Набор праймеров для обнаружения нуклеиновых кислот, набор зондов и набор для выявления нового типа коронавируса covid-19 и способ его выявления

Изобретение относится к области вирусологии. Описан набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающий две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности: пару специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса: ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1, ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2; пару специфических праймеров для сегмента гена N вируса: N-F: как показано в SEQ ID NO: 3, N-R: как показано в SEQ ID NO: 4. Также описан набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающий указанный набор праймеров для выявления нового типа коронавируса, а также пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта, из них нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом: RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7, RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8; нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом: RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9. Изобретение расширяет арсенал средств выявления SARS-CoV-2. 2 н. и 5 з.п. ф-лы, 4 ил., 1 табл., 1 пр.

 

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОЙ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ

[0001] Настоящее изобретение относится к области техники выявления вируса и, в частности, к набору праймеров (реагентов) для обнаружения нуклеиновых кислот, набору зондов, набору для выявления нового типа коронавируса COVID-19 и к способу его выявления.

ПРЕДПОСЫЛКИ К СОЗДАНИЮ ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0002] Новый тип коронавируса относится к роду β-коронавирусов, при этом он включает оболочки, частицы округлой или овальной, зачастую плеоморфной формы диаметром 60-140 нм, и его геномная последовательность представляет собой одноцепочечную РНК (29903bp), а его генетические характеристики безусловно отличаются от характеристик SARSr-CoV и MERSr-CoV. Результаты последних исследований продемонстрировали, что степень гомологии с SARS-подобным коронавирусом, который заражает летучих мышей (bat-SL-CoVZC45) составляет более 85%. На основе последних эпидемиологических исследований было установлено, что инкубационный период заболевания составляет 1-14 дней, в большинстве случаев 3-7 дней, сопровождаемый повышенной температурой, слабостью и сухим кашлем в качестве основных симптомов его проявления. У некоторых пациентов может отмечаться заложенность носа, боль в горле, диарея и т.д. У тяжёлых пациентов зачастую развивается одышка и (или) гипоксемия через одну неделю после проявления болезни. В тяжелых случаях проявление указанных симптомов сопровождается развитием острого респираторного дистресс-синдрома, септического шока, трудно устранимого метаболического ацидоза, нарушением свертываемости крови и т.д.

[0003] Новый тип коронавируса (COVID-19) вызывает острое респираторное инфекционное заболевание, при этом заболевание было отнесено к инфекционным заболеваниям Класса B, предусмотренным в «Законе Китайской Народной Республики о профилактике и борьбе с инфекционными заболеваниями», и лечение данного заболевания относится к инфекционным заболеваниям Класса B. Во всем мире складывается тяжелая ситуация, характеризующаяся прогрессированием пневмонии, вызываемой новым типом коронавируса, число подтвержденных и предполагаемых случаев заболевания постоянно растет, огромная нагрузка ложится на лечебно-диагностические учреждения, при этом новый тип коронавируса может представлять угрозу заражения в течение продолжительного периода времени. В этой связи разработка высокочувствительной системы для выявления нового типа коронавируса способствует принятию мер профилактики и контроля заболевания, вызываемого новым типом коронавируса, эффективной охраны здоровья и обеспечения безопасности людей, а также содействует общей экономической и социальной стабильности.

[0004] С начала 2020 года также публиковались материалы, содержащие информацию о наборах праймеров для выявления нового типа коронавируса (COVID-19). Например, в заявке № CN111057797A, поданной 19 января 2020 г. и опубликованной 24 апреля 2020 г., были раскрыты праймеры и зонды, наборы и способы количественной флуоресцентной ПЦР в реальном времени для выявления нового типа коронавируса 2019-nCoV; например, в заявке № CN111118228A, поданной 31 марта 2020 г. и опубликованной 8 мая 2020 г., раскрывался набор для обнаружения нуклеиновой кислоты нового типа коронавируса COVID-19 и способ его применения, а также были

2

опубликованы аналогичные заявки. Тем не менее, с точки зрения применения в клинической практике степень точности является низкой, и существует вероятность получения ложноположительных и ложноотрицательных результатов.

КРАТКОЕ ИЗЛОЖЕНИЕ СУЩЕСТВА ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0005] Цель настоящего изобретения заключается, по меньшей мере, в разрешении проблем предшествующего уровня техники, связанных с необходимостью повышения точности обнаружения и снижения вероятности получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов.

[0006] В той связи первая цель настоящего изобретения заключается в создании набора праймеров для обнаружения нуклеиновых кислот нового типа коронавируса COVID-19, содержащего две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

[0007] пара специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса:

[0008] ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1,

[0009] 5′-TTTAGTTCCCTTCCATCATATGCA-3′;

[0010] ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2;

[0011] 5′-ATTCAGATTTAGCCACATTCAAAGA-3′;

[0012] пара специфических праймеров для сегмента гена N вируса:

[0013] N-F: как показано в SEQ ID NO: 3,

[0014] 5′-ATTGCACAATTTGCCCCCAG-3′;

[0015] N-R: как показано в SEQ ID NO: 4.

[0016] 5′-CATCCAATTTGATGGCACCTG-3′.

[0017] Набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, предлагаемый настоящим изобретением, обладает, по меньшей мере, нижеприведенными преимуществами.

[0018] Две пары специфических праймеров соответственно нацелены на высококонсервативную область гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. Обнаружение фрагментов гена ORF1ab и гена N может помочь в диагностировании инфекции, вызванной новым типом коронавируса. При этом путем оптимизации последовательности праймеров может быть повышена чувствительность выявления нового типа коронавируса, а также может быть предотвращена вероятность получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов. В соответствии со стандартной кривой могут быть обнаружены положительные пробы с минимальной концентрацией 15 копий/мл.

[0019] Вторая цель настоящего изобретения заключается в создании набора зондов, используемых в комбинации с набором праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, включающего следующие зонды:

[0020] зонд для фрагмента гена ORF1ab вируса:

[0021] ORF1ab-P: как показано в SEQ ID NO: 5,

[0022] 5′-TTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGC-3′;

[0023] зонд для фрагментов гена N вируса:

[0024] N-P: как показано в SEQ ID NO: 6,

[0025] 5′-TTCTTCGGAATGTCGCGCATTG-3′.

[0026] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения каждый 5’-конец зонда мечен флуоресцентной репортерной группой, и каждый 3’-конец зонда мечен флуоресцентной тушащей группой.

[0027] В процессе амплификации в ПЦР, если зонд является интактным, ввиду того, что флуоресцентная тушащая группа расположена в

непосредственной близости от флуоресцентной репортерной группы, флуоресценция, излучаемая флуоресцентным репортерным геном, поглощается тушащей группой, в результате чего флуоресцентный сигнал не излучается. При удлинении праймера зонд, связанный с матрицей, обрезается ферментом Taq (5'→3' экзонуклеазная активность), флуоресцентная репортерная группа отделяется от флуоресцентной тушащей группы, в результате чего генерируется флуоресцентный сигнал. Прибор для проведения количественной ПЦР с флуоресцентной детекцией автоматически вычерчивает кривую амплификации в реальном времени на основе детектированного флуоресцентного сигнала, с целью выявления нового типа коронавируса на уровне нуклеиновых кислот. Результаты теста могут быть качественными или количественными, и качественное выявление нового типа коронавируса может быть осуществлено путем непосредственного определения наличия или отсутствия соответствующей кривой амплификации. Соответствующая стандартная кривая может быть вычерчена в соответствии с значением порогового цикла различных стандартных градиентов концентрация, в то время как количественные результаты могут быть получены путем вычисления значения порогового цикла пробы. Кроме того, основываясь на общем понимании в данной области техники, флуоресцентные репортерные группы различных зондов могут различаться таким образом, чтобы амплификация различных фрагментов генов в одной реакционной пробирке обеспечивала генерирование флуоресцентных сигналов различных диапазонов длин волн для упрощения процесса выявления нового типа коронавируса.

[0028] В более предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения 5’-конец зонда для фрагмента гена ORF1ab-P вируса мечен флуоресцентной репортерной группой FAM, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ1; 5’-конец зонда для фрагмента гена NP мечен флуоресцентной репортерной группой HEX, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ1.

[0029] Третья цель настоящего изобретения заключается в создании набора для выявления нового типа коронавируса COVID-19, при этом набор для выявления нового типа коронавируса включает вышеупомянутый набор праймеров и вышеупомянутый набор зондов.

[0030] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса дополнительно включает пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта;

[0031] из них, нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

[0032] RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7,

[0033] 5′- AGATTTGGACCTGCGAGCG-3′;

[0034] RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8,

[0035] 5′-GAGCGGCTGTCTCCACAAGT-3′;

[0036] нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

[0037] RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9,

[0038] 5′-TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG-3′.

[0039] Внутренним стандартом, используемым в наборе, является рибонуклеотид человека P (РНаза P, рибонуклеопротеин (RNP)). Внутренний стандарт используют для определения того, получена ли ткань подходящего пациента или проба секреции. Весь экспериментальный процесс сбора, транспортировки и экстракции тестируемых проб находится

под полным контролем во избежание получения ложноотрицательных результатов теста.

[0040] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой.

[0041] Флуоресцентная репортерная группа зонда внутреннего стандарта также может быть группой, отличающейся от флуоресцентной репортерной группы вышеупомянутого зонда выявления нового типа коронавируса, например, TEXAS RED, и BHQ2 выбран для флуоресцентной тушащей группы. Таким образом, обеспечивается детектирование флуоресценции в канале (красителе) TEXAS RED/ROX.

[0042] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемый настоящим изобретением, дополнительно включает смесь фермента ОT-ПЦР и буфера для ОТ-ПЦР.

[0043] В предпочтительном варианте осуществления набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемый настоящим изобретением, дополнительно включает пробу положительного контроля и пробу отрицательного контроля. Проба положительного контроля способна полностью амплифицировать фрагмент гена-мишени, соответствующий праймеру, в процессе амплификация, такой как стандартный штамм инактивированного вируса, плазмиды, содержащие соответствующей фрагмент гена-мишени (фрагмент гена ORFlab, фрагмент гена N, фрагмент гена RNP) и т.д. Проба отрицательного контроля представляет собой воду, используемую для растворения матричной РНК, например, воду, обработанную диэтилпилокарбонатом.

[0044] В предпочтительном варианте осуществления настоящего изобретения набор для выявления нового типа коронавируса, предлагаемого настоящим изобретением, дополнительно включает реагент для экстракции нуклеиновых кислот. Экстракция вирусных нуклеиновых кислот в пробе осуществляется с помощью соответствующего реагента для экстракции нуклеиновых кислот с целью обеспечения проведения последующих процессов амплификации и обнаружения.

[0045] Четвертая цель настоящего изобретения заключается в создании способа выявления нового типа коронавируса с использованием вышеупомянутого набора для выявления указанного вируса.

[0046] Способ выявления нового типа коронавируса включает следующие этапы:

[0047] выделение тотальной РНК из тестируемых проб;

[0048] использование тестируемых проб тотальной РНК в качестве матрицы; использование вышеупомянутого набора праймеров для амплификации и для выявления набора зондов в ПЦР после обратной транскрипции;

[0049] проведение анализа продуктов амплификации и определение того, содержат ли тестируемые пробы новый тип коронавируса в зависимости от появления кривой амплификации.

[0050] В соответствии со способом выявления нового типа коронавируса в некоторых вариантах осуществления настоящего изобретения программа реакции амплификации в ПЦР составляет 50°С, 5 мин; 95°С, 10 сек; 95°С, 5 сек; 60°С, 30 сек; с 40 циклами.

[0051] Способ ОТ-ПЦР в реальном времени с флуоресцентной детекцией занимает только 1 час и 10 минут, начиная от экстракции нуклеиновых кислот до завершения выявления нового типа коронавируса. Способ является легким в использовании, характеризуется высокой

чувствительностью и представляет собой оперативный и эффективный лабораторный способ выявления нового типа коронавируса для диагностики инфекционного заболевания.

[0052] Две пары специфических праймеров соответственно нацелены на высококонсервативную область гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. Выявление фрагментов гена ORF1ab и гена N позволяет диагностировать инфекцию, вызываемую новым типом коронавируса. При этом путем оптимизации последовательности праймеров может быть повышена чувствительность обнаружения нового типа коронавируса, снижена вероятность получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов тестов и вероятность необнаружения нового типа коронавируса.

[0053] Вышеупомянутые способы выявления нового типа коронавируса с использованием вышеупомянутых наборов могут найти применение для дополнительной диагностики нового типа коронавируса, в результате чего может быть обеспечено оперативное получение информации о вспышках эпидемии, вызываемой новым типом коронавируса, и оказано надежное техническое содействие, направленное на проведение профилактических мер и мер по борьбе с эпидемией, вызываемой новым типом коронавируса. Этот фактор имеет первостепенное значение для предотвращения будущих вспышек заболевания, вызываемых неизвестными новыми типами коронавируса.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

[0054] На Фиг. 1 проиллюстрированы результаты амплификации с использованием набора мультиплексного ПЦР-анализа (Multiplex PCR Kit) для выявления нового типа коронавируса в соответствии с примером настоящего изобретения.

[0055] На Фиг. 2 проиллюстрирована стандартная кривая и кривая амплификации одной и той же пробы при различных концентрациях разведения. На Фиг. 2-1 представлена стандартная кривая, основанная на кривой амплификации Фиг. 2-2, при этом концентрация положительных плазмид составляет 4 мкг\мл, и соответствующее количество копий составляет 1* 1010 копий/мл, C1~C7 соответствует 1*102~8 копий/мл после многократного разведения; взяв значение порогового цикла (Ct)<40 в качестве отрицательного критерия, предел выявления нового типа коронавируса с использованием разработанного набора составляет 15 копий/мл.

[0056] На Фиг. 3 проиллюстрировано, что для экстракции РНК использовали исходный раствор положительной пробы D с применение соответственно разработанных наборов, набора A (Фиг. 3-1), набора B (Фиг. 3-2) и набора C (Фиг. 3-3), произвольно выбранных на рынке. Условия амплификации соответственно амплифицировали согласно инструкциям к наборам A, B и C. Пробу D протестировали как положительную для всех наборов. Значение порогового цикла набора настоящего изобретения ниже по сравнению с произвольно выбранными наборами, и при этом его чувствительность выше.

[0057] На Фиг. 4-1 проиллюстрировано, что исходный раствор положительной пробы D разводили 8 раз для экстрагирования РНК в качестве матрицы и использовали разработанный набор и набор A, произвольно выбранный на рынке. Реакционная система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору A; разработанный набор отличался максимальным значением порогового цикла чувствительности (Ct), составлявшим 36,2, что рассматривалось как положительная проба.

Значение порогового цикла набора A достигало 38,3, и это определялось как сомнительная проба в соответствии с инструкциями к набору.

[0058] На Фиг. 4-2 проиллюстрировано, что положительную пробу D разбавляли для экстрагирования РНК в качестве матрицы, и соответственно использовали разработанный набор (набор настоящего изобретения) и набор B, произвольно выбранный на рынке (Фиг. 4-2). Система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору B, максимальное значение порогового цикла чувствительности разработанного набора составляло 36,4, что рассматривалось как положительная проба. Значение порогового цикла набора B превысило 40, и это определялось как отрицательная проба в соответствии с инструкциями к набору, что приводило к ложноотрицательным результатам.

[0059] На Фиг. 4-3 проиллюстрировано, что исходный раствор положительной пробы D разводили 8 раз для экстрагирования РНК в качестве матрицы. Соответственно использовали разработанный набор и набор C, произвольно выбранный на рынке (Фиг. 4-3). Система ПЦР и условия амплификации представляли собой условия протекания реакции, предусмотренные инструкцией к набору C. Максимальное значение пороговое цикла чувствительности разработанного набора составляло 38,2, и это определялось как сомнительная проба. Значение порогового цикла чувствительности набора C превысило 40, и это определялось как отрицательная проба в соответствии с инструкциями к набору, что приводило к ложноотрицательным результатам.

ОПИСАНИЕ ВАРИАНТОВ ОСУЩЕСТВЛЕНИЯ НАСТОЯЩЕГО ИЗОБРЕТЕНИЯ

[0060] Ниже приведено ясное и полное описание идеи настоящего изобретения и достигаемые технические эффекты со ссылкой на варианты осуществления для полного понимания целей, характерных особенностей и эффектов настоящего изобретения. Безусловно, описанные варианты осуществления настоящего изобретения являются лишь частью вариантов осуществления настоящего изобретения, а не всеми из них. Исходя из вариантов осуществления настоящего изобретения, другие варианты осуществления настоящего изобретения, созданные специалистами в данной области техники без осуществления изобретательской деятельности, относятся к объему правовой охраны настоящего изобретения.

[0061] Пример 1

[0062] В примере предлагается набор праймеров и зондов для выявления нового типа коронавируса. На основе технологии TaqMan с использованием флуоресцентных зондов, соответствующие специфические праймеры для выявления нового типа коронавируса и зонды Taqman могут быть разработаны на основе высококонсервативных областей гена ORF1ab и гена N нового типа коронавируса. При этом, при использовании РНП человека в качестве внутреннего стандарта могут быть разработаны соответствующие пары праймеров и зонды внутреннего стандарта. Детальная информация приведена в Таблице 1 ниже:

[0063] Таблица 1: Информация о праймерах и зондах

Наименование последовательности Последовательность
ORF1ab-F 5′-TTTAGTTCCCTTCCATCATATGCA-3′
ORF1ab-R 5′-ATTCAGATTTAGCCACATTCAAAGA-3′
ORF1ab-P 5′FAM-TTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAGC-3′BHQ1

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> ХУЧЖОУ СЕНТРAЛ ХОСПИТЕЛ

ХУЧЖОУ СЕНТЕР ФОР ДИЗИЗ КОНТРОЛ ЭНД ПРИВЕНШН

<120> НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ,

НАБОР ЗОНДОВ И НАБОР ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ НОВОГО ТИПА КОРОНАВИРУСА COVID-19

И СПОСОБ ЕГО ВЫЯВЛЕНИЯ

<141> 2020-12-02

<160> 9

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 24

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(24)

<223> ORF1ab-F

<400> 1

tttagttccc ttccatcata tgca 24

<210> 2

<211> 25

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(25)

<223> ORF1ab-R

<400> 2

attcagattt agccacattc aaaga 25

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(20)

<223> N-F

<400> 3

attgcacaat ttgcccccag 20

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(21)

<223> N-R

<400> 4

catccaattt gatggcacct g 21

<210> 5

<211> 29

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(29)

<223> ORF1ab-P

<400> 5

ttttgctact gctcaagaag cttatgagc 29

<210> 6

<211> 22

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(22)

<223> N-P

<400> 6

ttcttcggaa tgtcgcgcat tg 22

<210> 7

<211> 19

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(19)

<223> RNP-F

<400> 7

agatttggac ctgcgagcg 19

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(20)

<223> RNP-R

<400> 8

gagcggctgt ctccacaagt 20

<210> 9

<211> 23

<212> DNA

<213> искусственная последовательность

<220>

<222> (1)..(23)

<223> RNP-P

<400> 9

ttctgacctg aaggctctgc gcg 23

<---

1. Набор праймеров для выявления нового типа коронавируса COVID-19, отличающийся тем, что он включает две пары специфических праймеров, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

пару специфических праймеров для фрагмента гена ORF1ab вируса:

ORF1ab-F: как показано в SEQ ID NO: 1,

ORF1ab-R: как показано в SEQ ID NO: 2;

пару специфических праймеров для сегмента гена N вируса:

N-F: как показано в SEQ ID NO: 3,

N-R: как показано в SEQ ID NO: 4.

2. Набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19, отличающийся тем, что набор включает набор праймеров по п. 1 для выявления нового типа коронавируса, пару праймеров внутреннего стандарта и зонд внутреннего стандарта,

из них нуклеотидная последовательность пары праймеров внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

RNP-F: как показано в SEQ ID NO: 7,

RNP-R: как показано в SEQ ID NO: 8;

нуклеотидная последовательность зонда внутреннего стандарта выглядит следующим образом:

RNP-P: как показано в SEQ ID NO: 9.

3. Набор для выявления нового типа коронавируса COVID-19 по п. 2, отличающийся тем, что набор дополнительно включает два зонда, включающие нижеприведенные нуклеотидные последовательности:

зонд для фрагмента гена ORF1ab вируса:

ORF1ab-P: как показано в SEQ ID NO: 5;

зонд для фрагментов гена N вируса:

N-P: как показано в SEQ ID NO: 6.

4. Набор по п. 2, отличающийся тем, что 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой.

5. Набор по п. 4, отличающийся тем, что 5’-конец RNP-P мечен флуоресцентной репортерной группой TEXAS RED, и 3’-конец мечен флуоресцентной тушащей группой BHQ2.

6. Набор по п. 5, дополнительно включающий смесь ферментов ОТ-ПЦР и буфера для ОТ-ПЦР.

7. Набор по п. 6, дополнительно включающий положительную контрольную пробу и отрицательную контрольную пробу.



 

Похожие патенты:

Изобретение относится к биотехнологии. Описана система для обнаружения целевого агента, содержащая: аналитический картридж, включающий тестовую ячейку, содержащую возбуждающий электрод и сенсорный электрод, причем тестовая ячейка выполнена с возможностью вмещать образец, содержащий целевой агент, подвергающийся процессу амплификации, причем указанный целевой агент содержит нуклеиновую кислоту; и считывающее устройство, включающее: область, выполненную с возможностью принимать аналитический картридж, нагреватель, располагающийся таким образом, чтобы нагревать используемый аналитический картридж внутри полости, память, хранящую по меньшей мере машиночитаемые инструкции по хранению, и процессор, конфигурируемый указанными инструкциями таким образом, чтобы по меньшей мере: приводить к нагреванию аналитического картриджа нагревателем до заданной температуры для выполнения процесса амплификации внутри тестовой ячейки; подавать ток возбуждения на возбуждающий электрод на протяжении по меньшей мере части времени протекания процесса амплификации, принимать сигнал от сенсорного электрода, соответствующий току возбуждения после его затухания вследствие взаимодействия по меньшей мере с образцом внутри тестовой ячейки, раскладывать указанный сигнал на составляющую активного сопротивления и составляющую реактивного сопротивления, анализировать составляющую реактивного сопротивления для определения наличия перепада сигнала относительно времени и на определенной частоте указанного сигнала, указывающего на положительный образец, содержащий целевой агент, на протяжении по меньшей мере части времени протекания процесса амплификации, и в ответ на определение возникновения перепада сигнала выводить положительный результат теста; или в ответ на определение отсутствия перепада сигнала выводить отрицательный результат теста.

Изобретение относится к биотехнологии, в частности к способу in vitro определения деградации внеклеточного матрикса (ЕСМ) у субъекта, причем способ предусматривает определение в выделенном образце от субъекта уровня продукта экспрессии по меньшей мере одного гена, выбранного из группы, состоящей из цепи альфа-1 коллагена типа V (COL5A1), трансформирующего фактора роста бета-1 (TGFB1), субъединицы альфа-4 интегрина (ITGA4), субъединицы бета-1 интегрина (ITGB1), матриксной металлопептидазы 2 (ММР2), матриксной металлопептидазы 9 (ММР9) и костного морфогенетического белка 1 (ВМР1), причем по меньшей мере один ген определяется необязательно в комбинации с одним или обоими из цепи альфа-1 коллагена типа XI (COL11A1) и цепи альфа-2 коллагена типа V (COL5A2), причем, когда уровень продукта(ов) экспрессии выше эталонного значения, это свидетельствует о деградированном ЕСМ.

Изобретение относится к биотехнологии, в частности, к системе и способам усиления доступа к ядерным информационным молекулам, таким как ДНК, РНК и белки, с помощью аналитических биомолекул, таких как транспосомные комплексы, посредством обработки ядер усилителем ядерной проницаемости, а также к способам использования ядерной мембраны, клеточной мембраны и подходов внешней компартментализации в качестве сохраняющих близость элементов.

Настоящее изобретение относится к осуществляемому in vitro способу раннего выявления вспышки некротического энтерита в популяции птиц, при этом способ включает a) сбор материала образца фекалий, полученного от популяции птиц, в последовательные моменты времени и b) определение количественного соотношения маркерных генов netB и cpa, содержащихся в материале образца, полученном на стадии a); где реверсия количественного соотношения netB и cpa с течением времени является ранним признаком вспышки некротического энтерита.

Данное изобретение относится к биотехнологии, в частности к везикулам, происходящим из бактерий, принадлежащих к роду Sphingomonas, и к их применению. Везикулы, происходящие из бактерий, принадлежащих роду Sphingomonas, можно с успехом использовать для разработки способа диагностирования цирроза печени, рака печени, инфаркта миокарда, почечной недостаточности, диабета, опухолей головного мозга, умеренных нарушений когнитивных функций, деменции, депрессии, аутизма и атопического дерматита, композиции для предотвращения, ослабления или лечения этих заболеваний и получения носителя для доставки лекарственного вещества в головной мозг.

Изобретение относится к биотехнологии. Предоставлен способ диагностики и/или мониторинга травматического повреждения головного мозга (TBI) у индивидуума.

Группа изобретений относится к BI-1-дефицитному штамму Brucella suis и способу его конструирования. Предложен BI-1-дефицитный штамм B.

Изобретение относится к биотехнологии. Описана тест-система для выполнения анализов исследования мутации c.1934dupG в гене ASXL1, которая состоит из поликарбонатного планшета для ПЦР, где в лунках содержится смесь для реакции под слоем парафина, где в контрольных лунках содержится отрицательный и положительный образцы для внутреннего контроля исследования.

Изобретение относится к области биомедицины, в частности к акушерству и молекулярной биологии, и предназначено для дифференциальной диагностики синдрома задержки развития плода (СЗРП), преэклампсии (ПЭ) и синдрома маловесного к сроку гестации плода. Осуществляют количественную оценку соотношения hsa-miR-30c-5p/VIM, hsa-miR-28-3p/VIM, hsa-miR-1-3p/ANXA2, hsa-miR-30c-5p/FBN1, hsa-miR-15b-5p/MYL6 tr.v.1, hsa-miR-15b-5p/MYL6 tr.v.2, hsa-miR-185-3p/FLNA, hsa-miR-1-3p/YWHAZ, hsa-miR-30c-5p/YWHAZ и hsa-miR-654-3p/FGA в плацентарной площадке женщин в день родоразрешения на сроке более 34 недель гестации.

Изобретение относится к области медицинской диагностики и предназначено для прогнозирования риска развития первичной открытоугольной глаукомы (ПОУГ) у индивидуумов русской национальности, родившихся и проживающих в Центральном регионе России. Осуществляют забор венозной крови, выделение ДНК из периферической венозной крови, анализ гена CDKN2-AS1.

Изобретение относится к биотехнологии. Описана система для обнаружения целевого агента, содержащая: аналитический картридж, включающий тестовую ячейку, содержащую возбуждающий электрод и сенсорный электрод, причем тестовая ячейка выполнена с возможностью вмещать образец, содержащий целевой агент, подвергающийся процессу амплификации, причем указанный целевой агент содержит нуклеиновую кислоту; и считывающее устройство, включающее: область, выполненную с возможностью принимать аналитический картридж, нагреватель, располагающийся таким образом, чтобы нагревать используемый аналитический картридж внутри полости, память, хранящую по меньшей мере машиночитаемые инструкции по хранению, и процессор, конфигурируемый указанными инструкциями таким образом, чтобы по меньшей мере: приводить к нагреванию аналитического картриджа нагревателем до заданной температуры для выполнения процесса амплификации внутри тестовой ячейки; подавать ток возбуждения на возбуждающий электрод на протяжении по меньшей мере части времени протекания процесса амплификации, принимать сигнал от сенсорного электрода, соответствующий току возбуждения после его затухания вследствие взаимодействия по меньшей мере с образцом внутри тестовой ячейки, раскладывать указанный сигнал на составляющую активного сопротивления и составляющую реактивного сопротивления, анализировать составляющую реактивного сопротивления для определения наличия перепада сигнала относительно времени и на определенной частоте указанного сигнала, указывающего на положительный образец, содержащий целевой агент, на протяжении по меньшей мере части времени протекания процесса амплификации, и в ответ на определение возникновения перепада сигнала выводить положительный результат теста; или в ответ на определение отсутствия перепада сигнала выводить отрицательный результат теста.
Наверх