Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления днк вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в слизистой оболочке цервикального канала

Авторы патента:

G01N33/582 - Исследование или анализ материалов особыми способами, не отнесенными к предыдущим группам

G01N33/58 - с использованием меченых веществ (G01N 33/53 имеет преимущество; для исследования на живом организме A61K 51/00)

C12Q1/6876 - Способы измерения или испытания, использующие ферменты или микроорганизмы (устройства для измерения или испытания при работе с ферментами или микроорганизмами, например счетчики колоний C12M 1/34); составы для них; способы получения подобных составов

Владельцы патента RU 2722185:

Общество с ограниченной ответственностью "НекстБио" (RU)

Изобретение относится к области медицины, в частности к лабораторной диагностике. Предложен набор синтетических олигонуклеотидов для выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в слизистой оболочке цервикального канала методом полимеразной цепной реакции, включающий праймеры и зонд с флуоресцентной меткой. Изобретение обеспечивает расширение арсенала средств выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом материале. 3 пр.

Изобретение относится к области лабораторной диагностики, молекулярной биологии и эпидемиологии, и касается синтетических олигонуклеотидов для выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска. Изобретение предназначено для исследования биологического материала человека, полученного от лиц с подозрением на наличие папилломавирусной инфекции с целью выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска. Олигонуклеотиды могут быть использованы для создания набора реагентов для выявления ДНК вирусов папилломы человека 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 типов высокого канцерогенного риска методом полимеразной цепной реакции. Изобретение позволяет проводить обнаружение указанного типа вируса папилломы человека в биологическом материале с высокой точностью.

В последнее время разрабатываются различные специфические олигонуклеотиды для идентификации последовательностей ДНК вируса папилломы человека различных типов высокого канцерогенного риска в биологических материалах, в частности ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска.

Известны способы, которые обеспечивают возможность детектировать до пятнадцати типов ВПЧ в одном мультиплексном тесте, а именно ВПЧ 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 68 и 73. Эти способы частично основаны на присутствии или отсутствии ДНК и РНК ВПЧ. (Processes and compositions for detecting human papilloma virus types. № публ. WO/2012/047897, дата публ. 12.04.2012, заявители: STOERKER, SEQUENOM, INC. [US/US]) США.

Известен метод, основанный на количественном ПЦР, который позволяет обнаруживать 30 типов ВПЧ (6, 11, 26, 40, 42, 43, 44, 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 54, 56, 58, 59, 61, 66, 68, 70, 72, 73, 81, 82 и 83). (Human papilloma virus detection method. Заявители: JIANGSU MOLE BIOSCIENCE CO., LTD., номер публикации: 104630384, дата публикации: 20.05.2015) Китай.

Известен метод обнаружения ДНК ВПЧ в клетках на цитологических мазках по Папаниколау, который указывает что пациент имеет повышенный риск рака. Метод основан на использовании полноразмерных ДНК-зондов к ВПЧ 16, 18, 31, 35 и 51. (Detection of human papilloma virus in papanicolaou (Pap) smears. Заявители: Ventana Medical Systems, Inc., номер публикации: 20050014133, дата публикации: 20.01.2005).

Известен способ основанный на ПЦР, позволяющий обнаруживать 14 типов ВПЧ (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 и 68), которые классифицируются как ВПЧ высокого онкогенного риска, а также обнаруживать кандидата в ВПЧ высокого онкогенного риска (ВПЧ 67). (New detection method for cervical HPVs. Заявители: Self-screen B.V., номер публикации: 2007360826, дата публикации: 27.05.2010).

Известны праймеры, зонды, наборы праймеров, наборы праймеров и зондов, способы и наборы реагентов для обнаружения вирусов папилломы человека, последовательностей бета-глобина человека и вирусов папилломы человека и последовательностей бета-глобина человека исследуемом образце (Праймеры и зонды для детекции последовательностей вируса папилломы человека в исследуемых образцах. № публ.: 0002530550, дата публикации: 10.10.2014).

Известно изобретение, направленное на ПЦР-амплификацию в реальном времени, в которой задействованы химические принципы системы Taq-Man, для того чтобы одновременно обнаруживать большее количество типов ВПЧ, чем существует каналов детекции. В данной системе анализа задействован набор праймеров/зондов для обнаружения каждого типа ВПЧ, для обнаружения которого сконструирована эта система анализа. Различные серотипы, которые можно успешно обнаруживать с помощью этого анализа, включают, например, ВПЧ типов 33, 39, 51, 56, 58, 59, 66 и 68. (Система анализа для обнаружения близкородственных серотипов вируса папилломы человека (впч). Патент на изобретение №: 2558236, Дата публикации: 2015).

Техническим результатом, на достижение которого направлено предлагаемое изобретение, является расширение арсенала средств выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом материале.

Указанный результат достигается путем использования при постановке ПЦР набора синтетических олигонуклеотидов для выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в области амплификации - Е6 gene, включающего в себя праймеры следующих последовательностей Seq.N1 и Seq.N2, также используется зонд с флуоресцентной меткой, интенсивность флуоресценции которой свидетельствует о количестве образующегося продукта, Seq.N3:

Существенным отличием работы с данными праймерами является:

1) Высокая специфичность и чувствительность праймеров в области Е6 gene рибосомальной ДНК позволяет выявить ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом материале при низкой концентрации возбудителя.

2) Для снижения вероятности образования неспецифических продуктов реакции использовали праймеры с высокой температурой отжига.

3) Использование данных праймеров для ПЦР совместимо с образцами ДНК, выделенных с применением коммерческих наборов, таких как «АмплиПрайм® ДНК-сорб-АМ», «МагноПрайм ЮНИ» и «МагноПрайм ФАСТ» (ООО «НекстБио» Россия).

Указанный набор синтетических олигонуклеотидов может являться составной частью многосоставных реакционных смесей, реакционных смесей раскапаных под прослойку парафина и лиофильно высушенных реакционных смесей.

Синтетические олигонуклеотиды могут являться составной частью наборов реагентов, предназначенных для определения ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска, в состав которых входят:

1. ПЦР-смесь, включающая в состав указанные праймеры и зонд, специфические к участку ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска, смесь дезоксинуклеозидтрифосфатов (дНТФ).

2. ПЦР-буфер.

3. Набор контрольных образцов (положительный контрольный образец (ПК) и отрицательный контрольный образец):

3.1. Положительный контрольный образец (ПК) - смесь бактериофагов λ, и плазмид со вставками специфических последовательностей. Положительный контрольный образец вносится в отдельную пробирку с реакционной смесью. Результат амплификации ПК демонстрирует эталонное положительное прохождение реакции, с которым сравниваются результаты амплификации исследуемых образцов.

3.2. Отрицательный контрольный образец - образец, который вводится в эксперимент для контроля возможного загрязнения реактивов продуктами ранее проведенных реакций. Отрицательный контрольный образец вносится в отдельную пробирку с реакционной смесью. Положительный результат в этом образце свидетельствует о необходимости замены реагентов и необходимости переставить эксперимент.

Возможность осуществления заявленного изобретения подтверждается следующими примерами.

Пример 1. Определение наличия ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом образце с помощью набора синтетических олигонуклеотидов в составе многосоставной реакционной смеси.

Биологический материал (отделяемое слизистой оболочки цервикального канала) перед проведением ПЦР проводится через процедуру пробоподготовки с использованием набора реагентов для пробоподготовки. В ходе этой процедуры из биологического материала выделяется ДНК, которую, в свою очередь, используют для проведения ПЦР. Вместе с образцами биологического материала процедуру экстракции проходят контрольные образцы - отрицательный контроль и положительный контроль.

Предварительно готовится реакционная смесь путем смешивания ПЦР-смеси, содержащей специфические синтетические олигонуклеотидные праймеры и зонд, и ПЦР-буфера в объемах, необходимых для исследования образцов биологического материала и контрольных образцов (отрицательный и положительный контроли).

В предварительно подготовленные маркированные пробирки вносится приготовленная реакционная смесь.

В пробирки с реакционной смесью, промаркированные для образцов биологического материала, вносится проба ДНК, полученная на этапе экстракции.

В специально промаркированную пробирку вносится проба ДНК, полученная на этапе экстракции из отрицательного контроля.

В специально промаркированную пробирку вносится проба ДНК, полученная на этапе экстракции из положительного контроля.

Установить пробирки в ячейки реакционного модуля прибора, провести амплификацию и выполнить анализ результатов.

Предложенный набор синтетических олигонуклеотидов позволяет определять наличие ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска с высокой точностью.

Пример 2. Определение наличия ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом образце с помощью набора синтетических олигонуклеотидов в составе реакционной смеси раскапаной под прослойку парафина.

Отобрать необходимое количество пробирок с ПЦР-смесью для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов. Убедиться, что парафин полностью покрывает раствор на дне пробирок.

На поверхность парафина внести буферный раствор с полимеразой, при этом он не должен проваливаться под парафин и смешиваться с ПЦР-смесью.

Внести в подготовленные маркированные пробирки пробы ДНК, полученные в результате экстракции из исследуемых образцов. В специально промаркированную пробирку вносится проба ДНК, полученная на этапе экстракции из отрицательного контроля.

Пример 3. Определение наличия ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в биологическом образце с помощью набора синтетических олигонуклеотидов в составе лиофильновысушенной реакционной смеси

Отобрать необходимое количество пробирок или достать 96-луночный планшет для амплификации с готовой лиофилизированной реакционной смесью для амплификации ДНК исследуемых и контрольных образцов.

В подготовленные пробирки или лунки планшета внести по пробу ДНК, полученную в результате экстракции из исследуемых образцов.

Поставить контрольные реакции:

а) в пробирку или лунку планшета с реакционной смесью внести контрольный образец.

б) в пробирку или лунку планшета с реакционной смесью внести контрольный образец.

в) отрицательный контроль экстракции (ОК) - в пробирку или лунку планшета с реакционной смесью внести пробы, экстрагированной из ОКО.

Установить пробирки или планшет в ячейки реакционного модуля прибора, провести амплификацию и выполнить анализ результатов.

Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления ДНК вируса папилломы человека 51 типа высокого канцерогенного риска в слизистой оболочке цервикального канала методом полимеразной цепной реакции, отличающийся тем, что включает в себя праймеры следующих последовательностей Seq.N1 и Seq.N2, также используется зонд с флуоресцентной меткой, интенсивность флуоресценции которой свидетельствует о количестве образующегося продукта, Seq.N3:

GTTATAGCAGGTCTGTGTATGGTA Seq.N1

AGGCCCAAGTGGTCTTTGA Seq.N2

ATGTCAAAGACCACTTGGGCCT Seq.N3

Изобретение относится к технологии определения показателей термоокислительной стабильности смазочных материалов. Предложен способ, при котором пробы смазочного материала термостатируют минимум при трех выбранных температурах в присутствии воздуха с перемешиванием постоянной массы в течение времени, через равные промежутки времени пробу окисленного смазочного материала взвешивают, часть пробы фотометрируют и определяют оптическую плотность, испаряемость и коэффициент термоокислительной стабильности.

Способ ведения пациентов с хроническим лимфолейкозом в процессе полихимиотерапии по схеме fcr, направленный на предотвращение кардиотоксичности // 2722111

Изобретение относится к медицине, а именно к терапии, кардиологии. гематологии, и может быть использовано для ведения пациентов с хроническим лимфолейкозом в процессе полихимиотерапии по схеме FCR, направленного на предотвращение кардиотоксичности.

Системы и способы смешивания и проверки биогаза // 2722020

Предложена система смешивания газа для создания потока смешанного биогаза, которая содержит: источник биогазового сырья, обеспечивающий поток биогазового сырья, имеющий первое энергосодержание; первый пробоотборный зонд для отбора проб из указанного потока биогазового сырья для анализа энергосодержания; анализатор для анализа энергосодержания и выдачи сигналов данных, отражающих его; блок управления для приема указанного сигнала данных анализа энергосодержания и передачи в ответ на него сигнала управления; источник очищенного газа, выборочно сообщающийся с возможностью передачи текучей среды с указанным потоком биогазового сырья и расположенный ниже по потоку от указанного первого пробоотборного зонда, причем источник очищенного газа выборочно обеспечивает очищенный газ, имеющий известное энергосодержание, превышающее указанное первое энергосодержание; клапан, сообщающийся с помощью сигналов с указанным блоком управления для реагирования на переданный сигнал, причем указанный клапан предназначен для управления расходом очищенного газа из указанного источника очищенного газа, причем указанный клапан выполнен с возможностью приведения его в действие между первым открытым положением и вторым закрытым положением, причем указанный клапан, находясь в указанном первом открытом положении, выборочно вводит указанный очищенный газ в поток биогазового сырья для создания потока смешанного биогаза, при обнаружении падения указанного первого энергосодержания ниже предварительно заданного минимального значения; второй пробоотборный зонд для отбора проб из указанного потока смешанного биогаза, причем указанный второй пробоотборный зонд расположен ниже по потоку от указанного источника входящего очищенного газа, для анализа энергосодержания и проверки энергосодержания указанного потока смешанного биогаза на то, соответствует или превышает оно указанное предварительно заданное пороговое значение; и выход указанного потока смешанного биогаза.

Способ и измерительный прибор для определения свойств газа путем корреляции // 2721900

Изобретение относится к области измерительной техники и может быть использовано для для определения свойств газа путем корреляции. Изобретение относится к способу, в котором свойство (Q) газа определяют путем корреляции исходя из измерения количеств (μj) газовых смесей.

Входной канал детектора и способ взятия проб // 2721775

Группа изобретений относится к области детектирования, в частности к способам и устройствам для получения проб для детектора. Детектор содержит аналитическое устройство для обнаружения вещества, представляющего интерес, и входной канал детектора, содержащий: проходной канал, предназначенный для переноса потока текучей среды и содержащий пробный объем; впуск для взятия проб, предназначенный для взятия пробы текучей среды из пробного объема, когда поток текучей среды проходит мимо впуска для взятия пробы, и для подачи пробы в аналитическое устройство, при этом поток текучей среды переносит нежелательные частицы; и устройство для направления потока, предназначенное для изменения пространственного распределения частиц, которые переносит текучая среда, в направлении, перпендикулярном потоку, для увеличения относительного соотношения частиц, минующих впуск для взятия пробы при прохождении потока без попадания их в пробный объем.

Способ прогнозирования наличия и выраженности коронарного атеросклероза у больных ишемической болезнью сердца // 2721648

Изобретение относится к области медицины, а именно к терапии и кардиологии, и может быть использовано для прогнозирования выраженности коронарного атеросклероза у пациентов с ишемической болезнью сердца (ИБС).

Дискообразный держатель образцов, способ обработки образца и применение держателя образцов // 2721533

Группа изобретений относится к области биотехнологии. Предложены дискообразный держатель образцов, способ обработки образца и средство для удерживания образцов в способе обработки, где средство представляет собой вышеуказанный дискообразный держатель образцов.

Способ и устройство для извлечения и анализирования образца прямого анализа // 2721106

Изобретение относится к устройству для извлечения и анализа образца прямого анализа. Устройство для извлечения и анализа образца прямого анализа, образованного из расплавленного металлического материала, содержащегося в узле камеры для образца, причем узел камеры для образца содержит, по меньшей мере, корпус образца, закрывающую пластину и замыкающее средство, содержащее шкаф, ограничивающий внутреннюю часть и содержащий по меньшей мере одно отверстие для входа корпуса образца в шкаф, и анализирующее средство, расположенное внутри шкафа, для выполнения анализа поверхности для анализа образца; средство извлечения, выполненное с возможностью удаления, по меньшей мере, замыкающего средства, для открытия по меньшей мере части поверхности для анализа образца; и средство транспортировки, выполненное с возможностью удержания и транспортировки корпуса образца, по меньшей мере, между положением извлечения образца, в котором замыкающее средство удаляют средством извлечения, и положением анализа образца, в котором поверхность для анализа образца анализируют анализирующим средством, и причем положение извлечения образца и положение анализа образца отличны друг от друга.

Флуоресцентные конъюгаты и их применение для диагностики опухоли // 2720976

Группа изобретений относится к области биомедицинских исследований, в частности к соединениям, которые можно применять для диагностики опухолей. Предложен флуоресцентный конъюгат, содержащий флуорохромный фрагмент F, соединенный c нацеливающим фрагментом T, где фрагмент F имеет формулу (I): Нацеливающий фрагмент Т обладает аффинностью в отношении опухолевого маркера.

Обнаружение углеводородов // 2720734

Изобретение относится к вычислительной технике. Технический результат заключается в обеспечении удаленного обнаружения загрязнения на поверхности моря.

Препараты, осуществляющие рнк-интерференцию, для модуляции гена gst-pi // 2719185

Изобретение относится к биотехнологии. Описана siRNA для ингибирования экспрессии GST-π, содержащая смысловую цепь и антисмысловую цепь, где цепи образуют дуплексную область, и где антисмысловая цепь представляет собой SEQ ID NO:157, и смысловая цепь представляет собой SEQ ID NO:131, где длина каждой цепи составляет 30 нуклеотидов или менее.