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat Genet 41, 2009, c.1100-1104.

14. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Kurosaki M, Matsuura K, Sakamoto N, Nakagawa M, Korenaga M, Hino K, Hige S, Ito Y, Mita E, Tanaka E, Mochida S, Murawaki Y, Honda M, Sakai A, Hiasa Y, Nishiguchi S, Koike A, Sakaida I, Imamura M, Ito K., Yano K, Masaki N, Sugauchi F, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat Genet 41, 2009, c.1105-110.

1. Способ прогнозирования раннего снижения вирусной нагрузки у человека, инфицированного вирусом гепатита С (ВГС), в ответ на лечение без применения интерферона, которое включает по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, включающий: получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, находящегося в положении однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта указывает на повышенную вероятность раннего снижения вирусной нагрузки в результате указанного лечения без применения интерферона по сравнению с субъектом без двух аллелей С в положении rs12979860.

2. Способ по п. 1, в котором указанный противовирусный агент прямого действия выбран из ингибитора протеазы ВГС или ингибитора полимеразы ВГС.

3. Способ по п. 2, в котором указанный ингибитор протеазы ВГС выбран из группы, состоящей из данопревира, боцепревира, телапревира, ванипревира и нарлапревира.

4. Способ по п. 2, в котором указанный ингибитор полимеразы ВГС выбран из группы, состоящей из RG7128, ANA-598, АВТ-333, VX-222, BI-207127 и филибувира.

5. Способ по п. 1, в котором указанный субъект инфицирован ВГС с генотипом-1.

6. Способ выбора длительности лечения без интерферона, которое включает по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, для достижения устойчивого вирусологического ответа у человека, инфицированного ВГС, включающий: получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, находящегося в положении однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта указывает на уменьшенную длительность указанного лечения без применения интерферона для достижения устойчивого вирусологического ответа по сравнению с субъектом с двумя аллелями СС в положении rs12979860.

7. Способ по п. 6, в котором указанный противовирусный агент прямого действия выбран из ингибитора протеазы ВГС или ингибитора полимеразы ВГС.

8. Способ по п. 7, в котором указанный ингибитор протеазы ВГС выбран из группы, состоящей из данопревира, боцепревира, телапревира, ванипревира и нарлапревира.

9. Способ по п. 7, в котором указанный ингибитор полимеразы ВГС выбран из группы, состоящей из RG7128, ANA-598, АВТ-333, VX-222, BI-207127 и филибувира.

10. Способ по п. 6, в котором указанный субъект инфицирован ВГС с генотипом-1.

11. Способ прогнозирования ответа человека, инфицированного ВГС, на лечение без применения интерферона, которое включает по меньшей мере один противовирусный агент прямого действия, включающий: получение образца от указанного субъекта и выявление нуклеотида, находящегося в положении однонуклеотидного полиморфизма rs12979860, причем наличие двух аллелей С в положении rs12979860 у указанного субъекта указывает на повышенную вероятность раннего вирусологического ответа или устойчивого вирусологического ответа, достигаемого указанным субъектом на указанное лечение без применения интерферона по сравнению с субъектом без двух аллелей С в положении rs12979860.

12. Способ по п. 11, в котором указанный противовирусный агент прямого действия выбран из ингибитора протеазы ВГС или ингибитора полимеразы ВГС.

13. Способ по п. 12, в котором указанный ингибитор протеазы ВГС выбран из группы, состоящей из данопревира, боцепревира, телапревира, ванипревира и нарлапревира.

14. Способ по п. 12, в котором указанный ингибитор полимеразы ВГС выбран из группы, состоящей из RG7128, ANA-598, АВТ-333, VX-222, BI-207127 и филибувира.

15. Способ по п. 11, в котором указанный субъект инфицирован ВГС с генотипом-1.



 

Похожие патенты:

Предложенная группа изобретений относится к области медицины. Предложены способ, машиночитаемый носитель и система для определения генетической аномалии плода, которая представляет собой анеуплоидию.

Группа изобретений относится к области биотехнологии, в частности к детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени в анализе с РОСН (расщеплением и гибридизацией РО) на твердой подложке.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Описан способ определения нуклеотидной последовательности (сайта) 5'-R(5mC)GY-3'/3'-YG(5mC)R-5' в заданном положении протяженной ДНК.

Изобретение относится к биохимии. Описан способ ПЦР-секвенирования, включающий следующие стадии: получение образца; амплификация; смешивание; фрагментация; секвенирование и сплайсинг.

Изобретение относится к области медицины, в частности к онкологии и молекулярной биологии, и предназначено для диагностики плоскоклеточного рака легкого (ПКРЛ). Осуществляют получение исходной пары образцов ткани от пациента, где один из образцов получен из предположительно пораженной раком ткани, а второй - из прилегающей гистологически нормальной ткани, выделение и очистку препаратов РНК, синтез кДНК на матрице РНК, амплификацию фрагмента гена CALL и сравнение количества амплифицированного фрагмента ДНК CALL для образца, полученного из предположительно пораженной раком ткани, с количеством амплифицированного фрагмента ДНК для образца, полученного из нормальной ткани.
Изобретение относится к области биотехнологии и предназначено для неинвазивной диагностики колоректального рака. Осуществляют забор и транспортировку образцов стула пациента, выделение из стула пациента общей ДНК и определение целостности ДНК методом ПЦР-анализа.

Группа изобретений относится к области молекулярной биологии и генодиагностики, а именно к синтетическим праймерам, комплементарным высококонсервативной области гена N генома вируса эпизоотической диареи свиней (ЭДС) и способу выявления ЭДС.

Изобретения относятся к области биотехнологии и касаются набора синтетических олигонуклеотидных праймеров и способа его использования. Представленный набор включает две пары праймеров, имеющих следующую структуру - FIV F: 5′-AAGAGTCCCAAATATGCCATAGG-3′ и FIV R: 5′-TCCATCCAAATTGCTACTGTTC-3′; FeLV F: 5′-GAATAAACCTCTTGCTGTTTGC-3′ и FeLV R: 5′-AATCAGATCGAATGACAGAGACAC-3′.

Изобретение относится к биотехнологии и молекулярной генетике. Способ предусматривает картирование положений ряда метилированных нуклеотидных последовательностей Pu(5mC)GPy в протяженной ДНК для построения эпигенетического профиля и выявления аномально метилированных участков ДНК.

Изобретение относится к области биохимии, в частности к применению Axl в качестве биомаркера для распознавания наступления эпителиально-мезенхимального перехода (EMT) у субъекта, где показателем наступления EMT является повышающая регуляция экспрессии Axl.

Изобретение относится к области биохимии. Представлены варианты молекулы нуклеиновой кислоты, связывающейся с SDF-1. Молекула нуклеиновой кислоты содержит первый фрагмент нуклеотидов, центральную нуклеотидную последовательность и второй фрагмент нуклеотидов, где указанный первый и указанный второй фрагмент нуклеотидов имеют достаточную для гибридизации друг с другом степень обратной комплементарности, и при гибридизации образуется двунитевая структура. Также изобретение относится к применению указанных молекул нуклеиновой кислоты для лечения и профилактики, а также диагностики заболеваний или нарушений, обусловленных повышенным количеством и/или активностью SDF-1. Изобретение позволяет ингибировать хемотаксис, индуцируемый SDF-1. 6 н. и 32 з.п. ф-лы, 40 ил., 16 табл., 15 пр.

Изобретение относится к биотехнологии и касается набора олигонуклеотидов-праймеров для получения первичной структуры F гена вирусов болезни Ньюкасла класса I. Представленный набор состоит из трех пар олигонуклеотидов, имеющих следующую структуру (5′→3′): Представленные олигонуклеотиды не дают перекрестных реакций с родственными видами, позволяют ограничивать манипуляции одноступенчатой процедурой проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР). Разработанные праймеры позволяют получить полную информацию о F генах вирусов болезни Ньюкасла, их принадлежности к той или иной генетической линии вируса, наличии нуклеотидных/аминокислотных замен в геноме патогена. Изобретение может быть использовано в диагностических целях идентификации вируса болезни Ньюкасла в вирусологии и ветеринарии, а также для решения научно-исследовательских задач по изучению данного вируса. 1 ил., 2 табл., 3 пр.
Изобретение относится к области медицины, в частности к хирургии, и предназначено для дифференциации природы происхождения рецидивных кист при цистном эхинококкозе. Осуществляют выделение ДНК из клеток герминативного слоя оболочки первичной и рецидивной эхинококковых кист. Методом полимеразной цепной реакции получают фрагменты маркерного участка гена cox1 Е. granulosus. Проводят анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов. При обнаружении сходства длин рестрикционных фрагментов первичной и рецидивной эхинококковых кист устанавливают, что рецидивная киста имеет имплантационную природу происхождения. При нахождении различий устанавливают резидуальную или реинвазивную причину возникновения рецидивной кисты. Изобретение обеспечивает получение новых критериев дифференциации природы происхождения послеоперационных рецидивов цистного эхинококкоза. 2 пр.

Изобретение относится к области медицины и касается способа прогнозирования риска развития первичной открытоугольной глаукомы (ПОУГ) с неэффективной консервативной терапией у лиц русской национальности, являющихся уроженцами Центрального Черноземья РФ. Сущность способа заключается в том, что производят выделение ДНК из периферической венозной крови. Проводят анализ полиморфизмов генов TNFα(-308G/A TNFα) и осуществляют прогнозирование риска развития ПОУГ с неэффективной консервативной терапией в зависимости от выявленных вариантов по локусу -308G/A TNFα и других предикторов развития данного заболевания по уравнению:P=еy/(1+еy), (1) где «е» - математическая константа, равная 2,72; а «у» рассчитывается по уравнению логистической регрессии: у=15-0,099x1+1,232x2-0,099x3+0,091x4-1,292x5-1,825x6-0,911x7, (2) где x1 - возраст, лет; x2 - наличие сердечно-сосудистых заболеваний: нет - x2=0, да - x2=1; x3 - уровень систолического артериального давления, в мм рт.ст.; x4 - уровень диастолического артериального давления, в мм рт.ст.; x5 - наличие ПОУГ у родственников: нет - x5=0, да - x5=1; x6 - наличие сопутствующей патологии глаз: нет - x6=0, да - x6=1; x7 - генетический вариант по локусу -308G/A TNFα:для варианта AA- x7=1, для варианта AG- x7=2, для варианта GG- x7=3. В случае, если Р больше 60 - прогнозируют риск развития ПОУГ с неэффективной консервативной терапией, если Р меньше 40 - прогнозируют эффективность консервативной терапии ПОУГ, если Р больше 40, но меньше 60 - необходимо более тщательное динамическое наблюдение. 2 ил., 3 пр.

Изобретение относится к области медицинской диагностики и предназначено для прогнозирования риска развития хронического калькулезного холецистита (ХКХ). У женщин русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья России, осуществляют забор крови, выделение ДНК и анализ полиморфизмов генов интерлейкинов. В случае выявления генетического варианта -511Т IL-1В, либо сочетания аллелей и генотипов -889ТT IL-1А, -511Т IL-1В и -113Т IL-9, либо сочетания аллелей и генотипов -511Т IL-1В и -113ТТ IL-9, либо сочетания аллелей -511Т IL-1B, -113Т IL-9, -592C IL-10 и -251Т IL-8, либо сочетания аллелей -511Т IL-1B, -703Т IL-5 и -584C IL-4 прогнозируют повышенный риск развития ХКХ. В случае выявления сочетания аллелей -889С IL-1А, -511С IL-1B и -703С IL-5, либо сочетания аллелей -511C IL-1B и -703С IL-5 прогнозируют низкий риск развития ХКХ. Изобретение обеспечивает получение новых критериев оценки риска развития ХКХ у женщин. 8 ил., 7 пр.

Изобретение относится к области медицинской диагностики. Предложен способ прогнозирования характера поражения желчного пузыря у женщин, больных хроническим калькулезным холециститом, русской национальности, являющихся уроженками Центрального Черноземья России. В случае выявления сочетания генотипов -889ТТ и -889СТ IL-1A либо генотипа -174СС IL-6 прогнозируют образование крупного диаметра камня, а в случае выявления генотипа -584СС IL-4 прогнозируют увеличение толщины стенки желчного пузыря более 4 мм. Изобретение обеспечивает эффективное прогнозирование характера поражения желчного пузыря у женщин, больных хроническим калькулезным холециститом. 6 ил., 3 пр.

Изобретение относится к области медицины и предназначено для оценки индивидуального генетического риска атеросклероза. Осуществляют взятие крови, выделение ДНК и генотипирование митохондриальной ДНК. Наличие варианта A1811G свидетельствует о высоком генетическом риске. Наличие вариантов Т204С, G8251A, Т10238С, G12501A свидетельствует о низком генетическом риске. Изобретение обеспечивает повышение точности диагностики предрасположенности к атеросклерозу.

Группа изобретений относится к области биотехнологии. В частности, изобретение связано с фосфодиэстеразой-9А (PDE9A) для применения ее в качестве маркера злокачественной опухоли предстательной железы, а также для применения PDE9A в качестве маркера для диагностики, детекции, мониторинга или прогнозирования злокачественной опухоли предстательной железы или прогрессии злокачественной опухоли предстательной железы, и иммуноанализом. Способы и иммуноанализ включают следующие стадии: определение уровня PDE9A в образце; определение уровня экспрессии референсного гена в образце; нормализацию измеренного уровня экспрессии PDE9A относительно экспрессии референсного гена и сравнение нормализованного уровня экспрессии с предопределенным граничным значением, выбранным таким образом, чтобы исключить гормон-чувствительную злокачественную опухоль предстательной железы. Причем нормализованный уровень экспрессии, который оказывается ниже граничного значения, является показателем гормон-резистентной злокачественной опухоли предстательной железы. 5 н. и 3 з.п. ф-лы, 15 ил., 3 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области медицинской и молекулярной генетики, а именно к генетическим конструкциям. Способ определения уровня экспрессии генов Trim5a-ch и Trim5a-hum в образцах клеточной суспензии, предварительно обработанных генотерапевтическим лекарственным средством, в состав которого входит химерный ген Trim5a, предусматривает: выделение нуклеиновых кислот из образцов клеточной суспензии; обработку выделенных нуклеиновых кислот с помощью ДНКазы с получением тотальной клеточной РНК без примеси ДНК; проведение полимеразной цепной реакции, совмещенной с обратной транскрипцией, с использованием полученной тотальной клеточной РНК с детекцией продуктов в режиме реального времени с получением кривых накопления флуоресцентного сигнала; расчет нормализованных концентраций мРНК TRIM5a-ch и мРНК TRIM5a-hum в исследуемых образцах, характеризующих уровень экспрессии, на основании значений копий кДНК TRIM5a-ch и кДНК TRIM5a-hum и кДНК гена бета-глюкоронидазы в пробе ПЦР, полученных из кривых накопления флуоресцентного сигнала, причем расчет проводят по формуле: нормализованная концентрация мРНК TRIM5a = Число копий кДНК TRIM5a/число копий кДНК gus, где gus, - это "house-keeping" ген бета-глюкоронидазы человека. Данный способ позволяет определять количество мРНК химерного гена TRIM5a и количество мРНК человеческого гена TRIM5a, сравнивать уровень экспрессии этих генов в разных условиях и подбирать условия экспрессии таким образом, чтобы транскрипция была достаточной для проявления антивирусной активности гена, но при этом находилась в пределах физиологических значений и была безопасна для клетки. 2 з.п. ф-лы, 3 таб., 2 пр.

Группа изобретений относится к области геномики. Предложены способ выявления вариации числа копий в образце генома и система, используемая для осуществления способа. Способ выявления вариации числа копий в образце генома, включает этапы: секвенирования образца генома, для получения результата секвенирования в виде множества прочтений; картирования результата секвенирования к эталонной геномной последовательности для установления распределения прочтений в эталонной геномной последовательности; определения множества точек разрыва в эталонной геномной последовательности, основанное на распределении прочтений в эталонной геномной последовательности, где число прочтений значимо в обеих сторонах от точек разрыва; определения окна детекции в эталонной геномной последовательности на основе множества точек разрыва; определения пробного параметра на основе прочтений, попадающих в окно детекции; и определения вариации числа копий в окне детекции образца генома на основе различия между пробным параметром и заданным пороговым значением. Система содержит секвенатор, анализатор, блок картирования, блок определения точек разрыва, блок определения окна детекции, блок определения параметров, блок обнаружения. Использование данных изобретений позволяет эффективно определить присутствие разнообразных вариаций числа копий в образце генома. 2 н. и 17 з.п. ф-лы, 5 ил., 3 табл., 2 пр.
© Патентный поиск, поиск патентов на изобретения - FindPatent.RU 2012-2024
Политика конфиденциальности 2016-07-10 2016-07-10T01:46:23
Наверх