Способ прогнозирования резистентности

Авторы патента:

C12Q2600/124 - Способы измерения или испытания, использующие ферменты или микроорганизмы (иммунологический анализ G01N 33/53); составы или индикаторная бумага для них; способы получения подобных составов; контроль за условиями в микробиологических или ферментативных процессах

C12Q1/68 - использующие нуклеиновые кислоты

Владельцы патента RU 2754039:

АКВА ГЕН АС (NO)

Изобретение относится к области биотехнологии. Описана группа изобретений, включающая способ прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN) и способ отбора радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В одном из вариантов реализации изобретения способ прогнозирования повышенной резистентности радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы включает в себя определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"), в геноме указанной радужной форели, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Изобретение расширяет арсенал средств для прогнозирования повышенной резистентности радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы. 2 н. и 4 з.п. ф-лы, 3 ил., 4 табл., 4 пр.

Область изобретения

Настоящее изобретение относится, главным образом, к полиморфизмам, и, в частности, к однонуклеотидным полиморфизмам (SNP), ассоциированным с повышенной резистентностью радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN). В частности, настоящее изобретение относится к способам прогнозирования повышенной резистентности радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN) и к способам селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Кроме того, настоящее изобретение относится к радужной форели, клеткам радужной форели и к их популяциям, имеющим по меньшей мере один аллель, например, по меньшей мере два аллеля, сообщающих резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN") в их геноме, а также к молекулам нуклеиновых кислот, содержащим нуклеотидные последовательности, ассоциированные с SNP по настоящему изобретению.

Уровень техники, к которому относится изобретение

Инфекционный некроз поджелудочной железы (IPN) представляет собой вирусное заболевание, вызывающее высокую смертность при разведении радужной форели в Норвегии и во всем мире. Заболевание вызывается вирусом IPN (IPNV), классифицируемым как водный биРНК-вирус, вызывающий некроз клеток поджелудочной железы и клеток печени, что приводит к летаргии и внезапной гибели.

Компании по разведению, такие как AquaGen AS, проводят непрерывные программы селекции рыб, нацеленные на улучшение исходных аквакультур в отношении резистентности к заболеванию, и были разработаны протоколы для исследования резистентности рыб к нескольким конкретным заболеваниям. Эти испытания с заражением используют для селекции рыб в качестве производителей, которые обладают резистентностью выше средней к рассматриваемым заболеваниям. Общепринятые испытания вовлекают испытание с контролируемым заражением сибсов кандидатов для разведения. Однако этой методологии препятствует тот факт, что инфицированную рыбу нельзя использовать в качестве производителя (родителей следующего поколения). Таким образом, необходимо прибегать к выбору случайных (неисследованных) животных из семей исследованных рыб, которые продемонстрировали наилучшие результаты в испытании с заражением (так называемая семейная селекция).

Таким образом, существует потребность в усовершенствованных методологиях оценки резистентности радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), в частности, методологиях, которые позволяют прямой анализ и селекцию особей, резистентных к IPN, при сохранении возможности использования исследованной рыбы в качестве производителя.

Сущность изобретения

В первом аспекте настоящее изобретение относится к способу прогнозирования резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN). В частности, настоящее изобретение относится к способу прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:

определение присутствия по меньшей мере одного (например, по меньшей мере двух) аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"), в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:

Радужная форель имеет увеличенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда нуклеотид по меньшей мере одного аллеля представляет собой нуклеотид, соответствующий аллелю резистентности к IPN соответствующего SNP. Аллель резистентности к IPN для каждого SNP указан в таблице 1.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:

определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267, chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX_89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX_89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX_89956272, chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 и chr1_10884171.

Радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда нуклеотид по меньшей мере одного аллеля представляет собой нуклеотид, соответствующий аллелю резистентности к IPN соответствующего SNP. Аллель резистентности к IPN для каждого SNP указан в таблице 1.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В частности, настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN") в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели; и

отбор указанной радужной форели как имеющей увеличенную резистентность, когда присутствует по меньшей мере один аллель резистентности к IPN.

Согласно конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность, когда нуклеотид по меньшей мере одного аллеля представляет собой нуклеотид, соответствующий аллелю резистентности к IPN соответствующего SNP. Аллель резистентности к IPN для каждого SNP указан в таблице 1.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267, chr1-7515539, chr1-7108873, chr1-6864558, chr1-7186663, chr1-6730531, chr1-27891953, AX-89953259, chr1-6740481, chr1-6770611, chr1-7412807, chr1-7360179, chr1-7411803, chr1-7431445, chr1-7433199, chr1-7441254, chr1-7441877, chr1-7533570, chr1-6834898, chr1-6730142, chr1_6746052, chr1-6794061, chr1-7399212, chr1-7442637, chr1-7358019, chr1-7709828, chr1-7598090, chr1-7626471, chr1-7598743, chr1-7670293, chr1-7670561, chr1-7647634, chr1-7356089, chr1-8109044, chr1-10439048, chr1-8142346, chr1-8092208, chr1-8138683, chr1-8139206, chr1-8139744, chr1-8140789, chr1-8141687, chr1-8154917, chr1-7454708, chr1-7504847, chr1-7505686, chr1-7505817, chr1-8202031, chr1-8228173, chr1-8309469, chr1-8163977, chr1-27786931, chr1-8194629, chr1-7505259, chr1-8474659, chr1-8282602, chr1-8306806, chr1-8341618, chr1-8343786, chr1-8345836, chr1-8350569, chr1-8402403, AX-89962103, chr1-8279302, chr1-8334901, chr1-7561600, AX-89956272, chr1-7938827, chr1-10810229, chr1-11007071 и chr1-10884171, и

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к радужной форели, такой как изолированная радужная форель, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В частности, настоящее изобретение относится к радужной форели или к ее потомству, содержащим в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к радужной форели или ее потомству, таким как изолированная радужная форель или ее потомство, которые содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к радужной форели или ее потомству, которые содержат в их геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, получаемым способом, включающим стадии:

генотипирования форели, отбора особей, имеющих по меньшей мере один аллель, предпочтительно два аллеля, сообщающих резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"); и скрещивания особей таким образом, чтобы по меньшей мере одна особь в каждой скрещенной паре имела два аллеля, сообщающих резистентность к IPN.

Согласно определенным вариантам осуществления у радужной форели или ее потомства, получаемых этим способом, по меньшей мере один аллель резистентности к IPN может представлять собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Кроме того, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1. Кроме того, радужная форель или ее потомство могут содержать в их геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к популяции радужной форели, такой как изолированная популяция, причем каждая особь в популяции имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В частности, настоящее изобретение относится к популяции радужной форели, причем каждая особь в популяции содержит в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции радужной форели, такой как изолированная популяция радужной форели, причем каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к популяции радужной форели, содержащей в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, получаемой посредством способа, включающего стадии:

Согласно определенным вариантам осуществления в популяции радужной форели, получаемой этим способом, по меньшей мере один аллель резистентности к IPN может представлять собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP). Кроме того, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1. Кроме того, популяция радужной форели может содержать в ее геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к клетке радужной форели, такой как выделенная клетка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к клетке радужной форели, такой как выделенная клетка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к популяции клеток радужной форели, такой как выделенная популяция клеток радужной форели, причем каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится популяции клеток радужной форели, такой как выделенная популяция клеток радужной форели, причем каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к икринке радужной форели, такой как выделенная икринка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к икринке радужной форели, такой как выделенная икринка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, причем каждая индивидуальная икринка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, причем каждая индивидуальная икринка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к молекуле нуклеиновой кислоты, такой как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к молекуле нуклеиновой кислоты, такой как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79, 80, 230, 231 и 232 b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79, 80, 230, 231 и 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к олигонуклеотиду, такому как выделенный олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, таких как по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательность выбранный из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарная указанному олигонуклеотиду.

Краткое описание чертежей

Фиг.1. "Манхэттенский график" по результатам полногеномного исследования ассоциаций (GWAS), в котором проводился поиск SNP, ассоциированных с резистентностью к IPN у радужной форели. SNP, распределенные по геному радужной форели, исследовали в отношении их ассоциации с резистентностью к IPN, и, следовательно, в отношении их способности прогнозировать резистентность к IPN. Каждая точка данных соответствует одному индивидуальному SNP, каждый SNP исследовали индивидуально. Положение SNP (ось x) соответствует их положению на генетической карте для женских особей. Горизонтальная линия указывает на уровень значимости, соответствующий частоте ложноположительных результатов (α) 0,05, когда нуль-гипотеза предполагает, что ни один из SNP не ассоциирован с резистентностью к IPN, и с использованием поправки Бонферрони для внесения поправки на тот факт, что было исследовано (приблизительно) 50000 SNP. Поправка Бонферрони в этом случае является высококонсервативной, поскольку она предполагает, что все тесты (SNP) являются независимыми, но они такими не являются. На оси y нанесены на график SNP в соответствии с обратным значением логарифма с основанием 10 их значений p. Как проиллюстрировано на фигуре, SNP, наиболее ассоциированные с резистентностью к IPN, расположены на хромосоме 1.

Фиг.2. Уровни значимости для SNP, расположенных на хромосоме 1 радужной форели, которые исследовали в отношении их ассоциации с резистентностью к IPN. SNP упорядочены в соответствии с их положением на генетической карте (точнее, на генетической карте не основе рекомбинаций, встречающихся у самок радужной форели). cM=сантиморган, стандартная единица измерения генетического расстояния; -log10(значение p)=отрицательное значение логарифмов с основанием 10 значений p для SNP.

Фиг.3. Уровни значимости для SNP, полученных в исследовании, идентифицирующем дополнительные SNP, ассоциированные с резистентностью к IPN (пример 3). Новые и уже известные SNP на хромосоме 1 исследовали в отношении их ассоциации с резистентностью к IPN. Величины на оси x представляют собой положения в парах оснований для SNP вдоль эталонной последовательности ДНК хромосомы 1 радужной форели, величины на оси y представляют собой отрицательное значение логарифма с основанием 10 значений p.

Подробное описание изобретения

Если в настоящем описании не определено конкретно, все использованные технические и научные термины обладают тем же значением, которое обычно подразумевает специалист в области генетики, биохимии и молекулярной биологии.

Все способы и материалы, сходные или эквивалентные способам и материалам, описанным в настоящем описании, можно использовать при применении на практике или исследовании настоящего изобретения, причем подходящие способы и материалы описаны в настоящем описании. Все публикации и патентные заявки, патенты и другие ссылки, упомянутые в настоящем описании, включены в настоящее описание в качестве ссылок в полном объеме. В случае противоречия, настоящее описание, включая определения, будет иметь приоритет.

Полиморфизмы и аллель(и) резистентности к IPN по изобретению

Авторы настоящего изобретения идентифицировали локус количественных признаков (QTL), ответственный за значительную часть генетического варьирования резистентности к IPN у радужной форели. Более конкретно, авторы настоящего изобретения идентифицировали полиморфизмы, и, в частности, однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), в геноме, более конкретно на хромосоме 1, радужной форели, которые ассоциированы с увеличенной резистентностью рыбы к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN). Конкретные детали, касающиеся однонуклеотидных полиморфизмов по изобретению, представлены в таблице 1 ниже. Соответствующие нуклеотидные последовательности, включающие SNP (в положении 36), показаны в таблице 2.

Полиморфизмы по изобретению могут присутствовать в любой из двух форм, т.е. полиморфизмы имеют два аллеля. Один аллель может быть охарактеризован как аллель, сообщающий резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Это означает, что радужная форель, имеющая такой аллель в положении полиморфизма, подробно описанного в настоящем описании, демонстрирует повышенную резистентность к IPN. Этот аллель обозначают в настоящем описании как "аллель резистентности к IPN". Соответствующий аллель резистентности к IPN для каждого из однонуклеотидных полиморфизмов по изобретению указан в таблице 1 ниже. Таким образом, аллель резистентности к IPN в соответствии с настоящим изобретением можно использовать для прогнозирования увеличенной резистентности радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Аллель резистентности к IPN в соответствии с настоящим изобретением также можно использовать для селекции радужной форели, имеющей увеличенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Другой аллель может быть охарактеризован как аллель, который не сообщает увеличенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Такой аллель обозначают в настоящем описании как "аллель не резистентности к IPN".

Радужная форель представляет собой диплоидный, в некоторых случаях триплоидный, организм, и, таким образом, она обладает по меньшей мере двумя копиями полиморфизмов по изобретению (по одной копии на каждой копии хромосомы 1).

Как продемонстрировано в настоящем описании, если по меньшей мере один аллель полиморфизма, и, более конкретно, SNP, представляет собой соответствующий аллель резистентности к IPN, тогда радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы по сравнению с радужной форелью, у которой оба аллеля представляют собой аллель не резистентности к IPN (т.е. такая радужная форель является гомозиготной по аллелю не резистентности к IPN). В значительном большинстве случаев резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы еще более возрастает, если оба аллеля полиморфизма, и, более конкретно SNP, представляют собой соответствующий аллель резистентности к IPN (такая радужная форель является гомозиготной по аллелю резистентности к IPN). Такое дальнейшее повышение, например, наблюдают для SNP AX-89929954 (SNP #1), AX-89918280 (SNP #2) и chr1_7515539 (SNP # 160), которые являются наиболее статистически значимыми SNP, ассоциированными с IPN (см. таблицу 3).

Полиморфизм по изобретению может представлять собой любой из нескольких полиморфизмов, ассоциированных с повышенной резистентностью радужной форели к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В частности, полиморфизм по изобретению представляет собой полиморфизм, расположенный на хромосоме 1 радужной форели (согласно номенклатуре Palti et al. (2011)), т.е. полиморфизм, обнаруженный на хромосоме 1, исходя из анализа генетического сцепления, флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) или любого другого способа, который приписывает ДНК-полиморфизмы их соответствующим хромосомам.

Полиморфизм по изобретению может представлять собой любой полиморфизм, включая однонуклеотидный полиморфизм, расположенный в любой из геномных последовательностей радужной форели, приведенных в столбце под названием "контиг GenBank" в таблице 1.

Полиморфизм по изобретению может представлять собой любой полиморфизм, включая однонуклеотидный полиморфизм, расположенный в геномной последовательности радужной форели, имеющей ID GenBank FR904293.1.

Полиморфизм по изобретению может представлять собой любой полиморфизм, включая однонуклеотидный полиморфизм, генетическое расстояние которого от SNP AX-89929954 является меньшим или равным 10 сантиморган. В рамках настоящего изобретения, генетическое расстояния оценивают на основе события рекомбинации у самки радужной форели, но не на основе событий рекомбинации у самца радужной форели. Специалисту в данной области известно, как оценивать расстояния на генетической карте, а также то, какие данные требуются для этой оценки.

Полиморфизм по изобретению может представлять собой любой полиморфизм, включая однонуклеотидный полиморфизм, который находится в прочном неравновесии по сцеплению (LD) с SNP AX-89929954. В рамках настоящего изобретения, полиморфизмы определяют как находящиеся в высоком LD, если квадрат коэффициента корреляции между двумя локусами (r², наиболее часто используемая мера LD) равен или превышает 0,5. Специалисту в данной области известно, как оценивать r², а также какие данные требуются для этой оценки.

Полиморфизм по изобретению может представлять собой по меньшей мере один из однонуклеотидных полиморфизмов, приведенных в таблице 1. Таким образом, согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из SNP, приведенных в таблице 1. Каждый из SNP, приведенных в таблице 1, рассматривается как индивидуально описанный в качестве части настоящего изобретения.

Таблица 1: SNP, ассоциированные с повышенной резистентностью к IPN. A=аденин, G=гуанин; C=цитозин, T=тимин. ID Affymetix представляет собой уникальный идентификатор, присвоенный каждому SNP в Affymetrix, являющемся поставщиком коммерческого анализа для генотипирования, который включает многие из SNP, приведенных в таблице; ID Affymerix служит в качестве ссылки на дополнительные детали, касающиеся SNP, предоставленные в файле, который может быть загружен с http://www.affymetrix.com/estore/. Контиг GenBank представляет собой название контига ДНК GenBank (последовательность генома радужной форели), где расположен SNP, и положение представляет собой положение SNP в контиге. dbSNP ss-no.(ss#) представляет собой заявочный номер SNP в базе данных однонуклеотидных полиморфизмов (dbSNP) NCBI (National Center for Biotechnology Information); соответствующий ссылочный номер SNP (rs#) может быть извлечен из NCBI.

SNP #	Название - ID Affymetrix	SEQ ID NO:	Контиг GenBank	Положение в контиге GenBank	dbSNP ss-No. (ss#)	Аллель резистент-ности к IPN	Аллель не резистент-ности к IPN
1	AX-89929954	1	FR904293.1	1651243	1398298005	C	A
2	AX-89918280	2	FR904293.1	1353665	1399389616	G	A
3	AX-89938309	3	FR930508.1	112	1958018818	T	G
4	AX-89960828	4	FR932837.1	3160	1399779599	T	C
5	AX-89930342	5	FR904678.1	635143	1947222023	G	T
6	AX-89928530	6	CCAF010009978.1	26749	1958018819	G	A
7	AX-89949788	7	CCAF010004413.1	12904	1399149964	G	A
8	AX-89928131	8	CCAF010064480.1	22746	1398895466	A	G
9	AX-89949832	9	CCAF010004406.1	28738	1398503537	A	C
10	AX-89916790	10	FR913799.1	19857	1398404711	T	C
11	AX-89973719	11	FR904293.1	1133744	1398781172	A	G
12	AX-89962023	12	FR905874.1	180661	1399167685	T	G
13	AX-89921280	13	CCAF010065595.1	582	1958018820	A	G
14	AX-89931666	14	FR904678.1	34120	1398786470	A	G
15	AX-89921585	15	FR904678.1	474477	1958018821	A	G
16	AX-89953905	16	FR904293.1	1653144	1958018822	G	A
17	AX-89952945	17	CCAF010008412.1	13251	1398012752	T	C
18	AX-89934682	18	CCAF010013460.1	37152	1399451952	T	G
19	AX-89951942	19	CCAF010065594.1	2104	1399313562	T	C
20	AX-89937020	20	FR905950.1	96027	1398530423	A	C
21	AX-89924837	21	FR907200.1	27594	1398178048	A	C
22	AX-89958601	22	FR941615.1	565	1399167665	G	A
23	AX-89923477	23	FR904678.1	226522	1398405156	A	C
24	AX-89959350	24	FR904678.1	213771	1398405213	T	G
25	AX-89929482	25	FR915682.1	18182	1958018823	T	G
26	AX-89937712	26	CCAF010064481.1	7407	1398895514	A	G
27	AX-89949602	27	CCAF010031932.1	11494	1398103752	G	A
28	AX-89925103	28	CCAF010064481.1	13695	1398895535	A	G
29	AX-89938051	29	FR934499.1	1547	1399453527	T	C
30	AX-89924174	30	FR904977.1	400797	1397830928	A	G
31	AX-89936461	31	FR904503.1	739897	1397951621	G	A
32	AX-89916703	32	CCAF010010010.1	3461	1398072822	T	G
33	AX-89935317	33	FR950362.1	1884	1398377786	T	C
34	AX-89966423	34	FR905282.1	358121	1399924230	C	T
35	AX-89933348	35	FR904343.1	1639174	1397844923	T	C
36	AX-89969315	36	FR904977.1	54937	1958018824	T	C
37	AX-89919958	37	-	-	1399438973	G	A
38	AX-89968417	38	CCAF010031923.1	32394	1398245860	A	G
39	AX-89946851	39	CCAF010004466.1	1967	1958018825	G	A
40	AX-89976917	40	FR904293.1	2327239	1398180239	C	T
41	AX-89945446	41	FR968676.1	1099	1399533056	G	A
42	AX-89919457	42	FR904381.1	1273596	1398863772	G	T
43	AX-89973597	43	FR906031.1	36393	1399449790	T	C
44	AX-89938138	44	FR913799.1	490	1398404618	T	C
45	AX-89971866	45	CCAF010031920.1	30454	1958018826	T	C
46	AX-89958882	46	CCAF010052946.1	13953	1399924706	C	A
47	AX-89961273	47	CCAF010031914.1	39607	1399509347	G	A
48	AX-89944901	48	CCAF010005406.1	331	1398303825	A	G
49	AX-89919465	49	FR910575.1	22175	1398003168	G	T
50	AX-89959425	50	CCAF010011658.1	30908	1399510298	G	A
51	AX-89917102	51	CCAF010031900.1	8080	1398786550	T	C
52	AX-89959281	52	CCAF010086830.1	12600	1399845186	G	A
53	AX-89916766	53	CCAF010034613.1	16962	1398773412	G	T
54	AX-89920507	54	-	-	1958018827	T	A
55	AX-89957370	55	HG973520.1	2622978	1399185465	A	C
56	AX-89934009	56	FR904293.1	2034797	1958018828	G	A
57	AX-89929663	57	CCAF010005452.1	22290	1958018829	C	A
58	AX-89952300	58	CCAF010056921.1	2048	1399343172	G	T
59	AX-89916572	59	FR904293.1	914413	1958018830	T	G
60	AX-89946911	60	FR904503.1	1083993	1958018831	T	C
61	AX-89974593	61	-	-	1397844976	C	A
62	AX-89927158	62	CCAF010077121.1	16057	1399413068	A	C
63	AX-89970383	63	FR906481.1	114723	1958018832	G	A
64	AX-89965404	64	FR904294.1	287791	1958018833	C	T
65	AX-89955634	65	FR905454.1	302890	1958018834	T	C
66	AX-89932926	66	CCAF010004500.1	3394	1399419631	G	T
67	AX-89941493	67	CCAF010008330.1	11016	1398381496	A	G
68	AX-89943031	68	FR915682.1	18027	1399011222	C	T
69	AX-89957682	69	CCAF010044148.1	5113	1399499631	A	G
70	AX-89960611	70	FR904301.1	1592957	1399172382	T	C
71	AX-89950199	71	HG973520.1	2957326	1958018835	T	C
72	AX-89928407	72	FR904678.1	632394	1398105778	T	C
73	AX-89962035	73	CCAF010004633.1	13819	1398455543	C	T
74	AX-89931951	74	CCAF010011658.1	6770	1399511408	A	C
75	AX-89976536	75	HG973520.1	10078713	1399510949	T	G
76	AX-89916801	76	FR933232.1	298	1397811509	G	A
77	AX-89929085	77	CCAF010044174.1	47606	1958018836	G	A
78	AX-89925267	78	HG973520.1	723322	1958018837	G	T
160	chr1_7515539	160	FR904293.1	1279149	1947221883	G	T
161	chr1_7108873	161	CCAF010004472.1	29772	1947221884	G	A
162	chr1_6864558	162	FR904293.1	1930130	1947221885	C	T
163	chr1_7186663	163	CCAF010004468.1	16367	1947221886	T	C
164	chr1_6730531	164	FR904293.1	2064157	1947221887	T	G
165	chr1_27891953	165	FR904658.1	512537	1947221888	T	C
166	AX-89953259	166	CCAF010004501.1	540	1947221889	G	T
167	chr1_6740481	167	FR904293.1	2054207	1947221890	T	C
168	chr1_6770611	168	FR904293.1	2024077	1947221891	C	T
169	chr1_7412807	169	FR904293.1	1381881	1947221892	G	C
170	chr1_7360179	170	FR904293.1	1434509	1947221893	A	T
171	chr1_7411803	171	FR904293.1	1382885	1947221894	G	A
172	chr1_7431445	172	FR904293.1	1363243	1947221895	C	T
173	chr1_7433199	173	FR904293.1	1361489	1947221896	C	A
174	chr1_7441254	174	FR904293.1	1353434	1947221897	A	G
175	chr1_7441877	175	FR904293.1	1352811	1947221898	A	C
176	chr1_7533570	176	FR904293.1	1261118	1947221899	G	A
177	chr1_6834898	177	FR904293.1	1959790	1947221900	T	C
178	chr1_6730142	178	FR904293.1	2064546	1947221901	T	C
179	chr1_6746052	179	FR904293.1	2048636	1947221902	G	A
180	chr1_6794061	180	FR904293.1	2000627	1947221903	G	T
181	chr1_7399212	181	CCAF010004460.1	4509	1947221904	T	C
182	chr1_7442637	182	FR904293.1	1352051	1947221905	A	G
183	chr1_7358019	183	FR904293.1	1436669	1947221906	G	A
184	chr1_7709828	184	CCAF010004440.1	18118	1947221907	A	C
185	chr1_7598090	185	CCAF010004445.1	30169	1947221908	T	C
186	chr1_7626471	186	CCAF010004445.1	1788	1947221909	G	A
187	chr1_7598743	187	CCAF010004445.1	29516	1947221910	T	G
188	chr1_7670293	188	FR904293.1	1124395	1947221911	A	T
189	chr1_7670561	189	FR904293.1	1124127	1947221912	T	G
190	chr1_7647634	190	CCAF010004444.1	4148	1947221913	T	A
191	chr1_7356089	191	FR904293.1	1438599	1947221914	C	G
192	chr1_8109044	192	FR904293.1	685644	1947221915	G	A
193	chr1_10439048	193	CCAF010013455.1	19790	1947221916	A	C
194	chr1_8142346	194	CCAF010004413.1	25975	1947221917	T	C
195	chr1_8092208	195	FR904293.1	702480	1947221918	T	G
196	chr1_8138683	196	CCAF010004413.1	29638	1947221919	A	T
197	chr1_8139206	197	CCAF010004413.1	29115	1947221920	G	T
198	chr1_8139744	198	CCAF010004413.1	28577	1947221921	G	C
199	chr1_8140789	199	CCAF010004413.1	27532	1947221922	T	A
200	chr1_8141687	200	CCAF010004413.1	26634	1947221923	A	G
201	chr1_8154917	201	CCAF010004413.1	13404	1947221924	G	T
202	chr1_7454708	202	FR904293.1	1339980	1947221925	T	C
203	chr1_7504847	203	FR904293.1	1289841	1947221926	T	C
204	chr1_7505686	204	FR904293.1	1289002	1947221927	T	A
205	chr1_7505817	205	FR904293.1	1288871	1947221928	A	T
206	chr1_8202031	206	CCAF010004411.1	32050	1947221929	T	G
207	chr1_8228173	207	CCAF010004411.1	5908	1947221930	A	G
208	chr1_8309469	208	CCAF010004406.1	46564	1947221931	T	C
209	chr1_8163977	209	CCAF010004413.1	4344	1947221932	A	C
210	chr1_27786931	210	FR904658.1	617559	1947221933	C	G
211	chr1_8194629	211	CCAF010004411.1	39452	1947221934	A	G
212	chr1_7505259	212	FR904293.1	1289429	1947221935	G	A
213	chr1_8474659	213	FR904293.1	320029	1947221936	C	T
214	chr1_8282602	214	FR904293.1	512086	1947221937	T	G
215	chr1_8306806	215	CCAF010004406.1	49227	1947221938	T	A
216	chr1_8341618	216	CCAF010004406.1	14415	1947221939	A	G
217	chr1_8343786	217	CCAF010004406.1	12247	1947221940	C	T
218	chr1_8345836	218	CCAF010004406.1	10197	1947221941	T	C
219	chr1_8350569	219	CCAF010004406.1	5464	1947221942	A	G
220	chr1_8402403	220	FR904293.1	392285	1947221943	G	A
221	AX-89962103	221	FR904678.1	32488	1947221944	A	G
222	chr1_8279302	222	FR904293.1	515386	1947221945	A	G
223	chr1_8334901	223	CCAF010004406.1	21132	1947221946	A	G
224	chr1_7561600	224	CCAF010004449.1	1915	1947221947	A	G
225	AX-89956272	225	FR904678.1	215682	1947221948	T	C
226	chr1_7938827	226	FR904293.1	855861	1947221949	A	G
227	chr1_10810229	227	HG973520.1	3299862	1947221950	T	C
228	chr1_11007071	228	HG973520.1	3103020	1947221951	G	T
229	chr1_10884171	229	HG973520.1	3225920	1947221952	C	T

NCBI dbSNP ss-no. в таблице 1 выше указывает на эталонную последовательность и положение SNP в этой эталонной последовательности. Специалисты в данной области могут без труда идентифицировать эталонную последовательность и положение SNP с использованием заявочного номера dbSNP ss.

Таблица 2: Нуклеотидная последовательность, содержащая SNP. [Аллель резистентности к IPN/аллель не резистентности к IPN] указывает на полиморфный участок, включающий аллельные варианты.

SNP #	Название	SEQ ID NO:	Нуклеотидная последовательность, содержащая SNP	Аллель резистентности к IPN	Аллель не резистентности к IPN
1	AX-89929954	1	GAAAGAAACAGTGATAGGCTTTTAGTGAGCACATA[C/A]ATTTGACACACAGTTGTGTGAAAACAAAGCATGTG	C	A
2	AX-89918280	2	AATATATGCCTTATATCAGGATCGCTAACCACAGA[G/A]CAGGATTACAATTTAATACTTGCACAATATACATA	G	A
3	AX-89938309	3	TCCTTGTATCGCAGAACTTTTAAATGTTTGAATCC[T/G]TCTTGATGTTATGTGATTGGTGGATTCAAATAAGT	T	G
4	AX-89960828	4	GATGCAGGGTTGCACAGAACGTTGATGCCAGTAGT[T/C]ATGGCATGGCTCTCAGTACAAACTCATACTGAGTG	T	C
5	AX-89930342	5	GAATGGCAATTAATTTCATGCTGAACTAACTGAAT[G/T]AAGAAAGGAAATGACCCCAACCCTGGTTGCATACT	G	T
6	AX-89928530	6	CTCACATTCTTCACCTTATTGGAATGCATGGAAAG[G/A]CGCCATGGGAAGCTCACTGCGGTTTCGAACCTACG	G	A
7	AX-89949788	7	AGTCAAAACCATGAAAAAGCTGATTTTAGAATGAC[G/A]TTTGTAACACTCTCCATGATGACGGTTAATAGAAG	G	A
8	AX-89928131	8	CGTGTCAATATTGGAACGACTAAATACGTGAATCT[A/G]TCAGGACGGGTGAACTGAGCACAAATCTAGATCAT	A	G
9	AX-89949832	9	AGTCCCTCCCTTAGTGGTATCAAACCATAACTAAT[A/C]ATTTCTTCACAAATTATGGAACAAAAATAAATCCC	A	C
10	AX-89916790	10	AAACGGAGTGCCGAAGACTCTGAACTCACAGACTC[T/C]CTGCCGAAAAAAACGAAAGTAATGTCCTCAACTCT	T	C
11	AX-89973719	11	TGTAAATTCATAAGTAAAGAGAACACCTGTTTAAG[A/G]AGAGCACATTATGCAAAACCTCATATGGAAAACGT	A	G
12	AX-89962023	12	GCGTGGACACATGAGGGACGCTGTGCTCCCTGTGT[T/G]CTCCCAGCAACACGAGGTAATTCTGCAGAACAACC	T	G
13	AX-89921280	13	AAAGGAAGAAGAATGGTCAGGAGAGGTAAGGTTGG[A/G]AGGAATTATGCTTTTCAATGATCTGGTCCTGCAAG	A	G
14	AX-89931666	14	GCAATAATAACCATTGAAAAATATGCTTTGGGAAT[A/G]TCTCCATTCTTTCCCTAGTCCAATATGTGTTCTTT	A	G
15	AX-89921585	15	AGGGGCGGTTAGACACATGGGTGTGGCTAGAAATG[A/G]GGGTTGGTGACACCCACTCCTTGGCACTCGATGAT	A	G
16	AX-89953905	16	CAGCCAGCTTTCGAGTAGCAGGGAGAGGACAGTAA[G/A]TATTGACACAGTGTAAGCACTAGGCAGCACTAGGC	G	A
17	AX-89952945	17	CAATACAATGAGGTGTAAATGGTTGAATTCACTGT[T/C]GGATAAAGACTGCAGGACAGGCCAGTAAAACATTT	T	C
18	AX-89934682	18	GTCCTCTATGCCTCCTATGAGTTCTTCGAGGCCAT[T/G]TGCAGCGTGAGTAGCTGCCTGGACCCCATGCTGTA	T	G
19	AX-89951942	19	ATTACTTTTGAATCACAGCTTCAGCATATAGCCCT[T/C]GCTATAGATACAATTCATACATCAAGATAATGACT	T	C
20	AX-89937020	20	TATAGTAGATAATTGATTCAAATGGCAGTTGTATT[A/C]CACTTTTGTTTTTCTTTACAGTGGTCAGTGCTATT	A	C
21	AX-89924837	21	CACACAAGGTAGATACACCTGCAGAGCATGTTTCG[A/C]AAATTAATAAGGTAAGTCTGAATACCAAATACTGA	A	C
22	AX-89958601	22	CTGTTGTTGGCCAGATTACCATCAGTGCAGTTGGA[G/A]TTCAGGCCTTATCTCTGCCTCACACAACATCATCT	G	A
23	AX-89923477	23	ATGGGTCGTGTTCATCAGGCAGAAAAATGACGTAT[A/C]ATGCCCTAATGAACATGACCCTGGCATTACCTAGA	A	C
24	AX-89959350	24	GAACCCCTAGGCTAGATGTTCAACCTGGCCTCAGG[T/G]CAATTCTGAAGATTTGGTACGCAAATATGTTCGCC	T	G
25	AX-89929482	25	CTGTTCATTCTGTCTGTTTCAGTTGGTGCTCTGGA[T/G]AGGAGAAAAGCCCACCTGCTGTGAGCCCCTTATTG	T	G
26	AX-89937712	26	TCAGCGTCCTACAGCTAAACCATACGATGAAATTA[A/G]AACAATAAATTCAGTGTGATATCCGTTATGGACCA	A	G
27	AX-89949602	27	AGGTGGCAGGAAAAAGAATACCTCCAGCCAATCGC[G/A]TGACATCTGTCCATTCAAGCTGCAGCGAATCTGAC	G	A
28	AX-89925103	28	CACGTCTCTCCAAAACGTTTCCACTTACTTTCCCA[A/G]GAAGCCTTTCCCGTTGGGCTGCTCCTTCAGCCACT	A	G
29	AX-89938051	29	TCCATAGTGGCTACCAGCCCACATACGCACTGACA[T/C]AATCACAGACAGACTGACAGACAGCAGCTTGATCA	T	C
30	AX-89924174	30	ATTTGAGAATCAGATGCAGAAGAGCAAGGTTTTCC[A/G]AGCCTGTGGCTATCCTCCATACGATTCAACCACCT	A	G
31	AX-89936461	31	TACCGTACAGCCCTGCTAAAGGAGGAAAACAAGGG[G/A]CATGATGGTATGTCTTGGGGCTTCCTCAGGGCCCA	G	A
32	AX-89916703	32	AAACAACTCTTCAAGATGATGAGTAACAACCAAAG[T/G]CAGAAATTCCCCTTAAAATAACTGAAAGGAAAAAG	T	G
33	AX-89935317	33	GTGTTTGTAAACTGGTAATTGAAATTGTACTGATA[T/C]CAGATGATGTAGAAATAAATGTGTTTTGATGTAGG	T	C
34	AX-89966423	34	TACAGAGGAGCTATGGGCTTCATCCTCATGTACGA[C/T]ATCTGCAATGAAGAGTCCTTCAACGCTGTGCAGGA	C	T
35	AX-89933348	35	GGCCCCATTATTTTGGCTTCTTGTGTAGCAGACTT[T/C]GTAGTGTGTAAGGAAGCCTTGCTGGTCTTGCACAG	T	C
36	AX-89969315	36	TCTGCTGAGCTCCCCTGAAAGACTGTGAGTCACAA[T/C]GGTCATTTATTTACCTTCTCTGCTTCACTCAACAC	T	C
37	AX-89919958	37	ACTATTCCTCACATGCTACAGAATAGCTAGGGTAA[G/A]AGGATAGTAACATTAACCATAACACCAAAGCTAAT	G	A
38	AX-89968417	38	TCCAGTCCCACTAGTTTGGCTTTGAAGTCGCGGAT[A/G]GTAGACTCGCTCTTGTATCTCTTCTCAGTCAGGTC	A	G
39	AX-89946851	39	GTAAAGGCTAGCAGACCCTGGGAACATTCCCCTGC[G/A]CTCAGCCTCTCTGCCATGGAGGAAATGCTAAAAGT	G	A
40	AX-89976917	40	TTTTGAACAGCACTTATCTCTTCTCTCCAGAGGGG[C/T]ATATCACAGAGCATGACCAAAAAGTTAGCCAGCTA	C	T
41	AX-89945446	41	AAGTTGACCTCTTATGATTTTATTATTGGTTTGTG[G/A]TGCAAGATGTTCTGTCCAGGTTTCAACTTATAGCC	G	A
42	AX-89919457	42	ACCACCACACCTGCCTGAGTCATGTAAGAAGATTA[G/T]GCATGGTGGATGGAGGTGGGAAGACAATTAATGGT	G	T
43	AX-89973597	43	TGGTCGTCTGAGCCCTATGTAGTGAATTCAAACTT[T/C]CTTGTCTAAGCCAAGTATCAACCTGCAAACCCAAG	T	C
44	AX-89938138	44	TCCCCTTCTGTGTGCTCAAGGTGTGAATATTTTAT[T/C]GTTAACTTACTTCACTCGTGTCCTGCAGTTAGATG	T	C
45	AX-89971866	45	AGCAGGCAGGTTGAGACAAGCCTGCAGGGCCAATA[T/C]CTGTCACTATCATAACTCAAGCCAACAATACCCAA	T	C
46	AX-89958882	46	CTTGCTTGCCATCACCCGTCTGGTCCAAGGGACTA[C/A]GGTCAATATAACCTCCAATCTTAGTAACCTACCTC	C	A
47	AX-89961273	47	GCAGACACCCTGGGCAGCGTTGGAGTGATCATCTC[G/A]GCCATCCTGATGCAGAAGTATGACCTGATGATCGC	G	A
48	AX-89944901	48	AACTGGGCTAAAACGATGGGACGGTGTGCGAAAAC[A/G]AACTAACCCTAACCAGAAAATTGTATGCTTTGTTT	A	G
49	AX-89919465	49	ACCACCTTCACATTAACCTTCTCCATGACAAAACA[G/T]CCCCAAGCCTGAACAGCCCCTAGCCCCTTCCACTA	G	T
50	AX-89959425	50	GAAGACACAAACTCAACAAGAGCACAACAACACAG[G/A]CTTAAGGTACTGCAATTCCTGCTTATTTTCATAAA	G	A
51	AX-89917102	51	AAATGAAAAGCGAGAAAGGACGGAGGTATTTTAAA[T/C]ATATTTACCATAGTACTCACCGAAGGCTGCAGCCA	T	C
52	AX-89959281	52	GAAATTGCCCCTTGATTTTGTCAGTTTAGCGATCA[G/A]TATACACAAAATAATTAACTAAAGGAACAACCATA	G	A
53	AX-89916766	53	AAACCACATGGTCTTCCTGCAACTTTGTGCCAAAT[G/T]AGTAGTTTCACAATGAACGTTGTGAGGTCTGCAGC	G	T
54	AX-89920507	54	AGACACACAGCAGACTAGACTGAGGATGTGAACCA[T/A]TCCTCCACTTAATGCAAATGCAGGGACACATTCAG	T	A
55	AX-89957370	55	CTATTCCTGCTTACCGTAGTTGAACTGGCTGTTGG[A/C]TTTCTCACAGTTGATGATGTTGAAGCGATAGGGCA	A	C
56	AX-89934009	56	GGTGTAAGTACAGACTCTTTGAAAGCATGCAAATA[G/A]AAGTAAAGACACTGTCATTCCTTTAAATGTTCTTG	G	A
57	AX-89929663	57	CTTCTTTATTTGCTATGATTATTACTTAATAGTGC[C/A]GATTGTATTTGTCATCCGTATTGACTGCAGAACTA	C	A
58	AX-89952300	58	ATTGTTCAAGGACATTATGCTTGTCCTACATATTG[G/T]CAATTTGATGTCGTTCTTTAACATTTATAATTGAT	G	T
59	AX-89916572	59	AAAACTTCTTAAGGGACAAGAAGGAAGTTGAAGTT[T/G]GGGGTGGGCTAGGAAGATAAAGAGTTGGGGGTGTG	T	G
60	AX-89946911	60	ACCAACACAGAGATGAGACGTGCCGAGCGCAAGGC[T/C]ACCAAGAAGAAGCTCCCGCTGAAACGAGAGATGGA	T	C
61	AX-89974593	61	TTAATCTAACTCACTCTCCATAACATCACAGAAGT[C/A]GATGTATTCGATTATAACAAGCTCAGGGCTGTCAT	C	A
62	AX-89927158	62	CCCTTTACCTAGAATGGTCTGCAGCGTGATGTCAA[A/C]GTGGTTATTTTGTCCATTGTTGCCAGTGATAAGCC	A	C
63	AX-89970383	63	TGCAGAATGGACAACTGAAGAGAGATATGTCGCAC[G/A]TGAGGGAAACAACTCCGTGTCTAGGCCTTCTGAAG	G	A
64	AX-89965404	64	GTTAGTGAAAGCCATTTCAGGGTAAACCCTCCAGG[C/T]CGTCCAATGTACCATAGAAGCAAAACAATGATAAT	C	T
65	AX-89955634	65	CCCATCTGTCAGAACCTTGCCCACAGCTGTTTCCC[T/C]ACTCAATGAAAACAAGCTAACATCCTGCAGGTTGA	T	C
66	AX-89932926	66	GGAATATTCGAACGGCTTGTTGTCCAATGAGTCGG[G/T]GGCCTTACCACCACAAACCCCAAGGCCTGAGGCAG	G	T
67	AX-89941493	67	TTAAGAGAGTCACAAACATGAAAAACTGTGATAGT[A/G]CAAAGAAGATGAACGATAGGCTTGTGGATAGATTA	A	G
68	AX-89943031	68	TTTATTTCAGCATTTAGCCCAATCCTGCTAAGAAC[C/T]GTCAGTTAATCACTAATTAGGAGAATATCAATAAA	C	T
69	AX-89957682	69	CTCGAAGTAAGAAATGAAGCTGCAGGTCTGCAGGC[A/G]GAGTGCTGTCAGTGGAATATAATACCCTTAATAGA	A	G
70	AX-89960611	70	GATAAGGATGCAACAGATTTATTTTAGTTTTAGAT[T/C]ATGCTTTCAGACTGATTTCGGCTCTTAAAAAGATA	T	C
71	AX-89950199	71	TCTCTGTTCAATATTTAGAATAAAAAGCTGACAAA[T/C]GTCACGTAATGGACTGGAAACAGCAGACACATGGC	T	C
72	AX-89928407	72	CTATAGGTGGATGATATGATATGGTTGCAGCTAGA[T/C]AGTGACAGCTGCCTACCTTGTAAGTACCACCTCGA	T	C
73	AX-89962035	73	GCGTTTCCAGTAAAACGACGTCCCCCTTCGCCCTA[C/T]ATTTAATGAGCACGTAGTCTAGATTTTTGTTTAAC	C	T
74	AX-89931951	74	GCAGGTTTTTGCAGAAATCAGTTGCTAATAAAGTT[A/C]TTCTGTAACCATTGTATAAGCAGGGTCACCATGAC	A	C
75	AX-89976536	75	TTTCTCTTAATGCATCATCCTTGTGCGAAATCATG[T/G]TAAGTACACACCGTTAAAGTTAGGTGCTTTGTTAC	T	G
76	AX-89916801	76	AAACTAATGAAAAACACAAGAGTGCCTGCAGTAAC[G/A]CTGTACTAACGCTGTACTAACAGTACACTCTCAGG	G	A
77	AX-89929085	77	CTGCAGCAGATGGAACTATATCTCTAGTGGCTGTG[G/A]GTGGAGGAGGAGATGTGGTGAAGACTGAGCAGACA	G	A
78	AX-89925267	78	CAGAAAGGAAAAATGTGTCAAAGTTCTAGATAGTG[G/T]GTGGAAAGACTCAAACAATGCAGTTTGGAATGAAG	G	T
160	chr1__ 7515539	160	ATAATTTACTTTTAAGATTTCTGACCGGCCTTGTT[G/T]TTTTTGCTTATGTGCCATTATTGCCGGCTAGACCA	G	T
161	chr1_7108873	161	TAAAGAACAAGAAAACAGTACACATGCATTAACTC[G/A]CCATGTTGGTGTTGGAGAACTCGATACAGAGACAG	G	A
162	chr1_6864558	162	CTCATGGAGAGGCATATCTTGTCCTATCCCCATAA[C/T]GGCCACCTGGTAATGAGCCGTGAAACACTAGAGCC	C	T
163	chr1_7186663	163	CCATTTAGATTATTCAACGGTGAAACATACACATC[T/C]TGTAAATTACTCTCAGGTAACCGGACTTGATTTGT	T	C
164	chr1_6730531	164	GTTTGTAGCCCCATCTCACTGGCTTCTTGAAAGTA[T/G]AATTTATTATGATTGTTTAATTATAATAGTGAATA	T	G
165	chr1_27891953	165	ATTTCATGTATTGGCCAACAAACGAACTTGTAGGC[T/C]TACGTGCCATGGTTGTCACATTTTAATAAAACATG	T	C
166	AX-89953259	166	CACAGTTATAGCAACACTTAAGTAGAATGGAAATG[G/T]TTTCATTTAATTTTAGTCAGTTGGCATTCAGTTGA	G	T
167	chr1_6740481	167	AGTCTGCAGACCCTACCCAGCCTGGTCTCCCAGGC[T/C]GTCACACAGCAGCACAGGGACTTTCTGGATGGCTT	T	C
168	chr1_6770611	168	ATTTCATGAACCTACACAAATCCAGTGTCAGGAAA[C/T]CCTTATAAACTTTTGCTCATGGGTGTGGAGATGTG	C	T
169	chr1_7412807	169	ATAGGGCCAAGACAGAAGACAGACATGAAAGTCCT[G/C]CTGACGGGCAAAACATACAGACCCCACCTGGAGAA	G	C
170	chr1_7360179	170	TTCAGTTCAGTCAAACTGGCTGTCGTTGGCGCTGC[A/T]GGACTAGCTGGCACATTCAATGGGAATCGTTTGTC	A	T
171	chr1_7411803	171	AAAGGTCTTGATGGATATTGTGAGTTATCGGTGTC[G/A]TAAGAAATCGCCACCTCGCAACCCATGCGACCCCA	G	A
172	chr1_7431445	172	ACTCCAAAGCCACCACAGTCTCCTCCAGCCATGGT[C/T]CATCCCTCCAGTAGCCCAACCAATTACCAAACAGA	C	T
173	chr1_7433199	173	ACATGCGACACATGGACAGATTAATTAGATTGGGT[C/A]ACAACACATTGTATTGCAAACATGTGAAGCTATAA	C	A
174	chr1_7441254	174	CTCTCATTCCTCCTATTCATATGTATATACACTGG[A/G]CTAGTTAGTGTTATGGTTGTTATTCACTGGCAATA	A	G
175	chr1_7441877	175	CAAACAACCCTGGAAGTCAAATCAAGAGGCAAGGC[A/C]CTGTGTTTCCTTGAAAGCCAGAGCTGTTTGTGTCC	A	C
176	chr1_7533570	176	GGACCAGTGTTTCATATCCTGTGGTGAGCTTCACA[G/A]GTCAAATGTGATTAATCATAATTGAAATCAAATTA	G	A
177	chr1_6834898	177	AAGAGAATATTTGGAATAGCATTGGCAAATACACC[T/C]AGTGGGGTGGAGCTGCGTCAGTAGTGCACAGCACA	T	C
178	chr1_6730142	178	GAAAATACTGTTACTGTAGAATATAATAGTCATAA[T/C]CCTCTGATCCAAATAATTATGCATAGGTAGTGTTC	T	C
179	chr1_6746052	179	CTCAACATAATTAAATACCAACACCAATGTAAATC[G/A]TTCTTCAGAAACATTGAGTAAATATACCTTTACTA	G	A
180	chr1_6794061	180	AGAAAGCAGGAAGTTCAGGGGTCAACTGGGCAAGG[G/T]CAATAAGAGGCATTTCTAACCGTGATCCTGAACCC	G	T
181	chr1_7399212	181	CGAATCAAGCCAAATAAAGCGGCCACATCTCAAAT[T/C]TGGTCAGCCTTTGGAGGAGAACGATAAACGGACTT	T	C
182	chr1_7442637	182	CCGCAGATGACATCACTACACTGCCTGATACAGCA[A/G]AGCGTGCTTTGCGGTGAGTTAAAAAAATACCATGG	A	G
183	chr1_7358019	183	CATGAGCTCAAGCACATCTGCTTCTTTCTTCAGGG[G/A]AAAAAAATACAGGGATCCCCAACTGCATTTGATTT	G	A
184	chr1_7709828	184	TGTAGTCTAATAATGAGGGGATTAGTGAAAACTTT[A/C]AGTCAGACCTTTGTCTTTAAAACAATAGATTTCTG	A	C
185	chr1_7598090	185	ATGTTGGCATTGTAGGTGTCATAGCAACCAGGACC[T/C]AATCCCTGTACCAAACATGTGATTAAAAACATATA	T	C
186	chr1_7626471	186	TTACCCGGCTAAGGAGCGCTTTCTTCGCACTTGGA[G/A]TATAATGAAACCTCAAACTGTCTCATTTAATATGC	G	A
187	chr1_7598743	187	TTGGGACAGTTTAACGTTCACCTCAGGAATCCACA[T/G]CCTTTCATTTTAAGTTTATTTTACTTGGCAGAGCA	T	G
188	chr1_7670293	188	CAACAATGCAACAGAAATTAGTGTGTGACAAAAAT[A/T]TGAACGGCTGCTTTGAAAATTATTATCAAGGCAGT	A	T
189	chr1_7670561	189	GTGCCCTTATCTTACCGCTGATCAGTGGCAACCCA[T/G]TAGTTTTTACTAACTGAAAACACCATTGACATTCT	T	G
190	chr1_7647634	190	ACTGCCTGGTTATGACACCTGAACCCTACAGAGAG[T/A]GTGGGGCTATAGTTAAAATTTACTCCCCTAAGGTT	T	A
191	chr1_7356089	191	AGGATCCCATCCCATAATGAATGGGTCTAGCTATA[C/G]ATTTATGACCAGTTGTTTTCCGGGTTTATGACCTC	C	G
192	chr1_8109044	192	TAAATAGCTTTGTGGAGTAGATTATGAATTGTATT[G/A]ATGCCATATCCACTGTTCTGCAATGACTCTCCATA	G	A
193	chr1_10439048	193	ACCCTTTGATGTGATTTGCTTCTGAGAAACATCAT[A/C]ATTTATTGATGCTTCCATTAAAGTAGCATAGATGT	A	C
194	chr1_8142346	194	AAATCACAGTGCAGTTATCACAAAACATTATCTTC[T/C]GTGTTGTAGCCTAACTAGACTATACAGCTGTAAAA	T	C
195	chr1_8092208	195	AAGTTTGTACCCCAAATTTCCATTTATGGAATGGA[T/G]AGTTTAATTGCATTTTTGGATTGATACAGTAACCA	T	G
196	chr1_8138683	196	GGGTTATGTATAAATCGATGTAATTATTATTTTTG[A/T]TTTAAAAGGTATAATATTGTATAACATTGTAATAA	A	T
197	chr1_8139206	197	GATGGCATTCACTATCCTTTAACACCACATCGTAG[G/T]TGATGTGGCACAAAAGCAGTGCTTAAAAAATAAAT	G	T
198	chr1_8139744	198	CACACAAAAACTATTAGCCCATCGTTGGTATAGTG[G/C]CAAAATGTTTTAAATGTCAGCAATCAAATTCAAGA	G	C
199	chr1_8140789	199	TCAGTGACGGCTGTGAACATAAAGGGTATAGTTGC[T/A]TTACTGGTCCACGTTCAAAAACCAGAGTTGAGATT	T	A
200	chr1_8141687	200	ACCAATTTTATAGTGACACAGAAAAATATCTAGAT[A/G]TGATTCTCACCAAAGAGACCATATTTTGAAATAGT	A	G
201	chr1_8154917	201	CTCGATCTTCTCAAGTCAAGTGGCCAATTAAATAT[G/T]AATCTAAACACAACAATCCAGTTTGACTAGTTGTT	G	T
202	chr1_7454708	202	AGGACACACGCTGGGTGAGCAACACACATCCCCAG[T/C]CCCCCTGAGAAATCAGGCTTCTTACAAGGTTATAA	T	C
203	chr1_7504847	203	GGGGCCTTTGTCACACAGAAAGAGATGACATCAGT[T/C]GCAAGAGAGGCCATCAGTGTGTTCAAGGACTGGAA	T	C
204	chr1_7505686	204	GGAAGTCTAGGGTGGAAGGGAGGACATTGTGCGGG[T/A]CGTTCCACCAATTGAGTACCTTTTCAGCAGTCACT	T	A
205	chr1_7505817	205	CATCTCAAAAATAAGTTAAATAAATAAATTACTAT[A/T]GTAAGTGCCAAATAAAGTAACAGGGTTGAATTTTA	A	T
206	chr1_8202031	206	TGTAGATTAAACAACAAAGTCAGATTATCTGAGCC[T/G]TGTGTGCCCCAACTTCAACAAGGAGACCGTATTGT	T	G
207	chr1_8228173	207	TTATCAATAATTATAATCAATGACTCACATCTTGA[A/G]TATCTACAGATGTAGACTTGTGATTGAGCTACTGT	A	G
208	chr1_8309469	208	AACGACCTCATACTGGGCCGGAGGATCTCCTTCTA[T/C]GAGCTCAGGGGGGAAATAGGGTGTGGGAACTTCTC	T	C
209	chr1_8163977	209	AACAATACACTCTTGTCACTTGCCTTTACTGAGAA[A/C]GTCGTGGTGGACACCAGATTCCCATGTGAAGGAGA	A	C
210	chr1_27786931	210	AAGTCATTGACCTTGCTGCCTTGGTCGTCCCTCTC[C/G]GTGGTGGTGAACACGCGCGTTTTGGACTCCTCTGT	C	G
211	chr1_8194629	211	TGCTGAAGCTGGACAAGGAGAACGCCGTCGACCGC[A/G]CAGAGCAGGCTGAGACCGACAAGAAGGCAGCAGAG	A	G
212	chr1_7505259	212	GATCAGCTGGAGAACATCTACAAGGACAATCCCCT[G/A]GTGAATCTCCATTATGCCACTTTTAGCCAACAACT	G	A
213	chr1_8474659	213	TATGAGCAGCTGAAAAACAATTAAAATATTTTTTT[C/T]CCTGTGTTTGAGGAAGGGGAAGAGTGGACCCAGGG	C	T
214	chr1_8282602	214	ATATTTCCTTCCTCACATCCCTGGCAATTATAGTA[T/G]AATCTGAGCCATAACAACATGACCTGGATAGATGA	T	G
215	chr1_8306806	215	AAATAATGGCATGCATTTGATATTAGTGTATGTTT[T/A]AAAACATTACAGGTTACAGAGAAACTATAAGGAAT	T	A
216	chr1_8341618	216	ACATTCAGGTAATGGTACATTTTGTTTAATTAAAC[A/G]ACTTTCCATAGTTTGTGGAGAAAGGGTGTGTACTC	A	G
217	chr1_8343786	217	GGTTTTATGCTTGAACATTCATTTTGGAATTTCCA[C/T]GACTGTCTCTAGCTGCTTTAATCTTCTTTCAAGGA	C	T
218	chr1_8345836	218	TAGATGTTGAGTATATCTAACACTTCCAGAACATC[T/C]AGTTTAGTGCTGATGTGTCATTTCTGTTCCAGGCA	T	C
219	chr1_8350569	219	CAATGGAACGCCTCCTCTTTCTAATAACCCTAGTA[A/G]AGTGCCGTCAAATGTCGTTGACAGATTTGAGTCTT	A	G
220	chr1_8402403	220	AAAGGATATATTGATGAATATGACCTATGTACTGT[G/A]CTACTTAAATTCAGATAGCTGTTTGTTCATGTGTG	G	A
221	AX-89962103	221	GCTATATTAATTCAGAAATGCCATTTTCTGTCATG[A/G]GGGAAAATATAGTTTTACACTTATCCCAGAAACAC	A	G
222	chr1_8279302	222	TGTACATTGTAAAGATGGAGAAATATTGACAAAAA[A/G]ATGTCGTATAGGCTACTGTATTACTTGATATGTTT	A	G
223	chr1_8334901	223	TTTAACCCAGCATTGTGACACATTTTTATTAAATC[A/G]AGGATGTGCAGTTTGTTTTATCCACTTCATTAATA	A	G
224	chr1_7561600	224	AATTTGACCAATTTGTCTTCATACATTTCAGATAA[A/G]CTCACGATTCTTAAGTCATGTTGTATTTTTACCGA	A	G
225	AX-89956272	225	CCTGACTGAAAGCAGGGCACAATATCAGGAAGTTG[T/C]ATTAGCCACCATCATGGCGGTGGAAAATTGTGCTT	T	C
226	chr1_7938827	226	GTTATGGTGAAAGAGAAGCTCAGTTACGGAGCACA[A/G]CAGCAAATCCTCAACAAGCCAAACCTGCAAGACAA	A	G
227	chr1_10810229	227	GACATCTGGAGAGCTAAGGAAACAACCAAGCCTGT[T/C]GGAACTTCTATTGGGTGTCTCTGCTAGCAGTCCAA	T	C
228	chr1_11007071	228	CAATAACTAGAAAAATACATTTCCTAAAGAAAATG[G/T]GTGTGCTTGCTTGCTTGTCTTAAAGTATTTATGTT	G	T
229	chr1_10884171	229	TATCAGGACAAGCTGGAACTAGATAGCTGGTTATG[C/T]AACGTTAACTATTGGGATCAGAAACTGAACTAGCT	C	T

В столбце таблицы 2, обозначенном "нуклеотидная последовательность, содержащая SNP," представлена эталонная нуклеотидная последовательность для идентификации SNP в геноме радужной форели. Каждая из последовательностей SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229 представляет собой полиморфную последовательность, включающую полиморфный участок. "Полиморфная последовательность" представляет собой нуклеотидную последовательность, включающую полиморфный участок, в котором находится SNP. Квалифицированный специалист можно использовать всю или только часть полиморфной последовательности, фланкирующей полиморфный участок, для идентификации SNP в геноме радужной форели.

Согласно конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267, chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272, chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 и chr1_10884171.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 и AX-89966423.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению представляет собой AX-89929954 или AX-89918280.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению представляет собой AX-89929954.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению представляет собой AX-89918280.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из группы, состоящей из: chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044 и chr1 10439048.

Согласно следующему конкретному варианту осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из группы, состоящей из: chr1_7515539, chr1_7108873 и chr1_6864558.

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из SNP, соответствующих положению 36 полиморфных последовательностей, указанных в любой из SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229.

Согласно конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из SNP, соответствующих положению 36 полиморфных последовательностей, указанных в любой из SEQ ID NO: 1-34.

Согласно следующим другим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению выбран из SNP, соответствующих положению 36 полиморфных последовательностей, указанных в любой из SEQ ID NO: 160-193.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP по изобретению представляет собой SNP, определяемый положением 36 полиморфной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 1.

Понятно, что представленное выше описание полиморфизмов по изобретению, и, в частности, SNP и аллеля(ей) резистентности к IPN применимо к следующим аспектам.

Способы по изобретению

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу прогнозирования повышенной резистентности форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN). В частности, настоящее изобретение относится к способу прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного полиморфизма, такого как по меньшей мере один однонуклеотидный полиморфизм (SNP).

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1. Каждый из SNP, приведенных в таблице 1, рассматривается как индивидуально описанный в качестве части настоящего изобретения.

Согласно конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, присутствующих в полиморфном участке по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с повышенной резистентностью к инфекционному некрозу поджелудочной железы в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP расположен в указанном геноме в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, указанной в любой из SEQ ID NO: 1-18 и 160-162, или в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из любой из SEQ ID NO: 1-18 и 160-162 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, или присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 160, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 161, или присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 162, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 160 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 161 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 162, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085 AX-89925267, chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272, chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 и chr1_10884171.

Согласно конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении AX-89929954 или гуанина в положении AX-89918280 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении AX-89929954 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении AX-89918280 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении chr1_7515539 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие гуанина в положении chr1_7108873 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

где присутствие цитозина в положении chr1_6864558 указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

Способы прогнозирования повышенной резистентности радужной форели к IPN могут вовлекать определение идентичности нуклеотида, присутствующего по меньшей мере в одном аллеле более чем одного SNP, например, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех или по меньшей мере 4 SNP. Затем прогнозирование может быть основано на присутствии аллелей резистентности к IPN для проанализированных SNP. Например, можно проводить генотипирование по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1) и AX-89918280 (SNP #2). Также можно проводить генотипирование по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1), AX-89918280 (SNP #2) и AX-89938309 (SNP #3). Также можно проводить генотипирование по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1), AX-89918280 (SNP #2), AX-89938309 (SNP #3), AX-89960828 (SNP #4) и chr_1 7515539 (SNP #160).

определение присутствия по меньшей мере одного (например, по меньшей мере двух) аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN") в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели; и

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

Согласно конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 160, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 161, или цитозин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 162.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно другим определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к способу селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме (например, на хромосоме 1 генома) указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267; и chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272, chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 и chr1_10884171.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность, когда нуклеотид по меньшей мере одного аллеля представляет собой аллель резистентности к IPN соответствующего SNP. Аллель резистентности к IPN для каждого SNP указан в таблице 1.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно следующим другим конкретным вариантам осуществления, способ включает:

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда цитозин присутствует в положении AX-89929954 или гуанин присутствует в положении AX-89918280.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда цитозин присутствует в положении AX-89929954.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда гуанин присутствует в положении AX-89918280.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, причем способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда гуанин присутствует в положении chr1_7515539, гуанин присутствует в положении chr1_7108873 или цитозин присутствует в положении chr1_6864558.

Способы селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, могут вовлекать определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля более чем одного, например, по меньшей мере двух, по меньшей мере трех или по меньшей мере 4 SNP. Затем селекция может быть основана на присутствии аллелей резистентности к IPN для проанализированных SNP. Например, можно генотипировать по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1) и AX-89918280 (SNP #2). Также можно генотипировать по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1), AX-89918280 (SNP #2) и AX-89938309 (SNP #3). Также можно генотипировать по меньшей мере SNP AX-89929954 (SNP #1), AX-89918280 (SNP #2), AX-89938309 (SNP #4), AX-89960828 (SNP #4) и chr1_7515539 (SNP#160).

В данной области известны многочисленные способы определения идентичности нуклеотида аллеля, присутствующего в полиморфном участке. Например, определение может вовлекать анализ последовательности радужной форели, подлежащей исследованию, с использованием, например, традиционных методологий анализа последовательности (например, "способ дидезокси-опосредуемой терминации цепи", также известный как "способ Сэнгера" (Sanger, F., et al., J. Molec. Biol. 94: 441 (1975); Prober et al. Science 238: 336-340 (1987)) и "способ химической деградации", также известный как "способ Максама-Гилберта" (Maxam, A. M., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U. S. A.) 74: 560 (1977). Альтернативно определение может вовлекать удлинение на одно основание ДНК-олинуклеотидов, оканчивающихся на полиморфном участке (например, анализ iPLEX от Sequenom (San Diego, США) и анализ Infinium от Illumina (San Diego, США), анализ аллелеспецифического лигирования (например, технология Axiom от Affymetrix (San Diego, США), аллелеспецифическая ПЦР (например, анализ SNPtype от Fluidigm (San Francisco) или анализ KASP от LGC Genomics (Teddington, Великобритания)), или конкурентная гибридизация зондов, комплементарных различным аллелям (например, анализ TaqMan от Applied Biosystems (Foster City, США)).

Способы выявления аллельного варьирования также рассмотрены в Nollau et al., Clin. Chem. 43, 1114-1120, 1997; и в стандартных справочниках, например, "Laboratory Protocols for Mutation Detection", Ed. by U. Landegren, Oxford University Press, 1996, и "PCR", 2nd Edition by Newton & Graham, BIOS Scientific Publishers Limited, 1997.

Для анализа SNP, например, может быть пригодным использование олигонуклеотидов, специфических к альтернативным аллелям SNP. Такие олигонуклеотиды, которые выявляют варьирование на один нуклеотид в последовательностях-мишенях, могут быть обозначены такими терминами, как "аллелеспецифические олигонуклеотиды", "аллелеспецифические зонды" или "аллелеспецифические праймеры". Конструирование и применение аллелеспецифических зондов для анализа полиморфизмов описано, например, в Mutation Detection A Practical Approach, ed. Cotton et al. Oxford University Press, 1998; Saiki et al., Nature 324, 163-166 (1986); Dattagupta, EP235726; и Saiki, WO 89/11548.

Радужная форель по изобретению

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к радужной форели, такой как изолированная радужная форель, обладающая повышенной резистентностью к инфекционному некрозу поджелудочной железы. В частности, настоящее изобретение относится к радужной форели или к ее потомству, содержащим в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267, chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272, chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 и chr1_10884171.

Согласно конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 и AX-89966423.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из группы, состоящей из: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945 и AX-89934682.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954 или AX-89918280.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89918280.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044 и chr1 10439048.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1_7515539, chr1_7108873 и chr1_6864558.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1_7515539.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1_7108873.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1_6864558.

Согласно определенным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156, и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 79, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-263 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 230, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 231, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, такие как изолированная радужная форель или ее потомство, содержат в их геноме (например, на хромосоме 1 их генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, радужная форель представляет собой самку.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, радужная форель представляет собой самца.

Согласно определенным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство получают способом в соответствии с настоящим изобретением.

В следующем аспекте настоящего изобретения, радужная форель или ее потомство содержат в их геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, и их получают способом, включающим стадии:

a) генотипирования форели,

b) отбора особей, имеющих по меньшей мере один аллель, предпочтительно два аллеля, сообщающих резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"); и

c) скрещивания особей таким образом, чтобы по меньшей мере одна особь в каждой скрещенной паре имела два аллеля, сообщающих резистентность к IPN.

Согласно определенным вариантам осуществления скрещивание на c) также можно проводить таким образом, чтобы каждая скрещиваемая пара имела два аллеля, сообщающих резистентность к IPN, или чтобы каждая скрещиваемая пара имела один аллель, сообщающий резистентность к IPN.

Согласно определенным вариантам осуществления радужной форели или ее потомства, получаемых посредством способа, по меньшей мере один аллель резистентности к IPN может представлять собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP).

Согласно следующим определенным вариантам осуществления радужной форели или ее потомства, получаемых посредством способа, по меньшей мере один SNP может быть выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно более определенным вариантам осуществления, радужная форель или ее потомство, получаемые посредством способа, содержат в их геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, радужная форель представляет собой самку.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, радужная форель представляет собой самца.

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89918280.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из группы chr1 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044 и chr1 10439048.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1 7515539, chr1_7108873 и chr1_6864558.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156, и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 81-112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 79, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-263, посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 230, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 231, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция радужной форели представляет собой популяцию самок радужной форели.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция радужной форели представляет собой популяцию самцов радужной форели.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция радужной форели представляет собой популяцию самцов и самок радужной форели.

В одном следующем аспекте настоящего изобретения, популяция радужной форели может содержать в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, и ее получают способом, включающим стадии:

a) генотипирования форели,

b) селекции особей, имеющих по меньшей мере один аллель, предпочтительно два аллеля, сообщающих резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"); и

Согласно определенным вариантам осуществления популяции радужной форели, получаемой посредством способа, по меньшей мере один аллель резистентности к IPN может представлять собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP).

Согласно следующим определенным вариантам осуществления популяции радужной форели, получаемой посредством способа, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно следующим более определенным вариантам осуществления, популяция, получаемая посредством способа, содержит в ее геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89918280.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к клетке радужной форели, такой как выделенная клетка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели, такая как выделенная клетка радужной форели, содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели, такая как выделенная клетка радужной форели, содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели, такая как выделенная клетка радужной форели, содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели, такая как выделенная клетка радужной форели, содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 79, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели, такая как выделенная клетка радужной форели, содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-263 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 230, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 231, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, клетка радужной форели представляет собой гамету.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели представляет собой икринку, такую как икринка на стадии глазка.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, икринка является неоплодотворенной.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, икринка является оплодотворенной.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели представляет собой спермий.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, клетка радужной форели представляет собой соматическую клетку.

Согласно определенным вариантам осуществления, клетка радужной форели выделена из радужной форели по изобретению.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели выделена из самки радужной форели по изобретению.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетка радужной форели выделена из самца радужной форели по изобретению.

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89918280.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из группы: chr1 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044 и chr1_10439048.

Согласно следующим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1_7515539, chr1_7108873 и chr1_6864558.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции клеток радужной форели, такой как выделенная популяция клеток радужной форели, причем каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156, и 230-299 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели, такая как выделенная популяция клеток радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели, такая как выделенная популяция клеток радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели, такая как выделенная популяция клеток радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели, такая как выделенная популяция клеток радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 79, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели, такая как выделенная популяция клеток радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно следующим конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-263 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 230, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 231, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, популяция радужной форели, такая как изолированная популяция радужной форели, представляет собой популяцию, где каждая особь в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, клетки указанной популяции представляют собой гаметы.

Согласно конкретным вариантам осуществления, клетки указанной популяции представляют собой икринки, такие как икринки на стадии глазка.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, икринки являются неоплодотворенными.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, икринки являются оплодотворенными.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели представляет собой смешанную популяцию оплодотворенных и неоплодотворенных икринок.

Согласно другим конкретным вариантам осуществления клетки указанной популяции представляют собой спермии.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, клетки указанной популяции представляют собой соматические клетки.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели выделена из радужной форели по изобретению.

Согласно конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели выделена из самки радужной форели по изобретению.

Согласно конкретным вариантам осуществления, популяция клеток радужной форели выделена из самца радужной форели по изобретению.

В конкретном аспекте настоящее изобретение относится к икринке радужной форели, такой как выделенная икринка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954 или AX-89918280.

Согласно конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к икринке радужной форели, такой как выделенная икринка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1 7515539, chr1_7108873 или chr1_6864558.

Согласно конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к икринке радужной форели, такой как выделенная икринка радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, икринка радужной форели является неоплодотворенной.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, икринка радужной форели является оплодотворенной.

Согласно конкретным вариантам осуществления, икринка радужной форели представляет собой икринку на стадии глазка.

Согласно определенным вариантам осуществления, икринка радужной форели выделена из самки радужной форели по изобретению.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, причем каждая индивидуальная икринка популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN").

Согласно определенным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.

Согласно конкретным вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой AX-89929954 или AX-89918280.

Согласно следующим вариантам осуществления, по меньшей мере один SNP представляет собой chr1 7515539, chr1_7108873 или chr1_6864558.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, которая содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, причем каждая индивидуальная икринка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно конкретным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к популяции икринок радужной форели, такой как выделенная популяция икринок радужной форели, причем каждая индивидуальная икринка в популяции содержит в ее геноме (например, на хромосоме 1 ее генома) по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция икринок радужной форели является неоплодотворенной.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, популяция икринок радужной форели является оплодотворенной.

Согласно определенным другим вариантам осуществления, популяция икринок радужной форели представляет собой популяцию икринок на стадии глазка.

Согласно определенным вариантам осуществления, популяция икринок радужной форели выделена из самки радужной форели по изобретению.

Молекулы нуклеиновых кислот по изобретению

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к молекуле нуклеиновой кислоты, такой как выделенная молекула нуклеиновой кислоты. Более конкретно, настоящее изобретение относится к нуклеиновой кислоте, такой как выделенная нуклеиновая кислота, содержащая по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно определенным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно определенным другим вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно более конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит нуклеотидную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 79, или нуклеотидную последовательность, происходящую из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, или последовательности, комплементарные им.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит нуклеотидную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 80, или нуклеотидную последовательность, происходящую из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, или последовательности, комплементарные им.

Согласно определенным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-263 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, и c) последовательностей, комплементарных a) и b).

Согласно более конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит нуклеотидную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 230, или нуклеотидную последовательность, происходящую из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, или последовательности, комплементарные им.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит нуклеотидную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 231 или нуклеотидную последовательность, происходящую из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, или последовательности, комплементарные им.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, молекула нуклеиновой кислоты, такая как выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержит нуклеотидную последовательность, указанную в SEQ ID NO: 232 или нуклеотидную последовательность, происходящую из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности, или последовательности, комплементарные им.

Молекула нуклеиновой кислоты может иметь длину по меньшей мере 71 нуклеотид, такую как по меньшей мере 75 нуклеотидов или по меньшей мере 100 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, нуклеиновая кислота имеет длину от 71 нуклеотида до 400 нуклеотидов, такую как от 71 нуклеотида до 200 нуклеотидов или от 71 до 100 нуклеотидов.

В следующем аспекте настоящее изобретение относится к олигонуклеотиду, такому как выделенный олигонуклеотид. Более конкретно, настоящее изобретение относится к олигонуклеотиду, такому как выделенный олигонуклеотид, содержащий по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и 156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-112, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и 112 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-96, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-96 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79 и 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79 и 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 79, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 79 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 80 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-263, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230 и 263 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 230-232 и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 230-232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно более конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 230, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 230 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 231 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно другим более конкретным вариантам осуществления, олигонуклеотид содержит по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 последовательно расположенных нуклеотидов, нуклеотидной последовательности, выбранной из группы, состоящей из a) нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 80, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из SEQ ID NO: 232 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены находятся не в положении 36 указанной происходящей последовательности; где указанные по меньшей мере 10 последовательно расположенных нуклеотидов включают нуклеотид в положении 36 a) или b); или последовательность, комплементарную указанному олигонуклеотиду.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину по меньшей мере 10 нуклеотидов, например, по меньшей мере 16 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину по меньшей мере 16 нуклеотиды, например, по меньшей мере 20 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину по меньшей мере 20 нуклеотидов, например, по меньшей мере 25 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 10-200 нуклеотидов, такую как 10-150 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 10-100 нуклеотидов, такую как 10-70 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 16-100 нуклеотидов, такую как 16-70 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 10-50 нуклеотидов, такую как 10-40 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 16-50 нуклеотидов, такую как 16-40 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 10-30 нуклеотидов, такую как 8-25 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, имеет длину 16-30 нуклеотидов, такую как 16-25 нуклеотидов.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, представляет собой праймер, такой как праймер для ПЦР.

Согласно определенным вариантам осуществления, олигонуклеотид или последовательность, комплементарная ему, представляет собой зонд, такой как зонд для гибридизации.

Согласно определенным вариантам осуществления, настоящее изобретение относится к последовательности, комплементарной олигонуклеотиду, указанному выше. Такую комплементарную последовательность можно использовать в качестве зонда, такого как зонд для гибридизации.

Зонд или праймер в соответствии с настоящим изобретением может иметь связанную с ним поддающуюся обнаружению метку или репортерную молекулу. Типичные метки включают радиоактивные изотопы, субстраты ферментов, кофакторы, лиганды, хемилюминесцентные или флуоресцентные агенты, гаптены и ферменты. Способы мечения и рекомендации по выбору меток, подходящих для различных целей, описаны, например, в Sambrook et al. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, CSHL, New York, 1989) и Ausubel et al. (Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1998). В качестве конкретного примера, зонд или праймер может включать один флуорофор, такой как акцепторный флуорофор или донорный флуорофор. Такой флуорофор может быть связан с 5'- или 3'-концом зонда/праймера.

Зонды обычно имеют длину по меньшей мере 15 нуклеотидов, например, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 55, по меньшей мере 60, по меньшей мере 65, по меньшей мере 70, или более последовательно расположенных нуклеотидов, комплементарных молекуле нуклеиновой кислоты, являющейся мишенью, например, 20-70 нуклеотидов, 20-60 нуклеотидов, 20-50 нуклеотидов, 20-40 нуклеотидов или 20-30 нуклеотидов.

Праймеры являются более короткими. Олигонуклеотид, используемый в качестве праймера, может иметь длину по меньшей мере 10 нуклеотидов. Специфичность праймера возрастает с увеличением его длины. Таким образом, например, праймер, который включает 30 последовательно расположенных нуклеотидов, будет гибридизоваться с последовательностью-мишенью с более высокой специфичностью, чем соответствующий праймер только из 15 нуклеотидов. Таким образом, для достижения более высокой специфичности, праймеры по изобретению имеют длину по меньшей мере 15 нуклеотидов, например, по меньшей мере 16, по меньшей мере 17, по меньшей мере 18, по меньшей мере 19, по меньшей мере 20, по меньшей мере 25, по меньшей мере 30, по меньшей мере 35, по меньшей мере 40, по меньшей мере 45, по меньшей мере 50, по меньшей мере 55, по меньшей мере 60, по меньшей мере 65, по меньшей мере 70, или более последовательно расположенных нуклеотидов, комплементарных молекуле нуклеиновой кислоты, являющейся мишенью, например, 15-70 нуклеотидов, 15-60 нуклеотидов, 15-50 нуклеотидов, 15-40 нуклеотидов или 15-30 нуклеотидов. Пары праймеров можно использовать для амплификации последовательностей нуклеиновых кислот, например, посредством PCT, ПЦР в реальном времени или других способов амплификации нуклеиновых кислот, известных в данной области.

Подтверждение результатов, лежащих в основе настоящего изобретения

Для подтверждения ассоциации между резистентностью к IPN и аллелями четырех полиморфизмов по изобретению проводили два испытания с заражением. Испытания проводили в двух емкостях объемом 100 литров, и в каждой емкости группу особей радужной форели исследовали в отношении резистентности к одному из двух штаммов вируса IPN. Эти два штамма представляли собой 1) штамм (AGT11-2) серотипа Sp, выделенный из радужной форели, выращенной в воде Норвежского моря; этот же штамм использовали, когда впервые было осуществлено изобретение, и 2) штамм серотипа Wb был выделен при вспышке у радужной форели в Чили. Подтверждающий эксперимент подтвердил, что существует статистически значимая ассоциация между резистентностью к IPN и аллелями всех четырех исследованных полиморфизмов. Более того, ассоциация также была достоверной, когда штамм вируса IPN, использованный при первоначальном открытии изобретения (штамм серотипа Sp) заменяли другим штаммом (серотипа Wb, West Buxon). Следовательно, ассоциация между ДНК-полиморфизмами и резистентностью к IPN является воспроизводимой и независимой от штамма вируса.

Четыре полиморфизма, исследованных в подтверждающем эксперименте, были репрезентативными для всех полиморфизмов по изобретению. Остальные полиморфизмы по изобретению не исследовали прямо. Однако, поскольку все полиморфизмы по изобретению являются маркерами одного и того же локуса количественных признаков (QTL), можно сделать заключение, что любые другие полиморфизмы по изобретению прошли бы подтверждающее испытание.

Естественным и необходимым следствием этих открытий является то, что ДНК-полиморфизмы по настоящему изобретению можно использовать для получения радужной форели с повышенной резистентностью к IPN. Результаты этого подтверждающего исследования представлены в примерах 2 и 3.

Определенные определения

Как используют в рамках изобретения, "повышенная резистентность" к инфекционному некрозу поджелудочной железы означает, что особь, имеющая повышенную резистентность, имеет более высокую вероятность выжить при вспышке IPN, чем случайная особь (при той же вспышке), с которой она сравнима. Две особи являются сравнимыми, если они являются, с точки зрения дискриминирующих факторов, за исключением генотипа в SNP, который используют для прогнозирования резистентности к IPN, случайными представителями одной и той же популяции радужной форели. Вспышка IPN представляет собой состояние, при котором живая радужная форель подвергается воздействию IPN таким образом, что некоторые особи становятся инфицированными и распространяют вирус (что приводит к распространению заболевания). Вспышка может представлять собой, например, непреднамеренную вспышку вируса у радужной форели, выращиваемой в емкости или в пруду со свежей водой, непреднамеренную вспышку в садке форели, выращиваемой в морской воде, или контролируемую вспышку, индуцированную в качестве части лабораторного эксперимента. Испытания с заражением IPN, описанные в настоящем описании (испытания с заражением 1, 2, 3 и 4), являются примерами лабораторных экспериментов, которые определяют уровень выживаемости при вспышках IPN.

Как используют в рамках изобретения, "аллель резистентности к IPN" представляет собой аллель, сообщающий повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы. Это означает, что радужная форель, имеющая такой аллель в положении полиморфизма, описанного в настоящем описании, демонстрирует повышенную резистентность к IPN. "Аллель резистентности к IPN" может соответствовать однонуклеотидному полиморфизму, который можно использовать для обнаружения или определения степени резистентности к IPN.

Как используют в рамках изобретения, "полиморфизм" представляет собой варьирование геномной последовательности. В частности, полиморфизм представляет собой положение в геноме, где обычно встречаются различные аллельные варианты между особями популяции или между особами различных популяций. Полиморфизм может представлять собой однонуклеотидное различие, присутствующее в локусе, или он может представлять собой вставку или делецию одного или нескольких нуклеотидов в некотором положении гена.

Как используют в рамках изобретения, "однонуклеотидный полиморфизм" или "SNP" относится к полиморфизму одного основания (нуклеотида) в последовательности ДНК среди особей в популяции. По существу, однонуклеотидный полиморфизм характеризуется присутствием в популяции одного или двух, трех или четырех различных нуклеотидов (т.е. аденин, цитозин, гуанин или тимин), как правило, менее чем всех четырех нуклеотидов, в конкретном локусе в геноме, таком как геном радужной форели.

Как используют в рамках изобретения, "полиморфная последовательность" относится к нуклеотидной последовательности, включающей полиморфный участок, в котором встречается SNP или другой тип полиморфизма.

Как используют в рамках изобретения, "полиморфный участок" представляет собой локус или положение в данной последовательности, в котором встречается расхождение. Предпочтительные полиморфные участки имеют по меньшей мере два аллеля, каждый из которых встречается с частотой более 1% и более предпочтительно более 10%. Специалистам в данной области будет понятно, что молекулы нуклеиновых кислот могут представлять собой двухцепочечные молекулы, и что указание на конкретный участок на одной цепи также относится к соответствующему участку на комплементарной цепи. При определении полиморфного участка или аллеля, указание на аденин, тимин, цитозин или гуанин в конкретном участке на одной цепи молекулы нуклеиновой кислоты также определяет тимин, аденин, гуанин или цитозин (соответственно) в соответствующем участке на комплементарной цепи нуклеиновой кислоты.

В рамках настоящего изобретения, когда полиморфизм указан как имеющий конкретный аллель, понятно, что этот конкретный аллель комбинируется с последовательностью, приведенной для данного полиморфизма. Например, когда указывается, что гуанин является аллелем резистентности SNP AX-89929954 (SNP #1), тогда понятно, что аллель резистентности AX-89929954 содержит гуаниновый нуклеотид в полиморфном участке, определенном в таблице 2, когда ДНК считывают в направлении, определенном в таблице 2. Иными словами, как указано в таблице 2, форма резистентности последовательности ДНК AX-89929954 (с фланкирующей последовательностью) представляет собой GAAAGAAACAGTGATAGGCTTTTAGTGAGCACATACATTTGACACACAGTTGTGTGAAAACAAAGCATGTG (полиморфный участок подчеркнут) при считывании в направлении, определенном в таблице 2. При считывании в противоположном направлении последовательность AX-89929954 (с фланкирующей последовательностью) представляет собой CACATGCTTTGTTTTCACACAACTGTGTGTCAAATGTATGTGCTCACTAAAAGCCTATCACTGTTTCTTTC (полиморфный участок подчеркнут). Хотя используют только одно направление, когда определяют аллели резистентности к IPN и аллели не резистентности к IPN в настоящем описании, два направления считывания являются эквивалентными.

Как используют в рамках изобретения, "образец", такой как биологический образец, который включает молекулы нуклеиновых кислот, представляет собой образец, полученный из радужной форели, включая, но не ограничиваясь ими, клетки, ткань и жидкости организма.

Как используют в рамках изобретения, "олигонуклеотид" представляет собой множество связанных нуклеотидов, которые соединены нативными фосфодиэфирными связями, как правило, длиной от 8 до 300 нуклеотидов.

Как используют в рамках изобретения, "зонды" и "праймер" представляют собой выделенные олигонуклеотиды длиной по меньшей мере 8 нуклеотидов, например, по меньшей мере 10 нуклеотидов, способные гибридизоваться с нуклеиновой кислотой-мишенью.

Как используют в рамках изобретения, "выделенный" означает, что организм или биологический компонент, такой как клетка, популяция клеток или молекула нуклеиновой кислоты, отделен от его естественного окружения.

Как используют в рамках изобретения, "генетическое сцепление" относится к тенденции полиморфизмов, расположенных вблизи друг от друга на хромосоме, наследоваться совместно в ходе мейоза. Таким образом, полиморфизмы, расположенные вблизи друг от друга на одной и той же хромосоме, называют генетически сцепленными. Аллели в двух таких генетически сцепленных локусах наследуются совместно (от родителей к потомкам) более часто, чем не совместно. Допустим, например, что существует два полиморфизма: полиморфизм A, имеющий аллели A1 и A2, и полиморфизм B, имеющий аллели B1 и B2. Далее, допустим, что данная радужная форель имеет все аллели A1, A2, B1 и B2 (иными словами, эта радужная форель является гетерозиготной как по маркеру A, так и по маркеру B). Если у этой конкретной радужной форели аллели A1 и B1 расположены на одной копии хромосомы, тогда аллели A1 и B1 передаются совместно потомству радужной форели чаще, чем не передаются.

Как используют в рамках изобретения, "генетический анализ сцепления" относится к статистической методике, где исследуют данные о генотипе, полученные для набора животных, включающих родителей и их потомков, для исследования присутствия генетического сцепления между полиморфизмами. Генетический анализ сцепления можно использовать для отнесения полиморфизмов к хромосомам при условии, что анализ включает полиморфизмы, которые уже были отнесены к хромосоме, с использованием, например, флуоресцентной гибридизации in situ.

Как используют в рамках изобретения "Флуоресцентная гибридизация in situ" или "FISH" относится к способу, который обнаруживает присутствие или отсутствие конкретных последовательностей ДНК на хромосомах. FISH можно использовать для отнесения известных ДНК-полиморфизмов к хромосомам.

"Сантиморган" представляет собой единицу измерения, используемую для описания генетических расстояний, где генетическое расстояние является мерой степени, с которой два полиморфизма генетически сцеплены.

Неравновесие по сцеплению (LD) или, точнее, неравновесие по сцеплению гаметической фазы, используют для описания совместного наследования аллелей генетически сцепленных полиморфизмов на уровне популяции. Допустим, например, что два полиморфизма расположены на одной хромосоме: полиморфизм A, имеющий аллели A1 и A2, и полиморфизм B, имеющий аллели B1 и B2. Все копии рассматриваемой хромосомы содержат комбинацию аллелей в двух локусах (т.е. гаплотипы), и существует четыре возможных гаплотипа: A1-B1, A1-B2, A2-B1 и A2-B2. Два локуса называют имеющими LD друг с другом, если количество гаплотипов A1-B1 и A2-B2 в популяции значимо больше или значимо меньше, чем количество гаплотипов A1-B2 и A2-B1.

Когда в настоящем описании указан числовой предел, его конечные точки включены. Также, все величины и поддиапазоны в числовом пределе или диапазоне прямо включены, если явно не указано иное.

После описания в общем настоящего изобретения, может быть достигнуто дальнейшее понимание с помощью определенных конкретных примеров, которые предоставлены в настоящем описании только для иллюстрации и не предназначены для ограничения, если нет иных указаний.

Примеры

Пример 1: Идентификация однонуклеотидных полиморфизмов, прогнозирующих IPN

Проводили два испытания с заражением для исследования резистентности мальков радужной форели к IPN. Получение и выращивание групп семей, а также подготовку к заражению проводили, как описано ранее в Wetten et al., 2011.

Первое испытание (заражение 1) проводили с целью найти оптимальный изолят вируса для заражения IPN радужной форели. Исследовали два отдельных штамма вируса: штамм V-1244, который является вирулентным у атлантического лосося, и другой штамм, выделенный из морской воды, в которой выращивали радужную форель в Норвегии (серотип Sp, AGTT11-2). Оба штамма исследовали в трех экземплярах емкостей, каждая из которых содержала 100 рыб, происходящих из десяти отдельных семейств форели. Взятие образцов погибших или умирающих особей проводили каждые сутки. Испытание завершали через 38 суток после начала. Штамм лосося вызвал общую смертность 20%, в то время как штамм радужной форели был значительно более вирулентным, вызвав общую смертность 85%.

Штамм вируса, выделенный из радужной форели (AGTT11-2), использовали во втором заражении (заражение 2). Целью этого исследования была идентификация SNP, которые являются диагностическими для уровня резистентности к IPN у отдельной радужной форели, т.е. SNP, ассоциированные с резистентностью к IPN. В испытание было включено пятьдесят различных семейств радужной форели, каждое из которых было представлено отдельной емкостью из 200 мальков (средняя масса малька=0,2 грамма). Все семейства заражали в емкости посредством добавления объема супернатанта вируса, соответствующего конечной концентрации вируса приблизительно 10⁶ TCID₅₀/мл воды. Взятие образцов погибших или умирающих особей проводили каждые сутки. Всех рыб, погибших во время испытания, а также всех выживших рыб, собранных при завершении испытания через 40 суток после заражения, замораживали при -18°C для анализа ДНК. Испытание завершилось через 48 суток после начала.

После заражения 2 в анализ было включено 8683 животных; эти животные включали 46 полностью сибсовых групп, происходящих из 29 мужских родительских особей и 25 женских родительских особей. Количество полностью сибсовых групп на мужскую родительскую особь находилось в диапазоне от 1 до 3, как и количество полностью сибсовых групп на женскую родительскую особь.

Общий уровень смертности в испытании заражения 2 составлял 93%. В полностью сибсовых группах уровень смертности варьировался от 67,8% до 99,5%. Из 8683 особей, подвергнутых испытанию заражением, 1723 было прогенотипировано. Эти 1723 животных включали (в среднем) 19 ранних смертей и 19 выживших или поздних смертей из каждой из 46 полностью сибсовых групп. Здесь, ранняя смертность представляла собой первую рыбу, погибшую в ее соответствующей полностью сибсовой группе, за исключением особей, которые погибли до 13 суток испытания с заражением 1 (было предположено, что несколько смертей, произошедших до 13 суток не являлись следствием IPN). Поздняя смертность представляла собой особей, которые погибли, или погибли последними, в их соответствующих полностью сибсовых группах. Умерших особей, которые продемонстрировали признаки неспособности поддерживаться на твердом корме, не генотипировали; это идентифицировали, исходя из их малого размера и отсутствия красных пигментов (поступающих из их корма) в их плавниках.

ДНК экстрагировали из хвостового плавника животных, подлежащих генотипированию, с использованием стандартного способа (набор DNAeasy 96 от QIAGEN (Venlo, Нидерланды)).

1723 животных генотипировали с использованием матрицы для генотипирования форели Axiom®, чипа с SNP, содержащего 57501 однонуклеотидный полиморфизм (SNP) в 96-луночном формате. Этот SNP-чип был разработан AquaGen в сотрудничестве с Департаментом сельского хозяйства США (USDA) и Affymetrix, и он коммерчески доступен от Affymetrix (San Diego, США). Генотипирование проводили с использованием собственной платформы Affymetrix Axiom в соответствии с руководством пользователя Axiom® 2.0 Assay Automated Workflow User Guide (http://media.affymetrix.com/support/downloads/manuals/axiom_2_assay_auto_workflow_user_guide.pdf).

Исходя из исходных данных, предоставленных с помощью оборудования Axiom, генотипам были присвоены названия с использованием программного обеспечения Affymetrix PowerTools (http://www.affymetrix.com/estore/partners_programs/programs/developer/tools/powertools.affx).

Анализ и интерпретацию исходных данных проводили в соответствии с Best Practices Workflow, предоставленным Affymetrix (http://www.affymetrix.com/estore/partners_programs/programs/developer/tools/powertools.affx). SNP и животных, имеющих параметры качества ниже параметров по умолчанию, предоставленных в Best Practices Workflow, не рассматривали для дальнейшего анализа.

SNP исследовали индивидуально в отношении ассоциации с резистентностью к IPN, определяемой как время до смерти (или конец испытания для выживших) в испытании с заражением. Испытание проводили с помощью отношения правдоподобия, сравнивающего линейную смешанную модель, включающую случайный эффект семейства (включая полигенные эффекты) и данный SNP с базовой моделью, игнорирующей эффект SNP:

H₀: y=1μ+Zu+e

H₁: y=1μ+Zu+Mg+e

где y представляет собой вектор фенотипов времени до смерти особей с известными генотипами для данного локуса SNP, μ представляет собой фиксированный эффект общего среднего значения, представляет собой вектор случайных эффектов семейств, Z представляет собой матрицу встречаемости, связывающую особей с семействами, представляет собой эффект замещения аллелей конкретного SNP, M представляет собой матрицу генотипов (с генотипами, кодируемыми 0, 1 и 2 для первой гомозиготы, гетерозиготы и другой гомозиготы) и представляет собой вектор случайных остатков. Ассоциированные компоненты дисперсии и отношение правдоподобия для двух моделей оценивали с помощью программного обеспечения DMU (Madsen & Jensen, 2013), с использованием методологии ограниченной максимальной вероятности (REML). Вероятности REML для иерархических моделей сравнимы, только когда фиксированные части двух моделей являются идентичными, и, таким образом эффект замещения SNP был определен как случайный.

Тестирование отношения правдоподобия проводили следующим образом:

где и представляют собой логарифмические вероятности REML для моделей H₀ и H₁, соответственно. Тестирование отношения правдоподобия проводили локус за локусом с использованием методик параллельного вычисления.

Для внесения поправки на множественность тестирования очень строгим образом, пороговое значение для утверждения о значимости в тестировании ассоциации между генотипами SNP и резистентностью к IPN делили на 50000 (приблизительное количество высококачественных полиморфных SNP), т.е. использовали поправку Бонферрони. Таким образом, пороговая величина для значения p 0,05 в эксперименте преобразовывалась в пороговую величину для значения p 10^-6 для каждого индивидуального SNP. Иными словами, нуль-гипотеза (H0) утверждала, что в исследуемом материале не обнаружится QTL для резистентности к IPN, альтернативная гипотеза утверждала, что в исследуемом материале существует по меньшей мере один QTL для резистентности к IPN, вероятность выявления по меньшей мере одного QTL составляла только 0,05 (5%), если нуль-гипотеза была справедливой, и индивидуальный SNP требовал значения p ниже 10^-6, чтобы соответствовать утверждаемой значимости в эксперименте.

Карты сцепления получали с использованием программного обеспечения Lep-MAP (Rastas et. al. 2013). Первоначально, SNP помещали в группы сцепления посредством двухточечного анализа с использованием модуля "SeparateChromosomes", определяющего пороговое значение LOD 110 (lodLimit=110), вместе с параметрами missingLimit=5, achiasmaticMeiosis=0, dataZTolerance=2, malePrior=0,1, femalePrior=0,1 dataTolerance=0,05 sizeLimit=20 (см. опции программы для полного описания параметров для этой и следующих стадий). Затем несцепленные SNP добавляли в каждую группу с использованием модуля "JoinSingles", определяющего пороговое значение LOD 30 (lodLimit=30) и требующего минимального различия LOD 10 между областями предполагаемых групп сцепления (lodDifference=10), вместе с параметрами achiasmaticMeiosis=0, dataZTolerance=2, malePrior=0,1, femalePrior=0,1, dataTolerance=0,05. Упорядочивание SNP в каждой группе первоначально проводили с использованием модуля "OrderMarkers2" (четыре повторения), с параметрами missingLimit=5, achiasmaticMeiosis=0, nonNearIdenticalLimit=2 0,01, missingClusteringLimit=0,01, hammingClusteringLimit=0,001, filterIdenticalSubset=25 2, dataZTolerance=2, initError=0,005, initRecombination=0,0001 0,001, alpha=1, MAFLimit=0,05, informativeFamilyLimit=3. После первоначального упорядочивания удаляли маркеры с частотами ошибок, превышающими 0,01. Конечную оценку этого скорректированного порядка SNP проводили с использованием "OrderMarkers2" (четыре повторения) и указания "improveOrder=1" в дополнение к тем же параметрам, которые использовались для первоначального упорядочивания. Номера хромосом соотносили с полученными группами сцепления в соответствии с Phillips et al. (2006). Получали карты сцепления самцов и самок, исходя из событий рекомбинации, наблюдаемых для самцов и самок, соответственно.

Последовательности SNP, т.е. последовательности ДНК размером 71 п.н., центрированные по SNP, выравнивали против эталонной последовательности генома радужной форели (Berthelot et al. 2014; справочный id последовательности в GenBank: CCAF010000000). Для этого использовали BLAST+ (Altschul et al. 1990, Camacho et al. 2008) с параметрами ожидание=0,1, оценка соответствия=1, оценка несоответствия=-2, штраф за внесение пропуска=0, штраф за продолжение пропуска=0. Для каждой последовательности из 71 п.н. использовали две входных последовательности, по одной для каждого варианта (аллеля) SNP. Подпоследовательность CCAF010000000, имеющая наиболее высокий показатель BLAST, принималась как подпоследовательность, содержащая SNP при условии, что было не более двух несоответствий между подпоследовательностью и наиболее соответствующей из двух последовательностей размером 71 п.н., соответствующих каждому SNP.

Результаты

Среди 57501 SNP, исследованных в отношении ассоциации с резистентностью к IPN, пять SNP удовлетворили требованию наличия значения p менее 10^-6, которое требовалось для утверждения от статистической значимости во всем эксперименте. Как можно видеть из фиг.1, все из этих пяти SNP расположены на одной и той же хромосоме, а именно, на хромосоме 1, в соответствии с номенклатурой Palti et al. (2011). Более того, как можно видеть на фиг.1, хромосома 1 содержала большую часть SNP, которые были индивидуально, но не во всем эксперименте, значимыми (здесь определяются как SNP, имеющие значения p менее 0,01). Как можно видеть из фиг.2, SNP на хромосоме 1, наиболее высоко ассоциированные с резистентностью к IPN, были локализованы в подобласти хромосомы, с наиболее значимыми SNP в центре. Кластеризация значимых SNP в относительно узкой области хромосомы строго указывает на то, что SNP, значимо ассоциированные с IPN, являются маркерами одного и того же QTL. Восемьдесят два SNP были индивидуально или во всем эксперименте значимыми в тестировании ассоциации с резистентностью к IPN, причем все они также были расположены на хромосоме 1. Выравнивание последовательностей ДНК, относящихся к этим SNP, против последовательности генома радужной форели, доступной в GenBank (Bertheloet et al. 2014; справочный id последовательности в GenBank: CCAF010000000) показало, что SNP располагались в ограниченном количестве контигов или остовов генома (таблица 1).

Ожидается, что для любого значимого SNP, особи радужной форели, имеющие различные генотипы SNP, будут отличаться между собой с точки зрения резистентности к IPN. Например, для наиболее значимого SNP - SNP, имеющего идентификатор SNP Affymetrix AX-89929954 (SNP #1, таблица 1), ожидается, что группы форели, гомозиготные по аллелю, сообщающему относительную резистентность к IPN, будут иметь средние показатели выживаемости 45% в условиях, сходных с условиями испытания с заражением 1 (с учетом только особей, которые были прогенотипированы). Напротив, ожидается, что группы форели, гомозиготные по аллелю, не сообщающему относительную резистентность к IPN, будут иметь средние показатели выживаемости 17% в сходных условиях (с учетом только особей, которые были прогенотипированы), в то время как ожидается, что группы особей, гетерозиготных по этому SNP, в сходных условиях будут иметь средние показатели выживаемости 36% (с учетом только особей, которые были прогенотипированы) (см. таблицу 3). Таким образом, SNP AX-89929954 можно использовать в качестве инструмента для прогнозирования уровня резистентности к IPN любой особи. Здесь, уровень резистентности определяют как уровень относительной резистентности, что означает, что особь будет тем больше резитентной к IPN, чем больше копий аллеля резистентности к IPN особь имеет в положении AX-89929954. Точнее, ожидается, что особь, имеющая одну копию аллеля резистентности к IPN (который представляет собой цитозин) будет более резистентной к IPN, чем особь, не имеющая аллеля резистентности к IPN в положении AX-89929954, учитывая, что другие детерминанты резистентности особи к IPN являются сходными у двух особей. Аналогично, ожидается, что особь, имеющая две копии аллеля резистентности к IPN в положении AX-89929954, будет более резистентной к IPN, чем особь, которая имеет одну копию аллеля резистентности к IPN в положении AX-89929954, с учетом, что другие детерминанты резистентности особи к IPN являются сходными у двух особей. Таким образом, генотипы в положении AX-89929954 можно использовать для прогнозирования резистентности к IPN изолированной радужной форели и популяции радужной форели. Также, поскольку более вероятно, что особь передаст (ее потомству) копию аллеля резистентности к IPN в положении AX-89929954, чем больше копий аллеля резистентности к IPN она имеет, генотипы в положении AX-89929954 также можно использовать для прогнозирования уровня резистентности к IPN у потомства особи. Путем отбора животных, которые содержат одну или две копии аллеля резистентности к IPN в положении AX-89929954, в качестве родителей, можно проводить селекцию более высокой степени резистентности к IPN в следующем поколении.

Другие SNP, которые представляют собой индивидуально или во всем эксперименте значимые SNP, представленные в таблице 1, обладают общей с AX-89929954 способностью прогнозировать уровни резистентности к IPN, как можно видеть из таблицы 1 и таблицы 3. Более того, эти SNP можно использовать в комбинации, например, в комбинациях по два SNP, для получения еще более мощных прогнозирующих инструментов.

Таблица 3: Показатели выживаемости в группах рыб среди прогенотипированных рыб испытания с заражением 2. Каждая группа состоит из всех прогенотипированных рыб, имеющих рассматриваемый генотип в рассматриваемом SNP. R=аллель резистентности к IPN; A=аллель не резистентности к IPN; AA. AR и RR=три возможных генотипа в любом конкретном SNP; NA=не применимо (поскольку особи не имели рассматриваемый генотип в рассматриваемом SNP). Показатели выживаемости представляют собой средние показатели выживаемости (±стандартная ошибка) в группе животных, имеющей рассматриваемый генотип в рассматриваемом SNP.

№ SNP	Название - ID Affymetrix	Значение p	Показатели выживаемости в испытании с заражением IPN
№ SNP	Название - ID Affymetrix	Значение p	Среднее значение AA	Среднее значение AR	Среднее значение RR
+/- SE	+/- SE	+/- SE
1	AX-89929954	2,50E-08	0,17±0,01	0,36±0,01	0,45±0,07
2	AX-89918280	1,02E-07	0,17±0,01	0,36±0,01	0,38±0,05
3	AX-89938309	5,10E-07	0,1±0,01	0,29±0,01	0,34±0,02
4	AX-89960828	7,92E-07	0,17±0,01	0,32±0,01	0,32±0,04
5	AX-89930342	3,97E-06	0,13±0,01	0,28±0,01	0,34±0,02
6	AX-89928530	6,06E-06	0,13±0,01	0,28±0,01	0,33±0,02
7	AX-89949788	6,53E-06	0,18±0,01	0,35±0,01	0,4±0,04
8	AX-89928131	1,90E-05	0,21±0,01	0,34±0,01	0,36±0,05
9	AX-89949832	2,89E-05	0,18±0,01	0,34±0,01	0,37±0,03
10	AX-89916790	4,02E-05	0,08±0,02	0,24±0,01	0,32±0,01
11	AX-89973719	5,66E-05	0,18±0,01	0,32±0,01	0,35±0,04
12	AX-89962023	5,70E-05	0,2±0,01	0,34±0,01	0,37±0,06
13	AX-89921280	5,95E-05	0,21±0,01	0,34±0,01	0,37±0,06
14	AX-89931666	6,36E-05	0,12±0,01	0,3±0,01	0,26±0,02
15	AX-89921585	7,21E-05	0,04±0,02	0,21±0,01	0,31±0,01
16	AX-89953905	8,37E-05	0,17±0,01	0,32±0,01	0,43±0,03
17	AX-89952945	9,47E-05	0,19±0,01	0,36±0,01	0,28±0,04
18	AX-89934682	1,00E-04	0,19±0,01	0,36±0,01	0,28±0,05
19	AX-89951942	0,00010856	0,21±0,01	0,34±0,01	0,38±0,06
20	AX-89937020	0,00017884	0,16±0,01	0,3±0,01	0,37±0,03
21	AX-89924837	0,00021198	0,21±0,01	0,36±0,01	0,3±0,12
22	AX-89958601	0,00025353	0,17±0,01	0,3±0,01	0,37±0,03
23	AX-89923477	0,00031093	0,07±0,03	0,22±0,01	0,3±0,01
24	AX-89959350	0,00031728	0,07±0,03	0,22±0,01	0,3±0,01
25	AX-89929482	0,00032841	0,11±0,02	0,23±0,01	0,31±0,01
26	AX-89937712	0,00033084	0,2±0,01	0,33±0,01	0,4±0,04
27	AX-89949602	0,0003479	0,08±0,01	0,27±0,01	0,33±0,02
28	AX-89925103	0,00038971	0,21±0,01	0,32±0,01	0,41±0,04
29	AX-89938051	0,00041583	0,21±0,01	0,35±0,01	0,32±0,06
30	AX-89924174	0,00050314	0,21±0,01	0,35±0,01	0,31±0,06
31	AX-89936461	0,0005141	0,18±0,01	0,33±0,01	0,26±0,03
32	AX-89916703	0,00067347	0,11±0,01	0,27±0,01	0,32±0,01
33	AX-89935317	0,00074987	0,1±0,02	0,25±0,01	0,32±0,01
34	AX-89966423	0,00085343	0,1±0,01	0,3±0,01	0,28±0,02
35	AX-89933348	0,00106426	0,16±0,02	0,26±0,01	0,3±0,01
36	AX-89969315	0,00107414	0,18±0,01	0,26±0,01	0,38±0,02
37	AX-89919958	0,00113481	0,07±0,02	0,25±0,01	0,31±0,01
38	AX-89968417	0,00123226	0,02±0,02	0,2±0,01	0,3±0,01
39	AX-89946851	0,00135127	0,18±0,01	0,31±0,01	0,34±0,03
40	AX-89976917	0,00143634	0,18±0,01	0,26±0,01	0,37±0,02
41	AX-89945446	0,00154415	0,1±0,02	0,25±0,01	0,32±0,01
42	AX-89919457	0,00154766	0,21±0,01	0,36±0,02	0,31±0,04
43	AX-89973597	0,00155033	0,2±0,01	0,28±0,01	0,37±0,03
44	AX-89938138	0,00159849	0,12±0,03	0,21±0,01	0,3±0,01
45	AX-89971866	0,00223949	0,02±0,02	0,21±0,01	0,29±0,01
46	AX-89958882	0,00228346	0,18±0,01	0,3±0,01	0,31±0,02
47	AX-89961273	0,00249722	0,02±0,02	0,21±0,01	0,29±0,01
48	AX-89944901	0,00262016	0,18±0,01	0,34±0,01	0,35±0,03
49	AX-89919465	0,00282048	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
50	AX-89959425	0,00298056	0,14±0,01	0,3±0,01	0,37±0,02
51	AX-89917102	0,00323292	0,15±0,02	0,26±0,01	0,3±0,01
52	AX-89959281	0,00425635	0,23±0,01	0,4±0,02	0,5±0,2
53	AX-89916766	0,00451942	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
54	AX-89920507	0,00457228	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
55	AX-89957370	0,00460351	0,2±0,01	0,3±0,01	0,26±0,02
56	AX-89934009	0,00463068	0,13±0,01	0,27±0,01	0,33±0,02
57	AX-89929663	0,00493969	0,14±0,01	0,31±0,01	0,32±0,02
58	AX-89952300	0,0052556	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
59	AX-89916572	0,00571541	0,2±0,01	0,29±0,01	0,37±0,03
60	AX-89946911	0,00574551	0,13±0,02	0,24±0,01	0,32±0,01
61	AX-89974593	0,00611967	0,12±0,03	0,23±0,01	0,29±0,01
62	AX-89927158	0,00627456	NA	0,38±0,02	0,23±0,01
63	AX-89970383	0,00628358	0,24±0,01	0,37±0,02	0,64±0,12
64	AX-89965404	0,00638481	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
65	AX-89955634	0,00639828	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
66	AX-89932926	0,00657013	0,13±0,02	0,25±0,01	0,31±0,01
67	AX-89941493	0,00675854	0,19±0,02	0,27±0,01	0,3±0,02
68	AX-89943031	0,0067705	0,12±0,03	0,21±0,01	0,31±0,01
69	AX-89957682	0,00689041	0,09±0,03	0,24±0,01	0,29±0,01
70	AX-89960611	0,00728331	0,17±0,01	0,33±0,01	0,35±0,02
71	AX-89950199	0,00747825	0,19±0,02	0,27±0,01	0,3±0,02
72	AX-89928407	0,00764258	0,08±0,02	0,24±0,01	0,3±0,01
73	AX-89962035	0,00770092	NA	0,41±0,02	0,23±0,01
74	AX-89931951	0,00796054	0,21±0,01	0,36±0,02	0,29±0,04
75	AX-89976536	0,00852971	0,21±0,01	0,36±0,01	0,29±0,04
76	AX-89916801	0,00898601	0,02±0,02	0,22±0,01	0,28±0,01
77	AX-89929085	0,0094422	0,02±0,02	0,22±0,01	0,28±0,01
78	AX-89925267	0,0099745	0,2±0,05	0,22±0,01	0,29±0,01
160	chr1_7515539	3,10E-07	0,18±0,01	0,37±0,02	0,38±0,05
161	chr1_7108873	4,56E-07	0,18±0,01	0,36±0,02	0,45±0,08
162	chr1_6864558	4,56E-07	0,18±0,01	0,36±0,02	0,45±0,08
163	chr1_7186663	9,66E-07	0,18±0,01	0,36±0,02	0,45±0,08
164	chr1_6730531	1,26E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,34±0,04
165	chr1_27891953	1,38E-06	0,22±0,01	0,31±0,02	0,66±0,06
166	AX-89953259	1,59E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
167	chr1_6740481	1,76E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
168	chr1_6770611	1,76E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
169	chr1_7412807	2,16E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
170	chr1_7360179	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
171	chr1_7411803	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
172	chr1_7431445	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
173	chr1_7433199	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
174	chr1_7441254	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
175	chr1_7441877	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
176	chr1_7533570	2,18E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
177	chr1_6834898	2,19E-06	0,18±0,01	0,32±0,02	0,33±0,04
178	chr1_6730142	2,23E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
179	chr1_6746052	2,23E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
180	chr1_6794061	2,23E-06	0,18±0,01	0,33±0,02	0,33±0,04
181	chr1_7399212	2,95E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
182	chr1_7442637	3,02E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
183	chr1_7358019	3,11E-06	0,18±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
184	chr1_7709828	3,45E-06	0,2±0,01	0,3±0,01	0,77±0,07
185	chr1_7598090	5,65E-06	0,19±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
186	chr1_7626471	7,50E-06	0,19±0,01	0,37±0,02	0,38±0,05
187	chr1_7598743	7,56E-06	0,19±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
188	chr1_7670293	9,90E-06	0,19±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
189	chr1_7670561	9,90E-06	0,19±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
190	chr1_7647634	1,22E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,38±0,05
191	chr1_7356089	2,28E-05	0,18±0,01	0,36±0,02	0,39±0,04
192	chr1_8109044	3,84E-05	0,18±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
193	chr1_10439048	4,96E-05	0,21±0,01	0,35±0,02	0,37±0,08
194	chr1_8142346	5,19E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,4±0,04
195	chr1_8092208	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
196	chr1_8138683	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
197	chr1_8139206	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
198	chr1_8139744	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
199	chr1_8140789	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
200	chr1_8141687	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
201	chr1_8154917	8,17E-05	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
202	chr1_7454708	8,74E-05	0,18±0,01	0,33±0,02	0,42±0,04
203	chr1_7504847	8,74E-05	0,18±0,01	0,33±0,02	0,42±0,04
204	chr1_7505686	8,74E-05	0,18±0,01	0,33±0,02	0,42±0,04
205	chr1_7505817	8,74E-05	0,18±0,01	0,33±0,02	0,42±0,04
206	chr1_8202031	8,96E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,4±0,04
207	chr1_8228173	8,96E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,4±0,04
208	chr1_8309469	8,96E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,4±0,04
209	chr1_8163977	8,96E-05	0,19±0,01	0,36±0,02	0,4±0,04
210	chr1_27786931	9,68E-05	0,22±0,01	0,3±0,02	0,61±0,06
211	chr1_8194629	0,00010535	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
212	chr1_7505259	0,00010824	0,18±0,01	0,33±0,02	0,42±0,04
213	chr1_8474659	0,00014238	0,19±0,01	0,35±0,02	0,39±0,04
214	chr1_8282602	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
215	chr1_8306806	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
216	chr1_8341618	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
217	chr1_8343786	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
218	chr1_8345836	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
219	chr1_8350569	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
220	chr1_8402403	0,00014575	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
221	AX-89962103	0,00016979	0,35±0,02	0,26±0,02	0,13±0,02
222	chr1_8279302	0,00018144	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
223	chr1_8334901	0,00020083	0,19±0,01	0,35±0,02	0,4±0,04
224	chr1_7561600	0,00023783	0,19±0,01	0,32±0,02	0,42±0,04
225	AX-89956272	0,00026395	0,31±0,01	0,22±0,02	0,07±0,03
226	chr1_7938827	0,00026777	0,2±0,01	0,3±0,02	0,44±0,05
227	chr1_10810229	0,00029614	0,19±0,01	0,37±0,02	0,29±0,05
228	chr1_11007071	0,00029787	0,19±0,01	0,37±0,02	0,29±0,05
229	chr1_10884171	0,00029812	0,19±0,01	0,37±0,02	0,29±0,05

Пример 2: Получение радужной форели с повышенной резистентностью к IPN

Проводят взятие образца ткани от каждого потенциального родителя, т.е. от каждой радужной форели, которая является родителем-кандидатом для создания указанной форели с повышенной резистентностью к IPN. Взятие образцов тканей можно проводить с использованием любого из нескольких доступных способов неинвазивного взятия образцов из живой форели. Например, образец может представлять собой фрагмент жирового плавника форели, вырезанный с использованием ножниц или скальпеля, или он может представлять собой биоптат мышечной ткани, полученный с использованием дерматома, такого как 3,0-мм дерматом с поршнем (BPP-30F) от Brymill (Basingstoke, Великобритания). Образец также может представлять собой несколько чешуек, полученных с использованием пинцета. После взятия образцов, образцы тканей следует сразу заморозить и хранить в замороженном состоянии до экстракции ДНК, или альтернативно их можно помещать в этанол для длительного хранения в морозильной камере. Образцы чешуек перед хранением можно сушить на фрагменте бумаги. В момент взятия образцов потенциальных родителей можно физически маркировать с использованием, например, пассивных встраиваемых передатчиков (PIT). Физическое маркирование может облегчать последующее извлечение особой, отобранных с использованием способа.

ДНК экстрагируют из образца ткани с использованием любого из нескольких доступных способов экстракции высококачественной ДНК из образцов форели. Например, ДНК можно экстрагировать с использованием набора DNAeasy от QIAGEN (Venlo, Нидерланды), в соответствии с протоколом, предоставляемым с этим набором.

Экстрагированную ДНК генотипируют в отношении по меньшей мере одного из однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), указанных в таблице 1. Например, экстрагированную ДНК можно генотипировать с использованием SNP AX-89929954 (SNP #1). Генотипирование можно проводить с использованием любого общеизвестного способа генотипирования SNP. Например, генотипирование можно проводить с использованием протокола iPlex® на системе MassARRAY® от Sequenom (San Diego, США). Для генотипирования SNP AX-89929954 с использованием протокола iPlex можно использовать следующие праймеры:

Прямой праймер для ПЦР: ACGTTGGATGTCCACAGTCCACATGCTTTG (SEQ ID NO: 157),

Обратный праймер для ПЦР: ACGTTGGATGGGAAAGAAACAGTGATAGGC (SEQ ID NO: 158),

Праймер для удлинения: CACACAACTGTGTGTCAAAT (SEQ ID NO: 159).

Все другие экспериментальные параметры соответствуют протоколу iPlex. Протокол iPlex можно применять в мультиплексном формате для нескольких SNP, и в этом случае экспериментальные параметры, в том числе последовательности праймеров, можно корректировать в соответствии со свойствами других SNP в мультиплексе. Эту коррекцию проводят с использованием программного обеспечения Assay Design Suite от Sequenom (https://ww.mysequenom.com/Tools).

Исходные данные генотипирования iPlex обрабатывают с использованием программного обеспечения Typer от Sequenom. Генотипированные образцы распределяют на три отдельных и строго определенных кластера в соответствии с тремя генотипами при условии, что все три генотипа присутствуют в прогенотипированных образцах.

С использованием стадий, указанных выше, можно обнаружить, что часть прогенотипированной форели имеет две копии аллеля цитозина (C), в то время другая часть может иметь две копии аллеля аденина (A). Другая часть может иметь одну копию каждого аллеля (AC). В качестве родителей будут выбирать родителей, имеющих две копии C (т.е. имеющие генотип CC). Все потомство этих родителей будет гомозиготным по аллелю C в SNP AX-89929954, что означает, что оно будет гомозиготным (CC) по аллелю, ассоциированному с повышенной резистентностью к IPN. В условиях, сходных с условиями, использованными в эксперименте для испытания с заражением 2, описанного в примере 1 выше, ожидается, что такие (CC) животные будут иметь показатель выживаемости 45%, в то время как животные, происходящие от случайным образом отобранных родителей, будут иметь ожидаемый показатель выживаемости 26%.

Если не будет обнаружено особей, имеющих генотип CC, в качестве родителей можно выбирать особей с генотипом AC. Также ожидается, что, если бы родители-кандидаты (т.е. прогенотипированные животные) представляли собой случайную подгруппу популяции, из которой они происходят, также ожидается, что использование этих животных AC в качестве родителей приведет к потомству с повышенной резистентностью к IPN.

Способ можно применять с использованием любого из SNP, приведенных в таблице 1. Способ также можно применять с использованием комбинации двух или более SNP. Например, можно прогенотипировать SNP AX-89929954 и AX-89918280 (SNP #2), и использовать в качестве родителей особей, имеющих генотип CC в положении AX-89929954 и генотип GG в положении AX-89918280.

После идентификации родителей с использованием этого способа, этих родителей извлекают путем отсортировывания их из емкости, в которую они помещены (обычно проводимого путем перемещения каждой рыбы в другую емкость). Получают потомство и оплодотворенные яйца выводят с использованием стандартных способов культивирования водных организмов.

Пример 3: Эксперименты для подтверждения результатов, лежащих в основе изобретения

Проводили два дополнительных испытания с заражением (испытания с заражением 3 и 4) для подтверждения ассоциации между резистентностью к IPN и аллелями ДНК-полиморфизмов по изобретению. Испытания проводили в двух емкостях объемом 100 литров, и в каждой емкости группу особей радужной форели исследовали в отношении резистентности к одному из двух штаммов вируса IPN. Эти два штамма представляли собой 1) штамм (AGT11-2) серотипа Sp, выделенный из выращиваемой в Норвежском море радужной форели; этот же штамм использовали в примере 1, и 2) штамм серотипа Wb, выделенный при вспышке IPN у радужной форели в Чили. Каждая емкость содержала приблизительно 12 мальков радужной форели из каждой из 133 полностью сибсовых групп. В обоих испытаниях использовали одинаковый набор полностью сибсовых групп. Испытание проводили через 1 неделю после первого кормления (т.е. после перехода на твердый корм). Рыб акклиматизировали и первоначально кормили в области испытания. В начале испытаний объем воды уменьшали до ½ исходного объема, и в этом время в каждую емкость добавляли 100 мл соответствующего изолята вируса для получения конечной концентрации, равной TCID50 105 вирусных частиц на мл воды. Через три часа после добавления вируса объем воды возвращали до уровня до заражения (в ходе этих трех часов поддерживали аэрацию воды). Взятие образцов умерших животных проводили и смертность регистрировали два раза в сутки на протяжении периода испытания. ДНК экстрагировали из исследуемых рыб, от которых были получены образцы, с использованием стандартного протокола. Оба испытания завершали через 28 суток после начала испытания. В этот момент суточные показатели смертности составляли 0,9% (Sp) и 0,19% (Wb), и они снижались. Напротив, на пике кривой смертности суточная смертность составляла 10,1% (Sp) и 1,56% (Wb). Иными словами, в момент завершения испытания кривая выживаемости выравнивалась, и можно обоснованно предположить, что большинство рыб, которые пережили период испытания, выжили бы также, если период испытания был более длительным. Совокупная смертность составляла 70,0 (Sp) и 9,38% (Wb). У всех животных из испытания Sp (1603 животных) и всех умерших животных из испытания Wb (174 животных) проводили взятие образцов и генотипирование в отношении четырех ДНК-полиморфизмов по изобретению. Генотипирование проводили с использованием системы генотипирования iPLEX от Agena Bioscience (San Diego, США) (владельцем системы iPLEX ранее была Sequenom, San Diego, США). Праймеры для ПЦР и удлинения для генотипирования iPLEX конструировали с использованием Assay Design Suite v2.0 (доступного на www.mysequenom.com/Tools), с использованием параметров по умолчанию и все четыре ДНК-полиморфизма генотипировали в одной и той же мультиплексной реакции. Как можно видеть из таблицы 4, частоты аллелей, обозначаемых как аллели резистентности к IPN, были значимо более высокими у выживших особей из испытания Sp, чем у умерших особей из испытания Sp, для всех четырех полиморфизмов. Аналогично, частоты аллелей, обозначаемых как аллели резистентности к IPN, были значимо более высокими у выживших особей из испытания Wb, чем у умерших особей из испытания Wb. Здесь, для каждого полиморфизма статистическую значимость исследовали с использованием логистической регрессии ряда аллелей резистентности к IPN на бинарной основе выживший/не выживший. Таблица 4 содержит значения p для этого испытания для всех четырех полиморфизмов. Для испытания Wb, в котором регистрировали только смертность, генотипы для 1416 выживших особей оценивали посредством допущения, что общие аллельные частоты в испытании Wb были такими же, как и в испытании Sp (обоснованное предположение с учетом того, что эти два испытания по заражению включали животных из одних и тех же семей в одинаковых соотношениях), и далее посредством допущения, что каждый полиморфизм находится в равновесии Харди-Вайнберга.

Подтверждающий эксперимент подтвердил, что существует статистически значимая ассоциация между резистентностью к IPN и аллелями во всех четырех исследованных полиморфизмах. Более того, ассоциация также была достоверной, когда штамм вируса IPN, использованный при первоначальном открытии изобретения (штамм серотипа Sp) заменяли другим штаммом (серотипа Wb, West Buxon). Следовательно, ассоциация между ДНК-полиморфизмами и резистентностью к IPN является воспроизводимой и независимой от штамма вируса.

Естественным и необходимым следствием этих результатов является то, что ДНК-полиморфизмы по изобретению можно использовать для получения радужной форели с повышенной резистентностью к IPN. Например, можно использовать ДНК-полиморфизм AX-89929954 для скрининга количества особей радужной форели. После идентификации одного самца и одной самки, оба из которых являются гомозиготными по аллелю резистентности к IPN (т.е. оба они имеют генотип CC), этих двух животных можно скрещивать и все потомство, полученное в результате скрещивания, будет иметь генотип CC согласно правилам Менделя. Можно ожидать, что эти особи будут более резистентными к IPN, чем случайные (но в остальном сравнимые) особи, полученные из той же популяции радужной форели при условии, что аллель смертности (A в случае AX-89929954) также существует в популяции.

Таблица 4: Результаты эксперимента, подтверждающего ассоциацию между резистентностью к IPN и полиморфизмами по изобретению. Для каждого из четырех полиморфизмов таблица содержит: 1) обозначение аллелей резистентности и смертности (как определено в таблице 1 и в таблице 2), 2) количество животных, имеющих любой из трех возможных генотипов в подгруппах выживших животных после заражения Sp (SP_SURV), смертность So (SP_MORT) и смертность Wb (WB_MORT), 3) значения p после регрессии ряда аллелей резистентности к IPN по бинарному признаку выживший/не выживший.

AX-89929954
Аллели резистентности к IPN/не резистентности к IPN:
C/A
	SP_SURV	SP_MORT	WB_SURV*	WB_MORT
CC	139	249	262	31
AC	187	370	694	52
AA	99	472	460	81

Испытание с Sp	Значение p		5,1*10^-11
Испытание с Wb	Значение p		5,0*10^-3

AX-89960828
Аллели резистентности к IPN/не резистентности к IPN:
T/C
	SP_SURV	SP_MORT	WB_SURV*	WB_MORT
TT	92	158	216	13
CT	235	466	674	70
CC	116	517	527	87

Испытание с Sp	Значение p		7,6*10^-11
Испытание с Wb	Значение p		1,3*10^-4

AX-89918280
Аллели резистентности к IPN/не резистентности к IPN:
G/A
	SP_SURV	SP_MORT	WB_SURV*	WB_MORT
GG	126	214	316	20
AG	244	536	706	82
AA	73	383	394	69

Испытание с Sp	Значение p		2,1*10^-11
Испытание с Wb	Значение p		5,9*10^-5

AX-89938309
Аллели резистентности/смертности:
T/G
	SP_SURV	SP_MORT	WB_SURV*	WB_MORT
TT	112	171	230	14
GT	228	428	681	53
GG	102	505	505	103

Испытание с Sp	Значение p		6,8*10^-15
Испытание с Wb	Значение p		1,2*10^-8

*Количество WB_SURV оценивали, как описано выше.

Пример 4: Идентификация и исследование дополнительных SNP, ассоциированных с резистентностью к IPN

Двенадцать особей радужной форели из популяции радужной форели AquaGen подвергали полногеномному секвенированию с использованием HiSeq2000 от Illumina (San Diego, США); см. Palti et al. (2015). Считанные последовательности этих 12 животных выравнивали с общедоступной эталонной геномной последовательностью радужной форели (Berthelot et al. 2014), с использованием bowtie2 (Langmead and Salzberg, 2012). Перед выравниванием считанных посредством Illumina последовательностей, подпоследовательности (каркасы и контиги) эталонной последовательности объединяли и упорядочивали посредством совместного выравнивания подпоследовательностей с хромосомными последовательностями атлантического лосося (предоставленных GenBank); эти два вида являются близкородственными и демонстрируют высокую степень синтении. Из выровненных считанных последовательностей идентифицировали SNP с использованием Freebayes (Garrion and Marth, 2012). Набор (предполагаемых) SNP фильтровали в Freebayes с использованием следующей цепи параметров: "--no-indels --no-mnps --no-complex --min-mapping-quality 30 --read-mismatch-limit 2 --read-indel-limit 1". Для каждого отфильтрованного SNP, генотипы у 12 отсеквенированных животных устанавливали с использованием Freebayes. Генотипы сравнивали с генотипами одного из оригинальных SNP по изобретению (AX-89929954), вычисляя для каждого отфильтрованного SNP квадрат коэффициента корреляции между этим SNP и AX-89929954. Квадрат коэффициента корреляции (r²) между двумя ДНК-полиморфизмами является показателем величины неравновесия по сцепления между ДНК-полиморфизмами; чем более высоким является r², тем более коррелирующими являются генотипы в этих двух ДНК-полиморфизмах. Следует отметить, что высокие уровни r² в основном наблюдались для ДНК-полиморфизмов, которые находились на расстоянии не более чем на 3 миллиона пар оснований (3 м.п.н.) от AX-89929954, большинство SNP, которые находились на расстоянии не более чем 3 м.п.н. от AX-89929954, удаляли, также как и все SNP, имеющие значение r² ниже 0,2. Более того, SNP, имеющим значения r² выше 0,5, отдавали приоритет, также как и SNP, находящимся на расстоянии не более 500 п.н. от генной области (генную область определяли как область, имеющую совпадение в BLASTN, когда BLASTN запускали против наиболее поздней версии базы данных RefSeq-RNA со значением параметров BLASTN по умолчанию). В завершение, была отобрана подгруппа из 500 SNP и было проведено их генотипирование с использованием химической реакции KASP, осуществленной с использованием системы SNPline от LGC Genomics (http://www.lgcgroup.com/products/genotyping-instruments/snpline/#.VkNMKLcvdhE). Генотипирование проводили на том же генетическом материале, как описано в примере 1 (1723 животных из испытания по заражению из испытания по заражению IPN), и ассоциацию между генотипами и резистентностью к IPN исследовали аналогично тому, как описано в примере 1. Индивидуальные SNP, демонстрирующие статистику распределения хи-квадрат более 13,0, были определены как высокоассоциированные с IPN, их можно использовать в качестве инструментов для селекции животных, резистентных к IPN. На фиг.3, нанесен обратный логарифм значений p (H0: генотипы не ассоциированы с резистентностью к IPN, H1: генотипы ассоциированы с резистентностью к IPN) против положений на "физически упорядоченном" эталонном геноме радужной форели для всех ДНК-полиморфизмов, протестированных либо в качестве части эксперимента, описанного в примере 1, либо в качестве части подтверждающего исследования, описанного в настоящем описании. На фиг. иллюстрируется, что все полиморфизмы, наиболее высокоассоциированные с резистентностью к IPN, расположены в узкой области, что означает, что наиболее вероятное положение каузативных ДНК-полиморфизмов, лежащих в основе QTL, относительно хорошо определено, и что любые другие ДНК-полиморфизмы, расположенные в области QTL ("область пика" на графике), если они ассоциированы с IPN, вероятно являются маркерами одной и той же подразумеваемой каузативной мутации.

Определенные ссылки, цитированные в заявке

Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, and Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.

Berthelot C, Brunet F, Chalopin D, Juanchich A, Bernard M et al. (2014) The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertabrates. Nature Communiciations 5: 3657.

Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J et al. (2008) BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 10:421.

Garrison E, Marth G. Haplotype-based variant detection from short-read sequencing (2012) arXiv preprint arXiv:1207.3907 [q-bio.GN].

Langmead B, Salzberg SL (2012) Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods 9:357-359.

Madsen P, Su G, Labouriau R, and Christensen OF (2010) DMU - A package for analysing multivariate mixed models. Proceedings from the 9th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP); http://www.kongressband.de/wcgalp2010/assets/pdf/0732.pdf.

Palti Y, Genet C, Luo MC, Charlet A, Gao G et al. (2011) A first generation integrated map of the rainbow trout genome. BMC Genomics 12:180.

Palti Y, Gao G, Liu S, Kent MP, Lien S, Miller MR, Rexroad CE III, Moen T (2015) The development and characterization of a 57K single nucleotide polymorphism array for rainbow trout. Molecular Ecology Resources 15: 662-672.

Phillips RB, Nichols KM, Dekoning JH, Morasch MR, Keatley KA et al. (2006) Assignment of rainbow trout linkage groups to specific chromosomes. Genetics 174: 1661-1670.

Rastas P, Paulin L, Hanski I, Lehtonen R, and Auvinen P (2013) Lep-MAP: fast and accurate linkage map construction for large SNP datasets. Bioinformatics 29: 3128-34.

Wetten M, Kjøglum S, Fjalestad KT, Skjærvik O, Storset A. (2011) Genetic variation in resistance to infectious pancreatic necrosis in rainbow trout (Onchorhynchus mykiss) after a challenge test. Aquaculture Research 1-7.

--->

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> AquaGen AS

<120> СПОСОБ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ РЕЗИСТЕНТНОСТИ

<130> P61402282PCT00

<150> 20141382

<151> 2014-11-18

<160> 299

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или A

<400> 1

gaaagaaaca gtgataggct tttagtgagc acatanattt gacacacagt tgtgtgaaaa 60

caaagcatgtg 71

<210> 2

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 2

aatatatgcc ttatatcagg atcgctaacc acagancagg attacaattt aatacttgca 60

caatatacata 71

<210> 3

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 3

tccttgtatc gcagaacttt taaatgtttg aatccntctt gatgttatgt gattggtgga 60

ttcaaataagt 71

<210> 4

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 4

gatgcagggt tgcacagaac gttgatgcca gtagtnatgg catggctctc agtacaaact 60

catactgagtg 71

<210> 5

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 5

gaatggcaat taatttcatg ctgaactaac tgaatnaaga aaggaaatga ccccaaccct 60

ggttgcatac t 71

<210> 6

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 6

ctcacattct tcaccttatt ggaatgcatg gaaagncgcc atgggaagct cactgcggtt 60

tcgaacctac g 71

<210> 7

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 7

agtcaaaacc atgaaaaagc tgattttaga atgacntttg taacactctc catgatgacg 60

gttaatagaa g 71

<210> 8

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 8

cgtgtcaata ttggaacgac taaatacgtg aatctntcag gacgggtgaa ctgagcacaa 60

atctagatca t 71

<210> 9

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 9

agtccctccc ttagtggtat caaaccataa ctaatnattt cttcacaaat tatggaacaa 60

aaataaatcc c 71

<210> 10

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 10

aaacggagtg ccgaagactc tgaactcaca gactcnctgc cgaaaaaaac gaaagtaatg 60

tcctcaactc t 71

<210> 11

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 11

tgtaaattca taagtaaaga gaacacctgt ttaagnagag cacattatgc aaaacctcat 60

atggaaaacg t 71

<210> 12

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 12

gcgtggacac atgagggacg ctgtgctccc tgtgtnctcc cagcaacacg aggtaattct 60

gcagaacaac c 71

<210> 13

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 13

aaaggaagaa gaatggtcag gagaggtaag gttggnagga attatgcttt tcaatgatct 60

ggtcctgcaa g 71

<210> 14

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 14

gcaataataa ccattgaaaa atatgctttg ggaatntctc cattctttcc ctagtccaat 60

atgtgttctt t 71

<210> 15

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 15

aggggcggtt agacacatgg gtgtggctag aaatgngggt tggtgacacc cactccttgg 60

cactcgatga t 71

<210> 16

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 16

cagccagctt tcgagtagca gggagaggac agtaantatt gacacagtgt aagcactagg 60

cagcactagg c 71

<210> 17

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 17

caatacaatg aggtgtaaat ggttgaattc actgtnggat aaagactgca ggacaggcca 60

gtaaaacatt t 71

<210> 18

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 18

gtcctctatg cctcctatga gttcttcgag gccatntgca gcgtgagtag ctgcctggac 60

cccatgctgt a 71

<210> 19

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 19

attacttttg aatcacagct tcagcatata gccctngcta tagatacaat tcatacatca 60

agataatgac t 71

<210> 20

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 20

tatagtagat aattgattca aatggcagtt gtattncact tttgtttttc tttacagtgg 60

tcagtgctat t 71

<210> 21

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 21

cacacaaggt agatacacct gcagagcatg tttcgnaaat taataaggta agtctgaata 60

ccaaatactg a 71

<210> 22

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 22

ctgttgttgg ccagattacc atcagtgcag ttgganttca ggccttatct ctgcctcaca 60

caacatcatc t 71

<210> 23

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 23

atgggtcgtg ttcatcaggc agaaaaatga cgtatnatgc cctaatgaac atgaccctgg 60

cattacctag a 71

<210> 24

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 24

gaacccctag gctagatgtt caacctggcc tcaggncaat tctgaagatt tggtacgcaa 60

atatgttcgc c 71

<210> 25

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 25

ctgttcattc tgtctgtttc agttggtgct ctgganagga gaaaagccca cctgctgtga 60

gccccttatt g 71

<210> 26

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 26

tcagcgtcct acagctaaac catacgatga aattanaaca ataaattcag tgtgatatcc 60

gttatggacc a 71

<210> 27

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 27

aggtggcagg aaaaagaata cctccagcca atcgcntgac atctgtccat tcaagctgca 60

gcgaatctga c 71

<210> 28

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 28

cacgtctctc caaaacgttt ccacttactt tcccangaag cctttcccgt tgggctgctc 60

cttcagccac t 71

<210> 29

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 29

tccatagtgg ctaccagccc acatacgcac tgacanaatc acagacagac tgacagacag 60

cagcttgatc a 71

<210> 30

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 30

atttgagaat cagatgcaga agagcaaggt tttccnagcc tgtggctatc ctccatacga 60

ttcaaccacc t 71

<210> 31

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 31

taccgtacag ccctgctaaa ggaggaaaac aagggncatg atggtatgtc ttggggcttc 60

ctcagggccc a 71

<210> 32

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 32

aaacaactct tcaagatgat gagtaacaac caaagncaga aattcccctt aaaataactg 60

aaaggaaaaa g 71

<210> 33

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 33

gtgtttgtaa actggtaatt gaaattgtac tgatancaga tgatgtagaa ataaatgtgt 60

tttgatgtag g 71

<210> 34

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 34

tacagaggag ctatgggctt catcctcatg tacganatct gcaatgaaga gtccttcaac 60

gctgtgcagg a 71

<210> 35

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 35

ggccccatta ttttggcttc ttgtgtagca gacttngtag tgtgtaagga agccttgctg 60

gtcttgcaca g 71

<210> 36

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 36

tctgctgagc tcccctgaaa gactgtgagt cacaanggtc atttatttac cttctctgct 60

tcactcaaca c 71

<210> 37

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 37

actattcctc acatgctaca gaatagctag ggtaanagga tagtaacatt aaccataaca 60

ccaaagctaa t 71

<210> 38

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 38

tccagtccca ctagtttggc tttgaagtcg cggatngtag actcgctctt gtatctcttc 60

tcagtcaggt c 71

<210> 39

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 39

gtaaaggcta gcagaccctg ggaacattcc cctgcnctca gcctctctgc catggaggaa 60

atgctaaaag t 71

<210> 40

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 40

ttttgaacag cacttatctc ttctctccag aggggnatat cacagagcat gaccaaaaag 60

ttagccagct a 71

<210> 41

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 41

aagttgacct cttatgattt tattattggt ttgtgntgca agatgttctg tccaggtttc 60

aacttatagc c 71

<210> 42

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 42

accaccacac ctgcctgagt catgtaagaa gattangcat ggtggatgga ggtgggaaga 60

caattaatgg t 71

<210> 43

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 43

tggtcgtctg agccctatgt agtgaattca aacttncttg tctaagccaa gtatcaacct 60

gcaaacccaa g 71

<210> 44

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 44

tccccttctg tgtgctcaag gtgtgaatat tttatngtta acttacttca ctcgtgtcct 60

gcagttagat g 71

<210> 45

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 45

agcaggcagg ttgagacaag cctgcagggc caatanctgt cactatcata actcaagcca 60

acaataccca a 71

<210> 46

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или A

<400> 46

cttgcttgcc atcacccgtc tggtccaagg gactanggtc aatataacct ccaatcttag 60

taacctacct c 71

<210> 47

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 47

gcagacaccc tgggcagcgt tggagtgatc atctcngcca tcctgatgca gaagtatgac 60

ctgatgatcg c 71

<210> 48

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 48

aactgggcta aaacgatggg acggtgtgcg aaaacnaact aaccctaacc agaaaattgt 60

atgctttgtt t 71

<210> 49

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 49

accaccttca cattaacctt ctccatgaca aaacancccc aagcctgaac agcccctagc 60

cccttccact a 71

<210> 50

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 50

gaagacacaa actcaacaag agcacaacaa cacagnctta aggtactgca attcctgctt 60

attttcataa a 71

<210> 51

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 51

aaatgaaaag cgagaaagga cggaggtatt ttaaanatat ttaccatagt actcaccgaa 60

ggctgcagcc a 71

<210> 52

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 52

gaaattgccc cttgattttg tcagtttagc gatcantata cacaaaataa ttaactaaag 60

gaacaaccat a 71

<210> 53

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 53

aaaccacatg gtcttcctgc aactttgtgc caaatnagta gtttcacaat gaacgttgtg 60

aggtctgcag c 71

<210> 54

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или A

<400> 54

agacacacag cagactagac tgaggatgtg aaccantcct ccacttaatg caaatgcagg 60

gacacattca g 71

<210> 55

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 55

ctattcctgc ttaccgtagt tgaactggct gttggntttc tcacagttga tgatgttgaa 60

gcgatagggc a 71

<210> 56

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 56

ggtgtaagta cagactcttt gaaagcatgc aaatanaagt aaagacactg tcattccttt 60

aaatgttctt g 71

<210> 57

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или A

<400> 57

cttctttatt tgctatgatt attacttaat agtgcngatt gtatttgtca tccgtattga 60

ctgcagaact a 71

<210> 58

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 58

attgttcaag gacattatgc ttgtcctaca tattgncaat ttgatgtcgt tctttaacat 60

ttataattga t 71

<210> 59

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 59

aaaacttctt aagggacaag aaggaagttg aagttngggg tgggctagga agataaagag 60

ttgggggtgt g 71

<210> 60

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 60

accaacacag agatgagacg tgccgagcgc aaggcnacca agaagaagct cccgctgaaa 60

cgagagatgg a 71

<210> 61

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или A

<400> 61

ttaatctaac tcactctcca taacatcaca gaagtngatg tattcgatta taacaagctc 60

agggctgtca t 71

<210> 62

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 62

ccctttacct agaatggtct gcagcgtgat gtcaangtgg ttattttgtc cattgttgcc 60

agtgataagc c 71

<210> 63

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 63

tgcagaatgg acaactgaag agagatatgt cgcacntgag ggaaacaact ccgtgtctag 60

gccttctgaa g 71

<210> 64

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 64

gttagtgaaa gccatttcag ggtaaaccct ccaggncgtc caatgtacca tagaagcaaa 60

acaatgataa t 71

<210> 65

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 65

cccatctgtc agaaccttgc ccacagctgt ttcccnactc aatgaaaaca agctaacatc 60

ctgcaggttg a 71

<210> 66

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 66

ggaatattcg aacggcttgt tgtccaatga gtcggnggcc ttaccaccac aaaccccaag 60

gcctgaggca g 71

<210> 67

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 67

ttaagagagt cacaaacatg aaaaactgtg atagtncaaa gaagatgaac gataggcttg 60

tggatagatt a 71

<210> 68

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 68

tttatttcag catttagccc aatcctgcta agaacngtca gttaatcact aattaggaga 60

atatcaataa a 71

<210> 69

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 69

ctcgaagtaa gaaatgaagc tgcaggtctg caggcngagt gctgtcagtg gaatataata 60

cccttaatag a 71

<210> 70

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 70

gataaggatg caacagattt attttagttt tagatnatgc tttcagactg atttcggctc 60

ttaaaaagat a 71

<210> 71

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 71

tctctgttca atatttagaa taaaaagctg acaaangtca cgtaatggac tggaaacagc 60

agacacatgg c 71

<210> 72

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 72

ctataggtgg atgatatgat atggttgcag ctaganagtg acagctgcct accttgtaag 60

taccacctcg a 71

<210> 73

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 73

gcgtttccag taaaacgacg tcccccttcg ccctanattt aatgagcacg tagtctagat 60

ttttgtttaa c 71

<210> 74

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 74

gcaggttttt gcagaaatca gttgctaata aagttnttct gtaaccattg tataagcagg 60

gtcaccatga c 71

<210> 75

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 75

tttctcttaa tgcatcatcc ttgtgcgaaa tcatgntaag tacacaccgt taaagttagg 60

tgctttgtta c 71

<210> 76

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 76

aaactaatga aaaacacaag agtgcctgca gtaacnctgt actaacgctg tactaacagt 60

acactctcag g 71

<210> 77

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 77

ctgcagcaga tggaactata tctctagtgg ctgtgngtgg aggaggagat gtggtgaaga 60

ctgagcagac a 71

<210> 78

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 78

cagaaaggaa aaatgtgtca aagttctaga tagtgngtgg aaagactcaa acaatgcagt 60

ttggaatgaa g 71

<210> 79

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 79

gaaagaaaca gtgataggct tttagtgagc acatacattt gacacacagt tgtgtgaaaa 60

caaagcatgt g 71

<210> 80

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 80

aatatatgcc ttatatcagg atcgctaacc acagagcagg attacaattt aatacttgca 60

caatatacat a 71

<210> 81

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 81

tccttgtatc gcagaacttt taaatgtttg aatccttctt gatgttatgt gattggtgga 60

ttcaaataag t 71

<210> 82

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 82

gatgcagggt tgcacagaac gttgatgcca gtagttatgg catggctctc agtacaaact 60

catactgagt g 71

<210> 83

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 83

gaatggcaat taatttcatg ctgaactaac tgaatgaaga aaggaaatga ccccaaccct 60

ggttgcatac t 71

<210> 84

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 84

ctcacattct tcaccttatt ggaatgcatg gaaaggcgcc atgggaagct cactgcggtt 60

tcgaacctac g 71

<210> 85

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 85

agtcaaaacc atgaaaaagc tgattttaga atgacgtttg taacactctc catgatgacg 60

gttaatagaa g 71

<210> 86

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 86

cgtgtcaata ttggaacgac taaatacgtg aatctatcag gacgggtgaa ctgagcacaa 60

atctagatca t 71

<210> 87

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 87

agtccctccc ttagtggtat caaaccataa ctaataattt cttcacaaat tatggaacaa 60

aaataaatcc c 71

<210> 88

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 88

aaacggagtg ccgaagactc tgaactcaca gactctctgc cgaaaaaaac gaaagtaatg 60

tcctcaactc t 71

<210> 89

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 89

tgtaaattca taagtaaaga gaacacctgt ttaagaagag cacattatgc aaaacctcat 60

atggaaaacg t 71

<210> 90

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 90

gcgtggacac atgagggacg ctgtgctccc tgtgttctcc cagcaacacg aggtaattct 60

gcagaacaac c 71

<210> 91

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 91

aaaggaagaa gaatggtcag gagaggtaag gttggaagga attatgcttt tcaatgatct 60

ggtcctgcaa g 71

<210> 92

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 92

gcaataataa ccattgaaaa atatgctttg ggaatatctc cattctttcc ctagtccaat 60

atgtgttctt t 71

<210> 93

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 93

aggggcggtt agacacatgg gtgtggctag aaatgagggt tggtgacacc cactccttgg 60

cactcgatga t 71

<210> 94

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 94

cagccagctt tcgagtagca gggagaggac agtaagtatt gacacagtgt aagcactagg 60

cagcactagg c 71

<210> 95

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 95

caatacaatg aggtgtaaat ggttgaattc actgttggat aaagactgca ggacaggcca 60

gtaaaacatt t 71

<210> 96

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 96

gtcctctatg cctcctatga gttcttcgag gccatttgca gcgtgagtag ctgcctggac 60

cccatgctgt a 71

<210> 97

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 97

attacttttg aatcacagct tcagcatata gcccttgcta tagatacaat tcatacatca 60

agataatgac t 71

<210> 98

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 98

tatagtagat aattgattca aatggcagtt gtattacact tttgtttttc tttacagtgg 60

tcagtgctat t 71

<210> 99

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 99

cacacaaggt agatacacct gcagagcatg tttcgaaaat taataaggta agtctgaata 60

ccaaatactg a 71

<210> 100

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 100

ctgttgttgg ccagattacc atcagtgcag ttggagttca ggccttatct ctgcctcaca 60

caacatcatc t 71

<210> 101

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 101

atgggtcgtg ttcatcaggc agaaaaatga cgtataatgc cctaatgaac atgaccctgg 60

cattacctag a 71

<210> 102

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 102

gaacccctag gctagatgtt caacctggcc tcaggtcaat tctgaagatt tggtacgcaa 60

atatgttcgc c 71

<210> 103

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 103

ctgttcattc tgtctgtttc agttggtgct ctggatagga gaaaagccca cctgctgtga 60

gccccttatt g 71

<210> 104

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 104

tcagcgtcct acagctaaac catacgatga aattaaaaca ataaattcag tgtgatatcc 60

gttatggacc a 71

<210> 105

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 105

aggtggcagg aaaaagaata cctccagcca atcgcgtgac atctgtccat tcaagctgca 60

gcgaatctga c 71

<210> 106

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 106

cacgtctctc caaaacgttt ccacttactt tcccaagaag cctttcccgt tgggctgctc 60

cttcagccac t 71

<210> 107

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 107

tccatagtgg ctaccagccc acatacgcac tgacataatc acagacagac tgacagacag 60

cagcttgatc a 71

<210> 108

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 108

atttgagaat cagatgcaga agagcaaggt tttccaagcc tgtggctatc ctccatacga 60

ttcaaccacc t 71

<210> 109

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 109

taccgtacag ccctgctaaa ggaggaaaac aaggggcatg atggtatgtc ttggggcttc 60

ctcagggccc a 71

<210> 110

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 110

aaacaactct tcaagatgat gagtaacaac caaagtcaga aattcccctt aaaataactg 60

aaaggaaaaa g 71

<210> 111

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 111

gtgtttgtaa actggtaatt gaaattgtac tgatatcaga tgatgtagaa ataaatgtgt 60

tttgatgtag g 71

<210> 112

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 112

tacagaggag ctatgggctt catcctcatg tacgacatct gcaatgaaga gtccttcaac 60

gctgtgcagg a 71

<210> 113

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 113

ggccccatta ttttggcttc ttgtgtagca gactttgtag tgtgtaagga agccttgctg 60

gtcttgcaca g 71

<210> 114

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 114

tctgctgagc tcccctgaaa gactgtgagt cacaatggtc atttatttac cttctctgct 60

tcactcaaca c 71

<210> 115

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 115

actattcctc acatgctaca gaatagctag ggtaagagga tagtaacatt aaccataaca 60

ccaaagctaa t 71

<210> 116

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 116

tccagtccca ctagtttggc tttgaagtcg cggatagtag actcgctctt gtatctcttc 60

tcagtcaggt c 71

<210> 117

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 117

gtaaaggcta gcagaccctg ggaacattcc cctgcgctca gcctctctgc catggaggaa 60

atgctaaaag t 71

<210> 118

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 118

ttttgaacag cacttatctc ttctctccag aggggcatat cacagagcat gaccaaaaag 60

ttagccagct a 71

<210> 119

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 119

aagttgacct cttatgattt tattattggt ttgtggtgca agatgttctg tccaggtttc 60

aacttatagc c 71

<210> 120

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 120

accaccacac ctgcctgagt catgtaagaa gattaggcat ggtggatgga ggtgggaaga 60

caattaatgg t 71

<210> 121

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 121

tggtcgtctg agccctatgt agtgaattca aactttcttg tctaagccaa gtatcaacct 60

gcaaacccaa g 71

<210> 122

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 122

tccccttctg tgtgctcaag gtgtgaatat tttattgtta acttacttca ctcgtgtcct 60

gcagttagat g 71

<210> 123

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 123

agcaggcagg ttgagacaag cctgcagggc caatatctgt cactatcata actcaagcca 60

acaataccca a 71

<210> 124

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 124

cttgcttgcc atcacccgtc tggtccaagg gactacggtc aatataacct ccaatcttag 60

taacctacct c 71

<210> 125

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 125

gcagacaccc tgggcagcgt tggagtgatc atctcggcca tcctgatgca gaagtatgac 60

ctgatgatcg c 71

<210> 126

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 126

aactgggcta aaacgatggg acggtgtgcg aaaacaaact aaccctaacc agaaaattgt 60

atgctttgtt t 71

<210> 127

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 127

accaccttca cattaacctt ctccatgaca aaacagcccc aagcctgaac agcccctagc 60

cccttccact a 71

<210> 128

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 128

gaagacacaa actcaacaag agcacaacaa cacaggctta aggtactgca attcctgctt 60

attttcataa a 71

<210> 129

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 129

aaatgaaaag cgagaaagga cggaggtatt ttaaatatat ttaccatagt actcaccgaa 60

ggctgcagcc a 71

<210> 130

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 130

gaaattgccc cttgattttg tcagtttagc gatcagtata cacaaaataa ttaactaaag 60

gaacaaccat a 71

<210> 131

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 131

aaaccacatg gtcttcctgc aactttgtgc caaatgagta gtttcacaat gaacgttgtg 60

aggtctgcag c 71

<210> 132

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 132

agacacacag cagactagac tgaggatgtg aaccattcct ccacttaatg caaatgcagg 60

gacacattca g 71

<210> 133

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 133

ctattcctgc ttaccgtagt tgaactggct gttggatttc tcacagttga tgatgttgaa 60

gcgatagggc a 71

<210> 134

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 134

ggtgtaagta cagactcttt gaaagcatgc aaatagaagt aaagacactg tcattccttt 60

aaatgttctt g 71

<210> 135

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 135

cttctttatt tgctatgatt attacttaat agtgccgatt gtatttgtca tccgtattga 60

ctgcagaact a 71

<210> 136

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 136

attgttcaag gacattatgc ttgtcctaca tattggcaat ttgatgtcgt tctttaacat 60

ttataattga t 71

<210> 137

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 137

aaaacttctt aagggacaag aaggaagttg aagtttgggg tgggctagga agataaagag 60

ttgggggtgt g 71

<210> 138

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 138

accaacacag agatgagacg tgccgagcgc aaggctacca agaagaagct cccgctgaaa 60

cgagagatgg a 71

<210> 139

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 139

ttaatctaac tcactctcca taacatcaca gaagtcgatg tattcgatta taacaagctc 60

agggctgtca t 71

<210> 140

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 140

ccctttacct agaatggtct gcagcgtgat gtcaaagtgg ttattttgtc cattgttgcc 60

agtgataagc c 71

<210> 141

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 141

tgcagaatgg acaactgaag agagatatgt cgcacgtgag ggaaacaact ccgtgtctag 60

gccttctgaa g 71

<210> 142

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 142

gttagtgaaa gccatttcag ggtaaaccct ccaggccgtc caatgtacca tagaagcaaa 60

acaatgataa t 71

<210> 143

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 143

cccatctgtc agaaccttgc ccacagctgt ttccctactc aatgaaaaca agctaacatc 60

ctgcaggttg a 71

<210> 144

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 144

ggaatattcg aacggcttgt tgtccaatga gtcgggggcc ttaccaccac aaaccccaag 60

gcctgaggca g 71

<210> 145

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 145

ttaagagagt cacaaacatg aaaaactgtg atagtacaaa gaagatgaac gataggcttg 60

tggatagatt a 71

<210> 146

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 146

tttatttcag catttagccc aatcctgcta agaaccgtca gttaatcact aattaggaga 60

atatcaataa a 71

<210> 147

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 147

ctcgaagtaa gaaatgaagc tgcaggtctg caggcagagt gctgtcagtg gaatataata 60

cccttaatag a 71

<210> 148

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 148

gataaggatg caacagattt attttagttt tagattatgc tttcagactg atttcggctc 60

ttaaaaagat a 71

<210> 149

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 149

tctctgttca atatttagaa taaaaagctg acaaatgtca cgtaatggac tggaaacagc 60

agacacatgg c 71

<210> 150

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 150

ctataggtgg atgatatgat atggttgcag ctagatagtg acagctgcct accttgtaag 60

taccacctcg a 71

<210> 151

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 151

gcgtttccag taaaacgacg tcccccttcg ccctacattt aatgagcacg tagtctagat 60

ttttgtttaa c 71

<210> 152

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 152

gcaggttttt gcagaaatca gttgctaata aagttattct gtaaccattg tataagcagg 60

gtcaccatga c 71

<210> 153

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 153

tttctcttaa tgcatcatcc ttgtgcgaaa tcatgttaag tacacaccgt taaagttagg 60

tgctttgtta c 71

<210> 154

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 154

aaactaatga aaaacacaag agtgcctgca gtaacgctgt actaacgctg tactaacagt 60

acactctcag g 71

<210> 155

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 155

ctgcagcaga tggaactata tctctagtgg ctgtgggtgg aggaggagat gtggtgaaga 60

ctgagcagac a 71

<210> 156

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 156

cagaaaggaa aaatgtgtca aagttctaga tagtgggtgg aaagactcaa acaatgcagt 60

ttggaatgaa g 71

<210> 157

<211> 30

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Прямой праймер для ПЦР

<400> 157

acgttggatg tccacagtcc acatgctttg 30

<210> 158

<211> 30

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Обратный праймер для ПЦР

<400> 158

acgttggatg ggaaagaaac agtgataggc 30

<210> 159

<211> 20

<212> ДНК

<213> Искусственная последовательность

<220>

<223> Праймер для удлинения

<400> 159

cacacaactg tgtgtcaaat 20

<210> 160

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 160

ataatttact tttaagattt ctgaccggcc ttgttntttt tgcttatgtg ccattattgc 60

cggctagacc a 71

<210> 161

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 161

taaagaacaa gaaaacagta cacatgcatt aactcnccat gttggtgttg gagaactcga 60

tacagagaca g 71

<210> 162

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 162

ctcatggaga ggcatatctt gtcctatccc cataanggcc acctggtaat gagccgtgaa 60

acactagagc c 71

<210> 163

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 163

ccatttagat tattcaacgg tgaaacatac acatcntgta aattactctc aggtaaccgg 60

acttgatttg t 71

<210> 164

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 164

gtttgtagcc ccatctcact ggcttcttga aagtanaatt tattatgatt gtttaattat 60

aatagtgaat a 71

<210> 165

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 165

atttcatgta ttggccaaca aacgaacttg taggcntacg tgccatggtt gtcacatttt 60

aataaaacat g 71

<210> 166

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 166

cacagttata gcaacactta agtagaatgg aaatgntttc atttaatttt agtcagttgg 60

cattcagttg a 71

<210> 167

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 167

agtctgcaga ccctacccag cctggtctcc caggcngtca cacagcagca cagggacttt 60

ctggatggct t 71

<210> 168

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 168

atttcatgaa cctacacaaa tccagtgtca ggaaancctt ataaactttt gctcatgggt 60

gtggagatgt g 71

<210> 169

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или C

<400> 169

atagggccaa gacagaagac agacatgaaa gtcctnctga cgggcaaaac atacagaccc 60

cacctggaga a 71

<210> 170

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или T

<400> 170

ttcagttcag tcaaactggc tgtcgttggc gctgcnggac tagctggcac attcaatggg 60

aatcgtttgt c 71

<210> 171

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 171

aaaggtcttg atggatattg tgagttatcg gtgtcntaag aaatcgccac ctcgcaaccc 60

atgcgacccc a 71

<210> 172

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 172

actccaaagc caccacagtc tcctccagcc atggtncatc cctccagtag cccaaccaat 60

taccaaacag a 71

<210> 173

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или A

<400> 173

acatgcgaca catggacaga ttaattagat tgggtnacaa cacattgtat tgcaaacatg 60

tgaagctata a 71

<210> 174

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 174

ctctcattcc tcctattcat atgtatatac actggnctag ttagtgttat ggttgttatt 60

cactggcaat a 71

<210> 175

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 175

caaacaaccc tggaagtcaa atcaagaggc aaggcnctgt gtttccttga aagccagagc 60

tgtttgtgtc c 71

<210> 176

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 176

ggaccagtgt ttcatatcct gtggtgagct tcacangtca aatgtgatta atcataattg 60

aaatcaaatt a 71

<210> 177

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 177

aagagaatat ttggaatagc attggcaaat acaccnagtg gggtggagct gcgtcagtag 60

tgcacagcac a 71

<210> 178

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 178

gaaaatactg ttactgtaga atataatagt cataancctc tgatccaaat aattatgcat 60

aggtagtgtt c 71

<210> 179

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 179

ctcaacataa ttaaatacca acaccaatgt aaatcnttct tcagaaacat tgagtaaata 60

tacctttact a 71

<210> 180

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 180

agaaagcagg aagttcaggg gtcaactggg caaggncaat aagaggcatt tctaaccgtg 60

atcctgaacc c 71

<210> 181

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 181

cgaatcaagc caaataaagc ggccacatct caaatntggt cagcctttgg aggagaacga 60

taaacggact t 71

<210> 182

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 182

ccgcagatga catcactaca ctgcctgata cagcanagcg tgctttgcgg tgagttaaaa 60

aaataccatg g 71

<210> 183

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 183

catgagctca agcacatctg cttctttctt cagggnaaaa aaatacaggg atccccaact 60

gcatttgatt t 71

<210> 184

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 184

tgtagtctaa taatgagggg attagtgaaa actttnagtc agacctttgt ctttaaaaca 60

atagatttct g 71

<210> 185

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 185

atgttggcat tgtaggtgtc atagcaacca ggaccnaatc cctgtaccaa acatgtgatt 60

aaaaacatat a 71

<210> 186

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 186

ttacccggct aaggagcgct ttcttcgcac ttggantata atgaaacctc aaactgtctc 60

atttaatatg c 71

<210> 187

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 187

ttgggacagt ttaacgttca cctcaggaat ccacancctt tcattttaag tttattttac 60

ttggcagagc a 71

<210> 188

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или T

<400> 188

caacaatgca acagaaatta gtgtgtgaca aaaatntgaa cggctgcttt gaaaattatt 60

atcaaggcag t 71

<210> 189

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 189

gtgcccttat cttaccgctg atcagtggca acccantagt ttttactaac tgaaaacacc 60

attgacattc t 71

<210> 190

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или A

<400> 190

actgcctggt tatgacacct gaaccctaca gagagngtgg ggctatagtt aaaatttact 60

cccctaaggt t 71

<210> 191

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или G

<400> 191

aggatcccat cccataatga atgggtctag ctatanattt atgaccagtt gttttccggg 60

tttatgacct c 71

<210> 192

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 192

taaatagctt tgtggagtag attatgaatt gtattnatgc catatccact gttctgcaat 60

gactctccat a 71

<210> 193

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 193

accctttgat gtgatttgct tctgagaaac atcatnattt attgatgctt ccattaaagt 60

agcatagatg t 71

<210> 194

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 194

aaatcacagt gcagttatca caaaacatta tcttcngtgt tgtagcctaa ctagactata 60

cagctgtaaa a 71

<210> 195

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 195

aagtttgtac cccaaatttc catttatgga atgganagtt taattgcatt tttggattga 60

tacagtaacc a 71

<210> 196

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или T

<400> 196

gggttatgta taaatcgatg taattattat ttttgnttta aaaggtataa tattgtataa 60

cattgtaata a 71

<210> 197

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 197

gatggcattc actatccttt aacaccacat cgtagntgat gtggcacaaa agcagtgctt 60

aaaaaataaa t 71

<210> 198

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или C

<400> 198

cacacaaaaa ctattagccc atcgttggta tagtgncaaa atgttttaaa tgtcagcaat 60

caaattcaag a 71

<210> 199

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или A

<400> 199

tcagtgacgg ctgtgaacat aaagggtata gttgcnttac tggtccacgt tcaaaaacca 60

gagttgagat t 71

<210> 200

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 200

accaatttta tagtgacaca gaaaaatatc tagatntgat tctcaccaaa gagaccatat 60

tttgaaatag t 71

<210> 201

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 201

ctcgatcttc tcaagtcaag tggccaatta aatatnaatc taaacacaac aatccagttt 60

gactagttgt t 71

<210> 202

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 202

aggacacacg ctgggtgagc aacacacatc cccagncccc ctgagaaatc aggcttctta 60

caaggttata a 71

<210> 203

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 203

ggggcctttg tcacacagaa agagatgaca tcagtngcaa gagaggccat cagtgtgttc 60

aaggactgga a 71

<210> 204

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или A

<400> 204

ggaagtctag ggtggaaggg aggacattgt gcgggncgtt ccaccaattg agtacctttt 60

cagcagtcac t 71

<210> 205

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или T

<400> 205

catctcaaaa ataagttaaa taaataaatt actatngtaa gtgccaaata aagtaacagg 60

gttgaatttt a 71

<210> 206

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 206

tgtagattaa acaacaaagt cagattatct gagccntgtg tgccccaact tcaacaagga 60

gaccgtattg t 71

<210> 207

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 207

ttatcaataa ttataatcaa tgactcacat cttgantatc tacagatgta gacttgtgat 60

tgagctactg t 71

<210> 208

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 208

aacgacctca tactgggccg gaggatctcc ttctangagc tcagggggga aatagggtgt 60

gggaacttct c 71

<210> 209

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или C

<400> 209

aacaatacac tcttgtcact tgcctttact gagaangtcg tggtggacac cagattccca 60

tgtgaaggag a 71

<210> 210

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или G

<400> 210

aagtcattga ccttgctgcc ttggtcgtcc ctctcngtgg tggtgaacac gcgcgttttg 60

gactcctctg t 71

<210> 211

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 211

tgctgaagct ggacaaggag aacgccgtcg accgcncaga gcaggctgag accgacaaga 60

aggcagcaga g 71

<210> 212

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 212

gatcagctgg agaacatcta caaggacaat cccctngtga atctccatta tgccactttt 60

agccaacaac t 71

<210> 213

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 213

tatgagcagc tgaaaaacaa ttaaaatatt tttttncctg tgtttgagga aggggaagag 60

tggacccagg g 71

<210> 214

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или G

<400> 214

atatttcctt cctcacatcc ctggcaatta tagtanaatc tgagccataa caacatgacc 60

tggatagatg a 71

<210> 215

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или A

<400> 215

aaataatggc atgcatttga tattagtgta tgtttnaaaa cattacaggt tacagagaaa 60

ctataaggaa t 71

<210> 216

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 216

acattcaggt aatggtacat tttgtttaat taaacnactt tccatagttt gtggagaaag 60

ggtgtgtact c 71

<210> 217

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 217

ggttttatgc ttgaacattc attttggaat ttccangact gtctctagct gctttaatct 60

tctttcaagg a 71

<210> 218

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 218

tagatgttga gtatatctaa cacttccaga acatcnagtt tagtgctgat gtgtcatttc 60

tgttccaggc a 71

<210> 219

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 219

caatggaacg cctcctcttt ctaataaccc tagtanagtg ccgtcaaatg tcgttgacag 60

atttgagtct t 71

<210> 220

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или A

<400> 220

aaaggatata ttgatgaata tgacctatgt actgtnctac ttaaattcag atagctgttt 60

gttcatgtgt g 71

<210> 221

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 221

gctatattaa ttcagaaatg ccattttctg tcatgnggga aaatatagtt ttacacttat 60

cccagaaaca c 71

<210> 222

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 222

tgtacattgt aaagatggag aaatattgac aaaaanatgt cgtataggct actgtattac 60

ttgatatgtt t 71

<210> 223

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 223

tttaacccag cattgtgaca catttttatt aaatcnagga tgtgcagttt gttttatcca 60

cttcattaat a 71

<210> 224

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 224

aatttgacca atttgtcttc atacatttca gataanctca cgattcttaa gtcatgttgt 60

atttttaccg a 71

<210> 225

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 225

cctgactgaa agcagggcac aatatcagga agttgnatta gccaccatca tggcggtgga 60

aaattgtgct t 71

<210> 226

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> A или G

<400> 226

gttatggtga aagagaagct cagttacgga gcacancagc aaatcctcaa caagccaaac 60

ctgcaagaca a 71

<210> 227

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> T или C

<400> 227

gacatctgga gagctaagga aacaaccaag cctgtnggaa cttctattgg gtgtctctgc 60

tagcagtcca a 71

<210> 228

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> G или T

<400> 228

caataactag aaaaatacat ttcctaaaga aaatgngtgt gcttgcttgc ttgtcttaaa 60

gtatttatgt t 71

<210> 229

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<220>

<221> дополнительный признак

<222> (36)..(36)

<223> C или T

<400> 229

tatcaggaca agctggaact agatagctgg ttatgnaacg ttaactattg ggatcagaaa 60

ctgaactagc t 71

<210> 230

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 230

ataatttact tttaagattt ctgaccggcc ttgttgtttt tgcttatgtg ccattattgc 60

cggctagacc a 71

<210> 231

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 231

taaagaacaa gaaaacagta cacatgcatt aactcgccat gttggtgttg gagaactcga 60

tacagagaca g 71

<210> 232

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 232

ctcatggaga ggcatatctt gtcctatccc cataacggcc acctggtaat gagccgtgaa 60

acactagagc c 71

<210> 233

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 233

ccatttagat tattcaacgg tgaaacatac acatcttgta aattactctc aggtaaccgg 60

acttgatttg t 71

<210> 234

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 234

gtttgtagcc ccatctcact ggcttcttga aagtataatt tattatgatt gtttaattat 60

aatagtgaat a 71

<210> 235

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 235

atttcatgta ttggccaaca aacgaacttg taggcttacg tgccatggtt gtcacatttt 60

aataaaacat g 71

<210> 236

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 236

cacagttata gcaacactta agtagaatgg aaatggtttc atttaatttt agtcagttgg 60

cattcagttg a 71

<210> 237

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 237

agtctgcaga ccctacccag cctggtctcc caggctgtca cacagcagca cagggacttt 60

ctggatggct t 71

<210> 238

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 238

atttcatgaa cctacacaaa tccagtgtca ggaaaccctt ataaactttt gctcatgggt 60

gtggagatgt g 71

<210> 239

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 239

atagggccaa gacagaagac agacatgaaa gtcctgctga cgggcaaaac atacagaccc 60

cacctggaga a 71

<210> 240

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 240

ttcagttcag tcaaactggc tgtcgttggc gctgcaggac tagctggcac attcaatggg 60

aatcgtttgt c 71

<210> 241

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 241

aaaggtcttg atggatattg tgagttatcg gtgtcgtaag aaatcgccac ctcgcaaccc 60

atgcgacccc a 71

<210> 242

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 242

actccaaagc caccacagtc tcctccagcc atggtccatc cctccagtag cccaaccaat 60

taccaaacag a 71

<210> 243

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 243

acatgcgaca catggacaga ttaattagat tgggtcacaa cacattgtat tgcaaacatg 60

tgaagctata a 71

<210> 244

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 244

ctctcattcc tcctattcat atgtatatac actggactag ttagtgttat ggttgttatt 60

cactggcaat a 71

<210> 245

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 245

caaacaaccc tggaagtcaa atcaagaggc aaggcactgt gtttccttga aagccagagc 60

tgtttgtgtc c 71

<210> 246

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 246

ggaccagtgt ttcatatcct gtggtgagct tcacaggtca aatgtgatta atcataattg 60

aaatcaaatt a 71

<210> 247

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 247

aagagaatat ttggaatagc attggcaaat acacctagtg gggtggagct gcgtcagtag 60

tgcacagcac a 71

<210> 248

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 248

gaaaatactg ttactgtaga atataatagt cataatcctc tgatccaaat aattatgcat 60

aggtagtgtt c 71

<210> 249

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 249

ctcaacataa ttaaatacca acaccaatgt aaatcgttct tcagaaacat tgagtaaata 60

tacctttact a 71

<210> 250

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 250

agaaagcagg aagttcaggg gtcaactggg caagggcaat aagaggcatt tctaaccgtg 60

atcctgaacc c 71

<210> 251

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 251

cgaatcaagc caaataaagc ggccacatct caaatttggt cagcctttgg aggagaacga 60

taaacggact t 71

<210> 252

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 252

ccgcagatga catcactaca ctgcctgata cagcaaagcg tgctttgcgg tgagttaaaa 60

aaataccatg g 71

<210> 253

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 253

catgagctca agcacatctg cttctttctt caggggaaaa aaatacaggg atccccaact 60

gcatttgatt t 71

<210> 254

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 254

tgtagtctaa taatgagggg attagtgaaa actttaagtc agacctttgt ctttaaaaca 60

atagatttct g 71

<210> 255

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 255

atgttggcat tgtaggtgtc atagcaacca ggacctaatc cctgtaccaa acatgtgatt 60

aaaaacatat a 71

<210> 256

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 256

ttacccggct aaggagcgct ttcttcgcac ttggagtata atgaaacctc aaactgtctc 60

atttaatatg c 71

<210> 257

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 257

ttgggacagt ttaacgttca cctcaggaat ccacatcctt tcattttaag tttattttac 60

ttggcagagc a 71

<210> 258

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 258

caacaatgca acagaaatta gtgtgtgaca aaaatatgaa cggctgcttt gaaaattatt 60

atcaaggcag t 71

<210> 259

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 259

gtgcccttat cttaccgctg atcagtggca acccattagt ttttactaac tgaaaacacc 60

attgacattc t 71

<210> 260

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 260

actgcctggt tatgacacct gaaccctaca gagagtgtgg ggctatagtt aaaatttact 60

cccctaaggt t 71

<210> 261

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 261

aggatcccat cccataatga atgggtctag ctatacattt atgaccagtt gttttccggg 60

tttatgacct c 71

<210> 262

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 262

taaatagctt tgtggagtag attatgaatt gtattgatgc catatccact gttctgcaat 60

gactctccat a 71

<210> 263

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 263

accctttgat gtgatttgct tctgagaaac atcataattt attgatgctt ccattaaagt 60

agcatagatg t 71

<210> 264

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 264

aaatcacagt gcagttatca caaaacatta tcttctgtgt tgtagcctaa ctagactata 60

cagctgtaaa a 71

<210> 265

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 265

aagtttgtac cccaaatttc catttatgga atggatagtt taattgcatt tttggattga 60

tacagtaacc a 71

<210> 266

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 266

gggttatgta taaatcgatg taattattat ttttgattta aaaggtataa tattgtataa 60

cattgtaata a 71

<210> 267

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 267

gatggcattc actatccttt aacaccacat cgtaggtgat gtggcacaaa agcagtgctt 60

aaaaaataaa t 71

<210> 268

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 268

cacacaaaaa ctattagccc atcgttggta tagtggcaaa atgttttaaa tgtcagcaat 60

caaattcaag a 71

<210> 269

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 269

tcagtgacgg ctgtgaacat aaagggtata gttgctttac tggtccacgt tcaaaaacca 60

gagttgagat t 71

<210> 270

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 270

accaatttta tagtgacaca gaaaaatatc tagatatgat tctcaccaaa gagaccatat 60

tttgaaatag t 71

<210> 271

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 271

ctcgatcttc tcaagtcaag tggccaatta aatatgaatc taaacacaac aatccagttt 60

gactagttgt t 71

<210> 272

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 272

aggacacacg ctgggtgagc aacacacatc cccagtcccc ctgagaaatc aggcttctta 60

caaggttata a 71

<210> 273

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 273

ggggcctttg tcacacagaa agagatgaca tcagttgcaa gagaggccat cagtgtgttc 60

aaggactgga a 71

<210> 274

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 274

ggaagtctag ggtggaaggg aggacattgt gcgggtcgtt ccaccaattg agtacctttt 60

cagcagtcac t 71

<210> 275

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 275

catctcaaaa ataagttaaa taaataaatt actatagtaa gtgccaaata aagtaacagg 60

gttgaatttt a 71

<210> 276

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 276

tgtagattaa acaacaaagt cagattatct gagccttgtg tgccccaact tcaacaagga 60

gaccgtattg t 71

<210> 277

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 277

ttatcaataa ttataatcaa tgactcacat cttgaatatc tacagatgta gacttgtgat 60

tgagctactg t 71

<210> 278

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 278

aacgacctca tactgggccg gaggatctcc ttctatgagc tcagggggga aatagggtgt 60

gggaacttct c 71

<210> 279

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 279

aacaatacac tcttgtcact tgcctttact gagaaagtcg tggtggacac cagattccca 60

tgtgaaggag a 71

<210> 280

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 280

aagtcattga ccttgctgcc ttggtcgtcc ctctccgtgg tggtgaacac gcgcgttttg 60

gactcctctg t 71

<210> 281

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 281

tgctgaagct ggacaaggag aacgccgtcg accgcacaga gcaggctgag accgacaaga 60

aggcagcaga g 71

<210> 282

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 282

gatcagctgg agaacatcta caaggacaat cccctggtga atctccatta tgccactttt 60

agccaacaac t 71

<210> 283

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 283

tatgagcagc tgaaaaacaa ttaaaatatt tttttccctg tgtttgagga aggggaagag 60

tggacccagg g 71

<210> 284

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 284

atatttcctt cctcacatcc ctggcaatta tagtataatc tgagccataa caacatgacc 60

tggatagatg a 71

<210> 285

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 285

aaataatggc atgcatttga tattagtgta tgttttaaaa cattacaggt tacagagaaa 60

ctataaggaa t 71

<210> 286

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 286

acattcaggt aatggtacat tttgtttaat taaacaactt tccatagttt gtggagaaag 60

ggtgtgtact c 71

<210> 287

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 287

ggttttatgc ttgaacattc attttggaat ttccacgact gtctctagct gctttaatct 60

tctttcaagg a 71

<210> 288

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 288

tagatgttga gtatatctaa cacttccaga acatctagtt tagtgctgat gtgtcatttc 60

tgttccaggc a 71

<210> 289

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 289

caatggaacg cctcctcttt ctaataaccc tagtaaagtg ccgtcaaatg tcgttgacag 60

atttgagtct t 71

<210> 290

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 290

aaaggatata ttgatgaata tgacctatgt actgtgctac ttaaattcag atagctgttt 60

gttcatgtgt g 71

<210> 291

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 291

gctatattaa ttcagaaatg ccattttctg tcatgaggga aaatatagtt ttacacttat 60

cccagaaaca c 71

<210> 292

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 292

tgtacattgt aaagatggag aaatattgac aaaaaaatgt cgtataggct actgtattac 60

ttgatatgtt t 71

<210> 293

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 293

tttaacccag cattgtgaca catttttatt aaatcaagga tgtgcagttt gttttatcca 60

cttcattaat a 71

<210> 294

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 294

aatttgacca atttgtcttc atacatttca gataaactca cgattcttaa gtcatgttgt 60

atttttaccg a 71

<210> 295

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 295

cctgactgaa agcagggcac aatatcagga agttgtatta gccaccatca tggcggtgga 60

aaattgtgct t 71

<210> 296

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 296

gttatggtga aagagaagct cagttacgga gcacaacagc aaatcctcaa caagccaaac 60

ctgcaagaca a 71

<210> 297

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 297

gacatctgga gagctaagga aacaaccaag cctgttggaa cttctattgg gtgtctctgc 60

tagcagtcca a 71

<210> 298

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 298

caataactag aaaaatacat ttcctaaaga aaatgggtgt gcttgcttgc ttgtcttaaa 60

gtatttatgt t 71

<210> 299

<211> 71

<212> ДНК

<213> Oncorhynchus mykiss

<400> 299

tatcaggaca agctggaact agatagctgg ttatgcaacg ttaactattg ggatcagaaa 60

ctgaactagc t 71

<---

1. Способ прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:

определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"), в геноме указанной радужной форели, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных ниже:

SNP #	Название - ID Affymetrix	SEQ ID NO:	Контиг GenBank	Положение в контиге GenBank	dbSNP ss-No. (ss#)	Аллель резистентности к IPN	Аллель не резистентности к IPN
1	AX-89929954	1	FR904293.1	1651243	1398298005	C	A
2	AX-89918280	2	FR904293.1	1353665	1399389616	G	A
3	AX-89938309	3	FR930508.1	112	1958018818	T	G
4	AX-89960828	4	FR932837.1	3160	1399779599	T	C
5	AX-89930342	5	FR904678.1	635143	1947222023	G	T
6	AX-89928530	6	CCAF010009978.1	26749	1958018819	G	A
7	AX-89949788	7	CCAF010004413.1	12904	1399149964	G	A
8	AX-89928131	8	CCAF010064480.1	22746	1398895466	A	G
9	AX-89949832	9	CCAF010004406.1	28738	1398503537	A	C
10	AX-89916790	10	FR913799.1	19857	1398404711	T	C
11	AX-89973719	11	FR904293.1	1133744	1398781172	A	G
12	AX-89962023	12	FR905874.1	180661	1399167685	T	G
13	AX-89921280	13	CCAF010065595.1	582	1958018820	A	G
14	AX-89931666	14	FR904678.1	34120	1398786470	A	G
15	AX-89921585	15	FR904678.1	474477	1958018821	A	G
16	AX-89953905	16	FR904293.1	1653144	1958018822	G	A
17	AX-89952945	17	CCAF010008412.1	13251	1398012752	T	C
18	AX-89934682	18	CCAF010013460.1	37152	1399451952	T	G
19	AX-89951942	19	CCAF010065594.1	2104	1399313562	T	C
20	AX-89937020	20	FR905950.1	96027	1398530423	A	C
21	AX-89924837	21	FR907200.1	27594	1398178048	A	C
22	AX-89958601	22	FR941615.1	565	1399167665	G	A
23	AX-89923477	23	FR904678.1	226522	1398405156	A	C
24	AX-89959350	24	FR904678.1	213771	1398405213	T	G
25	AX-89929482	25	FR915682.1	18182	1958018823	T	G
26	AX-89937712	26	CCAF010064481.1	7407	1398895514	A	G
27	AX-89949602	27	CCAF010031932.1	11494	1398103752	G	A
28	AX-89925103	28	CCAF010064481.1	13695	1398895535	A	G
29	AX-89938051	29	FR934499.1	1547	1399453527	T	C
30	AX-89924174	30	FR904977.1	400797	1397830928	A	G
31	AX-89936461	31	FR904503.1	739897	1397951621	G	A
32	AX-89916703	32	CCAF010010010.1	3461	1398072822	T	G
33	AX-89935317	33	FR950362.1	1884	1398377786	T	C
34	AX-89966423	34	FR905282.1	358121	1399924230	C	T
35	AX-89933348	35	FR904343.1	1639174	1397844923	T	C
36	AX-89969315	36	FR904977.1	54937	1958018824	T	C
37	AX-89919958	37	-	-	1399438973	G	A
38	AX-89968417	38	CCAF010031923.1	32394	1398245860	A	G
39	AX-89946851	39	CCAF010004466.1	1967	1958018825	G	A
40	AX-89976917	40	FR904293.1	2327239	1398180239	C	T
41	AX-89945446	41	FR968676.1	1099	1399533056	G	A
42	AX-89919457	42	FR904381.1	1273596	1398863772	G	T
43	AX-89973597	43	FR906031.1	36393	1399449790	T	C
44	AX-89938138	44	FR913799.1	490	1398404618	T	C
45	AX-89971866	45	CCAF010031920.1	30454	1958018826	T	C
46	AX-89958882	46	CCAF010052946.1	13953	1399924706	C	A
47	AX-89961273	47	CCAF010031914.1	39607	1399509347	G	A
48	AX-89944901	48	CCAF010005406.1	331	1398303825	A	G
49	AX-89919465	49	FR910575.1	22175	1398003168	G	T
50	AX-89959425	50	CCAF010011658.1	30908	1399510298	G	A
51	AX-89917102	51	CCAF010031900.1	8080	1398786550	T	C
52	AX-89959281	52	CCAF010086830.1	12600	1399845186	G	A
53	AX-89916766	53	CCAF010034613.1	16962	1398773412	G	T
54	AX-89920507	54	-	-	1958018827	T	A
55	AX-89957370	55	HG973520.1	2622978	1399185465	A	C
56	AX-89934009	56	FR904293.1	2034797	1958018828	G	A
57	AX-89929663	57	CCAF010005452.1	22290	1958018829	C	A
58	AX-89952300	58	CCAF010056921.1	2048	1399343172	G	T
59	AX-89916572	59	FR904293.1	914413	1958018830	T	G
60	AX-89946911	60	FR904503.1	1083993	1958018831	T	C
61	AX-89974593	61	-	-	1397844976	C	A
62	AX-89927158	62	CCAF010077121.1	16057	1399413068	A	C
63	AX-89970383	63	FR906481.1	114723	1958018832	G	A
64	AX-89965404	64	FR904294.1	287791	1958018833	C	T
65	AX-89955634	65	FR905454.1	302890	1958018834	T	C
66	AX-89932926	66	CCAF010004500.1	3394	1399419631	G	T
67	AX-89941493	67	CCAF010008330.1	11016	1398381496	A	G
68	AX-89943031	68	FR915682.1	18027	1399011222	C	T
69	AX-89957682	69	CCAF010044148.1	5113	1399499631	A	G
70	AX-89960611	70	FR904301.1	1592957	1399172382	T	C
71	AX-89950199	71	HG973520.1	2957326	1958018835	T	C
72	AX-89928407	72	FR904678.1	632394	1398105778	T	C
73	AX-89962035	73	CCAF010004633.1	13819	1398455543	C	T
74	AX-89931951	74	CCAF010011658.1	6770	1399511408	A	C
75	AX-89976536	75	HG973520.1	10078713	1399510949	T	G
76	AX-89916801	76	FR933232.1	298	1397811509	G	A
77	AX-89929085	77	CCAF010044174.1	47606	1958018836	G	A
78	AX-89925267	78	HG973520.1	723322	1958018837	G	T
160	chr1_7515539	160	FR904293.1	1279149	1947221883	G	T
161	chr1_7108873	161	CCAF010004472.1	29772	1947221884	G	A
162	chr1_6864558	162	FR904293.1	1930130	1947221885	C	T
163	chr1_7186663	163	CCAF010004468.1	16367	1947221886	T	C
164	chr1_6730531	164	FR904293.1	2064157	1947221887	T	G
165	chr1_27891953	165	FR904658.1	512537	1947221888	T	C
166	AX-89953259	166	CCAF010004501.1	540	1947221889	G	T
167	chr1_6740481	167	FR904293.1	2054207	1947221890	T	C
168	chr1_6770611	168	FR904293.1	2024077	1947221891	C	T
169	chr1_7412807	169	FR904293.1	1381881	1947221892	G	C
170	chr1_7360179	170	FR904293.1	1434509	1947221893	A	T
171	chr1_7411803	171	FR904293.1	1382885	1947221894	G	A
172	chr1_7431445	172	FR904293.1	1363243	1947221895	C	T
173	chr1_7433199	173	FR904293.1	1361489	1947221896	C	A
174	chr1_7441254	174	FR904293.1	1353434	1947221897	A	G
175	chr1_7441877	175	FR904293.1	1352811	1947221898	A	C
176	chr1_7533570	176	FR904293.1	1261118	1947221899	G	A
177	chr1_6834898	177	FR904293.1	1959790	1947221900	T	C
178	chr1_6730142	178	FR904293.1	2064546	1947221901	T	C
179	chr1_6746052	179	FR904293.1	2048636	1947221902	G	A
180	chr1_6794061	180	FR904293.1	2000627	1947221903	G	T
181	chr1_7399212	181	CCAF010004460.1	4509	1947221904	T	C
182	chr1_7442637	182	FR904293.1	1352051	1947221905	A	G
183	chr1_7358019	183	FR904293.1	1436669	1947221906	G	A
184	chr1_7709828	184	CCAF010004440.1	18118	1947221907	A	C
185	chr1_7598090	185	CCAF010004445.1	30169	1947221908	T	C
186	chr1_7626471	186	CCAF010004445.1	1788	1947221909	G	A
187	chr1_7598743	187	CCAF010004445.1	29516	1947221910	T	G
188	chr1_7670293	188	FR904293.1	1124395	1947221911	A	T
189	chr1_7670561	189	FR904293.1	1124127	1947221912	T	G
190	chr1_7647634	190	CCAF010004444.1	4148	1947221913	T	A
191	chr1_7356089	191	FR904293.1	1438599	1947221914	C	G
192	chr1_8109044	192	FR904293.1	685644	1947221915	G	A
193	chr1_10439048	193	CCAF010013455.1	19790	1947221916	A	C
194	chr1_8142346	194	CCAF010004413.1	25975	1947221917	T	C
195	chr1_8092208	195	FR904293.1	702480	1947221918	T	G
196	chr1_8138683	196	CCAF010004413.1	29638	1947221919	A	T
197	chr1_8139206	197	CCAF010004413.1	29115	1947221920	G	T
198	chr1_8139744	198	CCAF010004413.1	28577	1947221921	G	C
199	chr1_8140789	199	CCAF010004413.1	27532	1947221922	T	A
200	chr1_8141687	200	CCAF010004413.1	26634	1947221923	A	G
201	chr1_8154917	201	CCAF010004413.1	13404	1947221924	G	T
202	chr1_7454708	202	FR904293.1	1339980	1947221925	T	C
203	chr1_7504847	203	FR904293.1	1289841	1947221926	T	C
204	chr1_7505686	204	FR904293.1	1289002	1947221927	T	A
205	chr1_7505817	205	FR904293.1	1288871	1947221928	A	T
206	chr1_8202031	206	CCAF010004411.1	32050	1947221929	T	G
207	chr1_8228173	207	CCAF010004411.1	5908	1947221930	A	G
208	chr1_8309469	208	CCAF010004406.1	46564	1947221931	T	C
209	chr1_8163977	209	CCAF010004413.1	4344	1947221932	A	C
210	chr1_27786931	210	FR904658.1	617559	1947221933	C	G
211	chr1_8194629	211	CCAF010004411.1	39452	1947221934	A	G
212	chr1_7505259	212	FR904293.1	1289429	1947221935	G	A
213	chr1_8474659	213	FR904293.1	320029	1947221936	C	T
214	chr1_8282602	214	FR904293.1	512086	1947221937	T	G
215	chr1_8306806	215	CCAF010004406.1	49227	1947221938	T	A
216	chr1_8341618	216	CCAF010004406.1	14415	1947221939	A	G
217	chr1_8343786	217	CCAF010004406.1	12247	1947221940	C	T
218	chr1_8345836	218	CCAF010004406.1	10197	1947221941	T	C
219	chr1_8350569	219	CCAF010004406.1	5464	1947221942	A	G
220	chr1_8402403	220	FR904293.1	392285	1947221943	G	A
221	AX-89962103	221	FR904678.1	32488	1947221944	A	G
222	chr1_8279302	222	FR904293.1	515386	1947221945	A	G
223	chr1_8334901	223	CCAF010004406.1	21132	1947221946	A	G
224	chr1_7561600	224	CCAF010004449.1	1915	1947221947	A	G
225	AX-89956272	225	FR904678.1	215682	1947221948	T	C
226	chr1_7938827	226	FR904293.1	855861	1947221949	A	G
227	chr1_10810229	227	HG973520.1	3299862	1947221950	T	C
228	chr1_11007071	228	HG973520.1	3103020	1947221951	G	T
229	chr1_10884171	229	HG973520.1	3225920	1947221952	C	T

2. Способ по п.1, причем способ включает:

3. Способ по п.1 или 2, причем способ включает:

или в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231 или SEQ ID NO: 232 посредством 1-5 нуклеотидных замен;

где присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 230, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 231, или присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 232, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.

4. Способ отбора радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:

определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN") в геноме указанной радужной форели; и

отбор указанной радужной форели как имеющей увеличенную резистентность, когда присутствует по меньшей мере один аллель резистентности к IPN,

где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных ниже

SNP #	Название - ID Affymetrix	SEQ ID NO:	Контиг GenBank	Положение в контиге GenBank	dbSNP ss-No. (ss#)	Аллель резистентности к IPN	Аллель не резистентности к IPN
1	AX-89929954	1	FR904293.1	1651243	1398298005	C	A
2	AX-89918280	2	FR904293.1	1353665	1399389616	G	A
3	AX-89938309	3	FR930508.1	112	1958018818	T	G
4	AX-89960828	4	FR932837.1	3160	1399779599	T	C
5	AX-89930342	5	FR904678.1	635143	1947222023	G	T
6	AX-89928530	6	CCAF010009978.1	26749	1958018819	G	A
7	AX-89949788	7	CCAF010004413.1	12904	1399149964	G	A
8	AX-89928131	8	CCAF010064480.1	22746	1398895466	A	G
9	AX-89949832	9	CCAF010004406.1	28738	1398503537	A	C
10	AX-89916790	10	FR913799.1	19857	1398404711	T	C
11	AX-89973719	11	FR904293.1	1133744	1398781172	A	G
12	AX-89962023	12	FR905874.1	180661	1399167685	T	G
13	AX-89921280	13	CCAF010065595.1	582	1958018820	A	G
14	AX-89931666	14	FR904678.1	34120	1398786470	A	G
15	AX-89921585	15	FR904678.1	474477	1958018821	A	G
16	AX-89953905	16	FR904293.1	1653144	1958018822	G	A
17	AX-89952945	17	CCAF010008412.1	13251	1398012752	T	C
18	AX-89934682	18	CCAF010013460.1	37152	1399451952	T	G
19	AX-89951942	19	CCAF010065594.1	2104	1399313562	T	C
20	AX-89937020	20	FR905950.1	96027	1398530423	A	C
21	AX-89924837	21	FR907200.1	27594	1398178048	A	C
22	AX-89958601	22	FR941615.1	565	1399167665	G	A
23	AX-89923477	23	FR904678.1	226522	1398405156	A	C
24	AX-89959350	24	FR904678.1	213771	1398405213	T	G
25	AX-89929482	25	FR915682.1	18182	1958018823	T	G
26	AX-89937712	26	CCAF010064481.1	7407	1398895514	A	G
27	AX-89949602	27	CCAF010031932.1	11494	1398103752	G	A
28	AX-89925103	28	CCAF010064481.1	13695	1398895535	A	G
29	AX-89938051	29	FR934499.1	1547	1399453527	T	C
30	AX-89924174	30	FR904977.1	400797	1397830928	A	G
31	AX-89936461	31	FR904503.1	739897	1397951621	G	A
32	AX-89916703	32	CCAF010010010.1	3461	1398072822	T	G
33	AX-89935317	33	FR950362.1	1884	1398377786	T	C
34	AX-89966423	34	FR905282.1	358121	1399924230	C	T
35	AX-89933348	35	FR904343.1	1639174	1397844923	T	C
36	AX-89969315	36	FR904977.1	54937	1958018824	T	C
37	AX-89919958	37	-	-	1399438973	G	A
38	AX-89968417	38	CCAF010031923.1	32394	1398245860	A	G
39	AX-89946851	39	CCAF010004466.1	1967	1958018825	G	A
40	AX-89976917	40	FR904293.1	2327239	1398180239	C	T
41	AX-89945446	41	FR968676.1	1099	1399533056	G	A
42	AX-89919457	42	FR904381.1	1273596	1398863772	G	T
43	AX-89973597	43	FR906031.1	36393	1399449790	T	C
44	AX-89938138	44	FR913799.1	490	1398404618	T	C
45	AX-89971866	45	CCAF010031920.1	30454	1958018826	T	C
46	AX-89958882	46	CCAF010052946.1	13953	1399924706	C	A
47	AX-89961273	47	CCAF010031914.1	39607	1399509347	G	A
48	AX-89944901	48	CCAF010005406.1	331	1398303825	A	G
49	AX-89919465	49	FR910575.1	22175	1398003168	G	T
50	AX-89959425	50	CCAF010011658.1	30908	1399510298	G	A
51	AX-89917102	51	CCAF010031900.1	8080	1398786550	T	C
52	AX-89959281	52	CCAF010086830.1	12600	1399845186	G	A
53	AX-89916766	53	CCAF010034613.1	16962	1398773412	G	T
54	AX-89920507	54	-	-	1958018827	T	A
55	AX-89957370	55	HG973520.1	2622978	1399185465	A	C
56	AX-89934009	56	FR904293.1	2034797	1958018828	G	A
57	AX-89929663	57	CCAF010005452.1	22290	1958018829	C	A
58	AX-89952300	58	CCAF010056921.1	2048	1399343172	G	T
59	AX-89916572	59	FR904293.1	914413	1958018830	T	G
60	AX-89946911	60	FR904503.1	1083993	1958018831	T	C
61	AX-89974593	61	-	-	1397844976	C	A
62	AX-89927158	62	CCAF010077121.1	16057	1399413068	A	C
63	AX-89970383	63	FR906481.1	114723	1958018832	G	A
64	AX-89965404	64	FR904294.1	287791	1958018833	C	T
65	AX-89955634	65	FR905454.1	302890	1958018834	T	C
66	AX-89932926	66	CCAF010004500.1	3394	1399419631	G	T
67	AX-89941493	67	CCAF010008330.1	11016	1398381496	A	G
68	AX-89943031	68	FR915682.1	18027	1399011222	C	T
69	AX-89957682	69	CCAF010044148.1	5113	1399499631	A	G
70	AX-89960611	70	FR904301.1	1592957	1399172382	T	C
71	AX-89950199	71	HG973520.1	2957326	1958018835	T	C
72	AX-89928407	72	FR904678.1	632394	1398105778	T	C
73	AX-89962035	73	CCAF010004633.1	13819	1398455543	C	T
74	AX-89931951	74	CCAF010011658.1	6770	1399511408	A	C
75	AX-89976536	75	HG973520.1	10078713	1399510949	T	G
76	AX-89916801	76	FR933232.1	298	1397811509	G	A
77	AX-89929085	77	CCAF010044174.1	47606	1958018836	G	A
78	AX-89925267	78	HG973520.1	723322	1958018837	G	T
160	chr1_7515539	160	FR904293.1	1279149	1947221883	G	T
161	chr1_7108873	161	CCAF010004472.1	29772	1947221884	G	A
162	chr1_6864558	162	FR904293.1	1930130	1947221885	C	T
163	chr1_7186663	163	CCAF010004468.1	16367	1947221886	T	C
164	chr1_6730531	164	FR904293.1	2064157	1947221887	T	G
165	chr1_27891953	165	FR904658.1	512537	1947221888	T	C
166	AX-89953259	166	CCAF010004501.1	540	1947221889	G	T
167	chr1_6740481	167	FR904293.1	2054207	1947221890	T	C
168	chr1_6770611	168	FR904293.1	2024077	1947221891	C	T
169	chr1_7412807	169	FR904293.1	1381881	1947221892	G	C
170	chr1_7360179	170	FR904293.1	1434509	1947221893	A	T
171	chr1_7411803	171	FR904293.1	1382885	1947221894	G	A
172	chr1_7431445	172	FR904293.1	1363243	1947221895	C	T
173	chr1_7433199	173	FR904293.1	1361489	1947221896	C	A
174	chr1_7441254	174	FR904293.1	1353434	1947221897	A	G
175	chr1_7441877	175	FR904293.1	1352811	1947221898	A	C
176	chr1_7533570	176	FR904293.1	1261118	1947221899	G	A
177	chr1_6834898	177	FR904293.1	1959790	1947221900	T	C
178	chr1_6730142	178	FR904293.1	2064546	1947221901	T	C
179	chr1_6746052	179	FR904293.1	2048636	1947221902	G	A
180	chr1_6794061	180	FR904293.1	2000627	1947221903	G	T
181	chr1_7399212	181	CCAF010004460.1	4509	1947221904	T	C
182	chr1_7442637	182	FR904293.1	1352051	1947221905	A	G
183	chr1_7358019	183	FR904293.1	1436669	1947221906	G	A
184	chr1_7709828	184	CCAF010004440.1	18118	1947221907	A	C
185	chr1_7598090	185	CCAF010004445.1	30169	1947221908	T	C
186	chr1_7626471	186	CCAF010004445.1	1788	1947221909	G	A
187	chr1_7598743	187	CCAF010004445.1	29516	1947221910	T	G
188	chr1_7670293	188	FR904293.1	1124395	1947221911	A	T
189	chr1_7670561	189	FR904293.1	1124127	1947221912	T	G
190	chr1_7647634	190	CCAF010004444.1	4148	1947221913	T	A
191	chr1_7356089	191	FR904293.1	1438599	1947221914	C	G
192	chr1_8109044	192	FR904293.1	685644	1947221915	G	A
193	chr1_10439048	193	CCAF010013455.1	19790	1947221916	A	C
194	chr1_8142346	194	CCAF010004413.1	25975	1947221917	T	C
195	chr1_8092208	195	FR904293.1	702480	1947221918	T	G
196	chr1_8138683	196	CCAF010004413.1	29638	1947221919	A	T
197	chr1_8139206	197	CCAF010004413.1	29115	1947221920	G	T
198	chr1_8139744	198	CCAF010004413.1	28577	1947221921	G	C
199	chr1_8140789	199	CCAF010004413.1	27532	1947221922	T	A
200	chr1_8141687	200	CCAF010004413.1	26634	1947221923	A	G
201	chr1_8154917	201	CCAF010004413.1	13404	1947221924	G	T
202	chr1_7454708	202	FR904293.1	1339980	1947221925	T	C
203	chr1_7504847	203	FR904293.1	1289841	1947221926	T	C
204	chr1_7505686	204	FR904293.1	1289002	1947221927	T	A
205	chr1_7505817	205	FR904293.1	1288871	1947221928	A	T
206	chr1_8202031	206	CCAF010004411.1	32050	1947221929	T	G
207	chr1_8228173	207	CCAF010004411.1	5908	1947221930	A	G
208	chr1_8309469	208	CCAF010004406.1	46564	1947221931	T	C
209	chr1_8163977	209	CCAF010004413.1	4344	1947221932	A	C
210	chr1_27786931	210	FR904658.1	617559	1947221933	C	G
211	chr1_8194629	211	CCAF010004411.1	39452	1947221934	A	G
212	chr1_7505259	212	FR904293.1	1289429	1947221935	G	A
213	chr1_8474659	213	FR904293.1	320029	1947221936	C	T
214	chr1_8282602	214	FR904293.1	512086	1947221937	T	G
215	chr1_8306806	215	CCAF010004406.1	49227	1947221938	T	A
216	chr1_8341618	216	CCAF010004406.1	14415	1947221939	A	G
217	chr1_8343786	217	CCAF010004406.1	12247	1947221940	C	T
218	chr1_8345836	218	CCAF010004406.1	10197	1947221941	T	C
219	chr1_8350569	219	CCAF010004406.1	5464	1947221942	A	G
220	chr1_8402403	220	FR904293.1	392285	1947221943	G	A
221	AX-89962103	221	FR904678.1	32488	1947221944	A	G
222	chr1_8279302	222	FR904293.1	515386	1947221945	A	G
223	chr1_8334901	223	CCAF010004406.1	21132	1947221946	A	G
224	chr1_7561600	224	CCAF010004449.1	1915	1947221947	A	G
225	AX-89956272	225	FR904678.1	215682	1947221948	T	C
226	chr1_7938827	226	FR904293.1	855861	1947221949	A	G
227	chr1_10810229	227	HG973520.1	3299862	1947221950	T	C
228	chr1_11007071	228	HG973520.1	3103020	1947221951	G	T
229	chr1_10884171	229	HG973520.1	3225920	1947221952	C	T

5. Способ по п.4, причем способ включает:

6. Способ по п.4, причем способ включает:

отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда цитозин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 230, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 231, или цитозин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 232.

-Изобретение относится к области биотехнологии. Представлен способ диагностики рака молочной железы по уровню мРНК IL-10 и/или IL-17 в плазме крови.

Нуклеотиды, меченные зарядом, и способы их применения // 2751359

Изобретение относится к области биотехнологии. Описан способ секвенирования нуклеиновых кислот, включающий стадию выявления включения меченого нуклеотида в растущую полинуклеотидную цепь, комплементарную нити полинуклеотида-матрицы, посредством полимеразы, связанной с проводящим каналом твердой подложки посредством связки.

Набор для определения ccr5delta32 мутации в геноме человека // 2748998

Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к средствам для определения CCR5delta32 мутации в геноме человека, и может быть использовано для определения и подсчета количества мутантных CCR5delta32 аллелей в исследуемом генетическим материале при генетическом скрининге и определении эффективности редактирования генома при использовании инновационных методов лечения ВИЧ-инфекций.

Способ получения препарата рибонуклеопротеинового комплекса crispr/cas и препарат для выявления гена антибиотикоустойчивости bla vim-2 (металло-бета-лактамаза класс b vim-2) pseudomonas aeruginosa в ультранизких концентрациях // 2745637

Данное изобретение относится к области генной инженерии и биотехнологии. Предложен способ получения гена антибиотикоустойчивости blaVIM-2 Pseudomonas aeruginosa, а также препарат рибонуклеопротеинового комплекса CRISPR/CAS для выявления гена антибиотикоустойчивости blaVIM-2 Pseudomonas aeruginosa.

Способ получения библиотеки генов для диагностики патологий печени // 2743858

Изобретение относится к области биотехнологии. Предложен способ получения библиотеки генов для диагностики патологий печени.

Способ детекции филогенетических сублиний генотипа beijing mycobacterium tuberculosis в формате реального времени // 2743365

Изобретение относится к биотехнологии, а именно к способу определения филогенетических сублиний генотипа Beijing M. tuberculosis.

Ортогональное деблокирование нуклеотидов // 2742955

Данная группа изобретений относится к анализу нуклеиновых кислот. Предложены способы секвенирования матриц на основе нуклеиновой кислоты, которые включают предоставление массива сайтов, включающих смесь различных матриц, и достройку праймеров, которые включают различные обратимо блокирующие группы и гибридизованы с различными матрицами, что приводит к образованию различных продуктов достройки праймера, находящихся на каждом из сайтов, а также обнаружение продуктов достройки праймера и удаление обратимо блокирующих групп с продуктов достройки праймера, причем упомянутые действия повторяют с целью определения последовательности различных аналогов нуклеотидов, присоединенных к каждому из различных продуктов достройки, находящихся на каждом из сайтов, ортогональным образом.

Способ прогнозирования осложненного течения родового акта у юных первородящих женщин // 2740803

Изобретение относится к области медицины, а именно к акушерству и гинекологии. Предложен способ прогноза осложненного течения родового акта у юных первородящих.

Малоинвазивный способ определения чувствительности опухоли прямой кишки к лучевой терапии на основании изменения копийности генов н2ах и rbbp8 // 2740576

Изобретение относится к молекулярной онкологии. Предложен малоинвазивный способ определения чувствительности опухоли прямой кишки к лучевой терапии на основании изменения копийности генов Н2АХ и RBBP8 относительно референсного гена GAPDH методом ПЦР-РВ в присутствии красителя EVA-Green и высокоспецифичных праймеров.

Реагент для выявления, набор для выявления и способ выявления метилирования гена itga4 // 2739071

Изобретение относится к биотехнологии и представляет собой набор для выявления и способ выявления метилирования гена ITGA4. Праймер и зонд, предусмотренные в настоящем изобретении, являются соответствующими, что дает возможность осуществлять выявление с использованием образца фекалий в качестве объекта, и таким образом выявление является простым, удобным и быстрым.

Способы амплификации днк для сохранения статуса метилирования // 2754038

Изобретение относится к биотехнологии, в частности, изобретение обеспечивает способ получения амплифицированного метилома путем удлинения фрагментов и обработки удлиненных фрагментов метилтрансферазой и источником метильных групп для трансформации полуметилированной двухцепочечной ДНК в полностью метилированную двухцепочечную ДНК.