Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции



Владельцы патента RU 2552611:

Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Российский научно-исследовательский противочумный институт "Микроб" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФКУЗ "РосНИПЧИ "Микроб") (RU)

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы. Способ предусматривает выделение ДНК, проведение ПЦР с применением синтезированных праймеров для амплификации фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDF_0064-YPDSF_0065 исследуемого штамма. Дифференциацию осуществляют путем сравнения размеров полученных ампликонов исследуемого штамма с размерами аналогичных фрагментов, характерных для штаммов основного (151 п.н. и 374 п.н.), кавказского (185 п.н. и 434 п.н.), алтайского и гиссарского (202 п.н. и 374 п.н.), а также улегейского (185 п.н. и 374 п.н.) подвидов. Изобретение позволяет эффективно проводить подвидовую дифференциацию штаммов Y. pestis и значительно сократить время выполнения анализа. 4 пр.

 

Изобретение относится к области медицинской микробиологии, в частности к подвидовой дифференциации и молекулярному типированию штаммов Y. Pestis, и может быть использовано в научно-исследовательских учреждениях и службах Роспотребнадзора.

Возбудитель чумы - Yersinia pestis отличается сложной внутривидовой структурой, которая включает, согласно отечественной номенклатуре, основной подвид - subspecies (ssp.) pestis и группу неосновных: кавказский - ssp. caucasica, алтайский - ssp. altaica, гиссарский - ssp.v hissarica, улегейский - ssp. ulegeica. Штаммы возбудителя чумы, относящиеся к разным подвидам, отличаются по вирулентности и эпидемической значимости. Так штаммы Y. pestis ssp. pestis (основной подвид) характеризуются высокой вирулентностью для человека и высоким эпидемическим потенциалом. В отличие от них штаммы Y. pestis неосновных подвидов имеют избирательную вирулентность и эпидемически малозначимы. В связи с этим дифференциация подвидов Y. pestis и, в частности детекция среди них высоковирулентных штаммов основного подвида, представляет важную в практическом отношении задачу. Кроме того, выявление принадлежности исследуемых штаммов к одному из пяти подвидов (основному, кавказскому, алтайскому, гиссарскому или улегейскому) позволяет установить их происхождение, а также возможные пути заноса в рамках молекулярно-эпидемиологического мониторинга чумы.

В диагностической практике индикацию штаммов Y. pestis и их подвидовую дифференциацию проводят с учетом различной экспрессии ряда биохимических признаков (ферментация сахаров и многоатомных спиртов, редукция нитратов, продукция изоцитрат-лиазы и др.). Однако большинство фенотипических признаков, применяемых для внутривидового разделения штаммов Y. pestis, отличается вариабельностью, и часто зависит от условий культивирования, качества питательных сред, а также требует выделения культур возбудителя в чистом виде. В связи с этим более надежными являются методы дифференциации, основанные на генетических особенностях штаммов, которые отличаются большим консерватизмом и поэтому их применение дает более стабильные и хорошо воспроизводимые результаты.

В настоящее время для индикации и внутривидовой дифференциации штаммов Y.pestis применяется ряд способов, основанных на полимеразной цепной реакции (ПЦР) и мультилокусном секвенировании.

Зарегистрирована тест-система («ГенПест», ТУ8895-005-0189), предназначенная для экспресс-диагностики штаммов Y.pestis методом ПЦР с использованием двух пар праймеров на комплиментарные участки генов caf1 (плазмида pFra) и pla (плазмида pPst). Однако эта система предназначена исключительно для детекции вида Y.pestis, но не для проведения его внутривидовой дифференциации.

Известен способ экспресс диагностики бактерий рода Yersinia, который основан на методе мультиплексной ПЦР с последующим анализом длин амплифицированных фрагментов гена порина - OmpF (патент RU 2385941, опубл. 10.04.2010). Метод позволяет осуществлять одновременную детекцию и дифференциальную диагностику патогенных и непатогенных видов иерсиний, а также видовую идентификацию патогенных для человека видов: Y.pestis, Y.pseudotuberculosis и Y.enterocolitica. Однако этот способ не предназначен для проведения подвидовой дифференциации штаммов Y.pestis.

Известен способ дифференциации штаммов возбудителя чумы основного и неосновных подвидов и возбудителя псевдотуберкулеза методом полимеразной цепной реакции (патент RU 2425891, опубл. 10.08.2011). Разделение исследуемых штаммов, согласно этому способу, проводят путем сравнения размеров полученных фрагментов генов terC, ilvN и inv с аналогичными фрагментами у типичных штаммов возбудителей чумы основного и неосновных подвидов. Предложенный метод позволяет быстро, эффективно и надежно проводить дифференциацию штаммов Y.pestis основного и неосновных подвидов и Y.pseudotuberculosis, однако, не разделяет штаммы возбудителя чумы кавказского, алтайского, гиссарского и улегейского подвидов.

Известен способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы методом секвенирования (RU 2404256, опубл. 20.11.2010), который предусматривает амплификацию фрагментов генов rhaS и araC, а также определение их нуклеотидных последовательностей. Генотип исследуемого штамма устанавливают по нуклеотидам, находящимся в позициях 482, 494, 671 гена rhaS и 773 гена araC. Подвидовую принадлежность штамма определяют путем сравнения его генотипа с генотипами штаммов Y.pestis основного и неосновных подвидов.

Также известен способ подвидовой дифференциации штаммов Yersinia pestis методом мультилокусного сиквенс-типирования (RU 2415948, опубл. 10.04.2011),

предусматривающий определение нуклеотидных последовательностей ряда генов жизнеобеспечения (rhaS, araC, metB, aspA, thiH) с применением секвенационных технологий. Генотип исследуемого штамма устанавливают по нуклеотидам, находящимся в позициях 482, 494, 671 гена rhaS, в позиции 773 гена агаС, в 988 и 989 гена metB, в 1087-1089 гена aspA и 552 гена thiH. По аллелям генов rhaS, агаС, metB, asp А и thiH определяют сиквенс-тип (ST) штамма Y.pestis с его последующей подвидовой дифференциацией путем сравнения с сиквенс-типами основного и неосновных подвидов. Данные методы позволяют определять подвидовую принадлежность штаммов возбудителя чумы, однако, являются трудоемкими, дорогостоящими, а также требуют соответственного технического оснащения и кадрового состава лаборатории.

Известен способ дифференциации чумного и псевдотуберкулезного микробов с одновременной внутривидовой дифференциацией штаммов чумного микроба (RU 2332464, опубл. 27.08.2008). Согласно этому методу дифференциацию исследуемых штаммов проводят по размеру амплификатов вариабельной области hutG-YP01967, полученных с помощью праймеров TAN1 и TAN2. Однако недостаток способа заключается в том, что локус hutG-YP01967 расположен в нестабильной области генома Y.pestis, которая может часто утрачиваться у штаммов основного подвида, что делает невозможным их индикацию этим методом. Кроме того, способ сложен в интерпретации результатов и требует использования большой группы референтных штаммов. Другие данные об использовании метода ПЦР для подвидовой дифференциации штаммов Y.pestis в литературе отсутствуют, как отсутствует и информация о локусах в геноме возбудителя чумы, применение которых позволило бы осуществить такое разделение.

Задачей изобретения является разработка простого в интерпретации, но надежного и эффективного способа быстрой дифференциации штаммов Y.pestis основного, кавказского, алтайского, гиссарского и улегейского подвидов методом ПЦР.

Технический результат заключается в повышении эффективности и сокращении времени подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы.

Заявленный способ основан на использовании в качестве ДНК-мишеней вариабельных участков хромосомной ДНК, локализованных в межгенных пространствах wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065.

Технический результат достигается способом дифференциации штаммов Y.pestis основного, кавказского, алтайского, гиссарского и улегейского подвидов методом полимеразной цепной реакции, который предусматривает выделение ДНК штамма, проведение полимеразной цепной реакции с амплификацией межгенных участков wzyE-

dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 исследуемого изолята, при этом праймеры на эти гены имеют следующие последовательности нуклеотидов:

wzyE-dapF-S - ACATACGATGGCCGATCATG,

wzyE-dapF-As - CTGATTATGTGGGGCGCT,

YPDSF_0064-YPDSF_0065-S - CTGAAGGGCGAGGAGAGAC,

YPDSF_0064-YPDSF_0065-As - AGGGTGTTGTTGGTTTTGGT;

последующую дифференциацию штаммов проводят путем сравнения размеров амплифицированных фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065 с размерами аналогичных фрагментов, характерных для типичных штаммов основного (151 п.н. и 374 п.н.), кавказского (185 п.н. и 434 п.н.), алтайского и гиссарского (202 п.н. и 374 п.н.), а также улегейского (185 п.н. и 374 п.н.) подвидов.

Способ осуществляют следующим образом.

Выделение ДНК исследуемого штамма Y. pestis проводят по стандартной методике в соответствии с МУ 1.3.2569-09 «Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности».

Полимеразную цепную реакцию осуществляют по стандартной методике (МУ 1.3.1794-03) с применением вышеуказанных пар праймеров на межгенные участки wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065, рассчитанных на основе последовательностей штаммов Y. pestis С092, A1122, KIM10, Antiqua, Nepal516, Harbin35, Z176003, D182038, D106004, Pestoides F, 91001, Angola, представленных в базе данных NCBI GenBank. С помощью рассчитанных пар праймеров в ПЦР проводят амплификацию фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065 и определяют размеры полученных ампликонов. Праймеры на межгенные участки wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065 имеют следующий состав:

wzyE-dapF-S - ACATACGATGGCCGATCATG,

wzyE-dapF-As - CTGATTATGTGGGGCGCT,

YPDSF_0064-YPDSF_0065-S - CTGAAGGGCGAGGAGAGAC,

YPDSF_0064-YPDSF_0065-As - AGGGTGTTGTTGGTTTTGGT;

Полимеразную цепную реакцию с амплификацией межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 выполняют в следующих условиях: 1 цикл 94°С в течение 5 мин, затем 35 циклов при 94°С 45 с, 57°С 1 мин, 72°С 45 с и завершающий цикл 3 мин при 72°С. Определение размеров образованных в ПЦР амплификатов проводят методом электрофореза в 2,5% агарозном геле относительно стандартных маркеров молекулярных масс с размером от 100 до 1000 п.н.

Штаммы Y. pestis основного подвида имеют размеры образуемых в ПЦР амплификатов локусов wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 соответственно 151 п.н. и 374 п.н.; штаммы кавказского подвида соответственно 185 п.н. и 434 п.н.; штаммы алтайского и гиссарского подвидов 202 п.н. и 374 п.н.; штаммы улегейского подвида 185 п.н. и 374 п.н.

Сущность изобретения поясняется примерами на исследуемых штаммах с неустановленной внутривидовой принадлежностью.

Пример 1. Дифференциация штамма №1 по подвидовой принадлежности.

Выделение ДНК штамма №1 проводят общепринятым способом в соответствии с МУ 1.3.2569-09 «Организация работ лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности» с предварительным обеззараживанием культуры возбудителя чумы путем добавления мертиолята натрия до концентрации 1:10000 и прогреванием при температуре 56°С в течение 30 мин. После обработки мертиолятом натрия к образцу добавляют лизирующий раствор на основе 6М гуанидинтиоизоцианата (в трехкратном объеме) и инкубируют при 65°С в течение 15 мин. Далее выделение генетического материала проводят в соответствии с МУ 1.3.2569-09.

Полимеразную цепную реакцию проводят в объеме 25 мкл; реакционная смесь содержит: 1х буфер (10х ПЦР-буфер - 2,5 мкл), MgCl2 - 2,0 мМ, смесь dNTP - 0,3 мМ, олигонуклеотидные праймеры - 2 пмол, Taq DNA полимераза - 0,1 ед., исследуемой ДНК - 10 мкл. Продукты амплификации анализируют в 2,5% агарозном геле с добавлением бромистого этидия и визуализируют в УФ-спектре.

Определяют размеры образовавшихся фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065. Они составляют 151 п.н. и 374 п.н., что соответствует размерам фрагментов этих локусов у штаммов Y. pestis основного подвида. Делается вывод о принадлежности исследуемого штамма №1 к основному подвиду.

Пример 2. Дифференциацию штамма №2, по подвидовой принадлежности, проводят аналогично примеру №1.

Размеры образуемых в ПЦР фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065 составляют 185 п.н. и 434 п.н., что соответствует размерам амплификатов этих локусов у штаммов Y. pestis кавказского подвида. Делается вывод о принадлежности исследуемого штамма №2 к кавказскому подвиду.

Пример 3. Дифференциацию штамма №3, по подвидовой принадлежности, проводят аналогично примеру №1.

Размеры образуемых в ПЦР фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 составляют 202 п.н. и 374 п.н., что соответствует размерам амплификатов этих локусов у штаммов Y.pestis алтайского и гиссарского подвидов. Делается вывод о принадлежности исследуемого штамма №3 к алтайскому или гиссарскому подвидам.

Пример 4. Дифференциацию штамма №4, по подвидовой принадлежности, проводят аналогично примеру №1.

Размеры образуемых в ПЦР фрагментов межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 составляют 185 п.н. и 374 п.н., что соответствует размерам амплификатов этих локусов у штаммов Y.pestis улегейского подвида. Делается вывод о принадлежности исследуемого штамма №4 к улегейскому подвиду.

Таким образом, заявленный способ дифференциации штаммов Y.pestis основного, кавказского, алтайского, гиссарского и улегейского подвидов методом ПЦР, основанный на вариабельности нуклеотидной последовательности межгенных участков wzyE-dapF и YPDSF 0064-YPDSF 0065 позволяет быстро и эффективно проводить определение подвидовой принадлежности штаммов возбудителя чумы.

Способ подвидовой дифференциации штаммов возбудителя чумы, включающий выделение ДНК исследуемого штамма, проведение полимеразной цепной реакции, амплификацию фрагментов межгенных участков, анализ результатов, отличающийся тем, что при проведении ПЦР используют олигонуклеотидные праймеры на межгенные участки wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065, имеющие следующие последовательности:
wzyE-dapF-S - ACATACGATGGCCGATCATG,
wzyE-dapF-As - CTGATTATGTGGGGCGCT,
YPDSF_0064-YPDSF_0065-S - CTGAAGGGCGAGGAGAGAC,
YPDSF_0064-YPDSF_0065-As - AGGGTGTTGTTGGTTTTGGT;
дифференциацию штаммов Y.pestis проводят путем сравнения размеров амплифицированных фрагментов wzyE-dapF и YPDSF_0064-YPDSF_0065 с размерами аналогичных фрагментов, характерных для типичных штаммов основного (151 п.н. и 374 п.н.), кавказского (185 п.н. и 434 п.н.), алтайского и гиссарского (202 п.н. и 374 п.н.), а также улегейского (185 п.н. и 374 п.н.) подвидов.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к лентивирусной доставке апоптина в опухолевые ткани, и может быть использовано в медицине. Способ включает получение лентивирусного конструкта, экспрессирующего модифицированный апоптин, слитый с секреторным сигналом лактотрансферрина и трансдукторным сигналом (ST-CTP-апоптин), с последующим получением рекомбинантных лентивирусных частиц, дефектных по репликации и несущих модифицированный апоптин, которые затем вводятся в Т-лимфоциты (TILs), полученные при хирургическом удалении опухоли или в процессе получения биопсии, которые обладают способностью проникать в опухолевые ткани.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу анализа соматических мутаций в генах EGFR, KRAS и BRAF. Способ включает амплификацию фрагментов генов EGFR, KRAS и BRAF с помощью LNA-блокирующей мультиплексной «гнездовой» ПЦР, в которой в качестве матрицы для амплификации используется образец опухолевой ДНК.
Изобретение относится к области медицины и предназначено для диагностики вагинита у женщин репродуктивного возраста. Во влагалищных соскобах измеряют уровни экспрессии мРНК генов TNF, IL18, GATA3 и TLR4.

Группа изобретений относится к области биотехнологии, в частности к микроматричной геномной селекции (MGS). Устройство содержит:(a) по меньшей мере одну реакционную зону, содержащую микроматрицу, одну или более единиц контроля и регуляции температуры для контроля и регуляции температуры внутри реакционной зоны; (b) по меньшей мере одну нереакционную зону, содержащую одну или более единиц контроля и регуляции температуры для контроля и регуляции температуры внутри нереакционной зоны, которая соединена с возможностью переноса жидкости с реакционной зоной; и (c) по меньшей мере одно средство переноса, способное генерировать и/или регулировать поток жидкости между указанной реакционной зоной (а) и указанной нереакционной зоной (b).

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу выявления устойчивых к пиразииамиду изолятов Mycobacterium tuberculosis, путем определения наличия мутаций в гене pncA, ассоциированных с формированием устойчивости к пиразинамиду, посредством проведения ПЦР в режиме «реального времени» с использованием HRM-анализа.
Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигонуклеотидных зондов для диагностики популяции людей, проживающих на территории РФ, на наследственные моногенные заболевания, путем выявления мутаций и/или полиморфизмов.
Изобретение относится к области биотехнологии и касается способа выявления и генотипирования бактерии Pasteurella multocida. Предложенный способ включает проведение ПЦР с электрофоретической детекцией результатов, перенос продукта амплификации на гель и оценку проведения реакции.
Изобретение касается набора олигонуклеотидных праймеров и зондов для идентификации и субтипирования ДНК бактерии Pasteurella multocida серотипов А, B, D, E, F методом ПЦР в режиме реального времени.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу идентификации микобактерий туберкулеза кластера Beijing B0/W148. Применяют полимеразную цепную реакцию для амплификации фрагментов ДНК М.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу детекции нуклеиновокислотной последовательности-мишени из ДНК или смеси нуклеиновых кислот с использованием праймера, генерирующего сигнал от мишени (TSG-праймера).

Изобретение относится к области биохимии, в частности к набору олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации вируса лихорадки долины Рифт методом обратно транскриптазной полимеразной цепной реакции в реальном времени. Изобретение позволяет эффективно идентифицировать вирус лихорадки долины Рифт. 2 ил., 2 табл., 2 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии, а именно к паре синтетических олигонуклеотидных праймеров, применяемых для выделения ДНК провируса и РНК вируса иммунодефицита кошек, и к способу диагностики вирусного иммунодефицита кошек с использованием данных праймеров. Пара праймеров имеет следующую структуру - PF: 5′-TGGAGAAGGGAATTTCAGATGGG-3′ и PR: 5′-TTTGGGTCAAGTGCTACATATTGTGG-3′. Способ включает проведение ПЦР с детекцией полученных результатов методом горизонтального электрофореза в 1,5%-ном агарозном геле. Амплификацию проводят в следующем режиме: тотальная денатурация при 95°С в течение 5 мин, цикл денатурация при 95°С в течение 20 или 60 сек, отжиг при 56°С в течение 20 или 60 сек, элонгация при 72°С в течение 40 или 60 сек. Цикл денатурация - отжиг - элонгация повторяется 35 раз. Проводят заключительную элонгацию при 72°С в течение 5 мин. В случае наличия амплифицируемого фрагмента нуклеотидной последовательности длиной 366 п.н. судят о наличии FIV в организме кошки. Предложенное изобретение позволяет провести диагностику вирусного иммунодефицита кошек с высокой эффективностью. 2 н.п. ф-лы, 6 ил., 3 табл., 3 пр.

Изобретение относится к области кардиологии и касается набора синтетических олигонуклотидов. Представленный набор используется для выявления мутаций кодирующей части генов NKX2.5, CFC1, GATA4, ассоциированных с орфанной моногенной патологией, лежащей в основе семейных форм врожденных пороков сердца. Мутации выявляют путем определения полной нуклеотидной последовательности кодирующей части генов NKX2.5, CFC1, GATA4. Осуществляют амплификацию кодирующей части генов NKX2.5, CFC1, GATA4 с помощью 15 пар синтетических олигонуклеотидов при одной температуре и времени отжига с последующим секвенированием полученных продуктов амплификации с помощью одной пары универсальных праймеров. Предложенное изобретение позволяет чувствительно и специфично определять мутации генов NKX2.5, CFC1, GATA4, при этом сокращаются время реакции амплификации, количество манипуляций, время внесения реактивов для реакции секвенирования и снижается вероятность ошибки при постановке реакции. 2 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл.

Изобретения относятся к области биотехнологии и касаются олигонуклеотидных праймеров и способа выявления ДНК Mycobacterium avium с их использованием. Охарактеризованные олигонуклеотидные праймеры комплементарны специфичной области mig-гена Mycobacterium avium и имеют следующий нуклеотидный состав: 5'-CGT CAA AAG CGA ACT GCA-3' и 5'-ТАА ТТС GTT GCC CGA СТС-3'. Способ выявления ДНК Mycobacterium avium выключает выделение ДНК, проведение амплификации ДНК с использованием олигонуклеотидных праймеров, перенос продукта амплификации на гель с последующим детектированием результатов анализа на трансиллюминаторе. В случае положительной реакции синтезируется фрагмент, соответствующий размеру 157 п.н. Представленные изобретения могут использоваться в ветеринарных диагностических и научно-практических лабораториях для выявления генетического материала Mycobacterium avium в пробах. 2 н.п. ф-лы, 1 ил., 4 пр.
Изобретение относится к области биотехнологии и касается специфических олигонуклеотидных праймеров. Представленные праймеры включают сайты эндонуклеазного расщепления, фланкирующие участки генома, кодирующие гликопротеины Gn и Gc, а также нуклеопротеин N, для получения библиотеки генов, кодирующих гликопротеины Gn и Gc и нуклеопротеин N вируса лихорадки долины Рифт. Охарактеризованное изобретение может быть использовано в создании банка нуклеотидных последовательностей, кодирующих иммунодоминантные белки вируса лихорадки долины Рифт Gn, Gc и N, которые можно использовать при создании диагностических и вакцинных препаратов, на основе рекомбинантных технологий. 3пр.

Изобретение относится к области биохимии, в частности к способу выявления мутаций в гене MYO7A, сопровождающихся развитием несиндромальной аутосомно-рецессивной глухоты или синдрома Ушера. Способ включает выделение ДНК из лимфоцитов периферической крови методом фенольно-хлороформной экстракции, проведение ПЦР, амплификацию 18 участков гена MYO7A, детекцию в денатурирующем акриламидном геле и секвенирование. ПЦР проводят с использованием специально подобранных последовательностей олигонуклеотидов, фланкирующих области 18 экзонов гена MYO7A с возможным содержанием различных мутаций. Изобретение позволяет упростить способ и повысить точность определения мутаций гена MYO7A, а также сократить время исследования. 3 ил., 1 пр.

Изобретения относятся к области медицинской микробиологии и касаются способа дифференциации токсигенных генетически измененных штаммов V.cholerae биовара Эль Тор и тест-системы. Охарактеризованный способ включает проведение ПЦР с использованием специфических праймеров к генам vc0497, vc0502 и vc0514 из острова пандемичности VSP-II. Охарактеризованная тест-система содержит компоненты для выделения ДНК, компоненты для проведения ПЦР, включающие, в частности, смесь праймеров VSPIIreg-F - 5′-TGGAAAGAAGAGCGTTACTGC-3′, VSPIIreg-R - 5′-CCCTGTTGATGATGTGATTTG-3′ на ген vc0497, VSPIIpilin-F - 5′-CTGTGATTCGGGCTTTATCGG-3′, VSPIIpilin-R - 5′-GCGTAAACTGAGCCAATAAGC-3′ на ген vc0502, VSPIIchem-F - 5′-CTTGATGGAGCGGAGAAAAC-3′, VSPIIchem-R - 5′-CGATGAATAGCCTGTTGAAC-3′ на ген vc0514, взятых в соотношении 1:1:1:1:1:1 соответственно. Изобретения позволяют быстро и достоверно дифференцировать токсигенные генетически измененные штаммы V. cholerae биовара Эль Тор на геноварианты с низким и высоким эпидемическим потенциалом. 2 н.п. ф-лы, 1 ил., 2 табл.

Группа изобретений относится к области лизиса клеток. Предложен способ избирательного лизиса животных клеток, а также прибор для обнаружения микроорганизмов. Способ избирательного лизиса животных клеток в пробе воды с животными клетками, содержащей или, возможно, содержащей микроорганизмы, включает этапы обеспечения пробы воды с животными клетками, содержащей или, возможно, содержащей микроорганизмы, добавления в упомянутую пробу неионогенного детергента и буферного раствора для получения раствора со значением pH около 9,5 или выше, инкубации упомянутого раствора на протяжении периода, достаточного для лизиса животных клеток. Прибор для обнаружения микроорганизмов в пробе состоит из лизисной камеры для принятия пробы воды с животными клетками, сосуда с щелочным буферным раствором со значением pH 9,5 или выше и неионогенным детергентом, или сосуда с щелочным буферным раствором со значением pH около 9,5 или более и сосуда с неионогенным детергентом, фильтра, соединенного с лизисной камерой для фильтрации пробы после лизиса животных клеток, камеры индикации для анализа присутствия ДНК микроорганизмов. Предложенные изобретения обеспечивают обработку образца без его значительного разбавления и без применения ферментативного расщепления ДНК или термической обработки, а также позволяют обрабатывать более значительные объемы образца и определять низкие концентрации болезнетворных микроорганизмов в образце. 2 н. и 11 з.п. ф-лы, 12 ил., 8 пр.

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу анализа пригодности РНК, экстрагированной из ткани или клетки (клеток), фиксированных с помощью фиксатора, для анализа экспрессии генов. Способ включает проведение электрофореза с указанной РНК. Определяют, удовлетворяет ли указанная РНК следующему уравнению: В/А≤1, где А представляет массовое соотношение (%) РНК в диапазоне от 1000 до 4000 нуклеотидов к общей массе РНК, что определено электрофорезом, а В представляет массовое соотношение (%) РНК в диапазоне более чем 4000 нуклеотидов к общей массе РНК, что определено электрофорезом. Если указанная РНК, экстрагированная из ткани или клетки (клеток), удовлетворяет указанному уравнению, то она пригодна для анализа экспрессии генов. Предложенное изобретение позволяет быстро и с высокой эффективностью определить пригодность РНК для анализа экспрессии генов. 6 з.п. ф-лы, 3 ил., 11 табл., 7 пр.

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к интернализации терапевтических молекул внутрь клетки, и может быть использовано в медицине. Получают композицию для доставки молекул нуклеиновых кислот в клетки, содержащую по меньшей мере один пептид с по меньшей мере 92% идентичностью к GAAEAAARVYDLGLRRLRQRRRLRRERVRA (SEQ ID NO: 2); IREIMEKFGKQPVSLPARRLKLRGRKRRQR (SEQ ID NO: 3); или YLKVVRKHHRVIAGQFFGHHHTDSFRMLYD (SEQ ID NO: 4), присоединенный к одной или нескольким молекулам нуклеиновых кислот. Изобретение позволяет повысить эффективность доставки молекул нуклеиновых кислот внутрь клетки млекопитающего за счет пептида, способного интернализироваться внутрь клетки млекопитающего с эффективностью, составляющей по меньшей мере 200% от эффективности интернализации пептида ТАТ, имеющего аминокислотную последовательность GRKKRRQRRRPPQ (SEQ ID NO: 1). 5 н. и 3 з.п. ф-лы, 16 ил., 1 табл., 8 пр.
© Патентный поиск, поиск патентов на изобретения - FindPatent.RU 2012-2024
Политика конфиденциальности 2015-06-10 2015-06-10T01:33:47
Наверх