Способы терапии на основе car т-клеток с повышенной эффективностью




Владельцы патента RU 2788131:

НОВАРТИС АГ (CH)
ДЗЕ ТРАСТИЗ ОФ ДЗЕ ЮНИВЕРСИТИ ОФ ПЕНСИЛЬВАНИЯ (US)

Изобретение относится к области биотехнологии, в частности к иммунной эффекторной клетке, модифицированной способами инженерии для экспрессии химерного рецептора антигена (CAR), содержащей ингибитор Tet2 и нарушение гена Tet2, способу ее производства, а также к содержащей ее композиции и популяции. Также раскрыт способ повышения терапевтической эффективности иммунной эффекторной клетки, включающей стадию приведения указанной иммунной эффекторной клетки в контакт с ингибитором Tet2. Изобретение также относится к вектору, содержащему последовательность, кодирующую CAR, и последовательность, кодирующую ингибитор Tet2. Изобретение эффективно для лечения заболевания, ассоциированного с экспрессией опухолевого антигена, у индивидуума. 9 н. и 35 з.п. ф-лы, 32 ил., 6 табл.

 

ПЕРЕКРЕСТНАЯ ССЫЛКА НА РОДСТВЕННЫЕ ЗАЯВКИ

По настоящей заявке испрашивается приоритет заявке США с серийным номером № 62/220196, поданной 17 сентября 2015 года, содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме.

СПИСОК ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

Настоящая заявка содержит список последовательностей, который предоставлен в электронной форме в формате ASCII и тем самым включен путем ссылки в полном объеме. Указанная копия ASCII, созданная 14 сентября 2016 года, названа N2067-7098WO_SL.txt и имеет размер 507996 байт.

ОБЛАСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение относится, главным образом, к применению иммунных эффекторных клеток (например, T-клеток, NK-клеток), модифицированных способами инженерии для экспрессии химерного рецептора антигена (CAR), для лечения заболевания, ассоциированного с экспрессией опухолевого антигена.

УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ, К КОТОРОМУ ОТНОСИТСЯ ИЗОБРЕТЕНИЕ

Терапия посредством адоптивного переноса клеток (ACT) с использованием аутологичных T-клеток, особенно T-клеток, трансдуцированных химерными рецепторами антигенов (CAR), оказалась перспективной в испытаниях на гематологических злокачественных опухолях. Существует медицинская потребность в способах терапии на основе T-клеток, особенно способах терапии на основе CAR T-клеток с повышенной эффективностью.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Настоящее изобретение относится композициям и способам, которые нарушают гены метилцитозиндиоксигеназы (например, Tet1, Tet2, Tet3), и к применениям таких композиций и способов для повышения функциональной активности клеток, модифицированных способами инженерии (например, генно-модифицированных антигенспецифических T-клеток, таких как CAR T-клетки). В частности, настоящее изобретение относится к способам и композициям для повышения терапевтической эффективности T-клеток с химерным рецептором антигена (CAR). Без связи с теорией, нарушение одного аллеля в гене Tet (например, Tet1, Tet2 или Tet3) приводит к снижению общих уровней 5-гидроксиметилцитозина совместно с усиленной пролиферацией, регуляцией продукции эффекторных цитокинов и дегрануляций, и тем самым усиливает пролиферацию и/или функцию CAR T-клеток.

Таким образом, настоящее изобретение относится клетке (например, популяции клеток, такой как популяция иммунных эффекторных клеток), модифицированной способами инженерии для экспрессии химерного рецептора антигена (CAR), где CAR содержит антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, и где экспрессия и/или функция Tet1, Tet2 и/или Tet3 в указанной клетке снижена или устранена. В одном варианте осуществления экспрессия и/или функция Tet2 в указанной клетке снижена или устранена. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен, который связывается с опухолевым антигеном, выбран из группы, состоящей из: TSHR, CD19, CD123, CD22, CD30, CD171, CS-1, CLL-1, CD33, EGFRvIII, GD2, GD3, BCMA, Tn Ag, PSMA, ROR1, FLT3, FAP, TAG72, CD38, CD44v6, CEA, EPCAM, B7H3, KIT, IL-13Ra2, мезотелина, IL-11Ra, PSCA, PRSS21, VEGFR2, LewisY, CD24, PDGFR-бета, SSEA-4, CD20, рецептора фолатов альфа, ERBB2 (Her2/neu), MUC1, EGFR, NCAM, простазы, PAP, ELF2M, эфрина B2, рецептора IGF-I, CAIX, LMP2, gp100, bcr-abl, тирозиназы, EphA2, фукозил-GM1, sLe, GM3, TGS5, HMWMAA, o-ацетил-GD2, рецептора фолатов бета, TEM1/CD248, TEM7R, CLDN6, GPRC5D, CXORF61, CD97, CD179a, ALK, полисиаловой кислоты, PLAC1, GloboH, NY-BR-1, UPK2, HAVCR1, ADRB3, PANX3, GPR20, LY6K, OR51E2, TARP, WT1, NY-ESO-1, LAGE-1a, MAGE-A1, легумаина, HPV E6,E7, MAGE A1, ETV6-AML, белка спермы 17, XAGE1, Tie 2, MAD-CT-1, MAD-CT-2, Fos-родственного антигена 1, p53, мутанта p53, простеина, сурвивина и теломеразы, PCTA-1/галектина 8, MelanA/MART1, мутанта Ras, hTERT, точек разрыва при транслокации саркомы, ML-IAP, ERG (слитый ген TMPRSS2 ETS), NA17, PAX3, рецептора андрогенов, циклина B1, MYCN, RhoC, TRP-2, CYP1B1, BORIS, SART3, PAX5, OY-TES1, LCK, AKAP-4, SSX2, RAGE-1, обратной транскриптазы теломеразы человека, RU1, RU2, кишечной карбоксилэстеразы, mut hsp70-2, CD79a, CD79b, CD72, LAIR1, FCAR, LILRA2, CD300LF, CLEC12A, BST2, EMR2, LY75, GPC3, FCRL5 и IGLL1. В одном варианте осуществления опухолевый антиген представляет собой CD19. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен представляет собой антитело или фрагмент антитела, как описано, например, в WO2012/079000 или WO2014/153270.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к клетке (например, популяции клеток, такой как популяция иммунных эффекторных клеток), модифицированной способами инженерии для экспрессии CAR, и где экспрессия и/или функция Tet1, Tet2 и/или Tet3 в указанной клетке снижена или устранена. В одном варианте осуществления экспрессия и/или функция Tet2 в указанной клетке снижена или устранена. В некоторых вариантах осуществления трансмембранный домен указанного CAR содержит: (i) аминокислотную последовательность, имеющую по меньшей мере одну, две или три модификации, но не более 20, 10 или 5 модификаций аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 12, или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 12; или (ii) последовательность SEQ ID NO: 12.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к клетке (например, популяции клеток, такой как популяция иммунных эффекторных клеток), модифицированной способами инженерии для экспрессии CAR, и где экспрессия и/или функция Tet1, Tet2 и/или Tet3 в указанной клетке снижена или устранена. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен указанного CAR связан с трансмембранным доменом шарнирной областью, где указанная шарнирная область содержит SEQ ID NO: 2 или SEQ ID NO: 6, или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с ней. В некоторых вариантах осуществления внутриклеточный сигнальный домен указанного CAR содержит первичный сигнальный домен и/или костимулирующий сигнальный домен, где первичный сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен белка, выбранного из CD3-зета, CD3-гамма, CD3-дельта, CD3, общего FcR-гамма (FCER1G), FcR-бета (Fc-эпсилон R1b), CD79a, CD79b, Fc-гамма RIIa, DAP10 или DAP12.

В некоторых вариантах осуществления первичный сигнальный домен указанного CAR содержит: (i) аминокислотную последовательность, обладающую по меньшей мере одной, двумя или тремя, но не более чем 20, 10 или 5 модификациями аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20, или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20; или (ii) аминокислотную последовательность SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20. В некоторых вариантах осуществления внутриклеточный сигнальный домен указанного CAR содержит костимулирующий сигнальный домен или первичный сигнальный домен и костимулирующий сигнальный домен, где костимулирующий сигнальный домен содержит функциональный сигнальный домен белка, выбранного из группы, состоящей из CD27, CD28, 4-1BB (CD137), OX40, CD30, CD40, PD-1, ICOS, ассоциированного с лимфоцитарной функцией антигена-1 (LFA-1), CD2, CD7, LIGHT, NKG2C, B7-H3, лиганда, который специфически связывается с CD83, CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), CD160, CD19, CD4, CD8-альфа, CD8-бета, IL2R-бета, IL2R-гамма, IL7R-альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, NKp44, NKp30, NKp46 и NKG2D.

В некоторых вариантах осуществления костимулирующий сигнальный домен указанного CAR содержит аминокислотную последовательность, обладающую по меньшей мере одной, двумя или тремя модификациями, но не более чем 20, 10 или 5 модификациями аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 16, или последовательность, обладающую 95-99% идентичностью с аминокислотной последовательностью SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 16. В некоторых вариантах осуществления внутриклеточный домен указанного CAR содержит последовательность SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 16, и последовательность SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20, где последовательности, содержащие внутриклеточный сигнальный домен, экспрессируются в той же рамке считывания и в качестве одной полипептидной цепи. В некоторых вариантах осуществления CAR по настоящему изобретению, кроме того, содержит лидерную последовательность SEQ ID NO: 2.

В некоторых вариантах осуществления иммунная эффекторная клетка по настоящему изобретению представляет собой T-клетку или NK-клетку. В некоторых вариантах осуществления T-клетка представляет собой CD4+ T-клетку, CD8+ T-клетку или их комбинацию. В одном аспекте клетки по настоящему изобретению представляют собой клетки человека. В одном аспекте клетки (например, модифицированные способами инженерии иммунные эффекторные клетки, например, CAR T-клетки) по настоящему изобретению содержат ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3. В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой (1) систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах; (2) нуклеиновую кислоту, кодирующую один или несколько компонентов указанной системы редактирования генов; или (3) их комбинации.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов выбрана из группы, состоящей из: системы CRISPR/Cas9, системы нуклеазы с цинковыми пальцами, системы TALEN и системы мегануклеазы.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов связывается с последовательностью-мишенью в раннем экзоне или интроне гена, кодирующего Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов связывает последовательность-мишень гена, кодирующего tet2, и последовательность-мишень расположена выше по направлению транскрипции относительно экзона 4, например, в экзоне 1, экзоне 2 или экзоне 3, например, в экзоне 3.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов связывается с последовательностью-мишенью в позднем экзоне или интроне гена, кодирующего Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов связывает последовательность-мишень гена, кодирующего tet2, и последовательность-мишень расположена ниже по направлению транскрипции относительно экзона 8, например, находится в экзоне 9, экзоне 10 или экзоне 11, например, находится в экзоне 9.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 и/или Tet3, или в их регуляторных элементах, например, в Tet2 или его регуляторных элементах, и где система редактирования генов представляет собой систему CRISPR/Cas, содержащую молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, которая гибридизуется с последовательностью-мишенью гена Tet2. В некоторых вариантах осуществления нацеливающая последовательность представляет собой нацеливающую последовательность, приведенную в таблице 3. В некоторых вариантах осуществления нацеливающая последовательность представляет собой нацеливающую последовательность, приведенную в таблице 5.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой миРНК или кшРНК (siRNA или shRNA), специфичную к Tet1, Tet2, Tet3, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанную миРНК или кшРНК. В некоторых вариантах осуществления миРНК или кшРНК содержит последовательность, комплементарную последовательности мРНК Tet2, например, содержит последовательность-мишень кшРНК, приведенную в таблице 4.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где указанный ингибитор представляет собой низкомолекулярное соединение.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где ингибитор представляет собой белок, например, представляет собой доминантно-негативный партнер по связыванию для Tet1, Tet2 и/или Tet3 (например, деацетилаза гистонов (HDAC), которая взаимодействует с Tet1, Tet2 и/или Tet3), или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный доминантно-негативный партнер по связыванию для Tet1, Tet2 и Tet3.

В некоторых вариантах осуществления клетки по настоящему изобретению содержат CAR и ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, где ингибитор представляет собой белок, например, представляет собой доминантно-негативный (например, каталитически неактивный) Tet1, Tet2 или Tet3, или нуклеиновую кислоту, кодирующую указанный доминантно-негативный Tet1, Tet2 или Tet3.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу повышения терапевтической эффективности экспрессирующей CAR клетки, например, клетки согласно любому из предшествующих положений, например, экспрессирующей CAR19 клетки (например, CTL019), включающему стадию снижения уровня 5-гидроксиметилцитозина в указанной клетке. В некоторых вариантах осуществления указанная стадия включает приведение указанной клетки в контакт с ингибитором Tet (например, Tet1, Tet2 и/или Tet3). В некоторых вариантах осуществления указанный ингибитор Tet представляет собой ингибитор Tet2. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet (например, Tet1, Tet2 и/или Tet3) по настоящему изобретению выбран из группы, состоящей из: (1) системы редактирования генов, нацеленной на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 или Tet3, или в их соответствующих регуляторных элементах; (2) нуклеиновой кислоты (например, миРНК или кшРНК), которая ингибирует экспрессию Tet1, Tet2 или Tet3; (3) белка (например, доминантно-негативного, например, каталитически неактивного) Tet1, Tet2 или Tet3, или партнера по связыванию для Tet1, Tet2 или Tet3; (4) низкомолекулярного соединения, которое ингибирует экспрессию и/или функцию Tet1, Tet2 или Tet3; (5) нуклеиновой кислоты, кодирующей любой из (1)-(3); и (6) любой комбинации (1)-(5). В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet по настоящему изобретению представляет собой ингибитор Tet2.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу повышения терапевтической эффективности экспрессирующей CAR клетки, например, клетки согласно любому из предшествующих положений, например, экспрессирующей CAR19 клетки (например, CTL019), включающему стадию снижения уровня 5-гидроксиметилцитозина в указанной клетке. В некоторых вариантах осуществления указанная стадия включает приведение указанной клетки в контакт с ингибитором Tet (например, Tet1, Tet2 и/или Tet3). В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит ex vivo. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo перед доставкой нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo после введения клеток индивидууму, нуждающемуся в этом.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу повышения терапевтической эффективности экспрессирующей CAR клетки, например, клетки согласно любому из предшествующих положений, например, экспрессирующей CAR19 клетки (например, CTL019), включающему стадию приведения указанной клетки в контакт с ингибитором Tet, например, ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3. В некоторых вариантах осуществления указанный ингибитор Tet представляет собой ингибитор Tet2. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet (например, Tet1, Tet2 и/или Tet3) по настоящему изобретению выбран из группы, состоящей из: (1) системы редактирования генов, нацеленной на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 или Tet3, или в их соответствующих регуляторных элементах; (2) нуклеиновой кислоты (например, миРНК или кшРНК), которая ингибирует экспрессию Tet1, Tet2 или Tet3; (3) белка (например, доминантно-негативного, например, каталитически неактивного) Tet1, Tet2 или Tet3, или партнера по связыванию для Tet1, Tet2 или Tet3; (4) низкомолекулярного соединения, которое ингибирует экспрессию и/или функцию Tet1, Tet2 или Tet3; (5) нуклеиновой кислоты, кодирующей любой из (1)-(3); и (6) любой комбинации (1)- (5). В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet по настоящему изобретению представляет собой ингибитор Tet2.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу повышения терапевтической эффективности экспрессирующей CAR клетки, например, клетки согласно любому из предшествующих положений, например, экспрессирующей CAR19 клетки (например, CTL019), включающему стадию приведения указанной клетки в контакт с ингибитором Tet, например, ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3. В некоторых вариантах осуществления указанная стадия включает приведение указанных клеток в контакт с ингибитором Tet (например, Tet1, Tet2 и/или Tet3). В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит ex vivo. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo перед доставкой нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку. В некоторых вариантах осуществления указанное приведение в контакт происходит in vivo после введения клеток индивидууму, нуждающемуся в этом.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к способу лечения индивидуума, нуждающегося в этом, включающему введение указанному индивидууму эффективного количества клеток, как описано в настоящем описании, например, иммунных эффекторных клеток (например, T-клеток или NK-клеток), содержащих CAR, и необязательно введение указанному индивидууму ингибитора Tet1, Tet2 и/или Tet3. В некоторых вариантах осуществления индивидууму проводят предварительное лечение ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3 перед началом терапии экспрессирующими CAR клетками. В некоторых вариантах осуществления индивидууму проводят сопутствующее лечение ингибитором ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3 и терапией экспрессирующими CAR клетками. В некоторых вариантах осуществления индивидууму проводят лечение ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3 после терапии экспрессрующими CAR клетками. В некоторых вариантах осуществления индивидуум имеет заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, например, пролиферативное заболевание, предзлокачественное состояние, злокачественную опухоль и не связанное со злокачественной опухолью заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена. В некоторых вариантах осуществления индивидуум имеет гематологическую злокачественную опухоль, выбранную из одного или нескольких из хронического лимфоцитарного лейкоза (CLL), острых лейкозов, острого лимфоидного лейкоза (ALL), B-клеточного острого лимфоидного лейкоза (B-ALL), T-клеточного острого лимфоидного лейкоза (T-ALL), хронического миелогенного лейкоза (CML), B-клеточного пролимфоцитарного лейкоза, новообразования из бластных плазмацитоидных дендритных клеток, лимфомы Беркитта, диффузной крупноклеточной B-клеточной лимфомы, фолликулярной лимфомы, волосатоклеточного лейкоза, мелкоклеточной или крупноклеточной фолликулярной лимфомы, злокачественных лимфопролиферативных состояний, MALT-лимфомы, лимфомы из клеток мантийной зоны, лимфомы из клеток маргинальной зоны, множественной миеломы, миелодисплазии и миелодиспластического синдрома, неходжскинской лимфомы, лимфомы Ходжкина, плазмабластной лимфомы, новообразования из плазмацитоидных дендритных клеток, макроглобулинемии Валденстрема или предлейкоза.

Настоящее изобретение относится к применению композиций и/или способов, описанных в настоящем описании, для лечения злокачественной опухоли, где злокачественная опухоль выбрана из группы, состоящей из рака толстого кишечника, рака прямой кишки, почечно-клеточного рака, рака печени, немелкоклеточной карциномы легкого, рака тонкого кишечника, рака пищевода, меланомы, рака кости, рака поджелудочной железы, рака кожи, рака головы и шеи, кожной или внутриглазной злокачественной меланомы, рака тела матки, рака яичника, рака прямой кишки, рака анальной области, рака желудка, рака яичка, рака тела матки, карциномы фаллопиевых труб, карциномы эндометрия, карциномы шейки матки, карциномы влагалища, карциномы вульвы, болезни Ходжкина, неходжскинской лимфомы, злокачественной опухоли эндокринной системы, рака щитовидной железы, рака паращитовидной железы, рака надпочечника, саркомы мягких тканей, рака мочеиспускательного канала, рака полового члена, солидных опухолей детского возраста, рака мочевого пузыря, рака почки или мочеточника, рака почечной лоханки, новообразования центральной нервной системы (ЦНС), первичной лимфомы ЦНС, ангиогенеза опухоли, опухоли позвоночника, глиомы ствола головного мозга, аденомы гипофиза, саркомы Капоши, эпидермоидного рака, плоскоклеточного рака, T-клеточной лимфомы, злокачественных опухолей, индуцируемых факторами внешней среды, комбинаций указанных злокачественных опухолей и метастатических очагов указанных опухолей.

Настоящее изобретение относится к ингибиторам Tet1, Tet2 и/или Tet3 для применения для лечения индивидуума, где указанному индивидууму проводили, проводят или намереваются проводить терапию, включающую экспрессирующую CAR клетку.

Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения экспрессирующей CAR клетки, включающему введение нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку, так чтобы указанная нуклеиновая кислота (или ее кодирующая CAR часть) встраивалась в геном клетки в гене Tet1, Tet2 и/или Tet3 (например, в интроне или экзоне гена Tet1, Tet2 и/или Tet3), так чтобы экспрессия и/или функция Tet1, Tet2 и/или Tet3 снижалась или устранялась.

Кроме того, настоящее изобретение относится к способу получения экспрессирующей CAR клетки, включающему приведение указанной экспрессирующей CAR клетки в контакт с ингибитором Tet1, Tet2 и/или Tet3 ex vivo. В некоторых вариантах осуществления ингибитор представляет собой ингибитор Tet2.

Кроме того, настоящее изобретение относится к вектору, содержащему последовательность, кодирующую CAR, и последовательность, кодирующую ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet представляет собой (1) систему редактирования генов, нацеленную на один или несколько участков в гене, кодирующем Tet1, Tet2 или Tet3, или в их соответствующих регуляторных элементах; (2) нуклеиновую кислоту (например, миРНК или кшРНК), которая ингибирует экспрессию Tet1, Tet2 или Tet3; (3) белок (например, доминантно-негативный, например, каталитически неактивный) Tet1, Tet2 или Tet3, или партнер по связыванию для Tet1, Tet2 или Tet3; и (4) нуклеиновую кислоту, кодирующую любой из (1)-(3), или их комбинации. В некоторых вариантах осуществления последовательность, кодирующая CAR, и последовательность, кодирующая ингибитор Tet, разделены участком 2A.

Кроме того, настоящее изобретение относится к системе редактирования генов, которая является специфичной к последовательности гена Tet или его регуляторных элементов, например, генов Tet1, Tet2 или Tet3 или их регуляторных элементов. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов является специфичной к последовательности гена Tet2. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов представляет собой (1) систему редактирования генов CRISPR/Cas, (2) систему нуклеазы с цинковыми пальцами, систему TALEN и систему мегануклеазы. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов представляет собой систему редактирования генов CRISPR/Cas. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов содержит: молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, специфичную к последовательности гена Tet2 или его регуляторных элементов, и белок Cas9; молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, специфичную к последовательности гена Tet2 или его регуляторных элементов, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок Cas9; нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, специфичную к последовательности гена Tet2 или его регуляторных элементов, и белок Cas9; или нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, специфичную к последовательности гена Tet2 или его регуляторных элементов, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок Cas9. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов, кроме того, содержит матричную ДНК. В некоторых вариантах осуществления матричная ДНК содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR, например, CAR, как описано в настоящем описании.

Кроме того, настоящее изобретение относится к композиции для получения экспрессирующей CAR клетки ex vivo, содержащей ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet выбран из N-[3-[7-(2,5-диметил-2H-пиразол-3-иламино)-1-метил-2-оксо-1,4-дигидро-2H-пиримидо[4,5-d]пиримидин-3-ил]-4-метилфенил]-3-трифторметил-бензамида, 2-[(2,6-дихлор-3-метилфенил)амино]бензойной кислоты и 2-гидроксиглутарата.

Кроме того, настоящее изобретение относится к популяции клеток, содержащей одну или несколько клеток, описанных в настоящем описании, где популяция клеток содержит более высокий процент клеток Tscm (например, CD45RA+CD62L+CCR7+CD27+CD95+ T-клеток), чем популяция клеток, которая не содержит одну или несколько клеток, в которых экспрессия и/или функция Tet1, Tet2 и/или Tet3 снижена или устранена.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ЧЕРТЕЖЕЙ

ФИГ.1: Экспрессирущие CD19 CART-клетки вводили пациенту (UPCC04409-10) для лечения CLL. Мониторинг CART-клеток у пациента UPCC04409-10 с течением времени проводили путем взятия образцов крови. Определяли уровень экспрессии BBZ в клетках (красный). Определяли количество копий последовательности семейства TCR Vbeta5.1 (синий). Оба измерения проводили для образцов, полученных на указанные сутки после второй инфузии CART-клеток.

ФИГ.2A и 2B: Репертуар T-клеточных рецепторов пациента UPCC04409-10 определяли в образце, полученном на 28 сутки (фиг.2A) или 51 сутки (фиг.2B) после инфузии CART. Это демонстрирует большое количество T-клеточных рецепторов семейства TCRBV05-01 на 51 сутки, что указывает на клональную экспансию с течением времени.

ФИГ.3: Выделенные T-клетки пациента UPCC04409-10 анализировали в отношении одновременной экспрессии CAR19 и 2 различных генов семейства TCR с течением времени (50 сутки и 51 сутки) и сравнивали с исходным дозированным материалом (продукт): на верхней панели представлено семейство TCR Vb13.1; на нижней панели представлено семейство TCR Vb5.1. Данные демонстрируют, что положительные по CAR19 клетки содержат один ген семейства TCR (Vb5.1), уровень которого быстро возрастает между 50 и 51 сутками.

ФИГ.4: Репертуар T-клеточных рецепторов для CD8-положительных клеток от пациента UPCC04409-10 определяли в образце, полученном на 51 сутки после инфузии CART. Это демонстрирует большое количество T-клеточных рецепторов семейства TCRBV05-01 на 51 сутки, что указывает на клональную экспансию CD8-положительных клеток с течением времени.

ФИГ.5: T-клеточный рецептор пациента UPCC04409-10 секвенировали, и представлена последовательность альфа- и бета-цепей (аминокислотные последовательности, представленные в качестве SEQ ID NO: 1297-1298, и нуклеотидные последовательности, представленные в качестве SEQ ID NO: 1299-1301, все, соответственно, в порядке появления).

ФИГ.6: Из T-клеток пациента UPCC04409-10 получали фрагментированную посредством обработки ультразвуковым излучением ДНК. Этот материал используют для амплификации геномных последовательностей, соседних с областью встраивания CAR19. Указанные гены рядом с CAR19 в геноме были идентифицированы как имеющие увеличенную экспрессию относительно инфузированного продукта (D0). В различные моменты времени после указанной инфузии CART (d=сутки; m=месяц), наблюдали различное относительное увеличение в количестве соседних генов, причем увеличение экспрессии Tet2 достигало пика в образцах как периферической крови (PBMC), так и CAR+CD8+ T-клеток на 51 сутки.

ФИГ.7: Участок встраивания гена CAR19 был картирован на гене Tet2. Более конкретно, встраивание происходило между 9 и 10 экзонами гена Tet2. Каталитический домен для Tet2 находится в экзоне 11. Встраивание в этом положении может приводить к экспрессии аберрантных мРНК-транскриптов или снижению экспрессии функционального Tet2 (дикого типа).

ФИГ.8: Транскрипты гена Tet2 из выделенной мРНК пациента UPCC04409-10 оценивали посредством ОТ-ПЦР с использованием праймеров, охватывающих указанные области Tet2 или CAR19, или обоих из них, как указано на фигуре справа. Rxn 3 содержит праймеры, сконструированные для амплификации области транскрипта Tet2, охватывающей экзоны 9 и 10. Rxn, 6, 7, 8, 9 и 10 представляют собой праймеры, сконструированные для амплификации указанных частей лентивируса CAR19. Rxn 12-16 представляют собой пары праймеров, которые содержат последовательность 9 экзона транскрипта Tet2, а также последовательность из лентивирусной конструкции CAR19. Эти данные показывают, что транскрипты получены из локуса Tet2, который содержит как последовательность Tet2, так и последовательность CAR19.

ФИГ.9: Показано схематическое представление транскриптов, происходящих из локуса Tet2, обнаруженных согласно фиг.10A и 10B. На этой фигуре указаны варианты по сплайсингу этой слитой конструкции Tet2/CAR19, которые были обнаружены в образце пациента. Этот анализ показал, что встраивание CAR19 в Tet2 привело к транскриптам, содержащим стоп-кодоны выше экзона 11. Было продемонстрировано, что экзон 11 является важным для функции Tet2. Это указывает на то, что функция Tet2 нарушается посредством встраивания CAR19. Это также указывает на то, что нарушение функции Tet2 приводило к благоприятной экспансии этих индивидуальных клонов CART.

ФИГ.10A и 10B: Схематично представлена ферментативная активность Tet2 (фиг.10A). Белок семейства Tet конвертирует 5-метилцитозин (5-mc) в 5-гидроксиметилцитозин (5-hmc), а затем в 5-формилцитозин (5-fmc), что приводит к деметилированному цитозину. Метилированная ДНК представляет собой эпигенетическое состояние, которое, как известно, влияет на профиль транскрипции. Оценивали состояние метилирования T-клеток от пациента UPCC04409-10 (фиг.10B). T-клетки пациента окрашивали в отношении TCRVb5.1 (который содержит инсерцию CAR19 в Tet2) и 5-hmc и 5-fmc оценивали в положительных по TCRVb5.1 (красный) и отрицательных по TCRVb5.1 (синий) популяциях посредством проточной цитометрии. Эти данные указывают на то, что клетки, содержащие инсерцию CAR19 в гене Tet2, имеют дефект деметилирования.

ФИГ.11: кшРНК против TET2 снижают уровни 5-hmc в нормальных T-клетках человека. TET2 и контрольные конструкции кшРНК с перестановкой, экспрессирующие mCherry, вводили в нормальные T-клетки человека. Уровни 5-hmc определяли по внутриклеточному окрашиванию с помощью FACS на 6 сутки после экспансии с использованием гранул с антителом против CD3/CD28. Нокдаун TET2 снижал общие уровни 5-hmc.

ФИГ.12: кшРНК против TET2 увеличивают в количестве T-клетки Tscm. TET2 и контрольные конструкции кшРНК с перестановкой, экспрессирующие mCherry, вводили в нормальные T-клетки человека. CD45RA+CD62L+CCR7+CD27+CD95+ T-клетки Tscm определяли по окрашиванию с помощью FACS на 11 сутки после экспансии с использованием гранул с антителом против CD3/CD28. Нокдаун TET2 стимулировал экспансию T-клеток с фенотипом Tscm.

ФИГ.13A: Стратегия гейтирования для количественного определения CAR+ клеток.

ФИГ.13B: Уровни экспрессии CAR в клетках, в которые посредством электропорации введены системы CRISPR/Cas, нацеленные на Tet2, по сравнению с нетрансфицированными клетками.

ФИГ.14: Количественное определение CD4+ и CD8+ клеток после трансдукции CAR и редактирования Tet2.

ФИГ.15: Эффект ингибирования Tet2 на экспансию CAR T-клеток с использованием гранул с антителом против CD3/CD28.

ФИГ.16: Эффект ингибирования Tet2 на антигензависимую продукцию интерлейкина-2 (IL-2) CAR T-клетками.

ФИГ.17: Эффект ингибирования Tet2 на антигензависимую продукцию интерферона-гамма CAR T-клетками.

ФИГ.18: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию CAR+ T-клеток.

ФИГ.19: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию T-клеток.

ФИГ.20: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию CD4+ T-клеток.

ФИГ.21: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию CAR+ CD4+ T-клеток.

ФИГ.22: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию CD8+ T-клеток.

ФИГ.23: Эффект ингибирования Tet2 на запускаемую антигеном пролиферацию CAR+ CD8+ T-клеток.

ФИГ.24: % редактирование и % редактирование со сдвигом рамки считывания путем систем CRISPR/Cas, нацеленных на Tet2 при определении с использованием NGS.

ФИГ.25: 5 наиболее часто встречающихся инсерций-делеций, наблюдаемых в T-клетках после добавления РНП, который включал указанные гРНК, нацеленные на 3 экзон TET2 (SEQ ID NO: 1302-1326, соответственно, в порядке появления). Представлены изменения относительно немодифицированной последовательности wt, причем инсерции указаны строчными буквами ("a". "t", "g" и "c") и делеции показаны прочерком ("-"). Частота инсерций-делеций показана в крайнем правом столбце.

ФИГ.26: 5 наиболее часто встречающихся инсерций-делеций, наблюдаемых в T-клетках после добавления RNP, который включал указанные гРНК, нацеленные на 9 экзон TET2 (SEQ ID NO: 1327-1356, соответственно, в порядке появления). Представлены изменения относительно немодифицированной последовательности wt, причем инсерции указаны строчными буквами ("a". "t", "g" и "c") и делеции показаны прочерком ("-"). Частота инсерций-делеций показана в крайнем правом столбце.

ФИГ.27: Схематический протокол эксперимента для определения нокдауна TET2 в клетках Jurkat в ответ на лентивирус, кодирующий кшРНК-ингибиторы TET2.

ФИГ.28: Экспрессия RFP в инфицированных кшРНК клетках Jurkat. Определение экспрессии RFP проводили с использованием FACS на 6 сутки после обработки пуромицином. Исходя из экспрессии RFP посредством обработки пуромицином было отобрано более 99% клеток jurkat с введенной кшРНК.

ФИГ.29: Эффективность нокдауна tet2 в инфицированных кшРНК против TET2 клетках Jurkat. Проводили эксперимент с использованием кОТ-ПЦР. Также измеряли уровни экспрессии tet1 и tet3. β-актин служил в качестве внутреннего контроля для количественного определения относительной экспрессии генов среди протестированных образцов. Для повышения надежности кОТ-ПЦР в этом эксперименте использовали два праймера для β-актина и один праймер для RPLP1.

ФИГ.30: Нокдаун белка TET2 в ответ на кшРНК в клетках Jurkat. Проводили эксперимент с использованием вестерн-блоттинга.

ФИГ.31A: Диаграммы Венна для пиков ATAC в CAR+CD8+ T-клетках от пациента с нарушением Tet2 по сравнению с CAR-CD8+ T-клетками от того же пациента в соответствующий момент времени без нарушения Tet2. На коробчатых диаграммах представлены отличия в увеличении уровня ATAC между двумя клеточными популяциями.

ФИГ.31B: Термины GO, ассоциированные с пиками ATAC, наиболее закрытыми в клеточной популяции с нарушением Tet2 по сравнению с его аналогом.

ФИГ.32A: Сайленсинг Tet2 посредством кшРНК в первичных CD8+ T-клетках от здоровых доноров при определении посредством количественной ПЦР. Экспрессия (среднее значение, SEM), нормализованная к GAPDH, представлена в качестве кратности изменения относительно ненацеленной контрольной кшРНК.

ФИГ.32B и 32C: Относительные частоты центральных T-клеток памяти (ФИГ.32B) и эффекторных CD8+ T-клеток (ФИГ.32C) на 14 сутки после увеличения в количестве посредством стимуляции через CD3/CD28 у тех же здоровых доноров, которые представлены на A.

ПОДРОБНОЕ ОПИСАНИЕ

Определения

Если не определено иначе, все технические и научные термины, используемые в настоящем описании, обладают тем же значением, которое обычно подразумевает специалист в области, к которой относится изобретение.

Форма единственного числа относится к одному или более чем к одному (т.е. по меньшей мере к одному) грамматическому объекту в форме единственного числа. В качестве примера "элемент" означает один элемент или более одного элемента.

Термин "приблизительно", когда он относится к поддающейся измерению величине, такой как количество, период времени и т.п., охватывает отклонения±20%, или в некоторых случаях±10%, или в некоторых случаях±5%, или в некоторых случаях±1%, или в некоторых случаях±0,1% от указанной величины, поскольку такие отклонения являются пригодными для выполнения описанных способов.

Термин "химерный рецептор антигена" или альтернативно "CAR" относится к набору полипептидов, как правило, двум в наиболее простых вариантах осуществления, который, когда находится в иммунной эффекторной клетке, обеспечивает специфичность клетки к клетке-мишени, как правило, злокачественной клетке, и индукцию внутриклеточного сигнала. В некоторых вариантах осуществления CAR содержит по меньшей мере внутриклеточный антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и цитоплазматический сигнальный домен (также обозначаемый в настоящем описании как "внутриклеточный сигнальный домен"), содержащий функциональный сигнальный домен, происходящий из стимулирующей молекулы и/или костимулирующей молекулы, как определено ниже. В некоторых аспектах полипептиды в наборе являются соседними друг с другом. В некоторых вариантах осуществления набор полипептидов включает переключатель димеризации, который в присутствии молекулы димеризации может связывать полипептиды друг с другом, например, может связывать антигенсвязывающий домен с внутриклеточным сигнальным доменом. В одном аспекте стимулирующая молекула представляет собой зета-цепь, связанную с T-клеточный рецепторным комплексом. В одном аспекте цитоплазматический сигнальный домен дополнительно содержит один или несколько функциональных сигнальных доменов, происходящих из по меньшей мере одной костимулирующей молекулы, как определено ниже. В одном аспекте костимулирующая молекула выбрана из костимулирующих молекул, описанных в настоящем описании, например, 4-1BB (т.е. CD137), CD27 и/или CD28. В одном аспекте CAR содержит химерный слитый белок, содержащий внеклеточный антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий функциональный сигнальный домен, происходящий из стимулирующей молекулы. В одном аспекте CAR содержит химерный слитый белок, содержащий внеклеточный антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий функциональный сигнальный домен, происходящий из костимулирующей молекулы, и функциональный сигнальный домен, происходящий из стимулирующей молекулы. В одном аспекте CAR содержит химерный слитый белок, содержащий внеклеточный антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий два функциональных сигнальных домена, происходящих из одной или нескольких костсимулирующей молекулы(молекул), и функциональный сигнальный домен, происходящий из стимулирующей молекулы. В одном аспекте CAR содержит химерный слитый белок, содержащий внеклеточный антигенсвязывающий домен, трансмембранный домен и внутриклеточный сигнальный домен, содержащий по меньшей мере два функциональных сигнальных домена, происходящих из одной или нескольких костимулирующей молекулы(молекул), и функциональный сигнальный домен, происходящий из стимулирующей молекулы. В одном аспекте CAR содержит необязательную лидерную последовательность на N-конце (N-ter) слитого белка CAR. В одном аспекте CAR дополнительно содержит лидерную последовательность на N-конце внеклеточного антигенсвязывающего домена, где лидерная последовательность необязательно отщепляется от антигенсвязывающего домена (например, scFv) в ходе клеточного процессинга и локализации CAR на клеточной мембране.

CAR, который содержит антигенсвязывающий домен (например, scFv или TCR), который нацелен на конкретный опухолевый маркер X, такой как опухолевые маркеры, описанные в настоящем описании, также обозначают как XCAR. Например, CAR, который содержит антигенсвязывающий домен, который нацелен на CD19, обозначают как CD19CAR.

Термин "сигнальный домен" относится к функциональной части белка, которая действует, передавая информацию в клетке для регуляции клеточной активности через определенные пути передачи сигнала путем образования вторичных посредников или функционирования в качестве эффекторов посредством ответа на таких посредников.

Термин "антитело", как используют в рамках изобретения, относится к белку, или полипептидной последовательности, происходящим из молекулы иммуноглобулина, которая специфически связывается с антигеном. Антитела могут быть поликлональными или моноклональными, имеющими множество цепей или одноцепочечными, или интактными иммуноглобулинами, и они могут происходить из природных источников или из рекомбинантных источников. Антитела могут представлять собой тетрамеры молекул иммуноглобулинов.

Термин "фрагмент антитела" относится по меньшей мере к одной части антитела, которая сохраняет способность специфически взаимодействовать (например, путем связывания, пространственного препятствования, стабилизации/дестабилизации, пространственного распределения) с эпитопом антигена. Примеры фрагментов антител включают, но не ограничиваются ими, Fab, Fab', F(ab')2, Fv-фрагменты, фрагменты антител scFv, связанные дисульфидной связью Fv (sdFv), Fd-фрагмент, состоящий из доменов VH и CH1, линейные антитела, однодоменные антитела, такие как sdAb (либо VL, либо VH), домены VHH животных семейства верблюжьих, мультиспецифические антитела, образованные фрагментами антител, такими как двухвалентный фрагмент, содержащий два Fab-фрагмента, связанных дисульфидным мостиком в шарнирной области, и выделенные CDR или другие связывающие эпитоп фрагменты антитела. Антигенсвязывающий фрагмент также может быть включен в однодоменные антитела, максиантитела, миниантитела, наноантитела, интраантитела, диантитела, триантитела, тетраантитела, v-NAR и бис-scFv (см., например, Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005). Антигенсвязывающие фрагменты также могут быть пересажены в каркасы на основе полипептидов, таких как фибронектин типа III (Fn3)(см. патент США №: 6703199, в котором описаны миниантитела на основе полипептида фибронектина).

Термин "scFv" относится к слитому белку, содержащему по меньшей мере один фрагмент антитела, содержащий вариабельную область легкой цепи, и по меньшей мере один фрагмент антитела, содержащий вариабельную область тяжелой цепи, где вариабельные области легкой и тяжелой цепей связаны друг с другом, например, через синтетический линкер, например, короткий гибкий полипептидный линкер, и способному экспрессироваться в качестве одноцепочечного полипептида, и где scFv сохраняет специфичность интактного антитела, из которого он происходит. Если не указано, как используют в рамках изобретения, scFv может иметь вариабельные области VL и VH в любом порядке, например, относительно N-конца и C-конца полипептида scFv может содержать VL-линкер-VH или может содержать VH-линкер-VL.

Часть CAR по изобретению, содержащая антитело или фрагмент антитела, может существовать в различных формах, где антигенсвязывающий домен экспрессируется в качестве части непрерывной полипептидной цепи, включая, например, однодоменный фрагмент антитела (sdAb), одноцепочечное антитело (scFv), гуманизированное антитело или биспецифическое антитело (Harlow et al., 1999: Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; Harlow et al., 1989: Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426). В одном аспекте антигенсвязывающий домен композиции CAR по изобретению содержит фрагмент антитела. В следующем аспекте CAR содержит фрагмент антитела, который содержит scFv. Точные границы аминокислотных последовательностей данной CDR могут быть определены с использованием любой из ряда хорошо известных схем, включая схемы, описанные Kabat et al. (1991), "Sequences of Proteins of Immunological Interest", 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (схема нумерации "Kabat"), Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948 (схема нумерации "Chothia"), или их комбинации.

Как используют в рамках изобретения, термин "связывающий домен" или "молекула антитела" относится к белку, например, цепи иммуноглобулина или ее фрагменту, содержащему по меньшей мере одну последовательность вариабельного домена иммуноглобулина. Термины "связывающий домен" или "молекула антитела" охватывают антитела и фрагменты антитела. В одном варианте осуществления молекула антитела представляет собой мультиспецифическую молекулу антитела, например, она содержит множество последовательностей вариабельных доменов иммуноглобулинов, где первая последовательность вариабельного домена иммуноглобулина из множества обладает специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, а вторая последовательность вариабельного домена иммуноглобулина из множества обладает специфичностью связывания в отношении второго эпитопа. В одном варианте осуществления мультиспецифическая молекула антитела представляет собой биспецифическую молекулу антитела. Биспецифическое антитело обладает специфичностью в отношении не более чем двух антигенов. Биспецифическая молекула антитела характеризуется первой последовательностью вариабельного домена иммуноглобулина, которая обладает специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, и второй последовательностью вариабельного домена иммуноглобулина, которая обладает специфичностью связывания в отношении второго эпитопа.

Часть CAR по изобретению, содержащая антитело или фрагмент антитела, может принимать множество форм, где антигенсвязывающий домен экспрессируется в качестве части непрерывной полипептидной цепи, включая, например, однодоменный фрагмент антитела (sdAb), одноцепочечное антитело (scFv), гуманизированное антитело или биспецифическое антитело (Harlow et al., 1999, Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; Harlow et al., 1989, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426). В одном аспекте антигенсвязывающий домен композиции CAR по изобретению содержит фрагмент антитела. В следующем аспекте CAR содержит фрагмент антитела, который содержит scFv.

Термин "тяжелая цепь антитела" относится к более крупной из двух типов полипептидных цепей, присутствующих в молекулах антитела в их встречающихся в природе конформациях, и обычно определяющему класс, к которому относится антитело.

Термин "легкая цепь антитела" относится к меньшей из двух типов полипептидных цепей, присутствующих в молекулах антител в их встречающихся в природе конформациях. Легкие цепи каппа (κ) и лямбда (λ)относятся к двум основным изотипам легких цепей антител.

Термин "рекомбинантное антитело" относится к антителу, которое получают с использованием технологии рекомбинантных ДНК, например, такому как антитело, экспрессируемое бактериофагом или дрожжевой экспрессирующей системой. Термин также следует истолковывать как антитело, полученное посредством синтеза молекулы ДНК, кодирующей антитело, причем эта молекула ДНК экспрессирует белок антитела или аминокислотную последовательность, характеризующую антитело, где ДНК или аминокислотная последовательность получены с использованием технологии рекомбинантных ДНК или аминокислотных последовательностей, которая доступна и хорошо известна в данной области.

Термин "антиген" или "Ag" относится к молекуле, которая индуцирует иммунный ответ. Иммунный ответ может вовлекать либо продукцию антител, либо активацию специфических иммунокомпетентных клеток, или оба из этих вариантов. Квалифицированному специалисту будет понятно, что любая макромолекула, включая практические все белки или пептиды, может выступать в качестве антигена. Более того, антигены могут происходить из рекомбинантной или геномной ДНК. Квалифицированному специалисту будет понятно, что любая ДНК, которая содержит нуклеотидные последовательности или частичную нуклеотидную последовательность, кодирующую белок, который индуцирует иммунный ответ, таким образом, кодирует "антиген", как этот термин используют в настоящем описании. Более того, квалифицированному специалисту будет понятно, что антиген не должен кодироваться исключительно полноразмерной нуклеотидной последовательностью гена. Хорошо понятно, что настоящее изобретение включает, но не ограничивается ими, применение частичных нуклеотидных последовательностей из более чем одного гена, и что эти нуклеотидные последовательности располагаются в различных комбинациях для кодирования полипептидов, которые индуцируют желаемый иммунный ответ. Более того, квалифицированному специалисту будет понятно, что антиген вовсе не должен кодироваться "геном". Хорошо понятно, что антиген можно получать путем синтеза, или он может происходить из биологического образца, или может представлять собой макромолекулу помимо полипептида. Такой биологический образец может включать, но не ограничиваться ими, образец ткани, образец опухоли, клетку или жидкость с другими биологическими компонентами.

Термин "противораковый эффект" относится к биологическому эффекту, который может проявляться различными путями, включая, но не ограничиваясь ими, например, снижение объема опухоли, уменьшение количества злокачественных клеток, уменьшение количества метастазов, увеличение продолжительности жизни, снижение пролиферации злокачественных клеток, снижение выживаемости злокачественных клеток или смягчение различных физиологических симптомов, ассоциированных со злокачественным состоянием. "Противораковый эффект" также может проявляться способностью пептидов, полинуклеотидов, клеток и антител к предупреждению возникновения злокачественной опухоли изначально. Термин "противоопухолевый эффект" относится к биологическому эффекту, который может проявляться различными путями, включая, но не ограничиваясь ими, например, снижение объема опухоли, уменьшение количества опухолевых клеток, снижение пролиферации опухолевых клеток или снижение выживаемости опухолевых клеток.

Термин "аутологичный" относится к любому материалу, происходящему из того же индивидуума, которому его впоследствии обратно вводят.

Термин "аллогенный" относится к любому материалу, происходящему из другого животного того же вида относительно индивидуума, которому материал вводят. Два или более индивидуумов называют аллогенными друг другу, когда гены в одном или нескольких локусов не являются идентичными. В некоторых аспектах аллогенный материал от индивидуумов того же вида может быть достаточно генетически отличающимся, чтобы происходило антигенное взаимодействие.

Термин "ксеногенный" относится к трансплантату, происходящему из животного другого вида.

Термин "злокачественная опухоль" относится к заболеванию, характеризующемуся неконтролируемым ростом аберрантных клеток. Злокачественные клетки могут распространяться локально или через кровоток и лимфатическую систему в другие части организма. Примеры различных злокачественных опухолей описаны в настоящем описании и включают, но не ограничиваются ими, рак молочной железы, рак предстательной железы, рак яичника, рак шейки матки, рак кожи, рак поджелудочной железы, рак ободочной и прямой кишки, рак почки, рак печени, злокачественную опухоль головного мозга, лимфому, лейкоз, рак легкого и т.п. Термины "опухоль" и "злокачественная опухоль" используют в настоящем описании взаимозаменяемо, например, оба термины охватывают солидные и жидкостные, например, диффузные или циркулирующие, опухоли. Как используют в рамках изобретения, термин "злокачественная опухоль" или "опухоль" включает предзлокачественные, а также злокачественные новообразования и опухоли.

Термин "происходящий из", как используют в настоящем описании, указывает на взаимосвязь между первой и второй молекулой. Как правило, он относится к структурному сходству между первой молекулой и второй молекулой и не означает или не включает ограничение процесса или источника в отношении первой молекулы, которая происходит из второй молекулы. Например, в случае внутриклеточного сигнального домена, который происходит из молекулы CD3-зета, внутриклеточный сигнальный домен сохраняет достаточную структуру CD3-зета, чтобы он имел требуемую функцию, а именно, способность генерировать сигнал в соответствующих условиях. Он не означает и не включает ограничение конкретным процессом получения внутриклеточного сигнального домена, например, он не означает, что для предоставления внутриклеточного сигнального домена необходимо начать с последовательности CD3-зета и удалить нежелательную последовательность или внести мутации для получения внутриклеточного сигнального домена.

Выражение "заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании," включает, но не ограничивается ими, заболевание, ассоциированное с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании, или состояние, ассоциированное с клетками, которые экспрессируют опухолевый антиген, как описано в настоящем описании, включая, например, пролиферативные заболевания, такие как рак, или злокачественное новообразование, или предзлокачественное состояние, такое как миелодисплазия, миелодиспластический синдром или предлейкоз; или незлокачественное состояние, ассоциированное с клетками, которые экспрессируют опухолевый антиген, как описано в настоящем описании. В одном аспекте злокачественная опухоль, ассоциированная с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании, представляет собой гематологическую злокачественную опухоль. В одном аспекте злокачественная опухоль, ассоциированная с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании, представляет собой солидную злокачественную опухоль. Следующие заболевания, ассоциированные с экспрессией опухолевого антигена, описанного в настоящем описании, включают, но не ограничиваются ими, например, атипичный и/или неклассический рак, злокачественные новообразования, предзлокачественные состояния или пролиферативные заболевания, ассоциированные с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании. Незлокачественные состояния, ассоциированные с экспрессией опухолевого антигена, как описано в настоящем описании, включают, но не ограничиваются ими, например, аутоиммунное заболевание (например, волчанка), воспалительные нарушения (аллергия и астма) и трансплантацию. В некоторых вариантах осуществления клетки, экспрессирующие опухолевый антиген, экспрессируют или в какой-либо момент экспрессировали мРНК, кодирующую опухолевый антиген. В одном варианте осуществления клетки, экспрессирующие опухолевый антиген, продуцируют белок опухолевого антигена (например, дикого типа или мутантный), и белок опухолевого антигена может присутствовать на нормальных уровнях или сниженных уровнях. В одном варианте осуществления экспрессирующие опухолевый антиген клетки продуцируют поддающиеся обнаружению уровни белка опухолевого антигена в один момент времени, а затем по существу не продуцируют поддающийся обнаружению белок опухолевого антигена.

Термин "консервативные модификации последовательности" относится к модификациям аминокислот, которые не влияют или не изменяют в значительной степени характеристики связывания антитела или фрагмента антитела, содержащих аминокислотную последовательность. Такие консервативные модификации включают аминокислотные замены, вставки или делеции. Модификации можно вносить в антитело или фрагмент антитела по изобретению стандартными способами, известными в данной области, такими как сайт-направленный мутагенез и ПЦР-опосредуемый мутагенез. Консервативные аминокислотные замены представляют собой замены, в которых аминокислотный остаток заменен аминокислотным остатком, имеющим сходную боковую цепь. Семейства аминокислотных остатков, имеющих сходные боковые цепи, определены в данной области. Эти семейства включают аминокислоты с основными боковыми цепями (например, лизин, аргинин, гистидин), кислотными боковыми цепями (например, аспарагиновая кислота, глутаминовая кислота), незаряженными полярными боковыми цепями (например, глицин, аспарагин, глутамин, серин, треонин, тирозин, цистеин, триптофан), неполярными боковыми цепями (например, аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин), бета-разветвленными боковыми цепями (например, треонин, валин, изолейцин) и ароматическими боковыми цепями (например, тирозин, фенилаланин, триптофан, гистидин). Таким образом, один или несколько аминокислотных остатков в CAR по изобретению могут быть заменены другими аминокислотными остатками из того же семейства боковых цепей, и измененный CAR можно исследовать с использованием функциональных анализов, описанных в настоящем описании.

Термин "стимуляция" относится к первичному ответу, индуцированному посредством связывания стимулирующей молекулы (например, комплекс TCR/CD3 или CAR) с ее собственным лигандом (или опухолевым антигеном в случае CAR), что, тем самым, опосредует событие передачи сигнала, такое как, но не ограничиваясь ими, передача сигнала через комплекс TCR/CD3 или передача сигнала через соответствующий рецептор NK или сигнальные домены CAR. Стимуляция может опосредовать измененную экспрессию определенных молекул.

Термин "стимулирующая молекула" относится к молекуле, экспрессируемой иммунной клеткой (например, T-клеткой, NK-клеткой, B-клеткой), которая предоставляет сигнальную последовательность(и), которая регулирует активацию иммунной клетки стимулирующим образом для по меньшей мере некоторого аспекта каскада передачи сигнала иммунными клетками. В одном аспекте сигнал представляет собой первичный сигнал, который инициируется, например, связыванием комплекса TCR/CD3 с молекулой MHC, нагруженной пептидом, и который приводит к опосредованию T-клеточного ответа, включая, но не ограничиваясь ими, пролиферацию, активацию, дифференцировку и т.п. Первичная цитоплазматическая сигнальная последовательность (также обозначаемая как "первичный сигнальный домен"), которая действует стимулирующим образом, может содержать сигнальный мотив, который известен как иммунорецепторный тирозиновый активирующий мотив или ITAM. Примеры содержащей ITAM цитоплазматической сигнальной последовательности, которая является особенно пригодной в рамках изобретения, включают, но не ограничиваются ими, последовательности, происходящие из CD3-зета, общего FcR-гамма (FCER1G), Fc-гамма RIIa, FcR-бета (Fc-эпсилон R1b), CD3-гамма, CD3-дельта, CD3-эпсилон, CD79a, CD79b, DAP10 и DAP12. В конкретном CAR по изобретению внутриклеточный сигнальный домен в любом одном или нескольких CAR по изобретению содержит внутриклеточную сигнальную последовательность, например, первичную сигнальную последовательность CD3-зета. В конкретном CAR по изобретению первичная сигнальная последовательность CD3-зета представляет собой последовательность, представленную в SEQ ID NO: 17, или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п. В конкретном CAR по изобретению первичная сигнальная последовательность CD3-зета представляет собой последовательность, представленную в SEQ ID NO: 43, или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п.

Термин "антигенпредставляющая клетка" или "APC" относится к клетке иммунной системы, такой как вспомогательная клетка (например, B-клетка, дендритная клетка и т.п.), которая экспонирует чужеродный антиген в комплексе с основным комплексом гистосовместимости (MHC) на ее поверхности. T-клетки могут распознавать эти комплексы с использованием их T-клеточных рецепторов (TCR). APC процессируют антигены и презентируют их T-клеткам.

"Внутриклеточный сигнальный домен", как используют в настоящем описании, относится к внутриклеточной части молекулы. Внутриклеточный сигнальный домен генерирует сигнал, который стимулирует иммунную эффекторную функцию содержащей CAR клетки, например, CART-клетки. Примеры иммунной эффекторной функции, например, в CART-клетке, включают цитолитическую активность и хелперную активность, включая секрецию цитокинов.

В одном варианте осуществления внутриклеточный сигнальный домен может содержать первичный внутриклеточный сигнальный домен. Иллюстративные первичные внутриклеточные сигнальные домены включают домены, происходящие из молекул, ответственных за первичную стимуляцию или антигензависимую стимуляцию. В одном варианте осуществления внутриклеточный сигнальный домен может содержать костисмулирующий внутриклеточный домен. Иллюстративные костимулирующие внутриклеточные сигнальные домены включают домены, происходящие из молекул, ответственных за костисмулирующие сигналы или антиген-независимую стимуляцию. Например, в случае CART первичный внутриклеточный сигнальный домен может содержать цитоплазматическую последовательность T-клеточного рецептора, и костимулирующий внутриклеточный сигнальный домен может содержать цитоплазматическую последовательность из корецептора или костимулирующей молекулы.

Первичный внутриклеточный сигнальный домен может содержать сигнальный мотив, который известен как иммунорецепторный тирозиновый активирующий мотив или ITAM. Примеры содержащих ITAM первичных цитоплазматических сигнальных последовательностей включают, но не ограничиваются ими, последовательности, происходящие из CD3-зета, общего FcR-гамма (FCER1G), Fc-гамма RIIa, FcR-бета (Fc-эпсилон R1b), CD3-гамма, CD3-дельта, CD3-эпсилон, CD79a, CD79b, DAP10 и DAP12.

Термин "зета" или альтернативно "зета-цепь", "CD3-зета" или "TCR-зета" определяют как белок, представленный под номером доступа GenBan № BAG36664.1, или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, обезьяны, и т.п., и "зета-стимулирующий домен" или альтернативно "стимулирующий домен CD3-зета" или "стимулирующий домен TCR-зета" определяют как аминокислотные остатки из цитоплазматического домена зета-цепи или их функциональные производные, которые являются достаточными для функциональной передачи первоначального сигнала, необходимого для активации T-клеток. В одном аспекте цитоплазматический домен зета-цепи содержит остатки с 52 по 164 последовательности с номером доступа GenBank № BAG36664.1 или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п., которые являются их функциональными ортологами. В одном аспекте "зета-стимулирующий домен" или "стимулирующий домен CD3-зета" представляет собой последовательность, предоставленную в качестве SEQ ID NO: 18. В одном аспекте "зета-стимулирующий домен" или "стимулирующий домен CD3-зета" представляет собой последовательность, предоставленную в качестве SEQ ID NO: 20.

Термин "костимулирующая молекула" относится к распознающему связывающему партнеру на T-клетке, который специфически связывается с костимулирующим лигандом, тем самым, опосредуя костимулирующий ответ T-клеткой, такой как, но не ограничиваясь ими, пролиферация. Костимулирующие молекулы представляют собой молекулы клеточной поверхности, отличные от рецепторов антигенов или их лигандов, которые вносят вклад в эффективный иммунный ответ. Костимулирующие молекулы включают, но не ограничиваются ими, молекулу MHC класса I, BTLA и рецептор Toll-лиганда, а также OX40, CD27, CD28, CDS, ICAM-1, LFA-1 (CD11a/CD18), ICOS (CD278) и 4-1BB (CD137). Следующие примеры таких костимулирующих молекул включают CDS, ICAM-1, GITR, BAFFR, HVEM (LIGHTR), SLAMF7, NKp80 (KLRF1), NKp44, NKp30, NKp46, CD160, CD19, CD4, CD8-альфа, CD8-бета, IL2R-бета, IL2R-гамма, IL7R альфа, ITGA4, VLA1, CD49a, ITGA4, IA4, CD49D, ITGA6, VLA-6, CD49f, ITGAD, CD11d, ITGAE, CD103, ITGAL, CD11a, LFA-1, ITGAM, CD11b, ITGAX, CD11c, ITGB1, CD29, ITGB2, CD18, LFA-1, ITGB7, NKG2D, NKG2C, TNFR2, TRANCE/RANKL, DNAM1 (CD226), SLAMF4 (CD244, 2B4), CD84, CD96 (Tactile), CEACAM1, CRTAM, Ly9 (CD229), CD160 (BY55), PSGL1, CD100 (SEMA4D), CD69, SLAMF6 (NTB-A, Ly108), SLAM (SLAMF1, CD150, IPO-3), BLAME (SLAMF8), SELPLG (CD162), LTBR, LAT, GADS, SLP-76, PAG/Cbp, CD19a и лиганд, который специфически связывается с CD83.

Костимулирующий внутриклеточный сигнальный домен может представлять собой внутриклеточную часть костимулирующей молекулы. Костимулирующая молекула может принадлежать одному из следующих семейств белков: белки-рецепторы TNF, иммуноглобулин-подобные белки, рецепторы цитокинов, интегрины, сигнальные молекулы активации лимфоцитов (белки SLAM) и активирующие рецепторы NK-клеток. Примеры таких молекул включают CD27, CD28, 4-1BB (CD137), OX40, GITR, CD30, CD40, ICOS, BAFFR, HVEM, ICAM-1, ассоциированный с функцией лимфоцитов антиген 1 (LFA-1), CD2, CDS, CD7, CD287, LIGHT, NKG2C, NKG2D, SLAMF7, NKp80, NKp30, NKp44, NKp46, CD160, B7-H3 и лиганд, который специфически связывается с CD83, и т.п.

Внутриклеточный сигнальный домен может содержать всю внутриклеточную часть или весь нативный внутриклеточный сигнальный домен молекулы, из которой он происходит, или его функциональный фрагмент или производное.

Термин "4-1BB" относится к представителю суперсемейства TNFR с аминокислотной последовательностью, представленной в качестве последовательности с номером доступа GenBank № AAA62478.2, или эквивалентными остатками из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п.; и "костимулирующий домен 4-1BB" определяют как аминокислотные остатки 214-255 последовательности с номером доступа GenBank № AAA62478.2, или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п. В одном аспекте "костимулирующий домен 4-1BB" представляет собой последовательность, представленную в качестве SEQ ID NO: 14, или эквивалентные остатки из не являющегося человеком вида, например, мыши, грызуна, мартышки, человекообразной обезьяны и т.п.

"Иммунная эффекторная клетка", как этот термин используют в настоящем описании, относится к клетке, которая вовлечена в иммунный ответ, например, в стимуляцию ответа иммунных эффекторных клеток. Примеры иммунных эффекторных клеток включают T-клетки, например, альфа/бета T-клетки и гамма/дельта T-клетки, B-клетки, натуральные киллеры (NK), натуральные киллерные T-клетки (NKT), тучные клетки и фагоциты миелоидного происхождения.

"Иммунная эффекторная функция или иммунный эффекторный ответ", как этот термин используют в настоящем описании, относится к функции или ответу, например, иммунной эффекторной клетки, которые усиливают или стимулируют иммунную атаку на клетку-мишень. Например, иммунная эффекторная функция или ответ относятся к свойству T-клеток или NK-клеток, которое стимулирует уничтожение или ингибирование роста или пролиферации клетки-мишени. В случае T-клетки, первичная стимуляция и костимуляция являются примерами иммунной эффекторной функции или ответа.

Термин "кодирующий" относится к свойству, присущему конкретным последовательностям нуклеотидов в полинуклеотиде, таком как ген, кДНК или мРНК, выступать в качестве матрицы для синтеза других полимеров и макромолекул в биологических процессах, имеющих либо определенную последовательность нуклеотидов (например, рРНК, тРНК и мРНК), либо определенную последовательность аминокислот, и к биологическим свойствам, являющимся следствием этого свойства. Таким образом, ген, кДНК или РНК, кодирует белок, если транскрипция и трансляция мРНК, соответствующей этому гену, продуцирует белок в клетке или другой биологической системе. Как кодирующая цепь, нуклеотидная последовательность которой идентична последовательности мРНК и обычно предоставляется в списках последовательностей, так и некодирующая цепь, используемая в качестве матрицы для транскрипции гена или кДНК, могут упоминаться как кодирующие белок или другой продукт этого гена или кДНК.

Если нет иных указаний, "нуклеотидная последовательность, кодирующая аминокислотную последовательность," включает все нуклеотидные последовательности, которые являются вырожденными версиями друг друга и которые кодируют одну и ту же аминокислотную последовательность. Выражение нуклеотидная последовательность, которая кодирует белок или РНК, также может включать интроны, поскольку нуклеотидная последовательность, кодирующая белок, может в некоторой версии содержать интрон(ы).

Термины "эффективное количество" или "терапевтически эффективное количество" используют в настоящем описании взаимозаменяемо, и они относятся к количеству соединения, состава, материала или композиции, как описано в настоящем описании, эффективному для достижения конкретного биологического результата.

Термин "эндогенный" относится к любому материалу из или продуцируемому внутри организма, клетки, ткани или системы.

Термин "экзогенный" относится к любому материалу, внесенному извне или продуцированному вне организма, клетки, ткани или системы.

Термин "экспрессия" относится к транскрипции и/или трансляции конкретной нуклеотидной последовательности, запускаемой промотором.

Термин "вектор для переноса" относится к композиции, которая содержит выделенную нуклеиновую кислоту и которую можно использовать для доставки выделенной нуклеиновой кислоты внутрь клетки. В данной области известны многочисленные векторы, включая, но не ограничиваясь ими, линейные полинуклеотиды, полинуклеотиды, ассоциированные с ионными или амфифильными соединениями, плазмиды и вирусы. Таким образом, термин "вектор для переноса" включает автономно реплицирующуюся плазмиду или вирус. Термин также следует истолковывать как дополнительно включающий неплазмидные и невирусные соединения, которые облегчают перенос нуклеиновой кислоты в клетки, такие как, например, соединение полилизина, липосома и т.п. Примеры вирусных векторов для переноса включают, но не ограничиваются ими, аденовирусные векторы, векторы на основе аденоассоциированного вируса, ретровирусные векторы, лентивирусные векторы и т.п.

Термин "экспрессирующий вектор" относится к вектору, содержащему рекомбинантный полинуклеотид, содержащий последовательности контроля экспрессии, функционально связанные с нуклеотидной последовательностью, подлежащей экспрессии. Экспрессирующий вектор содержит достаточное количество цис-регуляторных элементов для экспрессии; другие элементы для экспрессии могут быть предоставлены клеткой-хозяином или экспрессирующей системой in vitro. Экспрессирующие векторы включают векторы, известные в данной области, включая космиды, плазмиды (например, голые или содержащиеся в липосомах) и вирусы (например, лентивирусы, ретровирусы, аденовирусы и аденоассоциированные вирусы), которые включают рекомбинантный полинуклеотид.

Термин "лентивирус" относится к роду семейства Retroviridae. Лентивирусы являются уникальными среди ретровирусов, поскольку они способны инфицировать неделящиеся клетки; они могут доставлять значительное количество генетической информации в ДНК клетки-хозяина, так что они являются одним из наиболее эффективных способов доставки вектора с геном. Примерами лентивирусов являются ВИЧ, SIV и FIV.

Термин "лентивирусный вектор" относится к вектору, происходящему по меньшей мере из части генома лентивируса, включая, а частности, самоинактивирующийся лентивирусный вектор, представленный в Milone et al., Mol. Ther. 17(8): 1453-1464 (2009). Другие примеры лентивирусных векторов, которые можно использовать в клинике, включают, но не ограничиваются ими, например, технологию доставки генов LENTIVECTOR® от Oxford BioMedica, векторную систему LENTIMAXTM от Lentigen и т.п. Также доступны неклинические типы лентивирусных векторов, и они известны специалисту в данной области.

Термин "гомологичный" или "идентичность" относится к идентичности последовательности субъединиц между двумя полимерными молекулами, например, между двумя молекулами нуклеиновых кислот, таких как две молекулы ДНК или две молекулы РНК, или между двумя полипептидными молекулами. Если положение субъединицы в обеих из двух молекул занимает одна та же мономерная субъединица, например, если положение в каждой из двух молекул ДНК занимает аденин, тогда они являются гомологичными или идентичными в этом положении. Гомология между двумя последовательностями является прямой функцией количества совпадающих или гомологичных положений; например, если половина (например, пять положений в полимере длиной десять субъединиц) из положений в двух последовательностях являются гомологичными, тогда две последовательности являются на 50% гомологичными; если 90% положений (например, 9 из 10) совпадают или гомологичны, тогда две последовательности являются на 90% гомологичными.

"Гуманизированные" формы не являющихся человеческими антител (например, мыши) представляют собой химерные иммуноглобулины, цепи иммуноглобулинов или их фрагменты (такие как Fv, Fab, Fab', F(ab')2 или другие связывающие антиген подпоследовательности антител), которые содержат минимальную последовательность, происходящую из не являющегося человеческим иммуноглобулина. В основном гуманизированные антитела и их фрагменты представляют собой иммуноглобулины человека (реципиентное антитело или фрагмент антитела), в которых остатки из определяющей комплементарность области (CDR) реципиента заменены остатками из CDR не являющегося человеком вида (донорное антитело), такого как мышь, крыса или кролик, имеющими желаемую специфичность, аффинность и емкость. В некоторых случаях остатки каркасной области Fv (FR) иммуноглобулина человека заменены соответствующими не являющимися человеческими остатками. Более того, гуманизированное антитело/фрагмент антитела может содержать остатки, которые не встречаются ни в реципиентном антителе, ни в импортированных последовательностях CDR или каркасной области. Эти модификации могут далее усовершенствовать и оптимизировать эффективность антитела или фрагмента антитела. Как правило, гуманизированное антитело или его фрагмент содержат по существу весь по меньшей мере один, и, как правило, два, вариабельных домена, в которых все или по существу все из областей CDR соответствуют областям CDR не являющегося человеческим иммуноглобулина и все или значительная часть областей FR представляют собой области FR из последовательности иммуноглобулина человека. Гуманизированное антитело или фрагмент антитела также могут содержать по меньшей мере часть константной области (Fc) иммуноглобулина, как правило, иммуноглобулина человека. Для более подробного описания, см. Jones et al., Nature, 321: 522-525, 1986; Reichmann et al., Nature, 332: 323-329, 1988; Presta, Curr. Op. Struct. Biol., 2: 593-596, 1992.

"Полностью человеческий" относится к иммуноглобулину, такому как антитело или фрагмент антитела, где вся молекула происходит из человека и состоит из аминокислотной последовательности, идентичной человеческой форме антитела или иммуноглобулина.

Термин "выделенный" означает измененный или извлеченный относительно природного состояния. Например, нуклеиновая кислота или пептид, естественным образом присутствующие в живом животном, не являются "выделенными", но те же нуклеиновая кислота или пептид, частично или полностью отделенные от сосуществующих с ними материалов природного состояния, являются "выделенными". Выделенная нуклеиновая кислота или белок могут существовать в по существу очищенной форме или могут существовать в ненативной среде, например, такой как клетка-хозяин.

В контексте настоящего изобретения используют следующие сокращения для обычно встречающихся оснований нуклеиновой кислоты. "A" относится к аденозину, "C" относится к цитозину, "G" относится к гуанозину, "T" относится к тимидину и "U" относится к уридину.

Термин "функционально связанный" или "контроль транскрипции" относится к функциональной связи между регуляторной последовательностью и гетерологичной последовательностью нуклеиновой кислоты, приводящей к экспрессии последней. Например, первая последовательность нуклеиновой кислоты функционально связана со второй последовательностью нуклеиновой кислоты, когда первая последовательность нуклеиновой кислоты находится в функциональной взаимосвязи со второй последовательностью нуклеиновой кислоты. Например, промотор функционально связан с кодирующей последовательностью, если промотор влияет на транскрипцию или экспрессию кодирующей последовательности. Функционально связанные последовательности ДНК могут быть смежными друг с другом и, например, когда необходимо связать две кодирующих белок области, находится в одной рамке считывания.

Термин "парентеральное" введение иммуногенной композиции включает, например, подкожную (п/к), внутривенную (в/в), внутримышечную (в/м) или проводимую внутрь очага повреждения инъекцию, внутриопухолевое введение или способы инфузии.

Термины "нуклеиновая кислота" или "полинуклеотид" относятся к дезоксирибонуклеиновым кислотам (ДНК) или рибонуклеиновым кислотам (РНК) и их полимерам либо в одноцепочечной, либо в двухцепочечной форме. Если конкретно не ограничено, термин охватывает нуклеиновые кислоты, содержащие известные аналоги природных нуклеотидов, которые имеют сходные свойства связывания с эталонной нуклеиновой кислотой и метаболизируются аналогично встречающимся в природе нуклеотидам. Если нет иных указаний, конкретная последовательность нуклеиновой кислоты также косвенно охватывает ее консервативно модифицированные варианты (например, вырожденные замены кодонов), аллели, ортологи, SNP и комплементарные последовательности, а также последовательность, прямо указанную. В частности, вырожденные замены кодонов можно осуществлять путем получения последовательностей, в которых третье положение одного или нескольких выбранных (или всех) кодонов замещено смешанными остатками и/или остатками дезоксиинозина (Batzer et al., Нуклеиновая кислота Res. 19:5081 (1991); Ohtsuka et al., J. Biol. Chem. 260:2605-2608 (1985); и Rossolini et al., Mol. Cell. Probes 8:91-98 (1994)).

Термины "пептид," "полипептид" и "белок" используют взаимозаменяемо, и они относятся к соединению, состоящему из аминокислотных остатков, ковалентно связанных пептидными связями. Белок или пептид должны содержать по меньшей мере две аминокислоты, и отсутствует ограничение на максимальное количество аминокислот, которые могут содержаться в последовательности белка или пептида. Полипептиды включают любой пептид или белок, содержащие две или более аминокислот, связанных друг с другом пептидными связями. Как используют в рамках изобретения, термин относится к как коротким цепям, которые также обычно называют в данной области, например, пептидами, олигопептидами и олигомерами, так и к более длинным цепям, которые обычно называют в данной области белками, для которых существует множество типов. "Полипептиды" включают, например, биологически активные фрагменты, по существу гомологичные полипептиды, олигопептиды, гомодимеры, гетеродимеры, варианты полипептидов, модифицированные полипептиды, производные, аналоги, слитые белки, среди прочих. Полипептид включает природный пептид, рекомбинантный пептид или их комбинацию.

Термин "промотор" относится к последовательности ДНК, распознаваемой синтетическим аппаратом клетки или введенным синтетическим аппаратом, которая требуется для инициации транскрипции полинуклеотидной последовательности.

Термин "промоторная/регуляторная последовательность" относится к последовательности нуклеиновой кислоты, которая требуется для экспрессии продукта гена, функционально связанного с промоторной/регуляторной последовательностью. В некоторых случаях эта последовательность может представлять собой основную промоторную последовательность и в других случаях эта последовательность также может включать энхансерную последовательность и другие регуляторные элементы, которые требуются для экспрессии продукта гена. Промоторная/регуляторная последовательность, например, может представлять собой последовательность, которая экспрессирует продукт гена тканеспецифическим образом.

Термин "конститутивный" промотор относится к нуклеотидной последовательности, которая, когда она функционально связана с полинуклеотидом, который кодирует или определяет продукт гена, вызывает продукцию продукта гена в клетке при большинстве или всех физиологических условиях в клетке.

Термин "индуцибельный" промотор относится к нуклеотидной последовательности, которая, когда она функционально связана с полинуклеотидом, который кодирует или определяет продукт гена, обеспечивает продукцию продукта гена в клетке, по существу только когда индуктор, который соответствует промотору, присутствует в клетке.

Термин "тканеспецифический" промотор относится к нуклеотидной последовательности, которая, когда она функционально связана с полинуклеотидом, который кодирует или определяет продукт гена, обеспечивает продукцию продукта гена в клетке, по существу только если клетка представляет собой клетку типа ткани, соответствующего промотору.

Термины "ассоциированный со злокачественной опухолью антиген" или "опухолевый антиген" взаимозаменяемо относятся к молекуле (как правило, белок, углевод или липид), которая экспрессируется на поверхности злокачественной клетки, либо полностью, либо в качестве фрагмента (например, MHC/пептид), и которая пригодная для предпочтительного нацеливания фармакологического средства на злокачественную клетку. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой маркер, экспрессируемый как нормальными клетками, так и злокачественными клеткам, например, маркер линии дифференцировки, например, CD19 на B-клетках. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой молекулу клеточной поверхности, которая сверхэкспрессируется в злокачественной клетки по сравнению с нормальной клеткой, например, с 1-кратной сверхэкспрессией, 2-кратной сверхэкспрессией, 3-кратной сверхэкспрессией или более по сравнению с нормальной клеткой. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген представляет собой молекулу клеточной поверхности, которая ненадлежащим образом синтезируется в злокачественной клетке, например, молекулу, которая содержит делеции, вставки или мутации по сравнению с молекулой, экспрессируемой нормальной клеткой. В некоторых вариантах осуществления опухолевый антиген экспрессируется исключительно на клеточной поверхности злокачественной клетки, полностью или в качестве фрагмента (например, MHC/пептид), и не синтезируется или не экспрессируется на поверхности нормальной клетки. В некоторых вариантах осуществления CAR по настоящему изобретению включают CAR, содержащие антигенсвязывающий домен (например, антитело или фрагмент антитела), который связывается с пептидом, презентируемым MHC. Обычно пептиды, происходящие из эндогенных белков, заполняют карманы молекул основного комплекса гистосовместимости (MHC) класса I и распознаются T-клеточными рецепторами (TCR) на CD8+T-лимфоцитах. Комплексы MHC класса I конститутивно экспрессируются всеми ядросодержащими клетками. В злокачественной опухоли специфические для вируса и/или специфические для опухоли комплексы пептид/MHC соответствуют уникальному классу мишеней, находящихся на клеточной поверхности, для иммунотерапии. Были описаны TCR-подобные антитела, нацеленные на пептиды, происходящие из вирусных или опухолевых антигенов в контексте лейкоцитарного антигена человека (HLA)-A1 или HLA-A2 (см., например, Sastry et al., J Virol. 2011 85(5):1935-1942; Sergeeva et al., Blood, 2011 117(16):4262-4272; Verma et al., J Immunol 2010 184(4):2156-2165; Willemsen et al., Gene Ther 2001 8(21):1601-1608; Dao et al., Sci Transl Med 2013 5(176):176ra33; Tassev et al., Cancer Gene Ther 2012 19(2):84-100). Например, TCR-подобное антитело может быть идентифицировано посредством скрининга библиотеки, такой как библиотека фагового дисплея scFv человека.

Термины "поддерживающий опухоль антиген" или "поддерживающий злокачественную опухоль антиген" взаимозаменяемо относятся к молекуле (как правило, белок, углевод или липид), которая экспрессируется на поверхности клетки, которая сама по себе не является злокачественной, но поддерживает рост злокачественных клеток, например, путем стимуляции их роста или выживания, например, резистентности к иммунным клеткам. Иллюстративные клетки этого типа включают стромальные клетки и супрессорные клетки миелоидного происхождения (MDSC). Поддерживающий опухоль антиген сам по себе не должен играть роль в поддержании опухолевых клеток, если антиген присутствует на клетке, которая поддерживает злокачественные клетки.

Термины "гибкий полипептидный линкер" или "линкер", как используют в контексте scFv, относится к пептидному линкеру, который состоит из аминокислот, таких как остатки глицина и/или серина, используемых отдельно или в комбинации, для связывания вариабельной области тяжелой цепи и вариабельной области легкой цепи вместе. В одном варианте осуществления гибкий полипептидный линкер представляет собой линкер Gly/Ser, и он содержит аминокислотную последовательность (Gly-Gly-Gly-Ser)n, где n представляет собой положительное целое число, равное или превышающее 1. Например, n=1, n=2, n=3, n=4, n=5 и n=6, n=7, n=8, n=9 и n=10 (SEQ ID NO: 28). В одном варианте осуществления гибкие полипептидные линкеры включают, но не ограничиваются ими, (Gly4 Ser)4 (SEQ ID NO: 29) или (Gly4 Ser)3 (SEQ ID NO: 30). В другом варианте осуществления линкеры включают множество повторов (Gly2Ser), (GlySer) или (Gly3Ser) (SEQ ID NO: 31). Также в объем изобретения входят линкеры, описанные в WO2012/138475, включенной в настоящее описание путем ссылки).

Как используют в рамках изобретения, 5'-кэп (также называемый РНК-кэпом, 7-метилгуанозиновым кэпом РНК или m7G-кэпом РНК) представляет собой модифицированный гуаниновый нуклеотид, который добавляется "спереди" или на 5'-конце эукариотической матричной РНК вскоре после начала транскрипции. 5'-кэп состоит из концевой группы, которая связана с первым транскрибируемым нуклеотидом. Его присутствие является важным для распознавания рибосомой и защиты от РНКаз. Присоединение кэпа сопряжено с транскрипцией и происходит котранскрипционно, так что каждое из этих событий влияет на другое из них. Вскоре после начала транскрипции 5'-конец синтезируемой мРНК связывается синтезирующим кэп комплексом, ассоциированным с РНК-полимеразой. Этот ферментативный комплекс катализирует химические реакции, которые требуются для кэпирования мРНК. Синтез протекает в качестве многостадийной биохимической реакции. Кэпирующую часть можно модифицировать для модулирования функциональности мРНК, такой как ее стабильность или эффективность трансляции.

Как используют в рамках изобретения, "транскрибированная in vitro РНК" относится к РНК, предпочтительно мРНК, синтезированной in vitro. Как правило, транскрибированную in vitro РНК получают с помощью вектора для транскрипции in vitro. Вектор для транскрипции in vitro содержит матрицу, которую используют для получения транскрибированной РНК in vitro.

Как используют в рамках изобретения, "поли(A)" представляет собой последовательность остатков аденозина, присоединенную путем полиаденилирования мРНК. В предпочтительном варианте осуществления конструкции для временной экспрессии поли-A имеют от 50 до 5000 (SEQ ID NO: 34), предпочтительно более 64, более предпочтительно более 100, наиболее предпочтительно более 300 или 400 оснований. Последовательности поли(A) можно модифицировать химически или ферментативно для модулирования функциональности мРНК, такой как локализация, стабильность или эффективность трансляции.

Как используют в рамках изобретения, "полиаденилирование" относится к ковалентному присоединению полиаденилильной части или ее модифицированного варианта к молекуле матричной РНК. В эукариотических организмах большинство молекул матричной РНК (мРНК) являются полиаденилированными на 3'-конце. 3'-поли(A)-хвостовая часть представляет собой длинную последовательность адениновых нуклеотидов (часто несколько сотен), присоединяемую к пре-мРНК под действием фермента полиаденилатполимеразы. У высших эукариот поли(A)-хвостовая часть присоединяется к транскриптам, которые содержат конкретную последовательность - сигнал полиаденилирования. Поли(A)-хвостовая часть и белок, связывающийся с ней, способствуют защите мРНК от деградации экзонуклеазами. Полиаденилирование также является важным для терминации транскрипции, экспорта мРНК из ядра и трансляции. Полиаденилирование происходит в ядре непосредственно после транскрипции ДНК в РНК, но, кроме того, также оно происходит позднее в цитоплазме. После завершения транскриции цепь мРНК отщепляется под действием эндонуклеазного комплекса, ассоциированного с РНК-полимеразой. Участок расщепления обычно характеризуется последовательностью оснований AAUAAA вблизи участка расщепления. После отщепления мРНК остатки аденозина являются связанными со свободным 3'-концом участка расщепления.

Как используют в рамках изобретения, "временный" относится к экспрессии невстроенного трансгена в течение периода, составляющего несколько часов, суток или недель, где период экспрессии является меньшим, чем период экспрессии гена, если он встроен в геном или содержится в стабильном плазмидном репликоне в клетке-хозяине.

Как используют в рамках изобретения, термины "лечить", "лечение" и "проведение лечения" относятся к снижению или смягчению прогрессирования, тяжести и/или длительности пролиферативного нарушения, или к смягчению одного или нескольких симптомов (предпочтительно, одного или нескольких заметных симптомов) пролиферативного нарушения в результате введения одного или нескольких терапевтических средств (например, одного или нескольких лекарственных средств, таких как CAR по изобретению). В конкретных вариантах осуществления термины "лечить", "лечение" и "проведение лечения" относятся к смягчению по меньшей мере одного поддающегося количественному определению физического параметра пролиферативного нарушения, такого как рост опухоли, не обязательно заметному для пациента. В других вариантах осуществления термины "лечить", "лечение" и "проведение лечения" относятся к ингибированию прогрессирования пролиферативного нарушения, либо физически, например, путем стабилизации заметного симптома, либо физиологически, например, путем стабилизации физического параметра, либо посредством обоих из них. В других вариантах осуществления термины "treat", "лечение" и "проведение лечения" относятся к снижению или стабилизации размера опухоли или количества злокачественных клеток.

Термин "каскад передачи сигнала" относится к биохимической взаимосвязи между различными молекулами передачи сигнала, которые играют роль в передачи сигнала из одной части клетки в другую часть клетки. Выражение "рецептор клеточной поверхности" включает молекулы и комплексы молекул, способные получать сигнал и передавать сигнал через мембрану клетки.

Термин "индивидуум" включает живые организмы, у которых может быть индуцирован иммунный ответ (например, млекопитающие, человек).

Термин "по существу очищенная" клетка относится к клетке, которая по существу свободна от других типов клеток. По существу очищенная клетка также относится к клетке, которая отделена от других типов клеток, с которыми она обычно ассоциирована в ее природном состоянии. В некоторых случаях популяция по существу очищенных клеток относится к гомогенной популяции клеток. В других случаях этот термин относится просто к клетке, которая отделена от клеток, с которыми она ассоциирована в ее природном состоянии. В некоторых аспектах клетки культивируют in vitro. В других аспектах клетки не культивируют in vitro.

Термин "терапевтический", как используют в рамках изобретения, означает лечение. Терапевтический эффект достигают путем снижения, подавления, обеспечения ремиссии или устранения болезненного состояния.

Термин "профилактика", как используют в рамках изобретения, означает предупреждение или защитное лечение от заболевания или болезненного состояния.

В контексте настоящего изобретения "опухолевый антиген", или "антиген гиперпролиферативного нарушения", или "антиген, ассоциированный с гиперпролиферативным нарушением", относится к антигенам, которые являются общими для конкретных гиперпролиферативных нарушений. В некоторых аспектах антигены гиперпролиферативного нарушения по настоящему изобретению происходят из злокачественных опухолей, включая, но не ограничиваясь ими первичную или метастазирующую меланому, тимому, лимфому, саркому, рак легкого, рак печени, неходжкинскую лимфому, лимфому Ходжкина, лейкозы, рак тела матки, рак шейки матки, рак мочевого пузыря, рак почки и аденокарциномы, такие как рак молочной железы, рак предстательной железы, рак яичника, рак поджелудочной железы и т.п.

Термины "трансфицированный", или "трансформированный", или "трансдуцированный" относятся к процессу, посредством которого экзогенная нуклеиновая кислота переносится или вводится в клетку-хозяина. "Трансфицированная", или "трансформированная", или "трансдуцированная" клетка представляет собой клетку, которая трансфицирована, трансформирована или трансдуцирована экзогенной нуклеиновой кислотой. Клетка включает первичную клетку индивидуума и ее потомство.

Термин "специфически связывается" относится к антителу или лиганду, которые распознают и связываются с белком-партнером по связыванию (например, опухолевым антигеном), присутствующем в образце, но при этом эти антитело или лиганд по существу не распознают или не связывают другие молекулы в образце.

"Регулируемый химерный рецептор антигена (RCAR)", как этот термин используют в настоящем описании, относится к набору полипептидов, как правило, двум в наиболее простых вариантах осуществления, которые, когда он находится в клетке RCARX, обеспечивает специфичность клетке RCARX в отношении клетки-мишени, как правило, злокачественной клетки, и регулируемое генерирование внутриклеточного сигнала или пролиферацию, которые могут оптимизировать иммунное эффекторное свойство клетки RCARX. Клетка RCARX по меньшей мере частично основана на антигенсвязывающем домене для обеспечения специфичности в отношении клетки-мишени, которая содержит антиген, связываемый антигенсвязывающим доменом. В одном варианте осуществления RCAR включает переключатель димеризации, который в присутствии молекулы димеризации может связывать внутриклеточный сигнальный домен с антигенсвязывающим доменом.

"Мембранный якорь" или "связывающий с мембраной домен", как этот термин используют в настоящем описании, относится к полипептиду или части, например, миристоильной группе, достаточным для заякоривания внеклеточного или внутриклеточного домена на плазматической мембране.

"Домен переключения", как этот термин используют в настоящем описании, например, при указании на RCAR, относится к структуре, как правило, структуре на основе полипептида, которая в присутствии молекулы димеризации ассоциирует с другим доменом переключения. Эта ассоциация приводит к функциональному связыванию первой структуры, связанной, например слитой, с первым доменом переключения, и второй структуры, связанной, например слитой, со вторым доменом переключения. Первый и второй домены переключения в совокупности называют в настоящем описании переключателями димеризации. В вариантах осуществления первый и второй домены переключения являются одинаковыми, например, они представляют собой полипептиды, имеющие одинаковую первичную аминокислотную последовательность, и их в совокупности называют переключателями гомодимеризации. В вариантах осуществления первый и второй домены переключения отличаются друг от друга, например, они представляют собой полипептиды, имеющие отличающиеся первичные аминокислотные последовательности, и их в совокупности называют переключателями гетеродимеризации. В вариантах осуществления переключение является внутриклеточным. В вариантах осуществления переключение является внеклеточным. В вариантах осуществления домен переключения представляет собой структуру на основе полипептида, например, на основе FKBP или FRB, и молекула димеризации представляет собой низкомолекулярное соединение, например, рапалог. В вариантах осуществления домен переключения представляет собой структуру на основе полипептида, например scFv, который связывает пептид myc, и молекула димеризации представляет собой полипептид, его фрагмент или мультимер полипептида, например, myc-лиганд или мультимеры myc-лиганда, которые связываются с одним или несколькими scFv к myc. В вариантах осуществления домен переключения представляет собой структуру на основе полипептида, например рецептор myc, и молекула димеризации представляет собой антитело или его фрагменты, например, антитело против myc.

"Молекула димеризации", как этот термин используют в настоящем описании, например, при указании на RCAR, относится к молекуле, которая обеспечивает ассоциацию первого домена переключения со вторым доменом переключения. В вариантах осуществления молекула димеризации не является встречающейся в природе у индивидуума или не встречается в концентрациях, которые привели бы к значительной димеризации. В вариантах осуществления молекула димеризации представляет собой низкомолекулярное соединение, например, рапамицин или рапалог, например RAD001.

Термин "биоэквивалент" относится к количеству средства, отличного от эталонного соединения (например, RAD001), требуемому для обеспечения эффекта, эквивалентного эффекту, обеспечиваемому эталонной дозой или эталонным количеством эталонного соединения (например, RAD001). В одном варианте осуществления эффект представляет собой уровень ингибирования mTOR, например, при измерении по ингибированию киназы P70 S6, например, при оценке в анализе in vivo или in vitro, например, при измерении с использованием анализа, описанного в настоящем описании, например, анализа Boulay. В одном варианте осуществления эффект представляет собой изменение соотношения положительные по PD-1/отрицательные по PD-1 T-клетки при измерении посредством сортировки клеток. В одном варианте осуществления биоэквивалентное количество или доза ингибитора mTOR представляют собой количество или дозу, которые достигают того же уровня ингибирования киназы P70 S6, что и эталонная доза или эталонное количество эталонного соединения. В одном варианте осуществления биоэквивалентное количество или доза ингибитора mTOR представляют собой количество или дозу, которые достигают того же уровня изменения соотношения положительные по PD-1/отрицательные по PD-1 T-клетки, как и эталонная доза или эталонное количество эталонного соединения.

Термин "низкая усиливающая иммунитет доза", когда его используют применительно к ингибитору mTOR, например, аллостерическому ингибитору mTOR, например RAD001 или рапамицину, или каталитическому ингибитору mTOR, относится к дозе ингибитора mTOR, которая частично, но не полностью, ингибирует активность mTOR, например, при измерении по ингибированию активности киназы P70 S6. Способы оценки активности mTOR, например, по ингибированию киназы P70 S6, описаны в настоящем описании. Доза является недостаточной для обеспечения полного подавления иммунного ответа, но является достаточной для усиления иммунного ответа. В одном варианте осуществления низкая усиливающая иммунитет доза ингибитора mTOR приводит к уменьшению количества положительных по PD-1 T-клеток и/или увеличению количества отрицательных по PD-1 T-клеток, или к увеличению соотношения отрицательные по PD-1 T-клетки/положительные по PD-1 T-клетки. В одном варианте осуществления низкая усиливающая иммунитет доза ингибитора mTOR приводит к увеличению количества наивных T-клеток. В одном варианте осуществления низкая усиливающая иммунитет доза ингибитора mTOR приводит к одному или нескольким из следующих:

увеличение экспрессии одного или нескольких из следующих маркеров: CD62Lhigh, CD127high, CD27+ и BCL2, например, на T-клетках памяти, например, предшественниках T-клеток памяти;

снижение экспрессии KLRG1, например, на T-клетках памяти, например, предшественниках T-клеток памяти; и

увеличение количества предшественников T-клеток памяти, например, клеток с любой или комбинацией из следующих характеристик: увеличенный уровень CD62Lhigh, увеличенный уровень CD127high, увеличенный уровень CD27+, сниженный уровень KLRG1 и увеличенный уровень BCL2;

где любое из описанных выше изменений происходит, например, по меньшей мере временно, например, по сравнению с индивидуумом без лечения.

"Рефрактерный", как используют в рамках изобретения, относится к заболеванию, например, злокачественной опухоли, которое не отвечает на лечение. В вариантах осуществления рефрактерная злокачественная опухоль может быть устойчивой к лечению до или в начале лечения. В других вариантах осуществления рефрактерная злокачественная опухоль может стать резистентной в процессе лечения. Рефрактерную злокачественную опухоль также называют резистентной злокачественной опухолью.

"Рецидивирующий", как используют в рамках изобретения, относится к возвращению заболевания (например, злокачественной опухоли) или признаков и симптомов заболевания, такого как злокачественная опухоль, после периода улучшения, например, после предшествующего лечения, например, терапии злокачественной опухоли.

Диапазоны: на протяжении настоящего описания различные аспекты изобретения могут быть представлены в формате диапазонов. Следует понимать, что описание в формате диапазонов предоставлено только для удобства и краткости, и его не следует истолковывать как строгое ограничение объема изобретения. Таким образом, описание диапазона следует считать имеющим конкретно описанные все возможные числовые поддиапазоны, а также индивидуальные числовые величины в этом диапазоне. Например, описание диапазона, такого как от 1 до 6, следует истолковывать как диапазон, имеющий конкретно описанные поддиапазоны, такие как от 1 до 3, от 1 до 4, от 1 до 5, от 2 до 4, от 2 до 6, от 3 до 6 и т.д., а также индивидуальные числа в этом диапазоне, например, 1, 2, 2,7, 3, 4, 5, 5,3 и 6. В качестве другого примера диапазон, такой как идентичность 95-99%, включает что-либо с 95%, 96%, 97%, 98% или 99% идентичностью и включает поддиапазоны, такие как идентичность 96-99%, 96-98%, 96-97%, 97-99%, 97-98% и 98-99%. Это применимо независимо от ширины диапазона.

"Tet", как используют в настоящем описании, относится к семейству генов и к белкам семейства метилцитозиндиоксигеназы, кодируемым указанными генами, с транслокацией десять-одиннадцать. Tet включает, например, Tet1, Tet2 и Tet3.

"Tet2", как используют в настоящем описании, относится к гену tet метилцитозиндиоксигеназы 2 и к белку метилцитозиндиоксигеназе tet2, кодируемому указанным геном, который катализирует конвертирование метилцитозина в 5-гидроксиметилцитозин. Иногда его также называют "KIAA1546", "FLJ20032" и "представителем 2 семейства онкогенов tet". Кодируемый белок вовлечен в миелопоэз и дефекты в этом гене ассоциируют с несколькими миелопролиферативными нарушениями. В геноме человека TET2 расположен на хромосоме 4q24. В настоящее время описано шесть изоформ TET2 и их номера в Genebank представляют собой: NM_001127208.2; XM_005263082.1; XM_006714242.2; NM_017628.4; XM_011532044.1 и XM_011532043.1.

Пример белковой последовательности Tet2 человека приведен под номером доступа UniProt Q6N021:

Ген tet2 расположен на 4 хромосоме, область GRCh38.p2 (GCF_000001405.28) (NC_000004.12 (от 105145875 до 105279803); ID гена 54790.

Примеры последовательностей нуклеиновых кислот, кодирующих Tet2, представлены ниже. Было идентифицировано 6 изоформ Tet2 человека. Последовательности мРНК представлены ниже (В вариантах осуществления в каждой последовательности T может быть заменен на U). В вариантах осуществления Tet2 включает белки, кодируемые каждой из приведенных ниже последовательностей:

Название Справочная последовательность в NCBI Последовательность
Метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта 1, мРНК
[SEQ ID NO: 1358]
NNM_001127208.2 GGCAGTGGCAGCGGCGAGAGCTTGGGCGGCCGCCGCCGCCTCCTCGCGAGCGCCGCGCGCCCGGGTCCCGCTCGCATGCAAGTCACGTCCGCCCCCTCGGCGCGGCCGCCCCGAGACGCCGGCCCCGCTGAGTGATGAGAACAGACGTCAAACTGCCTTATGAATATTGATGCGGAGGCTAGGCTGCTTTCGTAGAGAAGCAGAAGGAAGCAAGATGGCTGCCCTTTAGGATTTGTTAGAAAGGAGACCCGACTGCAACTGCTGGATTGCTGCAAGGCTGAGGGACGAGAACGAGGCTGGCAAACATTCAGCAGCACACCCTCTCAAGATTGTTTACTTGCCTTTGCTCCTGTTGAGTTACAACGCTTGGAAGCAGGAGATGGGCTCAGCAGCAGCCAATAGGACATGATCCAGGAAGAGCAGTAAGGGACTGAGCTGCTGAATTCAACTAGAGGGCAGCCTTGTGGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAAGCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCGTGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAAACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTCTGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCATGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATATTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCAGATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATACCTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTGTTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTCTGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGAACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTCTCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAAGCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGTGCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCAACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAATGTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGTGCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATTTTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAAAGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAAATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTCTTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGATCCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCAACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAGGTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTATGCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAAGCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGAACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGATACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCTAGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGCTATTAGGATTGAAAGAGTCATCTATACTGGTAAAGAAGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGTGAAGAGAAGCTACTGTGTTTGGTGCGGGAGCGAGCTGGCCACACCTGTGAGGCTGCAGTGATTGTGATTCTCATCCTGGTGTGGGAAGGAATCCCGCTGTCTCTGGCTGACAAACTCTACTCGGAGCTTACCGAGACGCTGAGGAAATACGGCACGCTCACCAATCGCCGGTGTGCCTTGAATGAAGAGAGAACTTGCGCCTGTCAGGGGCTGGATCCAGAAACCTGTGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTCATGGAGCATGTACTACAATGGATGTAAGTTTGCCAGAAGCAAGATCCCAAGGAAGTTTAAGCTGCTTGGGGATGACCCAAAAGAGGAAGAGAAACTGGAGTCTCATTTGCAAAACCTGTCCACTCTTATGGCACCAACATATAAGAAACTTGCACCTGATGCATATAATAATCAGATTGAATATGAACACAGAGCACCAGAGTGCCGTCTGGGTCTGAAGGAAGGCCGTCCATTCTCAGGGGTCACTGCATGTTTGGACTTCTGTGCTCATGCCCACAGAGACTTGCACAACATGCAGAATGGCAGCACATTGGTATGCACTCTCACTAGAGAAGACAATCGAGAATTTGGAGGAAAACCTGAGGATGAGCAGCTTCACGTTCTGCCTTTATACAAAGTCTCTGACGTGGATGAGTTTGGGAGTGTGGAAGCTCAGGAGGAGAAAAAACGGAGTGGTGCCATTCAGGTACTGAGTTCTTTTCGGCGAAAAGTCAGGATGTTAGCAGAGCCAGTCAAGACTTGCCGACAAAGGAAACTAGAAGCCAAGAAAGCTGCAGCTGAAAAGCTTTCCTCCCTGGAGAACAGCTCAAATAAAAATGAAAAGGAAAAGTCAGCCCCATCACGTACAAAACAAACTGAAAACGCAAGCCAGGCTAAACAGTTGGCAGAACTTTTGCGACTTTCAGGACCAGTCATGCAGCAGTCCCAGCAGCCCCAGCCTCTACAGAAGCAGCCACCACAGCCCCAGCAGCAGCAGAGACCCCAGCAGCAGCAGCCACATCACCCTCAGACAGAGTCTGTCAACTCTTATTCTGCTTCTGGATCCACCAATCCATACATGAGACGGCCCAATCCAGTTAGTCCTTATCCAAACTCTTCACACACTTCAGATATCTATGGAAGCACCAGCCCTATGAACTTCTATTCCACCTCATCTCAAGCTGCAGGTTCATATTTGAATTCTTCTAATCCCATGAACCCTTACCCTGGGCTTTTGAATCAGAATACCCAATATCCATCATATCAATGCAATGGAAACCTATCAGTGGACAACTGCTCCCCATATCTGGGTTCCTATTCTCCCCAGTCTCAGCCGATGGATCTGTATAGGTATCCAAGCCAAGACCCTCTGTCTAAGCTCAGTCTACCACCCATCCATACACTTTACCAGCCAAGGTTTGGAAATAGCCAGAGTTTTACATCTAAATACTTAGGTTATGGAAACCAAAATATGCAGGGAGATGGTTTCAGCAGTTGTACCATTAGACCAAATGTACATCATGTAGGGAAATTGCCTCCTTATCCCACTCATGAGATGGATGGCCACTTCATGGGAGCCACCTCTAGATTACCACCCAATCTGAGCAATCCAAACATGGACTATAAAAATGGTGAACATCATTCACCTTCTCACATAATCCATAACTACAGTGCAGCTCCGGGCATGTTCAACAGCTCTCTTCATGCCCTGCATCTCCAAAACAAGGAGAATGACATGCTTTCCCACACAGCTAATGGGTTATCAAAGATGCTTCCAGCTCTTAACCATGATAGAACTGCTTGTGTCCAAGGAGGCTTACACAAATTAAGTGATGCTAATGGTCAGGAAAAGCAGCCATTGGCACTAGTCCAGGGTGTGGCTTCTGGTGCAGAGGACAACGATGAGGTCTGGTCAGACAGCGAGCAGAGCTTTCTGGATCCTGACATTGGGGGAGTGGCCGTGGCTCCAACTCATGGGTCAATTCTCATTGAGTGTGCAAAGCGTGAGCTGCATGCCACAACCCCTTTAAAGAATCCCAATAGGAATCACCCCACCAGGATCTCCCTCGTCTTTTACCAGCATAAGAGCATGAATGAGCCAAAACATGGCTTGGCTCTTTGGGAAGCCAAAATGGCTGAAAAAGCCCGTGAGAAAGAGGAAGAGTGTGAAAAGTATGGCCCAGACTATGTGCCTCAGAAATCCCATGGCAAAAAAGTGAAACGGGAGCCTGCTGAGCCACATGAAACTTCAGAGCCCACTTACCTGCGTTTCATCAAGTCTCTTGCCGAAAGGACCATGTCCGTGACCACAGACTCCACAGTAACTACATCTCCATATGCCTTCACTCGGGTCACAGGGCCTTACAACAGATATATATGATATCACCCCCTTTTGTTGGTTACCTCACTTGAAAAGACCACAACCAACCTGTCAGTAGTATAGTTCTCATGACGTGGGCAGTGGGGAAAGGTCACAGTATTCATGACAAATGTGGTGGGAAAAACCTCAGCTCACCAGCAACAAAAGAGGTTATCTTACCATAGCACTTAATTTTCACTGGCTCCCAAGTGGTCACAGATGGCATCTAGGAAAAGACCAAAGCATTCTATGCAAAAAGAAGGTGGGGAAGAAAGTGTTCCGCAATTTACATTTTTAAACACTGGTTCTATTATTGGACGAGATGATATGTAAATGTGATCCCCCCCCCCCGCTTACAACTCTACACATCTGTGACCACTTTTAATAATATCAAGTTTGCATAGTCATGGAACACAAATCAAACAAGTACTGTAGTATTACAGTGACAGGAATCTTAAAATACCATCTGGTGCTGAATATATGATGTACTGAAATACTGGAATTATGGCTTTTTGAAATGCAGTTTTTACTGTAATCTTAACTTTTATTTATCAAAATAGCTACAGGAAACATGAATAGCAGGAAAACACTGAATTTGTTTGGATGTTCTAAGAAATGGTGCTAAGAAAATGGTGTCTTTAATAGCTAAAAATTTAATGCCTTTATATCATCAAGATGCTATCAGTGTACTCCAGTGCCCTTGAATAATAGGGGTACCTTTTCATTCAAGTTTTTATCATAATTACCTATTCTTACACAAGCTTAGTTTTTAAAATGTGGACATTTTAAAGGCCTCTGGATTTTGCTCATCCAGTGAAGTCCTTGTAGGACAATAAACGTATATATGTACATATATACACAAACATGTATATGTGCACACACATGTATATGTATAAATATTTTAAATGGTGTTTTAGAAGCACTTTGTCTACCTAAGCTTTGACAACTTGAACAATGCTAAGGTACTGAGATGTTTAAAAAACAAGTTTACTTTCATTTTAGAATGCAAAGTTGATTTTTTTAAGGAAACAAAGAAAGCTTTTAAAATATTTTTGCTTTTAGCCATGCATCTGCTGATGAGCAATTGTGTCCATTTTTAACACAGCCAGTTAAATCCACCATGGGGCTTACTGGATTCAAGGGAATACGTTAGTCCACAAAACATGTTTTCTGGTGCTCATCTCACATGCTATACTGTAAAACAGTTTTATACAAAATTGTATGACAAGTTCATTGCTCAAAAATGTACAGTTTTAAGAATTTTCTATTAACTGCAGGTAATAATTAGCTGCATGCTGCAGACTCAACAAAGCTAGTTCACTGAAGCCTATGCTATTTTATGGATCATAGGCTCTTCAGAGAACTGAATGGCAGTCTGCCTTTGTGTTGATAATTATGTACATTGTGACGTTGTCATTTCTTAGCTTAAGTGTCCTCTTTAACAAGAGGATTGAGCAGACTGATGCCTGCATAAGATGAATAAACAGGGTTAGTTCCATGTGAATCTGTCAGTTAAAAAGAAACAAAAACAGGCAGCTGGTTTGCTGTGGTGGTTTTAAATCATTAATTTGTATAAAGAAGTGAAAGAGTTGTATAGTAAATTAAATTGTAAACAAAACTTTTTTAATGCAATGCTTTAGTATTTTAGTACTGTAAAAAAATTAAATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTTTGAAGCAGAATTCACATCATGATGGTGCTACTCAGCCTGCTACAAATATATCATAATGTGAGCTAAGAATTCATTAAATGTTTGAGTGATGTTCCTACTTGTCATATACCTCAACACTAGTTTGGCAATAGGATATTGAACTGAGAGTGAAAGCATTGTGTACCATCATTTTTTTCCAAGTCCTTTTTTTTATTGTTAAAAAAAAAAGCATACCTTTTTTCAATACTTGATTTCTTAGCAAGTATAACTTGAACTTCAACCTTTTTGTTCTAAAAATTCAGGGATATTTCAGCTCATGCTCTCCCTATGCCAACATGTCACCTGTGTTTATGTAAAATTGTTGTAGGTTAATAAATATATTCTTTGTCAGGGATTTAACCCTTTTATTTTGAATCCCTTCTATTTTACTTGTACATGTGCTGATGTAACTAAAACTAATTTTGTAAATCTGTTGGCTCTTTTTATTGTAAAGAAAAGCATTTTAAAAGTTTGAGGAATCTTTTGACTGTTTCAAGCAGGAAAAAAAAATTACATGAAAATAGAATGCACTGAGTTGATAAAGGGAAAAATTGTAAGGCAGGAGTTTGGCAAGTGGCTGTTGGCCAGAGACTTACTTGTAACTCTCTAAATGAAGTTTTTTTGATCCTGTAATCACTGAAGGTACATACTCCATGTGGACTTCCCTTAAACAGGCAAACACCTACAGGTATGGTGTGCAACAGATTGTACAATTACATTTTGGCCTAAATACATTTTTGCTTACTAGTATTTAAAATAAATTCTTAATCAGAGGAGGCCTTTGGGTTTTATTGGTCAAATCTTTGTAAGCTGGCTTTTGTCTTTTTAAAAAATTTCTTGAATTTGTGGTTGTGTCCAATTTGCAAACATTTCCAAAAATGTTTGCTTTGCTTACAAACCACATGATTTTAATGTTTTTTGTATACCATAATATCTAGCCCCAAACATTTGATTACTACATGTGCATTGGTGATTTTGATCATCCATTCTTAATATTTGATTTCTGTGTCACCTACTGTCATTTGTTAAACTGCTGGCCAACAAGAACAGGAAGTATAGTTTGGGGGGTTGGGGAGAGTTTACATAAGGAAGAGAAGAAATTGAGTGGCATATTGTAAATATCAGATCTATAATTGTAAATATAAAACCTGCCTCAGTTAGAATGAATGGAAAGCAGATCTACAATTTGCTAATATAGGAATATCAGGTTGACTATATAGCCATACTTGAAAATGCTTCTGAGTGGTGTCAACTTTACTTGAATGAATTTTTCATCTTGATTGACGCACAGTGATGTACAGTTCACTTCTGAAGCTAGTGGTTAACTTGTGTAGGAAACTTTTGCAGTTTGACACTAAGATAACTTCTGTGTGCATTTTTCTATGCTTTTTTAAAAACTAGTTTCATTTCATTTTCATGAGATGTTTGGTTTATAAGATCTGAGGATGGTTATAAATACTGTAAGTATTGTAATGTTATGAATGCAGGTTATTTGAAAGCTGTTTATTATTATATCATTCCTGATAATGCTATGTGAGTGTTTTTAATAAAATTTATATTTATTTAATGCACTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
Спрогнозированный: метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта X1, мРНК
[SEQ ID NO: 1359]
XXM_005263082.1 AAGCAGAAGGAAGCAAGATGGCTGCCCTTTAGGATTTGTTAGAAAGGAGACCCGACTGCAACTGCTGGATTGCTGCAAGGCTGAGGGACGAGAACGAGAATTCAACTAGAGGGCAGCCTTGTGGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAAGCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCGTGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAAACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTCTGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCATGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATATTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCAGATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATACCTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTGTTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTCTGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGAACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTCTCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAAGCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGTGCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCAACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAATGTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGTGCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATTTTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAAAGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAAATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTCTTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGATCCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCAACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAGGTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTATGCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAAGCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGAACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGATACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCTAGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGCTATTAGGATTGAAAGAGTCATCTATACTGGTAAAGAAGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGTGAAGAGAAGCTACTGTGTTTGGTGCGGGAGCGAGCTGGCCACACCTGTGAGGCTGCAGTGATTGTGATTCTCATCCTGGTGTGGGAAGGAATCCCGCTGTCTCTGGCTGACAAACTCTACTCGGAGCTTACCGAGACGCTGAGGAAATACGGCACGCTCACCAATCGCCGGTGTGCCTTGAATGAAGAGAGAACTTGCGCCTGTCAGGGGCTGGATCCAGAAACCTGTGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTCATGGAGCATGTACTACAATGGATGTAAGTTTGCCAGAAGCAAGATCCCAAGGAAGTTTAAGCTGCTTGGGGATGACCCAAAAGAGGAAGAGAAACTGGAGTCTCATTTGCAAAACCTGTCCACTCTTATGGCACCAACATATAAGAAACTTGCACCTGATGCATATAATAATCAGATTGAATATGAACACAGAGCACCAGAGTGCCGTCTGGGTCTGAAGGAAGGCCGTCCATTCTCAGGGGTCACTGCATGTTTGGACTTCTGTGCTCATGCCCACAGAGACTTGCACAACATGCAGAATGGCAGCACATTGGTATGCACTCTCACTAGAGAAGACAATCGAGAATTTGGAGGAAAACCTGAGGATGAGCAGCTTCACGTTCTGCCTTTATACAAAGTCTCTGACGTGGATGAGTTTGGGAGTGTGGAAGCTCAGGAGGAGAAAAAACGGAGTGGTGCCATTCAGGTACTGAGTTCTTTTCGGCGAAAAGTCAGGATGTTAGCAGAGCCAGTCAAGACTTGCCGACAAAGGAAACTAGAAGCCAAGAAAGCTGCAGCTGAAAAGCTTTCCTCCCTGGAGAACAGCTCAAATAAAAATGAAAAGGAAAAGTCAGCCCCATCACGTACAAAACAAACTGAAAACGCAAGCCAGGCTAAACAGTTGGCAGAACTTTTGCGACTTTCAGGACCAGTCATGCAGCAGTCCCAGCAGCCCCAGCCTCTACAGAAGCAGCCACCACAGCCCCAGCAGCAGCAGAGACCCCAGCAGCAGCAGCCACATCACCCTCAGACAGAGTCTGTCAACTCTTATTCTGCTTCTGGATCCACCAATCCATACATGAGACGGCCCAATCCAGTTAGTCCTTATCCAAACTCTTCACACACTTCAGATATCTATGGAAGCACCAGCCCTATGAACTTCTATTCCACCTCATCTCAAGCTGCAGGTTCATATTTGAATTCTTCTAATCCCATGAACCCTTACCCTGGGCTTTTGAATCAGAATACCCAATATCCATCATATCAATGCAATGGAAACCTATCAGTGGACAACTGCTCCCCATATCTGGGTTCCTATTCTCCCCAGTCTCAGCCGATGGATCTGTATAGGTATCCAAGCCAAGACCCTCTGTCTAAGCTCAGTCTACCACCCATCCATACACTTTACCAGCCAAGGTTTGGAAATAGCCAGAGTTTTACATCTAAATACTTAGGTTATGGAAACCAAAATATGCAGGGAGATGGTTTCAGCAGTTGTACCATTAGACCAAATGTACATCATGTAGGGAAATTGCCTCCTTATCCCACTCATGAGATGGATGGCCACTTCATGGGAGCCACCTCTAGATTACCACCCAATCTGAGCAATCCAAACATGGACTATAAAAATGGTGAACATCATTCACCTTCTCACATAATCCATAACTACAGTGCAGCTCCGGGCATGTTCAACAGCTCTCTTCATGCCCTGCATCTCCAAAACAAGGAGAATGACATGCTTTCCCACACAGCTAATGGGTTATCAAAGATGCTTCCAGCTCTTAACCATGATAGAACTGCTTGTGTCCAAGGAGGCTTACACAAATTAAGTGATGCTAATGGTCAGGAAAAGCAGCCATTGGCACTAGTCCAGGGTGTGGCTTCTGGTGCAGAGGACAACGATGAGGTCTGGTCAGACAGCGAGCAGAGCTTTCTGGATCCTGACATTGGGGGAGTGGCCGTGGCTCCAACTCATGGGTCAATTCTCATTGAGTGTGCAAAGCGTGAGCTGCATGCCACAACCCCTTTAAAGAATCCCAATAGGAATCACCCCACCAGGATCTCCCTCGTCTTTTACCAGCATAAGAGCATGAATGAGCCAAAACATGGCTTGGCTCTTTGGGAAGCCAAAATGGCTGAAAAAGCCCGTGAGAAAGAGGAAGAGTGTGAAAAGTATGGCCCAGACTATGTGCCTCAGAAATCCCATGGCAAAAAAGTGAAACGGGAGCCTGCTGAGCCACATGAAACTTCAGAGCCCACTTACCTGCGTTTCATCAAGTCTCTTGCCGAAAGGACCATGTCCGTGACCACAGACTCCACAGTAACTACATCTCCATATGCCTTCACTCGGGTCACAGGGCCTTACAACAGATATATATGATATCACCCCCTTTTGTTGGTTACCTCACTTGAAAAGACCACAACCAACCTGTCAGTAGTATAGTTCTCATGACGTGGGCAGTGGGGAAAGGTCACAGTATTCATGACAAATGTGGTGGGAAAAACCTCAGCTCACCAGCAACAAAAGAGGTTATCTTACCATAGCACTTAATTTTCACTGGCTCCCAAGTGGTCACAGATGGCATCTAGGAAAAGACCAAAGCATTCTATGCAAAAAGAAGGTGGGGAAGAAAGTGTTCCGCAATTTACATTTTTAAACACTGGTTCTATTATTGGACGAGATGATATGTAAATGTGATCCCCCCCCCCCGCTTACAACTCTACACATCTGTGACCACTTTTAATAATATCAAGTTTGCATAGTCATGGAACACAAATCAAACAAGTACTGTAGTATTACAGTGACAGGAATCTTAAAATACCATCTGGTGCTGAATATATGATGTACTGAAATACTGGAATTATGGCTTTTTGAAATGCAGTTTTTACTGTAATCTTAACTTTTATTTATCAAAATAGCTACAGGAAACATGAATAGCAGGAAAACACTGAATTTGTTTGGATGTTCTAAGAAATGGTGCTAAGAAAATGGTGTCTTTAATAGCTAAAAATTTAATGCCTTTATATCATCAAGATGCTATCAGTGTACTCCAGTGCCCTTGAATAATAGGGGTACCTTTTCATTCAAGTTTTTATCATAATTACCTATTCTTACACAAGCTTAGTTTTTAAAATGTGGACATTTTAAAGGCCTCTGGATTTTGCTCATCCAGTGAAGTCCTTGTAGGACAATAAACGTATATATGTACATATATACACAAACATGTATATGTGCACACACATGTATATGTATAAATATTTTAAATGGTGTTTTAGAAGCACTTTGTCTACCTAAGCTTTGACAACTTGAACAATGCTAAGGTACTGAGATGTTTAAAAAACAAGTTTACTTTCATTTTAGAATGCAAAGTTGATTTTTTTAAGGAAACAAAGAAAGCTTTTAAAATATTTTTGCTTTTAGCCATGCATCTGCTGATGAGCAATTGTGTCCATTTTTAACACAGCCAGTTAAATCCACCATGGGGCTTACTGGATTCAAGGGAATACGTTAGTCCACAAAACATGTTTTCTGGTGCTCATCTCACATGCTATACTGTAAAACAGTTTTATACAAAATTGTATGACAAGTTCATTGCTCAAAAATGTACAGTTTTAAGAATTTTCTATTAACTGCAGGTAATAATTAGCTGCATGCTGCAGACTCAACAAAGCTAGTTCACTGAAGCCTATGCTATTTTATGGATCATAGGCTCTTCAGAGAACTGAATGGCAGTCTGCCTTTGTGTTGATAATTATGTACATTGTGACGTTGTCATTTCTTAGCTTAAGTGTCCTCTTTAACAAGAGGATTGAGCAGACTGATGCCTGCATAAGATGAATAAACAGGGTTAGTTCCATGTGAATCTGTCAGTTAAAAAGAAACAAAAACAGGCAGCTGGTTTGCTGTGGTGGTTTTAAATCATTAATTTGTATAAAGAAGTGAAAGAGTTGTATAGTAAATTAAATTGTAAACAAAACTTTTTTAATGCAATGCTTTAGTATTTTAGTACTGTAAAAAAATTAAATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTTTGAAGCAGAATTCACATCATGATGGTGCTACTCAGCCTGCTACAAATATATCATAATGTGAGCTAAGAATTCATTAAATGTTTGAGTGATGTTCCTACTTGTCATATACCTCAACACTAGTTTGGCAATAGGATATTGAACTGAGAGTGAAAGCATTGTGTACCATCATTTTTTTCCAAGTCCTTTTTTTTATTGTTAAAAAAAAAAGCATACCTTTTTTCAATACTTGATTTCTTAGCAAGTATAACTTGAACTTCAACCTTTTTGTTCTAAAAATTCAGGGATATTTCAGCTCATGCTCTCCCTATGCCAACATGTCACCTGTGTTTATGTAAAATTGTTGTAGGTTAATAAATATATTCTTTGTCAGGGATTTAACCCTTTTATTTTGAATCCCTTCTATTTTACTTGTACATGTGCTGATGTAACTAAAACTAATTTTGTAAATCTGTTGGCTCTTTTTATTGTAAAGAAAAGCATTTTAAAAGTTTGAGGAATCTTTTGACTGTTTCAAGCAGGAAAAAAAAATTACATGAAAATAGAATGCACTGAGTTGATAAAGGGAAAAATTGTAAGGCAGGAGTTTGGCAAGTGGCTGTTGGCCAGAGACTTACTTGTAACTCTCTAAATGAAGTTTTTTTGATCCTGTAATCACTGAAGGTACATACTCCATGTGGACTTCCCTTAAACAGGCAAACACCTACAGGTATGGTGTGCAACAGATTGTACAATTACATTTTGGCCTAAATACATTTTTGCTTACTAGTATTTAAAATAAATTCTTAATCAGAGGAGGCCTTTGGGTTTTATTGGTCAAATCTTTGTAAGCTGGCTTTTGTCTTTTTAAAAAATTTCTTGAATTTGTGGTTGTGTCCAATTTGCAAACATTTCCAAAAATGTTTGCTTTGCTTACAAACCACATGATTTTAATGTTTTTTGTATACCATAATATCTAGCCCCAAACATTTGATTACTACATGTGCATTGGTGATTTTGATCATCCATTCTTAATATTTGATTTCTGTGTCACCTACTGTCATTTGTTAAACTGCTGGCCAACAAGAACAGGAAGTATAGTTTGGGGGGTTGGGGAGAGTTTACATAAGGAAGAGAAGAAATTGAGTGGCATATTGTAAATATCAGATCTATAATTGTAAATATAAAACCTGCCTCAGTTAGAATGAATGGAAAGCAGATCTACAATTTGCTAATATAGGAATATCAGGTTGACTATATAGCCATACTTGAAAATGCTTCTGAGTGGTGTCAACTTTACTTGAATGAATTTTTCATCTTGATTGACGCACAGTGATGTACAGTTCACTTCTGAAGCTAGTGGTTAACTTGTGTAGGAAACTTTTGCAGTTTGACACTAAGATAACTTCTGTGTGCATTTTTCTATGCTTTTTTAAAAACTAGTTTCATTTCATTTTCATGAGATGTTTGGTTTATAAGATCTGAGGATGGTTATAAATACTGTAAGTATTGTAATGTTATGAATGCAGGTTATTTGAAAGCTGTTTATTATTATATCATTCCTGATAATGCTATGTGAGTGTTTTTAATAAAATTTATATTTATTTAATGCACTCTAA
Спрогнозированный: метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта X2, мРНК
[SEQ ID NO: 1360]
XXM_006714242.2 GTAGAGAAGCAGAAGGAAGCAAGATGGCTGCCCTTTAGGATTTGTTAGAAAGGAGACCCGACTGCAACTGCTGGATTGCTGCAAGGCTGAGGGACGAGAACGAGGCTGGCAAACATTCAGCAGCACACCCTCTCAAGATTGTTTACTTGCCTTTGCTCCTGTTGAGTTACAACGCTTGGAAGCAGGAGATGGGCTCAGCAGCAGCCAATAGGACATGATCCAGGAAGAGCAGTAAGGGACTGAGCTGCTGAATTCAACTAGAGGGCAGCCTTGTGGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAAGCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCGTGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAAACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTCTGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCATGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATATTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCAGATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATACCTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTGTTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTCTGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGAACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTCTCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAAGCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGTGCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCAACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAATGTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGTGCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATTTTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAAAGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAAATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTCTTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGATCCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCAACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAGGTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTATGCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAAGCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGAACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGATACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGCTATTAGGATTGAAAGAGTCATCTATACTGGTAAAGAAGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGAGAACTTGCGCCTGTCAGGGGCTGGATCCAGAAACCTGTGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTCATGGAGCATGTACTACAATGGATGTAAGTTTGCCAGAAGCAAGATCCCAAGGAAGTTTAAGCTGCTTGGGGATGACCCAAAAGAGGAAGAGAAACTGGAGTCTCATTTGCAAAACCTGTCCACTCTTATGGCACCAACATATAAGAAACTTGCACCTGATGCATATAATAATCAGATTGAATATGAACACAGAGCACCAGAGTGCCGTCTGGGTCTGAAGGAAGGCCGTCCATTCTCAGGGGTCACTGCATGTTTGGACTTCTGTGCTCATGCCCACAGAGACTTGCACAACATGCAGAATGGCAGCACATTGGTATGCACTCTCACTAGAGAAGACAATCGAGAATTTGGAGGAAAACCTGAGGATGAGCAGCTTCACGTTCTGCCTTTATACAAAGTCTCTGACGTGGATGAGTTTGGGAGTGTGGAAGCTCAGGAGGAGAAAAAACGGAGTGGTGCCATTCAGGTACTGAGTTCTTTTCGGCGAAAAGTCAGGATGTTAGCAGAGCCAGTCAAGACTTGCCGACAAAGGAAACTAGAAGCCAAGAAAGCTGCAGCTGAAAAGCTTTCCTCCCTGGAGAACAGCTCAAATAAAAATGAAAAGGAAAAGTCAGCCCCATCACGTACAAAACAAACTGAAAACGCAAGCCAGGCTAAACAGTTGGCAGAACTTTTGCGACTTTCAGGACCAGTCATGCAGCAGTCCCAGCAGCCCCAGCCTCTACAGAAGCAGCCACCACAGCCCCAGCAGCAGCAGAGACCCCAGCAGCAGCAGCCACATCACCCTCAGACAGAGTCTGTCAACTCTTATTCTGCTTCTGGATCCACCAATCCATACATGAGACGGCCCAATCCAGTTAGTCCTTATCCAAACTCTTCACACACTTCAGATATCTATGGAAGCACCAGCCCTATGAACTTCTATTCCACCTCATCTCAAGCTGCAGGTTCATATTTGAATTCTTCTAATCCCATGAACCCTTACCCTGGGCTTTTGAATCAGAATACCCAATATCCATCATATCAATGCAATGGAAACCTATCAGTGGACAACTGCTCCCCATATCTGGGTTCCTATTCTCCCCAGTCTCAGCCGATGGATCTGTATAGGTATCCAAGCCAAGACCCTCTGTCTAAGCTCAGTCTACCACCCATCCATACACTTTACCAGCCAAGGTTTGGAAATAGCCAGAGTTTTACATCTAAATACTTAGGTTATGGAAACCAAAATATGCAGGGAGATGGTTTCAGCAGTTGTACCATTAGACCAAATGTACATCATGTAGGGAAATTGCCTCCTTATCCCACTCATGAGATGGATGGCCACTTCATGGGAGCCACCTCTAGATTACCACCCAATCTGAGCAATCCAAACATGGACTATAAAAATGGTGAACATCATTCACCTTCTCACATAATCCATAACTACAGTGCAGCTCCGGGCATGTTCAACAGCTCTCTTCATGCCCTGCATCTCCAAAACAAGGAGAATGACATGCTTTCCCACACAGCTAATGGGTTATCAAAGATGCTTCCAGCTCTTAACCATGATAGAACTGCTTGTGTCCAAGGAGGCTTACACAAATTAAGTGATGCTAATGGTCAGGAAAAGCAGCCATTGGCACTAGTCCAGGGTGTGGCTTCTGGTGCAGAGGACAACGATGAGGTCTGGTCAGACAGCGAGCAGAGCTTTCTGGATCCTGACATTGGGGGAGTGGCCGTGGCTCCAACTCATGGGTCAATTCTCATTGAGTGTGCAAAGCGTGAGCTGCATGCCACAACCCCTTTAAAGAATCCCAATAGGAATCACCCCACCAGGATCTCCCTCGTCTTTTACCAGCATAAGAGCATGAATGAGCCAAAACATGGCTTGGCTCTTTGGGAAGCCAAAATGGCTGAAAAAGCCCGTGAGAAAGAGGAAGAGTGTGAAAAGTATGGCCCAGACTATGTGCCTCAGAAATCCCATGGCAAAAAAGTGAAACGGGAGCCTGCTGAGCCACATGAAACTTCAGAGCCCACTTACCTGCGTTTCATCAAGTCTCTTGCCGAAAGGACCATGTCCGTGACCACAGACTCCACAGTAACTACATCTCCATATGCCTTCACTCGGGTCACAGGGCCTTACAACAGATATATATGATATCACCCCCTTTTGTTGGTTACCTCACTTGAAAAGACCACAACCAACCTGTCAGTAGTATAGTTCTCATGACGTGGGCAGTGGGGAAAGGTCACAGTATTCATGACAAATGTGGTGGGAAAAACCTCAGCTCACCAGCAACAAAAGAGGTTATCTTACCATAGCACTTAATTTTCACTGGCTCCCAAGTGGTCACAGATGGCATCTAGGAAAAGACCAAAGCATTCTATGCAAAAAGAAGGTGGGGAAGAAAGTGTTCCGCAATTTACATTTTTAAACACTGGTTCTATTATTGGACGAGATGATATGTAAATGTGATCCCCCCCCCCCGCTTACAACTCTACACATCTGTGACCACTTTTAATAATATCAAGTTTGCATAGTCATGGAACACAAATCAAACAAGTACTGTAGTATTACAGTGACAGGAATCTTAAAATACCATCTGGTGCTGAATATATGATGTACTGAAATACTGGAATTATGGCTTTTTGAAATGCAGTTTTTACTGTAATCTTAACTTTTATTTATCAAAATAGCTACAGGAAACATGAATAGCAGGAAAACACTGAATTTGTTTGGATGTTCTAAGAAATGGTGCTAAGAAAATGGTGTCTTTAATAGCTAAAAATTTAATGCCTTTATATCATCAAGATGCTATCAGTGTACTCCAGTGCCCTTGAATAATAGGGGTACCTTTTCATTCAAGTTTTTATCATAATTACCTATTCTTACACAAGCTTAGTTTTTAAAATGTGGACATTTTAAAGGCCTCTGGATTTTGCTCATCCAGTGAAGTCCTTGTAGGACAATAAACGTATATATGTACATATATACACAAACATGTATATGTGCACACACATGTATATGTATAAATATTTTAAATGGTGTTTTAGAAGCACTTTGTCTACCTAAGCTTTGACAACTTGAACAATGCTAAGGTACTGAGATGTTTAAAAAACAAGTTTACTTTCATTTTAGAATGCAAAGTTGATTTTTTTAAGGAAACAAAGAAAGCTTTTAAAATATTTTTGCTTTTAGCCATGCATCTGCTGATGAGCAATTGTGTCCATTTTTAACACAGCCAGTTAAATCCACCATGGGGCTTACTGGATTCAAGGGAATACGTTAGTCCACAAAACATGTTTTCTGGTGCTCATCTCACATGCTATACTGTAAAACAGTTTTATACAAAATTGTATGACAAGTTCATTGCTCAAAAATGTACAGTTTTAAGAATTTTCTATTAACTGCAGGTAATAATTAGCTGCATGCTGCAGACTCAACAAAGCTAGTTCACTGAAGCCTATGCTATTTTATGGATCATAGGCTCTTCAGAGAACTGAATGGCAGTCTGCCTTTGTGTTGATAATTATGTACATTGTGACGTTGTCATTTCTTAGCTTAAGTGTCCTCTTTAACAAGAGGATTGAGCAGACTGATGCCTGCATAAGATGAATAAACAGGGTTAGTTCCATGTGAATCTGTCAGTTAAAAAGAAACAAAAACAGGCAGCTGGTTTGCTGTGGTGGTTTTAAATCATTAATTTGTATAAAGAAGTGAAAGAGTTGTATAGTAAATTAAATTGTAAACAAAACTTTTTTAATGCAATGCTTTAGTATTTTAGTACTGTAAAAAAATTAAATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTTTGAAGCAGAATTCACATCATGATGGTGCTACTCAGCCTGCTACAAATATATCATAATGTGAGCTAAGAATTCATTAAATGTTTGAGTGATGTTCCTACTTGTCATATACCTCAACACTAGTTTGGCAATAGGATATTGAACTGAGAGTGAAAGCATTGTGTACCATCATTTTTTTCCAAGTCCTTTTTTTTATTGTTAAAAAAAAAAGCATACCTTTTTTCAATACTTGATTTCTTAGCAAGTATAACTTGAACTTCAACCTTTTTGTTCTAAAAATTCAGGGATATTTCAGCTCATGCTCTCCCTATGCCAACATGTCACCTGTGTTTATGTAAAATTGTTGTAGGTTAATAAATATATTCTTTGTCAGGGATTTAACCCTTTTATTTTGAATCCCTTCTATTTTACTTGTACATGTGCTGATGTAACTAAAACTAATTTTGTAAATCTGTTGGCTCTTTTTATTGTAAAGAAAAGCATTTTAAAAGTTTGAGGAATCTTTTGACTGTTTCAAGCAGGAAAAAAAAATTACATGAAAATAGAATGCACTGAGTTGATAAAGGGAAAAATTGTAAGGCAGGAGTTTGGCAAGTGGCTGTTGGCCAGAGACTTACTTGTAACTCTCTAAATGAAGTTTTTTTGATCCTGTAATCACTGAAGGTACATACTCCATGTGGACTTCCCTTAAACAGGCAAACACCTACAGGTATGGTGTGCAACAGATTGTACAATTACATTTTGGCCTAAATACATTTTTGCTTACTAGTATTTAAAATAAATTCTTAATCAGAGGAGGCCTTTGGGTTTTATTGGTCAAATCTTTGTAAGCTGGCTTTTGTCTTTTTAAAAAATTTCTTGAATTTGTGGTTGTGTCCAATTTGCAAACATTTCCAAAAATGTTTGCTTTGCTTACAAACCACATGATTTTAATGTTTTTTGTATACCATAATATCTAGCCCCAAACATTTGATTACTACATGTGCATTGGTGATTTTGATCATCCATTCTTAATATTTGATTTCTGTGTCACCTACTGTCATTTGTTAAACTGCTGGCCAACAAGAACAGGAAGTATAGTTTGGGGGGTTGGGGAGAGTTTACATAAGGAAGAGAAGAAATTGAGTGGCATATTGTAAATATCAGATCTATAATTGTAAATATAAAACCTGCCTCAGTTAGAATGAATGGAAAGCAGATCTACAATTTGCTAATATAGGAATATCAGGTTGACTATATAGCCATACTTGAAAATGCTTCTGAGTGGTGTCAACTTTACTTGAATGAATTTTTCATCTTGATTGACGCACAGTGATGTACAGTTCACTTCTGAAGCTAGTGGTTAACTTGTGTAGGAAACTTTTGCAGTTTGACACTAAGATAACTTCTGTGTGCATTTTTCTATGCTTTTTTAAAAACTAGTTTCATTTCATTTTCATGAGATGTTTGGTTTATAAGATCTGAGGATGGTTATAAATACTGTAAGTATTGTAATGTTATGAATGCAGGTTATTTGAAAGCTGTTTATTATTATATCATTCCTGATAATGCTATGTGAGTGTTTTTAATAAAATTTATATTTATTTAATGCACTCTAA
Метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта 2, мРНК
[SEQ ID NO: 1361]
NM_017628.4 AAACAGAAGGTGGGCCGGGGCGGGGAGAAACAGAACTCGGTCAATTTCCCAGTTTGTCGGGTCTTTAAAAATACAGGCCCCTAAAGCACTAAGGGCATGCCCTCGGTGAAACAGGGGAGCGCTTCTGCTGAATGAGATTAAAGCGACAGAAAAGGGAAAGGAGAGCGCGGGCAACGGGATCTAAAGGGAGATAGAGACGCGGGCCTCTGAGGGCTGGCAAACATTCAGCAGCACACCCTCTCAAGATTGTTTACTTGCCTTTGCTCCTGTTGAGTTACAACGCTTGGAAGCAGGAGATGGGCTCAGCAGCAGCCAATAGGACATGATCCAGGAAGAGCAGTAAGGGACTGAGCTGCTGAATTCAACTAGAGGGCAGCCTTGTGGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAAGCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCGTGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAAACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTCTGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCATGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATATTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCAGATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATACCTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTGTTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTCTGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGAACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTCTCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAAGCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGTGCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCAACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAATGTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGTGCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATTTTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAAAGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAAATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTCTTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGATCCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCAACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAGGTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTATGCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAAGCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGAACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGATACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGGTAAGTGCCAGAAATGTACTGAGACACATGGCGTTTATCCAGAATTAGCAAATTTATCTTCAGATATGGGATTTTCCTTCTTTTTTTAAATCTTGAGTCTGGCAGCAATTTGTAAAGGCTCATAAAAATCTGAAGCTTACATTTTTTGTCAAGTTACCGATGCTTGTGTCTTGTGAAAGAGAACTTCACTTACATGCAGTTTTTCCAAAAGAATTAAATAATCGTGCATGTTTATTTTTCCCTCTCTTCAGATCCTGTAAAATTTGAATGTATCTGTTTTAGATCAATTCGCCTATTTAGCTCTTTGTATATTATCTCCTGGAGAGACAGCTAGGCAGCAAAAAAACAATCTATTAAAATGAGAAAATAACGACCATAGGCAGTCTAATGTACGAACTTTAAATATTTTTTAATTCAAGGTAAAATATATTAGTTTCACAAGATTTCTGGCTAATAGGGAAATTATTATCTTCAGTCTTCATGAGTTGGGGGAAATGATAATGCTGACACTCTTAGTGCTCCTAAAGTTTCCTTTTCTCCATTTATACATTTGGAATGTTGTGATTTATATTCATTTTGATTCCCTTTTCTCTAAAATTTCATCTTTTTGATTAAAAAATATGATACAGGCATACCTCAGAGATATTGTGGGTTTGGCTCCATACCACAATAAAATGAATATTACAATAAAGCAAGTTGTAAGGACTTTTTGGTTTCTCACTGTATGTAAAAGTTATTTATATACTATACTGTAACATACTAAGTGTGCAATAGCATTGTGTCTAAAAAATATATACTTTAAAAATAATTTATTGTTAAAAAAATGCCAACAATTATCTGGGCCTTTAGTGAGTGCTAATCTTTTTGCTGGTGGAGGGTCGTGCTTCAGTATTGATCGCTGTGGACTGATCATGGTGGTAGTTGCTGAAGGTTGCTGGGATGGCTGTGTGTGTGGCAATTTCTTAAAATAAGACAACAGTGAAGTGCTGTATCAATTGATTTTTCCATTCACAAAAGATTTCTCTGTAGCATGCAATGCTGTTTGATAGCATTTAACCCACAGCAGAATTTCTTTGAAAATTGGACTCAGTCCTCTCAAACTGTGCTGCTGCTTTATCAACTAAGTTTTTGTAATTTTCTGAATCCTTTGTTGTCATTTCAGCAGTTTACAGCATCTTCATTGGAAGTATATTCCATCTCAAACATTCTTTGTTCATCCATAAGAAGCAACTTCTTATCAAGTTTTTTCATGACATTGCAGTAACTCAGCCCCATCTTCAGGCTCTACTTCTAATTCTGGTTCTCTTGCTACATCTCCCTCATCTGCAGTGACCTCTCCACGGAAGTCTTGAACTCCTCAAAGTAATCCATGAGGGTTGGAATCAACTTCTAAACTCCTGTTAATGTTGATATATTGACCCCCTCCCATGAATTATGAATGTTCTTAATAACTTCTAAATGGTGATACCTTTCCAGAAGGCTTTCAATGTACTTTGCCCGGATCCATCAGAAGACTATCTTGGCAGCTGTAGACTAACAATATATTTCTTAAATGATAAGACTTGAAAGTCAAAAGTACTCCTTAATCCATAGGCTGCAGAATCAATGTTGTATTAACAGGCACGAAAACAGCATTAATCTTGTGCATCTCCATCGGAGCTCTTGGGTGACTAGGTGCCTTGAGCAGTAATATTTTGAAAGGAGGTTTTGGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTAGCAGTAAGTCTCAACACTGGGCTTAAAATATTCAGTAAACTATGTTGTAAAAAGATGTGTTATCATCCAGACTTTGTTGTTCCATTACTCTACACAAGCAGGGTACACTTAGCATAATTCTTAAGGGCCTTGGAATTTTCAGAATGGTAAATGAGTATGGGCTTCAACTTAAAATCATCAACTGCATTAGCCTGTAACAAGAGAGTCAGCCTGTCCTTTGAAGCAAGGCATTGACTTCTATCTATGAAAGTCTTAGATGGCACCTTGTTTCAATAGTAGGCTGTTTAGTACAGCCACCTTCATCAGTGATCTTAGCTAGATCTTCTGCATAACTTGCTGCAGCTTCTACATCAGCACTTGCTGCCTCACCTTGTCCTTTTATGTTATAGAGACAGCTGCGCTTCTTAAACTTTATAAACCAACTTCTGCTAGCTTCCAACTTCTCTTCTGCAGCTTCCTCATTCTCTTCATAGAACTGAAGGGAGTCAAGGCCTTGCTCTGGATTAAGCTTTGGCTTAAGGAATGTTGTGGCTGACGTGATCTTCTATCCAGACCACTAAAGCGCTCTCCATATCAGCAATAAGGCCGTTTTGCTTTCTTACCTTTCATGTGTTCACTGGAGTAATTTCCTTCAAGAATTTTTCCTTTACATTCACAACTTGGCTAACTGGCATGCAAGGCCTAGCTTTCAGCCTGTCTTGGCTTTTGACATGCCTTCCTCACTTAGCTCGTCATATCTAGCTTTTGATTTAAAGTGGCAGGCATACAACTCTTCCTTTCACTTGAACACTTAGAGGCCACTGTAGGGTTATTAATTGGCCTAATTTCAATATTGTTGTGTTTTAGGGAATAGAGAGGCCCAGGGAGAGGGAGAGAGCCCAAACGGCTGGTTGATAGAGCAGGCAGAATGCACACAACATTTATCAGATTATGTTTGCACCATTTACCAGATTATGGGTACGGTTTGTGGCACCCCCCAAAAATTAGAATAGTAACATCAAAGATCACTGATCACAGATCGCCATAACATAAATAATAATAAACTTTAAAATACTGTGAGAATTACCAAAATGTGATACAGAGACATGAAGTGAGCACATGCTGTTGAAAAAAATGACACTGATAGACATACTTAACACGTGGGATTGCCACAAACCTTCAGTTTGTAAAAGTCACAGTAACTGTGACTCACAAAAGAACAAAGCACAATAAAACGAGGTATGCCTGTATTTTTAAAAAAAGCTTTTTGTTAAAATTCAGGATATGTAATAGGTCTGTAGGAATAGTGAAATATTTTTGCTGATGGATGTAGATATATACGTGGATAGAGATGAAGATCTTAATTATAGCTATGCAGCATAGATTTAGTCAAAGACATTTGAAAAGACAAATGTTAAATTAGTGTGGCTAATGACCTACCCGTGCCATGTTTTCCCTCTTGCAATGAGATACCCCACACTGTGTAGAAGGATGGAGGGAGGACTCCTACTGTCCCTCTTTGCGTGTGGTTATTAAGTTGCCTCACTGGGCTAAAACACCACACATCTCATAGATAATATTTGGTAAGTTGTAATCGTCTTCACTCTTCTCTTATCACCCACCCCTATCTTCCCACTTTTCCATCTTTGTTGGTTTGCAACAGCCCCTTCTTTTTGCCTGACTCTCCAGGATTTTCTCTCATCATAAATTGTTCTAAAGTACATACTAATATGGGTCTGGATTGACTATTCTTATTTGCAAAACAGCAATTAAATGTTATAGGGAAGTAGGAAGAAAAAGGGGTATCCTTGACAATAAACCAAGCAATATTCTGGGGGTGGGATAGAGCAGGAAATTTTATTTTTAATCTTTTAAAATCCAAGTAATAGGTAGGCTTCCAGTTAGCTTTAAATGTTTTTTTTTTCCAGCTCAAAAAATTGGATTGTAGTTGATACTACATATAATACATTCTAATTCCCTCACTGTATTCTTTGTTTAGTTTCATTTATTTGGTTTAAAATAATTTTTTATCCCATATCTGAAATGTAATATATTTTTATCCAACAACCAGCATGTACATATACTTAATTATGTGGCACATTTTCTAATAGATCAGTCCATCAATCTACTCATTTTAAAGAAAAAAAAATTTTAAAGTCACTTTTAGAGCCCTTAATGTGTAGTTGGGGGTTAAGCTTTGTGGATGTAGCCTTTATATTTAGTATAATTGAGGTCTAAAATAATAATCTTCTATTATCTCAACAGAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCTAGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTAATTAACGCAAAGGCACAGGGCAGATTAACGTTTATCCTTTTGTATATGTCAGAATTTTTCCAGCCTTCACACACAAAGCAGTAAACAATTGTAAATTGAGTAATTATTAGTAGGCTTAGCTATTCTAGGGTTGCCAACACTACACACTGTGCTATTCACCAGAGAGTCACAATATTTGACAGGACTAATAGTCTGCTAGCTGGCACAGGCTGCCCACTTTGCGATGGATGCCAGAAAACCCAGGCATGAACAGGAATCGGCCAGCCAGGCTGCCAGCCACAAGGTACTGGCACAGGCTCCAACGAGAGGTCCCACTCTGGCTTTCCCACCTGATAATAAAGTGTCAAAGCAGAAAGACTGGTAAAGTGTGGTATAAGAAAAGAACCACTGAATTAAATTCACCTAGTGTTGCAAATGAGTACTTATCTCTAAGTTTTCTTTTACCATAAAAAGAGAGCAAGTGTGATATGTTGAATAGAAAGAGAAACATACTATTTACAGCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTCGCTATCAATCACAGGTATACAAGTACTTGCCTTTACTCCTGCATGTAGAAGACTCTTATGAGCGAGATAATGCAGAGAAGGCCTTTCATATAAATTTATACAGCTCTGAGCTGTTCTTCTTCTAGGGTGCCTTTTCATTAAGAGGTAGGCAGTATTATTATTAAAGTACTTAGGATACATTGGGGCAGCTAGGACATATTCAGTATCATTCTTGCTCCATTTCCAAATTATTCATTTCTAAATTAGCATGTAGAAGTTCACTAAATAATCATCTAGTGGCCTGGCAGAAATAGTGAATTTCCCTAAGTGCCTTTTTTTTGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTAAACAAGCAGTAGGTGGTGCTTTGGTCATAAGGGAAGATATAGTCTATTTCTAGGACTATTCCATATTTTCCATGTGGCTGGATACTAACTATTTGCCAGCCTCCTTTTCTAAATTGTGAGACATTCTTGGAGGAACAGTTCTAACTAAAATCTATTATGACTCCCCAAGTTTTAAAATAGCTAAATTTAGTAAGGGAAAAAATAGTTTATGTTTTAGAAGACTGAACTTAGCAAACTAACCTGAATTTTGTGCTTTGTGAAATTTTATATCGAAATGAGCTTTCCCATTTTCACCCACATGTAATTTACAAAATAGTTCATTACAATTATCTGTACATTTTGATATTGAGGAAAAACAAGGCTTAAAAACCATTATCCAGTTTGCTTGGCGTAGACCTGTTTAAAAAATAATAAACCGTTCATTTCTCAGGATGTGGTCATAGAATAAAGTTATGCTCAAATGTTCAAATATTTAAA
Спрогнозированная: метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта X9, мРНК
[SEQ ID NO: 1362]
XXM_011532044.1 TCAGGCTCTACTTCTAATTCTGGTTCTCTTGCTACATCTCCCTCATCTGCAGTGACCTCTCCACGGAAGTCTTGAACTCCTCAAAAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCTAGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTTTGGACAGAAGGGTAAAGCTATTAGGATTGAAAGAGTCATCTATACTGGTAAAGAAGGCAAAAGTTCTCAGGGATGTCCTATTGCTAAGTGGGTGGTTCGCAGAAGCAGCAGTGAAGAGAAGCTACTGTGTTTGGTGCGGGAGCGAGCTGGCCACACCTGTGAGGCTGCAGTGATTGTGATTCTCATCCTGGTGTGGGAAGGAATCCCGCTGTCTCTGGCTGACAAACTCTACTCGGAGCTTACCGAGACGCTGAGGAAATACGGCACGCTCACCAATCGCCGGTGTGCCTTGAATGAAGAGAGAACTTGCGCCTGTCAGGGGCTGGATCCAGAAACCTGTGGTGCCTCCTTCTCTTTTGGTTGTTCATGGAGCATGTACTACAATGGATGTAAGTTTGCCAGAAGCAAGATCCCAAGGAAGTTTAAGCTGCTTGGGGATGACCCAAAAGAGGAAGAGAAACTGGAGTCTCATTTGCAAAACCTGTCCACTCTTATGGCACCAACATATAAGAAACTTGCACCTGATGCATATAATAATCAGATTGAATATGAACACAGAGCACCAGAGTGCCGTCTGGGTCTGAAGGAAGGCCGTCCATTCTCAGGGGTCACTGCATGTTTGGACTTCTGTGCTCATGCCCACAGAGACTTGCACAACATGCAGAATGGCAGCACATTGGTATGCACTCTCACTAGAGAAGACAATCGAGAATTTGGAGGAAAACCTGAGGATGAGCAGCTTCACGTTCTGCCTTTATACAAAGTCTCTGACGTGGATGAGTTTGGGAGTGTGGAAGCTCAGGAGGAGAAAAAACGGAGTGGTGCCATTCAGGTACTGAGTTCTTTTCGGCGAAAAGTCAGGATGTTAGCAGAGCCAGTCAAGACTTGCCGACAAAGGAAACTAGAAGCCAAGAAAGCTGCAGCTGAAAAGCTTTCCTCCCTGGAGAACAGCTCAAATAAAAATGAAAAGGAAAAGTCAGCCCCATCACGTACAAAACAAACTGAAAACGCAAGCCAGGCTAAACAGTTGGCAGAACTTTTGCGACTTTCAGGACCAGTCATGCAGCAGTCCCAGCAGCCCCAGCCTCTACAGAAGCAGCCACCACAGCCCCAGCAGCAGCAGAGACCCCAGCAGCAGCAGCCACATCACCCTCAGACAGAGTCTGTCAACTCTTATTCTGCTTCTGGATCCACCAATCCATACATGAGACGGCCCAATCCAGTTAGTCCTTATCCAAACTCTTCACACACTTCAGATATCTATGGAAGCACCAGCCCTATGAACTTCTATTCCACCTCATCTCAAGCTGCAGGTTCATATTTGAATTCTTCTAATCCCATGAACCCTTACCCTGGGCTTTTGAATCAGAATACCCAATATCCATCATATCAATGCAATGGAAACCTATCAGTGGACAACTGCTCCCCATATCTGGGTTCCTATTCTCCCCAGTCTCAGCCGATGGATCTGTATAGGTATCCAAGCCAAGACCCTCTGTCTAAGCTCAGTCTACCACCCATCCATACACTTTACCAGCCAAGGTTTGGAAATAGCCAGAGTTTTACATCTAAATACTTAGGTTATGGAAACCAAAATATGCAGGGAGATGGTTTCAGCAGTTGTACCATTAGACCAAATGTACATCATGTAGGGAAATTGCCTCCTTATCCCACTCATGAGATGGATGGCCACTTCATGGGAGCCACCTCTAGATTACCACCCAATCTGAGCAATCCAAACATGGACTATAAAAATGGTGAACATCATTCACCTTCTCACATAATCCATAACTACAGTGCAGCTCCGGGCATGTTCAACAGCTCTCTTCATGCCCTGCATCTCCAAAACAAGGAGAATGACATGCTTTCCCACACAGCTAATGGGTTATCAAAGATGCTTCCAGCTCTTAACCATGATAGAACTGCTTGTGTCCAAGGAGGCTTACACAAATTAAGTGATGCTAATGGTCAGGAAAAGCAGCCATTGGCACTAGTCCAGGGTGTGGCTTCTGGTGCAGAGGACAACGATGAGGTCTGGTCAGACAGCGAGCAGAGCTTTCTGGATCCTGACATTGGGGGAGTGGCCGTGGCTCCAACTCATGGGTCAATTCTCATTGAGTGTGCAAAGCGTGAGCTGCATGCCACAACCCCTTTAAAGAATCCCAATAGGAATCACCCCACCAGGATCTCCCTCGTCTTTTACCAGCATAAGAGCATGAATGAGCCAAAACATGGCTTGGCTCTTTGGGAAGCCAAAATGGCTGAAAAAGCCCGTGAGAAAGAGGAAGAGTGTGAAAAGTATGGCCCAGACTATGTGCCTCAGAAATCCCATGGCAAAAAAGTGAAACGGGAGCCTGCTGAGCCACATGAAACTTCAGAGCCCACTTACCTGCGTTTCATCAAGTCTCTTGCCGAAAGGACCATGTCCGTGACCACAGACTCCACAGTAACTACATCTCCATATGCCTTCACTCGGGTCACAGGGCCTTACAACAGATATATATGATATCACCCCCTTTTGTTGGTTACCTCACTTGAAAAGACCACAACCAACCTGTCAGTAGTATAGTTCTCATGACGTGGGCAGTGGGGAAAGGTCACAGTATTCATGACAAATGTGGTGGGAAAAACCTCAGCTCACCAGCAACAAAAGAGGTTATCTTACCATAGCACTTAATTTTCACTGGCTCCCAAGTGGTCACAGATGGCATCTAGGAAAAGACCAAAGCATTCTATGCAAAAAGAAGGTGGGGAAGAAAGTGTTCCGCAATTTACATTTTTAAACACTGGTTCTATTATTGGACGAGATGATATGTAAATGTGATCCCCCCCCCCCGCTTACAACTCTACACATCTGTGACCACTTTTAATAATATCAAGTTTGCATAGTCATGGAACACAAATCAAACAAGTACTGTAGTATTACAGTGACAGGAATCTTAAAATACCATCTGGTGCTGAATATATGATGTACTGAAATACTGGAATTATGGCTTTTTGAAATGCAGTTTTTACTGTAATCTTAACTTTTATTTATCAAAATAGCTACAGGAAACATGAATAGCAGGAAAACACTGAATTTGTTTGGATGTTCTAAGAAATGGTGCTAAGAAAATGGTGTCTTTAATAGCTAAAAATTTAATGCCTTTATATCATCAAGATGCTATCAGTGTACTCCAGTGCCCTTGAATAATAGGGGTACCTTTTCATTCAAGTTTTTATCATAATTACCTATTCTTACACAAGCTTAGTTTTTAAAATGTGGACATTTTAAAGGCCTCTGGATTTTGCTCATCCAGTGAAGTCCTTGTAGGACAATAAACGTATATATGTACATATATACACAAACATGTATATGTGCACACACATGTATATGTATAAATATTTTAAATGGTGTTTTAGAAGCACTTTGTCTACCTAAGCTTTGACAACTTGAACAATGCTAAGGTACTGAGATGTTTAAAAAACAAGTTTACTTTCATTTTAGAATGCAAAGTTGATTTTTTTAAGGAAACAAAGAAAGCTTTTAAAATATTTTTGCTTTTAGCCATGCATCTGCTGATGAGCAATTGTGTCCATTTTTAACACAGCCAGTTAAATCCACCATGGGGCTTACTGGATTCAAGGGAATACGTTAGTCCACAAAACATGTTTTCTGGTGCTCATCTCACATGCTATACTGTAAAACAGTTTTATACAAAATTGTATGACAAGTTCATTGCTCAAAAATGTACAGTTTTAAGAATTTTCTATTAACTGCAGGTAATAATTAGCTGCATGCTGCAGACTCAACAAAGCTAGTTCACTGAAGCCTATGCTATTTTATGGATCATAGGCTCTTCAGAGAACTGAATGGCAGTCTGCCTTTGTGTTGATAATTATGTACATTGTGACGTTGTCATTTCTTAGCTTAAGTGTCCTCTTTAACAAGAGGATTGAGCAGACTGATGCCTGCATAAGATGAATAAACAGGGTTAGTTCCATGTGAATCTGTCAGTTAAAAAGAAACAAAAACAGGCAGCTGGTTTGCTGTGGTGGTTTTAAATCATTAATTTGTATAAAGAAGTGAAAGAGTTGTATAGTAAATTAAATTGTAAACAAAACTTTTTTAATGCAATGCTTTAGTATTTTAGTACTGTAAAAAAATTAAATATATACATATATATATATATATATATATATATATATATGAGTTTGAAGCAGAATTCACATCATGATGGTGCTACTCAGCCTGCTACAAATATATCATAATGTGAGCTAAGAATTCATTAAATGTTTGAGTGATGTTCCTACTTGTCATATACCTCAACACTAGTTTGGCAATAGGATATTGAACTGAGAGTGAAAGCATTGTGTACCATCATTTTTTTCCAAGTCCTTTTTTTTATTGTTAAAAAAAAAAGCATACCTTTTTTCAATACTTGATTTCTTAGCAAGTATAACTTGAACTTCAACCTTTTTGTTCTAAAAATTCAGGGATATTTCAGCTCATGCTCTCCCTATGCCAACATGTCACCTGTGTTTATGTAAAATTGTTGTAGGTTAATAAATATATTCTTTGTCAGGGATTTAACCCTTTTATTTTGAATCCCTTCTATTTTACTTGTACATGTGCTGATGTAACTAAAACTAATTTTGTAAATCTGTTGGCTCTTTTTATTGTAAAGAAAAGCATTTTAAAAGTTTGAGGAATCTTTTGACTGTTTCAAGCAGGAAAAAAAAATTACATGAAAATAGAATGCACTGAGTTGATAAAGGGAAAAATTGTAAGGCAGGAGTTTGGCAAGTGGCTGTTGGCCAGAGACTTACTTGTAACTCTCTAAATGAAGTTTTTTTGATCCTGTAATCACTGAAGGTACATACTCCATGTGGACTTCCCTTAAACAGGCAAACACCTACAGGTATGGTGTGCAACAGATTGTACAATTACATTTTGGCCTAAATACATTTTTGCTTACTAGTATTTAAAATAAATTCTTAATCAGAGGAGGCCTTTGGGTTTTATTGGTCAAATCTTTGTAAGCTGGCTTTTGTCTTTTTAAAAAATTTCTTGAATTTGTGGTTGTGTCCAATTTGCAAACATTTCCAAAAATGTTTGCTTTGCTTACAAACCACATGATTTTAATGTTTTTTGTATACCATAATATCTAGCCCCAAACATTTGATTACTACATGTGCATTGGTGATTTTGATCATCCATTCTTAATATTTGATTTCTGTGTCACCTACTGTCATTTGTTAAACTGCTGGCCAACAAGAACAGGAAGTATAGTTTGGGGGGTTGGGGAGAGTTTACATAAGGAAGAGAAGAAATTGAGTGGCATATTGTAAATATCAGATCTATAATTGTAAATATAAAACCTGCCTCAGTTAGAATGAATGGAAAGCAGATCTACAATTTGCTAATATAGGAATATCAGGTTGACTATATAGCCATACTTGAAAATGCTTCTGAGTGGTGTCAACTTTACTTGAATGAATTTTTCATCTTGATTGACGCACAGTGATGTACAGTTCACTTCTGAAGCTAGTGGTTAACTTGTGTAGGAAACTTTTGCAGTTTGACACTAAGATAACTTCTGTGTGCATTTTTCTATGCTTTTTTAAAAACTAGTTTCATTTCATTTTCATGAGATGTTTGGTTTATAAGATCTGAGGATGGTTATAAATACTGTAAGTATTGTAATGTTATGAATGCAGGTTATTTGAAAGCTGTTTATTATTATATCATTCCTGATAATGCTATGTGAGTGTTTTTAATAAAATTTATATTTATTTAATGCACTCTAA
Спрогнозированный: метилцитозин-диоксигеназа 2 tet (TET2) Homo sapiens, вариант транскрипта X7, мРНК
[SEQ ID NO: 1363]
XXM_011532043.1 GTAGAGAAGCAGAAGGAAGCAAGATGGCTGCCCTTTAGGATTTGTTAGAAAGGAGACCCGACTGCAACTGCTGGATTGCTGCAAGGCTGAGGGACGAGAACGAGGCTGGCAAACATTCAGCAGCACACCCTCTCAAGATTGTTTACTTGCCTTTGCTCCTGTTGAGTTACAACGCTTGGAAGCAGGAGATGGGCTCAGCAGCAGCCAATAGGACATGATCCAGGAAGAGCAGTAAGGGACTGAGCTGCTGAATTCAACTAGAGGGCAGCCTTGTGGATGGCCCCGAAGCAAGCCTGATGGAACAGGATAGAACCAACCATGTTGAGGGCAACAGACTAAGTCCATTCCTGATACCATCACCTCCCATTTGCCAGACAGAACCTCTGGCTACAAAGCTCCAGAATGGAAGCCCACTGCCTGAGAGAGCTCATCCAGAAGTAAATGGAGACACCAAGTGGCACTCTTTCAAAAGTTATTATGGAATACCCTGTATGAAGGGAAGCCAGAATAGTCGTGTGAGTCCTGACTTTACACAAGAAAGTAGAGGGTATTCCAAGTGTTTGCAAAATGGAGGAATAAAACGCACAGTTAGTGAACCTTCTCTCTCTGGGCTCCTTCAGATCAAGAAATTGAAACAAGACCAAAAGGCTAATGGAGAAAGACGTAACTTCGGGGTAAGCCAAGAAAGAAATCCAGGTGAAAGCAGTCAACCAAATGTCTCCGATTTGAGTGATAAGAAAGAATCTGTGAGTTCTGTAGCCCAAGAAAATGCAGTTAAAGATTTCACCAGTTTTTCAACACATAACTGCAGTGGGCCTGAAAATCCAGAGCTTCAGATTCTGAATGAGCAGGAGGGGAAAAGTGCTAATTACCATGACAAGAACATTGTATTACTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATGCCTAATGGTGCTACAGTTTCTGCCTCTTCCGTGGAACACACACATGGTGAACTCCTGGAAAAAACACTGTCTCAATATTATCCAGATTGTGTTTCCATTGCGGTGCAGAAAACCACATCTCACATAAATGCCATTAACAGTCAGGCTACTAATGAGTTGTCCTGTGAGATCACTCACCCATCGCATACCTCAGGGCAGATCAATTCCGCACAGACCTCTAACTCTGAGCTGCCTCCAAAGCCAGCTGCAGTGGTGAGTGAGGCCTGTGATGCTGATGATGCTGATAATGCCAGTAAACTAGCTGCAATGCTAAATACCTGTTCCTTTCAGAAACCAGAACAACTACAACAACAAAAATCAGTTTTTGAGATATGCCCATCTCCTGCAGAAAATAACATCCAGGGAACCACAAAGCTAGCGTCTGGTGAAGAATTCTGTTCAGGTTCCAGCAGCAATTTGCAAGCTCCTGGTGGCAGCTCTGAACGGTATTTAAAACAAAATGAAATGAATGGTGCTTACTTCAAGCAAAGCTCAGTGTTCACTAAGGATTCCTTTTCTGCCACTACCACACCACCACCACCATCACAATTGCTTCTTTCTCCCCCTCCTCCTCTTCCACAGGTTCCTCAGCTTCCTTCAGAAGGAAAAAGCACTCTGAATGGTGGAGTTTTAGAAGAACACCACCACTACCCCAACCAAAGTAACACAACACTTTTAAGGGAAGTGAAAATAGAGGGTAAACCTGAGGCACCACCTTCCCAGAGTCCTAATCCATCTACACATGTATGCAGCCCTTCTCCGATGCTTTCTGAAAGGCCTCAGAATAATTGTGTGAACAGGAATGACATACAGACTGCAGGGACAATGACTGTTCCATTGTGTTCTGAGAAAACAAGACCAATGTCAGAACACCTCAAGCATAACCCACCAATTTTTGGTAGCAGTGGAGAGCTACAGGACAACTGCCAGCAGTTGATGAGAAACAAAGAGCAAGAGATTCTGAAGGGTCGAGACAAGGAGCAAACACGAGATCTTGTGCCCCCAACACAGCACTATCTGAAACCAGGATGGATTGAATTGAAGGCCCCTCGTTTTCACCAAGCGGAATCCCATCTAAAACGTAATGAGGCATCACTGCCATCAATTCTTCAGTATCAACCCAATCTCTCCAATCAAATGACCTCCAAACAATACACTGGAAATTCCAACATGCCTGGGGGGCTCCCAAGGCAAGCTTACACCCAGAAAACAACACAGCTGGAGCACAAGTCACAAATGTACCAAGTTGAAATGAATCAAGGGCAGTCCCAAGGTACAGTGGACCAACATCTCCAGTTCCAAAAACCCTCACACCAGGTGCACTTCTCCAAAACAGACCATTTACCAAAAGCTCATGTGCAGTCACTGTGTGGCACTAGATTTCATTTTCAACAAAGAGCAGATTCCCAAACTGAAAAACTTATGTCCCCAGTGTTGAAACAGCACTTGAATCAACAGGCTTCAGAGACTGAGCCATTTTCAAACTCACACCTTTTGCAACATAAGCCTCATAAACAGGCAGCACAAACACAACCATCCCAGAGTTCACATCTCCCTCAAAACCAGCAACAGCAGCAAAAATTACAAATAAAGAATAAAGAGGAAATACTCCAGACTTTTCCTCACCCCCAAAGCAACAATGATCAGCAAAGAGAAGGATCATTCTTTGGCCAGACTAAAGTGGAAGAATGTTTTCATGGTGAAAATCAGTATTCAAAATCAAGCGAGTTCGAGACTCATAATGTCCAAATGGGACTGGAGGAAGTACAGAATATAAATCGTAGAAATTCCCCTTATAGTCAGACCATGAAATCAAGTGCATGCAAAATACAGGTTTCTTGTTCAAACAATACACACCTAGTTTCAGAGAATAAAGAACAGACTACACATCCTGAACTTTTTGCAGGAAACAAGACCCAAAACTTGCATCACATGCAATATTTTCCAAATAATGTGATCCCAAAGCAAGATCTTCTTCACAGGTGCTTTCAAGAACAGGAGCAGAAGTCACAACAAGCTTCAGTTCTACAGGGATATAAAAATAGAAACCAAGATATGTCTGGTCAACAAGCTGCGCAACTTGCTCAGCAAAGGTACTTGATACATAACCATGCAAATGTTTTTCCTGTGCCTGACCAGGGAGGAAGTCACACTCAGACCCCTCCCCAGAAGGACACTCAAAAGCATGCTGCTCTAAGGTGGCATCTCTTACAGAAGCAAGAACAGCAGCAAACACAGCAACCCCAAACTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCACAGGCCAATTAAGGTGGAACCTGGATGCAAGCCACATGCCTGTATGCACACAGCACCACCAGAAAACAAAACATGGAAAAAGGTAACTAAGCAAGAGAATCCACCTGCAAGCTGTGATAATGTGCAGCAAAAGAGCATCATTGAGACCATGGAGCAGCATCTGAAGCAGTTTCACGCCAAGTCGTTATTTGACCATAAGGCTCTTACTCTCAAATCACAGAAGCAAGTAAAAGTTGAAATGTCAGGGCCAGTCACAGTTTTGACTAGACAAACCACTGCTGCAGAACTTGATAGCCACACCCCAGCTTTAGAGCAGCAAACAACTTCTTCAGAAAAGACACCAACCAAAAGAACAGCTGCTTCTGTTCTCAATAATTTTATAGAGTCACCTTCCAAATTACTAGATACTCCTATAAAAAATTTATTGGATACACCTGTCAAGACTCAATATGATTTCCCATCTTGCAGATGTGTAGAGCAAATTATTGAAAAAGATGAAGGTCCTTTTTATACCCATCTAGGAGCAGGTCCTAATGTGGCAGCTATTAGAGAAATCATGGAAGAAAGGTATACAAGTACTTGCCTTTACTCCTGCATGTAGAAGACTCTTATGAGCGAGATAATGCAGAGAAGGCCTTTCATATAAATTTATACAGCTCTGAGCTGTTCTTCTTCTAGGGTGCCTTTTCATTAAGAGGTAGGCAGTATTATTATTAAAGTACTTAGGATACATTGGGGCAGCTAGGACATATTCAGTATCATTCTTGCTCCATTTCCAAATTATTCATTTCTAAATTAGCATGTAGAAGTTCACTAAATAATCATCTAGTGGCCTGGCAGAAATAGTGAATTTCCCTAAGTGCCTTTTTTTTGTTGTTTTTTTGTTTTGTTTTTTAAACAAGCAGTAGGTGGTGCTTTGGTCATAAGGGAAGATATAGTCTATTTCTAGGACTATTCCATATTTTCCATGTGGCTGGATACTAACTATTTGCCAGCCTCCTTTTCTAAATTGTGAGACATTCTTGGAGGAACAGTTCTAACTAAAATCTATTATGACTCCCCAAGTTTTAAAATAGCTAAATTTAGTAAGGGAAAAAATAGTTTATGTTTTAGAAGACTGAACTTAGCAAACTAACCTGAATTTTGTGCTTTGTGAAATTTTATATCGAAATGAGCTTTCCCATTTTCACCCACATGTAATTTACAAAATAGTTCATTACAATTATCTGTACATTTTGATATTGAGGAAAAACAAGGCTTAAAAACCATTATCCAGTTTGCTTGGCGTAGACCTGTTTAAAAAATAATAAACCGTTCATTTCTCAGGATGTGGTCATAGAATAAAGTTATGCTCAAATGTTCAAA

Термины "ингибитор Tet" или "ингибитор Tet[x]" (например, "ингибитор Tet1", "ингибитор Tet2" или "ингибитор Tet3"), как используют в настоящем описании, относятся к молекуле или группе молекул (например, система), которые снижают или устраняют функцию и/или экспрессию соответствующего Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, представляет собой молекулу, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, снижает или устраняет экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, представляет собой молекулу, которая ингибирует функцию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Примером ингибитора Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, который ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, является система редактирования генов, например, как описано в настоящем описании, которая нацелена на нуклеиновую кислоту в гене Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или в его регуляторных элементах, так что модификация нуклеиновой кислоты в или вблизи участка(ов) связывания системы редактирования генов изменяется, снижая или устраняя экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Другим примером ингибитора Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, который ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, является молекула нуклеиновой кислоты, например, молекула РНК, например, короткая шпилечная РНК (кшРНК) или малая интерферирующая РНК (миРНК), способная гибридизоваться с мРНК Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и вызывать снижение или устранение трансляции Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, также включают нуклеиновые кислоты, кодирующие молекулы, которая ингибируют экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 (например, нуклеиновая кислота, кодирующая кшРНК или миРНК против Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или нуклеиновая кислота, кодирующая один или несколько, например, компонентов системы редактирования генов, направленной против Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2). Примером молекулы, которая ингибирует функцию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, является молекула, например, белок или низкомолекулярное соединение, которая ингибирует один или несколько видов активности Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Примером является низкомолекулярный ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Другим примером является доминантно-негативный белок Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Другим примером является доминантно-негативная версия партнера по связыванию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, ассоциированной с ними деацетилазы гистонов (HDAC). Другим примером является молекула, например, низкомолекулярное соединение, которая ингибирует партнер по связыванию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, ингибитор ассоциированной с Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 HDAC. Ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, также включают нуклеиновые кислоты, кодирующие ингибиторы функцию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

"Система", как используют в настоящем описании применительно к редактированию генов или ингибированию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, относится к группе молекул, например, к одной или нескольким молекулам, которые действуют вместе, обеспечивая желаемую функцию.

"Система редактирования генов", как используют в настоящем описании, относится к системе, например, к одной или нескольким молекулам, которые обеспечивают и осуществляют изменение, например, делецию, одной или нескольких нуклеиновых кислот в или вблизи участка геномной ДНК, на который нацелена указанная система. Системы редактирования генов известны в данной области и более подробно описаны ниже.

"Партнер по связыванию", как используют в настоящем описании в контексте партнера по связыванию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, относится к молекуле, например, белку, которая взаимодействует, например, связывается, с белком Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Без связи с теорией, полагают, что Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, связывается с одним или несколькими белками HDAC. Такие белки HDAC считаются примерами партнеров по связыванию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Продукт или белок "доминантно-негативного" гена представляет собой продукт или белок, который препятствует функции другого продукта или белка гена. Другой продукт гена, на который осуществляется воздействие, может быть тем же или может отличаться от доминантно-негативного белка. Продукты доминантно-негативных генов могут иметь множество форм, включая укорочения, полноразмерные белки с точковыми мутациям или их фрагменты, или слитые конструкции полноразмерных белков дикого типа, или мутантных белков, или их фрагментов с другими белками. Наблюдаемый уровень ингибирования моет быть очень низким. Например, чтобы наблюдать эффект может потребоваться большой избыток доминантно-негативного белка по сравнению с функциональным белком или белками, вовлеченными в процесс. Может быть трудно наблюдать эффекты в нормальных условиях биологического анализа. В одном варианте осуществления доминантно-негативный Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, представляет собой каталитически неактивный Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В другом варианте осуществления доминантно-негативный партнер по связыванию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, представляет собой каталитически неактивный ингибитор связывания HDAC с Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Описание

Настоящее изобретение относится к ингибиторам Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и к способам их применения. В частности, изобретение относится к экспрессирующим CAR T-клеткам, содержащим ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и к применению ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, совместно с CART-клетками. Ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, по настоящему изобретению, вместе со способами их применения более подробно описаны ниже. CAR, CART-клетки и способы их применения дополнительно описаны ниже.

Ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2

Настоящее изобретение относится к композициям, например, ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и к способам усиления функций иммунных эффекторных клеток, например, функций экспрессирующих CAR клеток, с использованием таких композиций и/или других средств, как описано в настоящем описании. Любые ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, известные в данной области, можно использовать в качестве ингибитора Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, в соответствии с настоящим изобретением. Примеры ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, описаны ниже.

Системы редактирования генов

В соответствии с настоящим изобретением, системы редактирования генов можно использовать в качестве ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Также настоящее изобретение предусматривает применение нуклеиновой кислоты, кодирующей один или несколько компонентов системы редактирования генов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Системы редактирования генов CRISPR/Cas9

Встречающиеся в природе системы CRISPR/Cas найдены приблизительно в 40% отсеквенированных геномов эубактерий и 90% отсеквенированных геномов архей. Grissa et al. (2007) BMC Bioinformatics 8: 172. Эта система представляет собой тип прокариотической иммунной системы, который сообщает устойчивость к чужеродным генетическим элементам, таким как плазмиды и фаги, и обеспечивает форму приобретенного иммунитета. Barrangou et al. (2007) Science 315: 1709-1712; Marragini et al. ( 2008) Science 322: 1843-1845.

Система CRISPR/Cas была модифицирована для применения в редактировании генов (сайленсинг, усиление или изменение конкретных генов) у эукариот, таких как мыши или приматы. Wiedenheft et al. (2012) Nature 482: 331-8. Это осуществили путем введения в эукариотическую клетку плазмиды, содержащей специально сконструированный CRISPR и один или несколько соответствующих Cas.

Последовательность CRISPR, иногда называемая локусом CRISPR, содержит чередующиеся повторы и спейсеры. Во встречающемся в природе CRISPR спейсеры обычно содержат последовательности, чужеродные для бактерии, такие как последовательность плазмиды или фага; в иллюстративной системе CRISPR/Cas, направленной против Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, спейсеры происходят из последовательности гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или последовательностей их регуляторных элементов.

РНК из локуса CRISPR конститутивно экспрессируется и процессируется в малые РНК. Они содержат спейсер, фланкированный последовательностями повтора. РНК направляют другие белки Cas на подавление экзогенных генетических элементов на уровне РНК или ДНК. Horvath et al. (2010) Science 327: 167-170; Makarova et al. (2006) Biology Direct 1: 7. Таким образом, спейсеры выступают в качестве матриц для молекул РНК, аналогично миРНК. Pennisi (2013) Science 341: 833-836.

Поскольку они встречаются в природе во многих различных типах бактерий, точная организация и структура CRISPR, функция и количество генов Cas и их продуктов отличаются в некоторой степени от вида к виду. Haft et al. (2005) PLoS Comput. Biol. 1: e60; Kunin et al. (2007) Genome Biol. 8: R61; Mojica et al. (2005) J. Mol. Evol. 60: 174-182; Bolotin et al. (2005) Microbiol. 151: 2551-2561; Pourcel et al. (2005) Microbiol. 151: 653-663; и Stern et al. (2010) Trends. Genet. 28: 335-340. Например, белки Cse (подтип Cas, E. coli) (например, CasA) формируют функциональный комплекс, Cascade, который процессирует РНК-транскрипты CRISPR в элементы спейсер-повтор, которые сохраняет Cascade. Brouns et al. (2008) Science 321: 960-964. В других прокариотах Cas6 процессирует транскрипт CRISPR. Инактивация фага на основе CRISPR в E. coli требует Cascade и Cas3, но не Cas1 или Cas2. Белки Cmr (модуль RAMP Cas) в Pyrococcus furiosus и других прокариотах формируют функциональный комплекс с малыми РНК CRISPR, который распознает и расщепляет РНК-мишени. Более простая система CRISPR основана на белке Cas9, который представляет собой нуклеазу с двумя активными участками расщепления, по одному для каждой цепи двойной спирали. Комбинирование Cas9 и модифицированного локуса РНК CRISPR можно использовать в системе редактирования генов. Pennisi (2013) Science 341: 833-836.

Таким образом, систему CRISPR/Cas можно использовать для модификации, например, делеции, одной или нескольких нуклеиновых кислот гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или регуляторного элемента гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или внесения преждевременного стоп-кодона, тем самым уменьшая экспрессию функционального Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Альтернативно систему CRISPR/Cas можно использовать подобно РНК-интерференции, выключая ген Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, обратимым образом. В клетке млекопитающего, например, РНК может направлять белок Cas на промотор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, пространственно блокируя РНК-полимеразы.

Системы CRISPR/Cas для редактирования генов в эукариотических клетках, как правило, вовлекают (1) молекулу РНК-гида (гРНК), содержащую нацеливающую последовательность (которая способна гибридизоваться с последовательностью-мишенью геномной ДНК), и последовательность, которая способна связываться с ферментом Cas, например, Cas9, и (2) белок Cas, например, Cas9. Нацеливающая последовательность и последовательность, которая способна связываться с ферментом Cas, например, Cas9, могут находиться на одной и той же или на различных молекулах. Если они расположены на различных молекулах, каждая из них включает домен гибридизации, который позволяет молекулам ассоциировать, например, путем гибридизации.

Иллюстративная молекула гРНК по настоящему изобретению содержит, например, состоит из первой нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность (где "n" относится к остаткам нацеливающей последовательности (например, как описано в настоящем описании, например, в таблице 3), и может состоять из 15-25 нуклеотидов, например, состоит из 20 нуклеотидов):

nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGUUUUAGAGCUAUGCUGUUUUG (SEQ ID NO: 40);

и второй последовательности нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность:

AACUUACCAAGGAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC, необязательно с 1, 2, 3, 4, 5, 6 или 7 (например, 4 или 7, например, 7) дополнительными нуклеотидами U на 3'-конце (SEQ ID NO: 41).

Вторая молекула нуклеиновой кислоты альтернативно может состоять из фрагмента последовательность, приведенной выше, где такой фрагмент способен гибридизоваться с первой нуклеиновой кислотой. Примером такой второй молекулы нуклеиновой кислоты является:

AACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC, необязательно с 1, 2, 3, 4, 5, 6, или 7 (например, 4 или 7, например, 7) дополнительными нуклеотидами U на 3'-конце (SEQ ID NO: 42).

Другая иллюстративная молекула гРНК по настоящему изобретению содержит, например, состоит из первой нуклеиновой кислоты, имеющей последовательность (где "n" относится к остаткам нацеливающей последовательности (например, как описано в настоящем описании, например, в таблице 3), и может состоять из 15-25 нуклеотидов, например, состоит из 20 нуклеотидов):

nnnnnnnnnnnnnnnnnnnGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGC (SEQ ID NO: 43), необязательно с 1, 2, 3, 4, 5, 6 или 7 (например, 4 или 7, например, 4) дополнительными нуклеотидами U на 3'-конце. Можно получать искусственные системы CRISPR/Cas, которые ингибируют Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, с использованием технологии, известной в данной области, например, которые описаны в публикации США № 20140068797, WO2015/048577 и Cong (2013) Science 339: 819-823. Также можно получать другие искусственные системы CRISPR/Cas, как известно в данной области, которые ингибируют Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, системы, описанные в Tsai (2014) Nature Biotechnol., 32:6 569-576, патенте США № 8871445; 8865406; 8795965; 8771945 и 8697359, содержание которых включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме. Такие системы, которые ингибируют Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, можно получать, например, посредством модификации способами инженерии системы CRISPR/Cas включением молекулы гРНК, содержащей нацеливающую последовательность, которая гибридизуется с последовательностью гена tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления гРНК содержит нацеливающую последовательность, которая полностью комплементарна 15-25 нуклеотидам, например, 20 нуклеотидам, гена tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления 15-25 нуклеотидов, например, 20 нуклеотидов, гена tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, расположены непосредственно с 5'-стороны от последовательностси примыкающего к протоспейсеру мотива (PAM), распознаваемой белком Cas системы CRISPR/Cas (например, когда система содержит белок Cas9 S. pyogenes, последовательность PAM содержит NGG, где N может представлять собой любой из A, T, G или C). В некоторых вариантах осуществления нацеливающая последовательность гРНК содержит, например, состоит из последовательности РНК, комплементарной последовательности, приведенной в таблице 2. В некоторых вариантах осуществления гРНК содержит нацеливающую последовательность, приведенную в таблице 3.

В одном варианте осуществления вместе с системой CRISPR/Cas в клетку можно вводить чужеродную ДНК, например, ДНК, кодирующую CAR, например, как описано в настоящем описании; в зависимости от последовательностей чужеродной ДНК и хромосомной последовательности, этот процесс можно использовать для встраивания ДНК, кодирующей CAR, например, как описано в настоящем описании, в или вблизи участка, на который нацелена система CRISPR/Cas. Как показано в настоящем описании в примерах, но без связи с теорией, такое встраивание может приводить к экспрессии CAR, а также к нарушению гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Такую чужеродную молекулу ДНК называют в настоящем описании "матричной ДНК." В некоторых вариантах осуществления матричная ДНК дополнительно содержит плечи гомологии с 5'-стороны, с 3'-стороны или как с 5'-, так и с 3'-стороны от нуклеиновой кислоты матричной ДНК, которая кодирует представляющую интерес молекулу или молекулы (например, которая кодирует CAR, описанный в настоящем описании), где указанные плечи гомологии комплементарны последовательности геномной ДНК, фланкирующей последовательность-мишень.

В одном варианте осуществления система CRISPR/Cas по настоящему изобретению содержит Cas9, например, Cas9 S. pyogenes, и гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, которая гибридизуется с последовательностью гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В одном варианте осуществления система CRISPR/Cas содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую гРНК Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок Cas, например, Cas9, например, Cas9 S. pyogenes. В одном варианте осуществления система CRISPR/Cas содержит гРНК Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, и нуклеиновую кислоту, кодирующую белок Cas, например, Cas9, например, Cas9 S. pyogenes.

Примеры геномных последовательностей-мишеней Tet2, для которых можно получать гРНК, содержащие комплементарные нацеливающие последовательности, для применения в рамках настоящего изобретения, приведены в таблице 2 ниже. В некоторых вариантах осуществления гРНК содержит РНК, комплементарную последовательности-мишени, приведенной в таблице ниже (например, для sgTET2_1, гРНК будет содержать CCUUGGACACCUUCUCCUCC (SEQ ID NO: 44)). В некоторых вариантах осуществления гРНК содержит РНК-аналог последовательности-мишени, приведенной в таблице 2 ниже (например, для sgTET2_1, гРНК будет содержать GGAACCUGUGGAAGAGGAGG (SEQ ID NO: 45). В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 представляет собой нуклеиновую кислоту, кодирующую молекулу гРНК, специфичную к Tet2, где нуклеиновая кислота содержит последовательность-мишень из таблицы 2 ниже, например, под контролем промотора U6 или H1:

Таблица 2

ID гРНК Обозначение гена Хромосома Положение Цепь Последовательность-мишень в последовательности гена Tet2
sgTET2_1 TET2 chr4 106156327 - GGAACCTGTGGAAGAGGAGG (SEQ ID NO: 46)
sgTET2_2 TET2 chr4 106156339 - GAAGGAAGCTGAGGAACCTG (SEQ ID NO: 47)
sgTET2_3 TET2 chr4 106156897 + ATGACCTCCAAACAATACAC (SEQ ID NO: 48)
sgTET2_4 TET2 chr4 106157189 - CAAGTGCTGTTTCAACACTG (SEQ ID NO: 49)
sgTET2_5 TET2 chr4 106157296 - GGGAGATGTGAACTCTGGGA (SEQ ID NO: 50)
sgTET2_6 TET2 chr4 106155148 - GGAGGTGATGGTATCAGGAA (SEQ ID NO: 51)
sgTET2_7 TET2 chr4 106155166 - GGTTCTGTCTGGCAAATGGG (SEQ ID NO: 52)
sgTET2_8 TET2 chr4 106155217 - GGATGAGCTCTCTCAGGCAG (SEQ ID NO: 53)
sgTET2_9 TET2 chr4 106155403 - TGAAGGAGCCCAGAGAGAGA (SEQ ID NO: 65)
sgTET2_10 TET2 chr4 106155478 + GTAAGCCAAGAAAGAAATCC (SEQ ID NO: 66)

Примеры нацеливающих последовательностей гРНК, которые пригодны в различных вариантах осуществления настоящего изобретения для ингибирования Tet, например Tet2, приведены ниже в таблице 3. В некоторых вариантах осуществления система CRISPR/Cas по настоящему изобретению содержит молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, содержащую последовательность, приведенную в таблице 3. В некоторых вариантах осуществления система CRISPR/Cas по настоящему изобретению содержит молекулу гРНК, содержащую нацеливающую последовательность, которая представляет собой последовательность, приведенную в таблице 3.

Таблица 3

ID Мишень Область-мишень Цепь Положение геномной последовательностимишени (hg38) Нацеливающая последовательность гРНК SEQ ID NO:
54790_1_1 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145928-105145948 UGUCGGGUCUUUAAAAAUAC 73
54790_1_3 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145945-105145965 UACAGGCCCCUAAAGCACUA 74
54790_1_4 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145946-105145966 ACAGGCCCCUAAAGCACUAA 75
54790_1_5 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145957-105145977 AAGCACUAAGGGCAUGCCCU 76
54790_1_8 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145966-105145986 GGGCAUGCCCUCGGUGAAAC 77
54790_1_10 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145967-105145987 GGCAUGCCCUCGGUGAAACA 78
54790_1_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105145968-105145988 GCAUGCCCUCGGUGAAACAG 79
54790_1_20 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146006-105146026 UGAGAUUAAAGCGACAGAAA 80
54790_1_23 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146007-105146027 GAGAUUAAAGCGACAGAAAA 81
54790_1_25 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146012-105146032 UAAAGCGACAGAAAAGGGAA 82
54790_1_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146021-105146041 AGAAAAGGGAAAGGAGAGCG 83
54790_1_31 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146022-105146042 GAAAAGGGAAAGGAGAGCGC 84
54790_1_33 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146028-105146048 GGAAAGGAGAGCGCGGGCAA 85
54790_1_35 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146029-105146049 GAAAGGAGAGCGCGGGCAAC 86
54790_1_38 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146038-105146058 GCGCGGGCAACGGGAUCUAA 87
54790_1_39 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146039-105146059 CGCGGGCAACGGGAUCUAAA 88
54790_1_43 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146053-105146073 UCUAAAGGGAGAUAGAGACG 89
54790_1_44 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146054-105146074 CUAAAGGGAGAUAGAGACGC 90
54790_1_47 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146063-105146083 GAUAGAGACGCGGGCCUCUG 91
54790_1_48 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146064-105146084 AUAGAGACGCGGGCCUCUGA 92
54790_1_49 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146069-105146089 GACGCGGGCCUCUGAGGGUA 93
54790_1_51 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146072-105146092 GCGGGCCUCUGAGGGUAAGG 94
54790_1_52 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146073-105146093 CGGGCCUCUGAGGGUAAGGU 95
54790_1_54 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146082-105146102 GAGGGUAAGGUGGGCGCAAG 96
54790_1_61 TET2 ЭКЗОН - chr4:105145954-105145974 GCAUGCCCUUAGUGCUUUAG 97
54790_1_62 TET2 ЭКЗОН - chr4:105145955-105145975 GGCAUGCCCUUAGUGCUUUA 98
54790_1_64 TET2 ЭКЗОН - chr4:105145956-105145976 GGGCAUGCCCUUAGUGCUUU 99
54790_1_68 TET2 ЭКЗОН - chr4:105145976-105145996 GCGCUCCCCUGUUUCACCGA 100
54790_1_69 TET2 ЭКЗОН - chr4:105145977-105145997 AGCGCUCCCCUGUUUCACCG 101
54790_1_87 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146080-105146100 UGCGCCCACCUUACCCUCAG 102
54790_2_1 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146669-105146689 AGAGCCGGCGGUAGCGGCAG 103
54790_2_2 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146675-105146695 GGCGGUAGCGGCAGUGGCAG 104
54790_2_6 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146686-105146706 CAGUGGCAGCGGCGAGAGCU 105
54790_2_7 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146687-105146707 AGUGGCAGCGGCGAGAGCUU 106
54790_2_8 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146690-105146710 GGCAGCGGCGAGAGCUUGGG 107
54790_2_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146725-105146745 CCUCGCGAGCGCCGCGCGCC 108
54790_2_13 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146726-105146746 CUCGCGAGCGCCGCGCGCCC 109
54790_2_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146761-105146781 GCAAGUCACGUCCGCCCCCU 110
54790_2_15 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146766-105146786 UCACGUCCGCCCCCUCGGCG 111
54790_2_17 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146783-105146803 GCGCGGCCGCCCCGAGACGC 112
54790_2_24 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146836-105146856 CUGCCUUAUGAAUAUUGAUG 113
54790_2_25 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146839-105146859 CCUUAUGAAUAUUGAUGCGG 114
54790_2_27 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146844-105146864 UGAAUAUUGAUGCGGAGGCU 115
54790_2_34 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146868-105146888 UGCUUUCGUAGAGAAGCAGA 116
54790_2_37 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146879-105146899 AGAAGCAGAAGGAAGCAAGA 117
54790_2_39 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146891-105146911 AAGCAAGAUGGCUGCCCUUU 118
54790_2_44 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146905-105146925 CCCUUUAGGAUUUGUUAGAA 119
54790_2_51 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146926-105146946 GGAGACCCGACUGCAACUGC 120
54790_2_52 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146938-105146958 GCAACUGCUGGAUUGCUGCA 121
54790_2_56 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146944-105146964 GCUGGAUUGCUGCAAGGCUG 122
54790_2_57 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146945-105146965 CUGGAUUGCUGCAAGGCUGA 123
54790_2_62 TET2 ЭКЗОН + chr4:105146957-105146977 AAGGCUGAGGGACGAGAACG 124
54790_2_64 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146676-105146696 GCUGCCACUGCCGCUACCGC 125
54790_2_65 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146716-105146736 CGCUCGCGAGGAGGCGGCGG 126
54790_2_66 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146719-105146739 CGGCGCUCGCGAGGAGGCGG 127
54790_2_67 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146722-105146742 GCGCGGCGCUCGCGAGGAGG 128
54790_2_68 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146725-105146745 GGCGCGCGGCGCUCGCGAGG 129
54790_2_69 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146728-105146748 CCGGGCGCGCGGCGCUCGCG 130
54790_2_74 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146739-105146759 GCGAGCGGGACCCGGGCGCG 131
54790_2_75 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146746-105146766 CUUGCAUGCGAGCGGGACCC 132
54790_2_76 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146747-105146767 ACUUGCAUGCGAGCGGGACC 133
54790_2_78 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146753-105146773 GACGUGACUUGCAUGCGAGC 134
54790_2_79 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146754-105146774 GGACGUGACUUGCAUGCGAG 135
54790_2_83 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146775-105146795 GGGCGGCCGCGCCGAGGGGG 136
54790_2_85 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146778-105146798 UCGGGGCGGCCGCGCCGAGG 137
54790_2_86 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146779-105146799 CUCGGGGCGGCCGCGCCGAG 138
54790_2_88 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146780-105146800 UCUCGGGGCGGCCGCGCCGA 139
54790_2_89 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146781-105146801 GUCUCGGGGCGGCCGCGCCG 140
54790_2_93 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146792-105146812 GCGGGGCCGGCGUCUCGGGG 141
54790_2_94 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146795-105146815 UCAGCGGGGCCGGCGUCUCG 142
54790_2_95 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146796-105146816 CUCAGCGGGGCCGGCGUCUC 143
54790_2_97 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146797-105146817 ACUCAGCGGGGCCGGCGUCU 144
54790_2_100 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146805-105146825 UUCUCAUCACUCAGCGGGGC 145
54790_2_101 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146809-105146829 UCUGUUCUCAUCACUCAGCG 146
54790_2_103 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146810-105146830 GUCUGUUCUCAUCACUCAGC 147
54790_2_106 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146811-105146831 CGUCUGUUCUCAUCACUCAG 148
54790_2_109 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146842-105146862 CCUCCGCAUCAAUAUUCAUA 149
54790_2_117 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146908-105146928 CCUUUCUAACAAAUCCUAAA 150
54790_2_118 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146909-105146929 UCCUUUCUAACAAAUCCUAA 151
54790_2_122 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146934-105146954 GCAAUCCAGCAGUUGCAGUC 152
54790_2_123 TET2 ЭКЗОН - chr4:105146935-105146955 AGCAAUCCAGCAGUUGCAGU 153
54790_3_1 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190341-105190361 AAACUCUGUCUUCUCUAGGC 154
54790_3_13 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190411-105190431 UCCUGUUGAGUUACAACGCU 155
54790_3_16 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190418-105190438 GAGUUACAACGCUUGGAAGC 156
54790_3_19 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190424-105190444 CAACGCUUGGAAGCAGGAGA 157
54790_3_21 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190425-105190445 AACGCUUGGAAGCAGGAGAU 158
54790_3_24 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190444-105190464 UGGGCUCAGCAGCAGCCAAU 159
54790_3_26 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190456-105190476 CAGCCAAUAGGACAUGAUCC 160
54790_3_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190469-105190489 AUGAUCCAGGAAGAGCAGUA 161
54790_3_32 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190470-105190490 UGAUCCAGGAAGAGCAGUAA 162
54790_3_34 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190483-105190503 GCAGUAAGGGACUGAGCUGC 163
54790_3_37 TET2 ЭКЗОН + chr4:105190494-105190514 CUGAGCUGCUGGUAAGACAG 164
54790_3_46 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190385-105190405 GCAAGUAAACAAUCUUGAGA 165
54790_3_47 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190386-105190406 GGCAAGUAAACAAUCUUGAG 166
54790_3_52 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190407-105190427 UUGUAACUCAACAGGAGCAA 167
54790_3_55 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190415-105190435 UCCAAGCGUUGUAACUCAAC 168
54790_3_60 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190462-105190482 CUUCCUGGAUCAUGUCCUAU 169
54790_3_62 TET2 ЭКЗОН - chr4:105190477-105190497 CAGUCCCUUACUGCUCUUCC 170
54790_4_7 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233887-105233907 GCUCUUUAGAAUUCAACUAG 171
54790_4_8 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233888-105233908 CUCUUUAGAAUUCAACUAGA 172
54790_4_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233899-105233919 UCAACUAGAGGGCAGCCUUG 173
54790_4_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233903-105233923 CUAGAGGGCAGCCUUGUGGA 174
54790_4_19 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233923-105233943 UGGCCCCGAAGCAAGCCUGA 175
54790_4_21 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233929-105233949 CGAAGCAAGCCUGAUGGAAC 176
54790_4_25 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233950-105233970 GGAUAGAACCAACCAUGUUG 177
54790_4_26 TET2 ЭКЗОН + chr4:105233951-105233971 GAUAGAACCAACCAUGUUGA 178
54790_4_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234010-105234030 CAUUUGCCAGACAGAACCUC 179
54790_4_37 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234029-105234049 CUGGCUACAAAGCUCCAGAA 180
54790_4_44 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234068-105234088 AGAGCUCAUCCAGAAGUAAA 181
54790_4_45 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234081-105234101 AAGUAAAUGGAGACACCAAG 182
54790_4_47 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234104-105234124 CACUCUUUCAAAAGUUAUUA 183
54790_4_54 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234121-105234141 UUAUGGAAUACCCUGUAUGA 184
54790_4_57 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234122-105234142 UAUGGAAUACCCUGUAUGAA 185
54790_4_66 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234170-105234190 GACUUUACACAAGAAAGUAG 186
54790_4_67 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234171-105234191 ACUUUACACAAGAAAGUAGA 187
54790_4_72 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234194-105234214 UAUUCCAAGUGUUUGCAAAA 188
54790_4_74 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234197-105234217 UCCAAGUGUUUGCAAAAUGG 189
54790_4_81 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234233-105234253 GUUAGUGAACCUUCUCUCUC 190
54790_4_82 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234234-105234254 UUAGUGAACCUUCUCUCUCU 191
54790_4_89 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234271-105234291 GAAAUUGAAACAAGACCAAA 192
54790_4_93 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234278-105234298 AAACAAGACCAAAAGGCUAA 193
54790_4_97 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234296-105234316 AAUGGAGAAAGACGUAACUU 194
54790_4_99 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234297-105234317 AUGGAGAAAGACGUAACUUC 195
54790_4_100 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234298-105234318 UGGAGAAAGACGUAACUUCG 196
54790_4_106 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234320-105234340 GUAAGCCAAGAAAGAAAUCC 197
54790_4_123 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234437-105234457 UUUUCAACACAUAACUGCAG 198
54790_4_124 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234438-105234458 UUUCAACACAUAACUGCAGU 199
54790_4_134 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234475-105234495 GCUUCAGAUUCUGAAUGAGC 200
54790_4_138 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234478-105234498 UCAGAUUCUGAAUGAGCAGG 201
54790_4_140 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234479-105234499 CAGAUUCUGAAUGAGCAGGA 202
54790_4_141 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234480-105234500 AGAUUCUGAAUGAGCAGGAG 203
54790_4_147 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234529-105234549 CAUUGUAUUACUUAAAAACA 204
54790_4_151 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234548-105234568 AAGGCAGUGCUAAUGCCUAA 205
54790_4_153 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234574-105234594 UACAGUUUCUGCCUCUUCCG 206
54790_4_157 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234587-105234607 UCUUCCGUGGAACACACACA 207
54790_4_161 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234598-105234618 ACACACACAUGGUGAACUCC 208
54790_4_163 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234643-105234663 UCCAGAUUGUGUUUCCAUUG 209
54790_4_171 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234685-105234705 CAUAAAUGCCAUUAACAGUC 210
54790_4_177 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234734-105234754 ACUCACCCAUCGCAUACCUC 211
54790_4_178 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234735-105234755 CUCACCCAUCGCAUACCUCA 212
54790_4_181 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234793-105234813 GCCUCCAAAGCCAGCUGCAG 213
54790_4_184 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234802-105234822 GCCAGCUGCAGUGGUGAGUG 214
54790_4_200 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234943-105234963 UCCUGCAGAAAAUAACAUCC 215
54790_4_201 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234944-105234964 CCUGCAGAAAAUAACAUCCA 216
54790_4_203 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234965-105234985 GGAACCACAAAGCUAGCGUC 217
54790_4_207 TET2 ЭКЗОН + chr4:105234983-105235003 UCUGGUGAAGAAUUCUGUUC 218
54790_4_211 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235010-105235030 AGCAGCAAUUUGCAAGCUCC 219
54790_4_212 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235013-105235033 AGCAAUUUGCAAGCUCCUGG 220
54790_4_216 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235026-105235046 CUCCUGGUGGCAGCUCUGAA 221
54790_4_219 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235052-105235072 UUAAAACAAAAUGAAAUGAA 222
54790_4_225 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235087-105235107 GCAAAGCUCAGUGUUCACUA 223
54790_4_235 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235162-105235182 UCCCCCUCCUCCUCUUCCAC 224
54790_4_240 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235184-105235204 GUUCCUCAGCUUCCUUCAGA 225
54790_4_245 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235202-105235222 GAAGGAAAAAGCACUCUGAA 226
54790_4_247 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235205-105235225 GGAAAAAGCACUCUGAAUGG 227
54790_4_256 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235260-105235280 AAAGUAACACAACACUUUUA 228
54790_4_258 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235261-105235281 AAGUAACACAACACUUUUAA 229
54790_4_262 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235276-105235296 UUUAAGGGAAGUGAAAAUAG 230
54790_4_263 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235277-105235297 UUAAGGGAAGUGAAAAUAGA 231
54790_4_268 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235288-105235308 GAAAAUAGAGGGUAAACCUG 232
54790_4_272 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235356-105235376 CUUCUCCGAUGCUUUCUGAA 233
54790_4_280 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235380-105235400 CUCAGAAUAAUUGUGUGAAC 234
54790_4_284 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235400-105235420 AGGAAUGACAUACAGACUGC 235
54790_4_286 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235401-105235421 GGAAUGACAUACAGACUGCA 236
54790_4_294 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235478-105235498 AAGCAUAACCCACCAAUUUU 237
54790_4_297 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235487-105235507 CCACCAAUUUUUGGUAGCAG 238
54790_4_302 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235498-105235518 UGGUAGCAGUGGAGAGCUAC 239
54790_4_313 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235546-105235566 CAAAGAGCAAGAGAUUCUGA 240
54790_4_314 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235547-105235567 AAAGAGCAAGAGAUUCUGAA 241
54790_4_317 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235558-105235578 GAUUCUGAAGGGUCGAGACA 242
54790_4_324 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235607-105235627 ACACAGCACUAUCUGAAACC 243
54790_4_326 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235611-105235631 AGCACUAUCUGAAACCAGGA 244
54790_4_329 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235624-105235644 ACCAGGAUGGAUUGAAUUGA 245
54790_4_333 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235645-105235665 GGCCCCUCGUUUUCACCAAG 246
54790_4_339 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235669-105235689 AUCCCAUCUAAAACGUAAUG 247
54790_4_343 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235739-105235759 AUGACCUCCAAACAAUACAC 248
54790_4_347 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235757-105235777 ACUGGAAAUUCCAACAUGCC 249
54790_4_349 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235758-105235778 CUGGAAAUUCCAACAUGCCU 250
54790_4_351 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235759-105235779 UGGAAAUUCCAACAUGCCUG 251
54790_4_352 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235760-105235780 GGAAAUUCCAACAUGCCUGG 252
54790_4_353 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235761-105235781 GAAAUUCCAACAUGCCUGGG 253
54790_4_355 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235770-105235790 ACAUGCCUGGGGGGCUCCCA 254
54790_4_360 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235801-105235821 CACCCAGAAAACAACACAGC 255
54790_4_365 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235841-105235861 UACCAAGUUGAAAUGAAUCA 256
54790_4_366 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235842-105235862 ACCAAGUUGAAAUGAAUCAA 257
54790_4_368 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235853-105235873 AUGAAUCAAGGGCAGUCCCA 258
54790_4_370 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235861-105235881 AGGGCAGUCCCAAGGUACAG 259
54790_4_371 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235897-105235917 GUUCCAAAAACCCUCACACC 260
54790_4_376 TET2 ЭКЗОН + chr4:105235952-105235972 GCUCAUGUGCAGUCACUGUG 261
54790_4_388 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236038-105236058 GAAACAGCACUUGAAUCAAC 262
54790_4_399 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236098-105236118 GCAACAUAAGCCUCAUAAAC 263
54790_4_407 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236182-105236202 AUUACAAAUAAAGAAUAAAG 264
54790_4_416 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236237-105236257 AACAAUGAUCAGCAAAGAGA 265
54790_4_417 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236249-105236269 CAAAGAGAAGGAUCAUUCUU 266
54790_4_419 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236263-105236283 AUUCUUUGGCCAGACUAAAG 267
54790_4_426 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236279-105236299 AAAGUGGAAGAAUGUUUUCA 268
54790_4_435 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236332-105236352 CGAGACUCAUAAUGUCCAAA 269
54790_4_438 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236333-105236353 GAGACUCAUAAUGUCCAAAU 270
54790_4_440 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236338-105236358 UCAUAAUGUCCAAAUGGGAC 271
54790_4_444 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236341-105236361 UAAUGUCCAAAUGGGACUGG 272
54790_4_452 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236413-105236433 AUCAAGUGCAUGCAAAAUAC 273
54790_4_466 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236486-105236506 ACACAUCCUGAACUUUUUGC 274
54790_4_475 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236562-105236582 CAAAGCAAGAUCUUCUUCAC 275
54790_4_479 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236578-105236598 UCACAGGUGCUUUCAAGAAC 276
54790_4_486 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236611-105236631 ACAACAAGCUUCAGUUCUAC 277
54790_4_488 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236612-105236632 CAACAAGCUUCAGUUCUACA 278
54790_4_493 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236642-105236662 AAUAGAAACCAAGAUAUGUC 279
54790_4_494 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236673-105236693 CUGCGCAACUUGCUCAGCAA 280
54790_4_498 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236719-105236739 UGUUUUUCCUGUGCCUGACC 281
54790_4_501 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236720-105236740 GUUUUUCCUGUGCCUGACCA 282
54790_4_503 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236723-105236743 UUUCCUGUGCCUGACCAGGG 283
54790_4_511 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236752-105236772 CACUCAGACCCCUCCCCAGA 284
54790_4_512 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236778-105236798 CUCAAAAGCAUGCUGCUCUA 285
54790_4_513 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236781-105236801 AAAAGCAUGCUGCUCUAAGG 286
54790_4_518 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236856-105236876 CUUGCCAUAGUCAGAUGCAC 287
54790_4_520 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236866-105236886 UCAGAUGCACAGGCCAAUUA 288
54790_4_522 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236869-105236889 GAUGCACAGGCCAAUUAAGG 289
54790_4_525 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236876-105236896 AGGCCAAUUAAGGUGGAACC 290
54790_4_531 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236928-105236948 CACCACCAGAAAACAAAACA 291
54790_4_532 TET2 ЭКЗОН + chr4:105236935-105236955 AGAAAACAAAACAUGGAAAA 292
54790_4_540 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237004-105237024 AAAGAGCAUCAUUGAGACCA 293
54790_4_545 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237052-105237072 CAAGUCGUUAUUUGACCAUA 294
54790_4_553 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237098-105237118 CAAGUAAAAGUUGAAAUGUC 295
54790_4_554 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237099-105237119 AAGUAAAAGUUGAAAUGUCA 296
54790_4_578 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237280-105237300 UACUCCUAUAAAAAAUUUAU 297
54790_4_582 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237329-105237349 UUCCCAUCUUGCAGAUGUGU 298
54790_4_589 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237359-105237379 CAGAAAUGUACUGAGACACA 299
54790_4_596 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237397-105237417 AGCAAAUUUAUCUUCAGAUA 300
54790_4_597 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237398-105237418 GCAAAUUUAUCUUCAGAUAU 301
54790_4_606 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237430-105237450 CUUUUUUUAAAUCUUGAGUC 302
54790_4_614 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237446-105237466 AGUCUGGCAGCAAUUUGUAA 303
54790_4_657 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237650-105237670 GCUCUUUGUAUAUUAUCUCC 304
54790_4_662 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237663-105237683 UAUCUCCUGGAGAGACAGCU 305
54790_4_668 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237708-105237728 AAUGAGAAAAUAACGACCAU 306
54790_4_670 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237748-105237768 UUUAAAUAUUUUUUAAUUCA 307
54790_4_679 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237778-105237798 UAUUAGUUUCACAAGAUUUC 308
54790_4_682 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237786-105237806 UCACAAGAUUUCUGGCUAAU 309
54790_4_686 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237787-105237807 CACAAGAUUUCUGGCUAAUA 310
54790_4_693 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237817-105237837 UAUCUUCAGUCUUCAUGAGU 311
54790_4_695 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237818-105237838 AUCUUCAGUCUUCAUGAGUU 312
54790_4_697 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237819-105237839 UCUUCAGUCUUCAUGAGUUG 313
54790_4_700 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237820-105237840 CUUCAGUCUUCAUGAGUUGG 314
54790_4_709 TET2 ЭКЗОН + chr4:105237882-105237902 CUUUUCUCCAUUUAUACAUU 315
54790_4_741 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240332-105240352 AAAGCUUUUUGUUAAAAUUC 316
54790_4_746 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240344-105240364 UAAAAUUCAGGAUAUGUAAU 317
54790_4_750 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240352-105240372 AGGAUAUGUAAUAGGUCUGU 318
54790_4_754 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240377-105240397 UAGUGAAAUAUUUUUGCUGA 319
54790_4_760 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240395-105240415 GAUGGAUGUAGAUAUAUACG 320
54790_4_770 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240478-105240498 AGACAAAUGUUAAAUUAGUG 321
54790_4_780 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240541-105240561 GAUACCCCACACUGUGUAGA 322
54790_4_783 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240545-105240565 CCCCACACUGUGUAGAAGGA 323
54790_4_785 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240548-105240568 CACACUGUGUAGAAGGAUGG 324
54790_4_787 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240549-105240569 ACACUGUGUAGAAGGAUGGA 325
54790_4_790 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240552-105240572 CUGUGUAGAAGGAUGGAGGG 326
54790_4_791 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240579-105240599 CUACUGUCCCUCUUUGCGUG 327
54790_4_795 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240599-105240619 UGGUUAUUAAGUUGCCUCAC 328
54790_4_796 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240600-105240620 GGUUAUUAAGUUGCCUCACU 329
54790_4_800 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240634-105240654 CACAUCUCAUAGAUAAUAUU 330
54790_4_807 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240703-105240723 UCCCACUUUUCCAUCUUUGU 331
54790_4_818 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240740-105240760 UUCUUUUUGCCUGACUCUCC 332
54790_4_829 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240784-105240804 UUCUAAAGUACAUACUAAUA 333
54790_4_830 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240785-105240805 UCUAAAGUACAUACUAAUAU 334
54790_4_833 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240790-105240810 AGUACAUACUAAUAUGGGUC 335
54790_4_841 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240833-105240853 AAACAGCAAUUAAAUGUUAU 336
54790_4_842 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240834-105240854 AACAGCAAUUAAAUGUUAUA 337
54790_4_845 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240841-105240861 AUUAAAUGUUAUAGGGAAGU 338
54790_4_851 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240851-105240871 AUAGGGAAGUAGGAAGAAAA 339
54790_4_853 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240852-105240872 UAGGGAAGUAGGAAGAAAAA 340
54790_4_855 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240853-105240873 AGGGAAGUAGGAAGAAAAAG 341
54790_4_858 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240885-105240905 CAAUAAACCAAGCAAUAUUC 342
54790_4_861 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240886-105240906 AAUAAACCAAGCAAUAUUCU 343
54790_4_862 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240887-105240907 AUAAACCAAGCAAUAUUCUG 344
54790_4_863 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240888-105240908 UAAACCAAGCAAUAUUCUGG 345
54790_4_865 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240891-105240911 ACCAAGCAAUAUUCUGGGGG 346
54790_4_867 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240892-105240912 CCAAGCAAUAUUCUGGGGGU 347
54790_4_870 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240902-105240922 UUCUGGGGGUGGGAUAGAGC 348
54790_4_880 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240940-105240960 UCUUUUAAAAUCCAAGUAAU 349
54790_4_881 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240944-105240964 UUAAAAUCCAAGUAAUAGGU 350
54790_4_891 TET2 ЭКЗОН + chr4:105240991-105241011 UUUUUUCCAGCUCAAAAAAU 351
54790_4_905 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241063-105241083 UUUGUUUAGUUUCAUUUAUU 352
54790_4_929 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241146-105241166 UGUACAUAUACUUAAUUAUG 353
54790_4_945 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241237-105241257 UAGAGCCCUUAAUGUGUAGU 354
54790_4_949 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241238-105241258 AGAGCCCUUAAUGUGUAGUU 355
54790_4_951 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241239-105241259 GAGCCCUUAAUGUGUAGUUG 356
54790_4_953 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241240-105241260 AGCCCUUAAUGUGUAGUUGG 357
54790_4_956 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241253-105241273 UAGUUGGGGGUUAAGCUUUG 358
54790_4_962 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241283-105241303 CUUUAUAUUUAGUAUAAUUG 359
54790_4_973 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241340-105241360 CAAAUUAUUGAAAAAGAUGA 360
54790_4_977 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241361-105241381 GGUCCUUUUUAUACCCAUCU 361
54790_4_979 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241367-105241387 UUUUAUACCCAUCUAGGAGC 362
54790_4_984 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241378-105241398 UCUAGGAGCAGGUCCUAAUG 363
54790_4_990 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241399-105241419 GGCAGCUAUUAGAGAAAUCA 364
54790_4_993 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241407-105241427 UUAGAGAAAUCAUGGAAGAA 365
54790_4_995 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241422-105241442 AAGAAAGGUAAUUAACGCAA 366
54790_4_997 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241428-105241448 GGUAAUUAACGCAAAGGCAC 367
54790_4_998 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241429-105241449 GUAAUUAACGCAAAGGCACA 368
54790_4_1014 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241523-105241543 UAAAUUGAGUAAUUAUUAGU 369
54790_4_1019 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241538-105241558 UUAGUAGGCUUAGCUAUUCU 370
54790_4_1020 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241539-105241559 UAGUAGGCUUAGCUAUUCUA 371
54790_4_1029 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241592-105241612 AGAGAGUCACAAUAUUUGAC 372
54790_4_1032 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241612-105241632 AGGACUAAUAGUCUGCUAGC 373
54790_4_1033 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241618-105241638 AAUAGUCUGCUAGCUGGCAC 374
54790_4_1035 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241636-105241656 ACAGGCUGCCCACUUUGCGA 375
54790_4_1040 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241653-105241673 CGAUGGAUGCCAGAAAACCC 376
54790_4_1043 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241663-105241683 CAGAAAACCCAGGCAUGAAC 377
54790_4_1045 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241669-105241689 ACCCAGGCAUGAACAGGAAU 378
54790_4_1046 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241678-105241698 UGAACAGGAAUCGGCCAGCC 379
54790_4_1047 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241693-105241713 CAGCCAGGCUGCCAGCCACA 380
54790_4_1048 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241699-105241719 GGCUGCCAGCCACAAGGUAC 381
54790_4_1049 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241705-105241725 CAGCCACAAGGUACUGGCAC 382
54790_4_1052 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241718-105241738 CUGGCACAGGCUCCAACGAG 383
54790_4_1053 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241729-105241749 UCCAACGAGAGGUCCCACUC 384
54790_4_1058 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241770-105241790 AAGUGUCAAAGCAGAAAGAC 385
54790_4_1059 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241780-105241800 GCAGAAAGACUGGUAAAGUG 386
54790_4_1092 TET2 ЭКЗОН + chr4:105241946-105241966 UUUUUUUCGCUAUCAAUCAC 387
54790_4_1109 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242012-105242032 UGAGCGAGAUAAUGCAGAGA 388
54790_4_1117 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242057-105242077 CUCUGAGCUGUUCUUCUUCU 389
54790_4_1118 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242058-105242078 UCUGAGCUGUUCUUCUUCUA 390
54790_4_1123 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242076-105242096 UAGGGUGCCUUUUCAUUAAG 391
54790_4_1124 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242080-105242100 GUGCCUUUUCAUUAAGAGGU 392
54790_4_1130 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242105-105242125 GUAUUAUUAUUAAAGUACUU 393
54790_4_1135 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242114-105242134 UUAAAGUACUUAGGAUACAU 394
54790_4_1136 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242115-105242135 UAAAGUACUUAGGAUACAUU 395
54790_4_1137 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242116-105242136 AAAGUACUUAGGAUACAUUG 396
54790_4_1140 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242124-105242144 UAGGAUACAUUGGGGCAGCU 397
54790_4_1154 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242210-105242230 UUCACUAAAUAAUCAUCUAG 398
54790_4_1156 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242215-105242235 UAAAUAAUCAUCUAGUGGCC 399
54790_4_1162 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242287-105242307 UUGUUUUUUAAACAAGCAGU 400
54790_4_1163 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242290-105242310 UUUUUUAAACAAGCAGUAGG 401
54790_4_1164 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242298-105242318 ACAAGCAGUAGGUGGUGCUU 402
54790_4_1167 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242306-105242326 UAGGUGGUGCUUUGGUCAUA 403
54790_4_1169 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242307-105242327 AGGUGGUGCUUUGGUCAUAA 404
54790_4_1173 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242328-105242348 GGAAGAUAUAGUCUAUUUCU 405
54790_4_1176 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242351-105242371 ACUAUUCCAUAUUUUCCAUG 406
54790_4_1178 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242355-105242375 UUCCAUAUUUUCCAUGUGGC 407
54790_4_1187 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242404-105242424 UCUAAAUUGUGAGACAUUCU 408
54790_4_1193 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242407-105242427 AAAUUGUGAGACAUUCUUGG 409
54790_4_1201 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242469-105242489 UAAAAUAGCUAAAUUUAGUA 410
54790_4_1205 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242470-105242490 AAAAUAGCUAAAUUUAGUAA 411
54790_4_1241 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242625-105242645 AUCUGUACAUUUUGAUAUUG 412
54790_4_1244 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242635-105242655 UUUGAUAUUGAGGAAAAACA 413
54790_4_1250 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242663-105242683 AAACCAUUAUCCAGUUUGCU 414
54790_4_1258 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242705-105242725 UAAUAAACCGUUCAUUUCUC 415
54790_4_1259 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242711-105242731 ACCGUUCAUUUCUCAGGAUG 416
54790_4_1269 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233886-105233906 UAGUUGAAUUCUAAAGAGCA 417
54790_4_1276 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233917-105233937 UUGCUUCGGGGCCAUCCACA 418
54790_4_1278 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233929-105233949 GUUCCAUCAGGCUUGCUUCG 419
54790_4_1279 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233930-105233950 UGUUCCAUCAGGCUUGCUUC 420
54790_4_1281 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233931-105233951 CUGUUCCAUCAGGCUUGCUU 421
54790_4_1285 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233941-105233961 UGGUUCUAUCCUGUUCCAUC 422
54790_4_1288 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233961-105233981 UCUGUUGCCCUCAACAUGGU 423
54790_4_1289 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233965-105233985 UUAGUCUGUUGCCCUCAACA 424
54790_4_1290 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233990-105234010 GGAGGUGAUGGUAUCAGGAA 425
54790_4_1293 TET2 ЭКЗОН - chr4:105233995-105234015 AAAUGGGAGGUGAUGGUAUC 426
54790_4_1296 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234002-105234022 GUCUGGCAAAUGGGAGGUGA 427
54790_4_1297 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234008-105234028 GGUUCUGUCUGGCAAAUGGG 428
54790_4_1298 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234011-105234031 AGAGGUUCUGUCUGGCAAAU 429
54790_4_1300 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234012-105234032 CAGAGGUUCUGUCUGGCAAA 430
54790_4_1305 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234019-105234039 UUGUAGCCAGAGGUUCUGUC 431
54790_4_1308 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234029-105234049 UUCUGGAGCUUUGUAGCCAG 432
54790_4_1310 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234046-105234066 CAGGCAGUGGGCUUCCAUUC 433
54790_4_1314 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234058-105234078 GAUGAGCUCUCUCAGGCAGU 434
54790_4_1315 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234059-105234079 GGAUGAGCUCUCUCAGGCAG 435
54790_4_1319 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234065-105234085 ACUUCUGGAUGAGCUCUCUC 436
54790_4_1322 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234080-105234100 UUGGUGUCUCCAUUUACUUC 437
54790_4_1327 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234099-105234119 ACUUUUGAAAGAGUGCCACU 438
54790_4_1334 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234134-105234154 UUCUGGCUUCCCUUCAUACA 439
54790_4_1335 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234135-105234155 AUUCUGGCUUCCCUUCAUAC 440
54790_4_1337 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234151-105234171 CAGGACUCACACGACUAUUC 441
54790_4_1341 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234170-105234190 CUACUUUCUUGUGUAAAGUC 442
54790_4_1351 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234201-105234221 UCCUCCAUUUUGCAAACACU 443
54790_4_1355 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234245-105234265 UGAAGGAGCCCAGAGAGAGA 444
54790_4_1367 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234262-105234282 GUUUCAAUUUCUUGAUCUGA 445
54790_4_1378 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234289-105234309 GUCUUUCUCCAUUAGCCUUU 446
54790_4_1388 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234328-105234348 UUUCACCUGGAUUUCUUUCU 447
54790_4_1392 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234341-105234361 UUUGGUUGACUGCUUUCACC 448
54790_4_1396 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234359-105234379 UCACUCAAAUCGGAGACAUU 449
54790_4_1399 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234369-105234389 UUCUUUCUUAUCACUCAAAU 450
54790_4_1410 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234408-105234428 AUCUUUAACUGCAUUUUCUU 451
54790_4_1411 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234409-105234429 AAUCUUUAACUGCAUUUUCU 452
54790_4_1416 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234435-105234455 GCAGUUAUGUGUUGAAAAAC 453
54790_4_1422 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234464-105234484 AUCUGAAGCUCUGGAUUUUC 454
54790_4_1423 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234473-105234493 UCAUUCAGAAUCUGAAGCUC 455
54790_4_1435 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234520-105234540 GUAAUACAAUGUUCUUGUCA 456
54790_4_1441 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234566-105234586 GCAGAAACUGUAGCACCAUU 457
54790_4_1444 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234588-105234608 AUGUGUGUGUUCCACGGAAG 458
54790_4_1448 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234594-105234614 UUCACCAUGUGUGUGUUCCA 459
54790_4_1457 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234619-105234639 AUUGAGACAGUGUUUUUUCC 460
54790_4_1461 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234647-105234667 ACCGCAAUGGAAACACAAUC 461
54790_4_1466 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234660-105234680 UGUGGUUUUCUGCACCGCAA 462
54790_4_1471 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234678-105234698 AAUGGCAUUUAUGUGAGAUG 463
54790_4_1474 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234696-105234716 AUUAGUAGCCUGACUGUUAA 464
54790_4_1475 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234726-105234746 CGAUGGGUGAGUGAUCUCAC 465
54790_4_1479 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234742-105234762 UCUGCCCUGAGGUAUGCGAU 466
54790_4_1480 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234743-105234763 AUCUGCCCUGAGGUAUGCGA 467
54790_4_1482 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234753-105234773 UGCGGAAUUGAUCUGCCCUG 468
54790_4_1485 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234771-105234791 CUCAGAGUUAGAGGUCUGUG 469
54790_4_1490 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234780-105234800 UGGAGGCAGCUCAGAGUUAG 470
54790_4_1493 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234797-105234817 ACCACUGCAGCUGGCUUUGG 471
54790_4_1495 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234800-105234820 CUCACCACUGCAGCUGGCUU 472
54790_4_1497 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234806-105234826 GCCUCACUCACCACUGCAGC 473
54790_4_1499 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234828-105234848 AUCAGCAUCAUCAGCAUCAC 474
54790_4_1505 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234855-105234875 UAGCAUUGCAGCUAGUUUAC 475
54790_4_1510 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234882-105234902 UUCUGGUUUCUGAAAGGAAC 476
54790_4_1514 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234888-105234908 UAGUUGUUCUGGUUUCUGAA 477
54790_4_1521 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234899-105234919 UUUUGUUGUUGUAGUUGUUC 478
54790_4_1526 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234940-105234960 UGUUAUUUUCUGCAGGAGAU 479
54790_4_1527 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234941-105234961 AUGUUAUUUUCUGCAGGAGA 480
54790_4_1531 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234947-105234967 CCCUGGAUGUUAUUUUCUGC 481
54790_4_1535 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234964-105234984 ACGCUAGCUUUGUGGUUCCC 482
54790_4_1539 TET2 ЭКЗОН - chr4:105234972-105234992 UUCACCAGACGCUAGCUUUG 483
54790_4_1545 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235011-105235031 AGGAGCUUGCAAAUUGCUGC 484
54790_4_1551 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235031-105235051 UACCGUUCAGAGCUGCCACC 485
54790_4_1569 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235116-105235136 ACCACACCAUCACCCAGAAA 486
54790_4_1577 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235166-105235186 ACCUGUGGAAGAGGAGGAGG 487
54790_4_1579 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235167-105235187 AACCUGUGGAAGAGGAGGAG 488
54790_4_1581 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235168-105235188 GAACCUGUGGAAGAGGAGGA 489
54790_4_1582 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235169-105235189 GGAACCUGUGGAAGAGGAGG 490
54790_4_1586 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235172-105235192 UGAGGAACCUGUGGAAGAGG 491
54790_4_1588 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235175-105235195 AGCUGAGGAACCUGUGGAAG 492
54790_4_1593 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235181-105235201 GAAGGAAGCUGAGGAACCUG 493
54790_4_1600 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235190-105235210 UUUCCUUCUGAAGGAAGCUG 494
54790_4_1606 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235199-105235219 AGAGUGCUUUUUCCUUCUGA 495
54790_4_1617 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235246-105235266 UACUUUGGUUGGGGUAGUGG 496
54790_4_1618 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235249-105235269 UGUUACUUUGGUUGGGGUAG 497
54790_4_1620 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235255-105235275 GUGUUGUGUUACUUUGGUUG 498
54790_4_1621 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235256-105235276 AGUGUUGUGUUACUUUGGUU 499
54790_4_1623 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235257-105235277 AAGUGUUGUGUUACUUUGGU 500
54790_4_1626 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235261-105235281 UUAAAAGUGUUGUGUUACUU 501
54790_4_1633 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235307-105235327 CUCUGGGAAGGUGGUGCCUC 502
54790_4_1634 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235316-105235336 GGAUUAGGACUCUGGGAAGG 503
54790_4_1635 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235319-105235339 GAUGGAUUAGGACUCUGGGA 504
54790_4_1636 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235323-105235343 UGUAGAUGGAUUAGGACUCU 505
54790_4_1638 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235324-105235344 GUGUAGAUGGAUUAGGACUC 506
54790_4_1641 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235331-105235351 CAUACAUGUGUAGAUGGAUU 507
54790_4_1643 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235337-105235357 GGGCUGCAUACAUGUGUAGA 508
54790_4_1647 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235357-105235377 UUUCAGAAAGCAUCGGAGAA 509
54790_4_1648 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235358-105235378 CUUUCAGAAAGCAUCGGAGA 510
54790_4_1653 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235364-105235384 UGAGGCCUUUCAGAAAGCAU 511
54790_4_1660 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235382-105235402 CUGUUCACACAAUUAUUCUG 512
54790_4_1668 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235439-105235459 CUUGUUUUCUCAGAACACAA 513
54790_4_1676 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235463-105235483 UGCUUGAGGUGUUCUGACAU 514
54790_4_1678 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235477-105235497 AAAUUGGUGGGUUAUGCUUG 515
54790_4_1680 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235489-105235509 CACUGCUACCAAAAAUUGGU 516
54790_4_1681 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235490-105235510 CCACUGCUACCAAAAAUUGG 517
54790_4_1683 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235493-105235513 UCUCCACUGCUACCAAAAAU 518
54790_4_1690 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235531-105235551 CUUUGUUUCUCAUCAACUGC 519
54790_4_1699 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235604-105235624 UUCAGAUAGUGCUGUGUUGG 520
54790_4_1700 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235605-105235625 UUUCAGAUAGUGCUGUGUUG 521
54790_4_1702 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235606-105235626 GUUUCAGAUAGUGCUGUGUU 522
54790_4_1703 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235607-105235627 GGUUUCAGAUAGUGCUGUGU 523
54790_4_1708 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235628-105235648 GCCUUCAAUUCAAUCCAUCC 524
54790_4_1711 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235650-105235670 UUCCGCUUGGUGAAAACGAG 525
54790_4_1712 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235651-105235671 AUUCCGCUUGGUGAAAACGA 526
54790_4_1713 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235652-105235672 GAUUCCGCUUGGUGAAAACG 527
54790_4_1722 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235663-105235683 GUUUUAGAUGGGAUUCCGCU 528
54790_4_1723 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235674-105235694 UGCCUCAUUACGUUUUAGAU 529
54790_4_1724 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235675-105235695 AUGCCUCAUUACGUUUUAGA 530
54790_4_1730 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235703-105235723 GGUUGAUACUGAAGAAUUGA 531
54790_4_1737 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235724-105235744 GUCAUUUGAUUGGAGAGAUU 532
54790_4_1738 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235725-105235745 GGUCAUUUGAUUGGAGAGAU 533
54790_4_1743 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235734-105235754 UUGUUUGGAGGUCAUUUGAU 534
54790_4_1749 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235746-105235766 AUUUCCAGUGUAUUGUUUGG 535
54790_4_1751 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235749-105235769 GGAAUUUCCAGUGUAUUGUU 536
54790_4_1756 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235770-105235790 UGGGAGCCCCCCAGGCAUGU 537
54790_4_1758 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235778-105235798 GCUUGCCUUGGGAGCCCCCC 538
54790_4_1763 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235789-105235809 UCUGGGUGUAAGCUUGCCUU 539
54790_4_1766 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235790-105235810 UUCUGGGUGUAAGCUUGCCU 540
54790_4_1769 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235806-105235826 CUCCAGCUGUGUUGUUUUCU 541
54790_4_1770 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235807-105235827 GCUCCAGCUGUGUUGUUUUC 542
54790_4_1779 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235846-105235866 GCCCUUGAUUCAUUUCAACU 543
54790_4_1782 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235872-105235892 AUGUUGGUCCACUGUACCUU 544
54790_4_1783 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235873-105235893 GAUGUUGGUCCACUGUACCU 545
54790_4_1790 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235888-105235908 GUUUUUGGAACUGGAGAUGU 546
54790_4_1791 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235897-105235917 GGUGUGAGGGUUUUUGGAAC 547
54790_4_1795 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235903-105235923 GCACCUGGUGUGAGGGUUUU 548
54790_4_1800 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235910-105235930 GAGAAGUGCACCUGGUGUGA 549
54790_4_1801 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235911-105235931 GGAGAAGUGCACCUGGUGUG 550
54790_4_1804 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235918-105235938 CUGUUUUGGAGAAGUGCACC 551
54790_4_1811 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235932-105235952 UUUUGGUAAAUGGUCUGUUU 552
54790_4_1813 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235942-105235962 GCACAUGAGCUUUUGGUAAA 553
54790_4_1814 TET2 ЭКЗОН - chr4:105235949-105235969 AGUGACUGCACAUGAGCUUU 554
54790_4_1828 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236010-105236030 GGACAUAAGUUUUUCAGUUU 555
54790_4_1829 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236011-105236031 GGGACAUAAGUUUUUCAGUU 556
54790_4_1836 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236031-105236051 CAAGUGCUGUUUCAACACUG 557
54790_4_1838 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236032-105236052 UCAAGUGCUGUUUCAACACU 558
54790_4_1839 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236033-105236053 UUCAAGUGCUGUUUCAACAC 559
54790_4_1846 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236078-105236098 AAAAGGUGUGAGUUUGAAAA 560
54790_4_1852 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236095-105236115 UAUGAGGCUUAUGUUGCAAA 561
54790_4_1856 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236111-105236131 GUUUGUGCUGCCUGUUUAUG 562
54790_4_1861 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236138-105236158 GGGAGAUGUGAACUCUGGGA 563
54790_4_1862 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236142-105236162 UUGAGGGAGAUGUGAACUCU 564
54790_4_1864 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236143-105236163 UUUGAGGGAGAUGUGAACUC 565
54790_4_1873 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236158-105236178 GCUGCUGUUGCUGGUUUUGA 566
54790_4_1875 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236159-105236179 UGCUGCUGUUGCUGGUUUUG 567
54790_4_1880 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236167-105236187 GUAAUUUUUGCUGCUGUUGC 568
54790_4_1892 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236215-105236235 UUUGGGGGUGAGGAAAAGUC 569
54790_4_1896 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236225-105236245 UCAUUGUUGCUUUGGGGGUG 570
54790_4_1901 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236230-105236250 GCUGAUCAUUGUUGCUUUGG 571
54790_4_1902 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236231-105236251 UGCUGAUCAUUGUUGCUUUG 572
54790_4_1904 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236232-105236252 UUGCUGAUCAUUGUUGCUUU 573
54790_4_1906 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236233-105236253 UUUGCUGAUCAUUGUUGCUU 574
54790_4_1914 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236275-105236295 AACAUUCUUCCACUUUAGUC 575
54790_4_1931 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236350-105236370 GUACUUCCUCCAGUCCCAUU 576
54790_4_1941 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236394-105236414 UUUCAUGGUCUGACUAUAAG 577
54790_4_1943 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236395-105236415 AUUUCAUGGUCUGACUAUAA 578
54790_4_1944 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236396-105236416 GAUUUCAUGGUCUGACUAUA 579
54790_4_1950 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236409-105236429 UUUGCAUGCACUUGAUUUCA 580
54790_4_1960 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236461-105236481 GUUCUUUAUUCUCUGAAACU 581
54790_4_1966 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236495-105236515 UUGUUUCCUGCAAAAAGUUC 582
54790_4_1972 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236520-105236540 UUGCAUGUGAUGCAAGUUUU 583
54790_4_1973 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236521-105236541 AUUGCAUGUGAUGCAAGUUU 584
54790_4_1982 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236549-105236569 UGCUUUGGGAUCACAUUAUU 585
54790_4_1984 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236563-105236583 UGUGAAGAAGAUCUUGCUUU 586
54790_4_1985 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236564-105236584 CUGUGAAGAAGAUCUUGCUU 587
54790_4_2009 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236653-105236673 CUUGUUGACCAGACAUAUCU 588
54790_4_2017 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236713-105236733 GCACAGGAAAAACAUUUGCA 589
54790_4_2019 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236729-105236749 CUUCCUCCCUGGUCAGGCAC 590
54790_4_2022 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236735-105236755 GUGUGACUUCCUCCCUGGUC 591
54790_4_2023 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236740-105236760 UCUGAGUGUGACUUCCUCCC 592
54790_4_2029 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236763-105236783 UUGAGUGUCCUUCUGGGGAG 593
54790_4_2030 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236764-105236784 UUUGAGUGUCCUUCUGGGGA 594
54790_4_2031 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236765-105236785 UUUUGAGUGUCCUUCUGGGG 595
54790_4_2034 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236768-105236788 UGCUUUUGAGUGUCCUUCUG 596
54790_4_2037 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236769-105236789 AUGCUUUUGAGUGUCCUUCU 597
54790_4_2039 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236770-105236790 CAUGCUUUUGAGUGUCCUUC 598
54790_4_2053 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236846-105236866 CUAUGGCAAGACUCAGUUUG 599
54790_4_2054 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236847-105236867 ACUAUGGCAAGACUCAGUUU 600
54790_4_2055 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236848-105236868 GACUAUGGCAAGACUCAGUU 601
54790_4_2060 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236863-105236883 UUGGCCUGUGCAUCUGACUA 602
54790_4_2063 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236882-105236902 CAUCCAGGUUCCACCUUAAU 603
54790_4_2064 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236897-105236917 CAGGCAUGUGGCUUGCAUCC 604
54790_4_2065 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236909-105236929 GCUGUGUGCAUACAGGCAUG 605
54790_4_2069 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236916-105236936 UGGUGGUGCUGUGUGCAUAC 606
54790_4_2077 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236933-105236953 UUCCAUGUUUUGUUUUCUGG 607
54790_4_2079 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236936-105236956 UUUUUCCAUGUUUUGUUUUC 608
54790_4_2085 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236978-105236998 ACAUUAUCACAGCUUGCAGG 609
54790_4_2089 TET2 ЭКЗОН - chr4:105236981-105237001 UGCACAUUAUCACAGCUUGC 610
54790_4_2092 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237024-105237044 CUGCUUCAGAUGCUGCUCCA 611
54790_4_2096 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237054-105237074 CUUAUGGUCAAAUAACGACU 612
54790_4_2099 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237070-105237090 AUUUGAGAGUAAGAGCCUUA 613
54790_4_2112 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237125-105237145 UGUCUAGUCAAAACUGUGAC 614
54790_4_2114 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237150-105237170 GCUAUCAAGUUCUGCAGCAG 615
54790_4_2118 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237172-105237192 GCUGCUCUAAAGCUGGGGUG 616
54790_4_2119 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237177-105237197 UGUUUGCUGCUCUAAAGCUG 617
54790_4_2120 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237178-105237198 UUGUUUGCUGCUCUAAAGCU 618
54790_4_2122 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237179-105237199 GUUGUUUGCUGCUCUAAAGC 619
54790_4_2135 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237218-105237238 GAAGCAGCUGUUCUUUUGGU 620
54790_4_2137 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237222-105237242 AACAGAAGCAGCUGUUCUUU 621
54790_4_2148 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237266-105237286 GGAGUAUCUAGUAAUUUGGA 622
54790_4_2153 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237270-105237290 UAUAGGAGUAUCUAGUAAUU 623
54790_4_2156 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237287-105237307 GUAUCCAAUAAAUUUUUUAU 624
54790_4_2160 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237311-105237331 AAAUCAUAUUGAGUCUUGAC 625
54790_4_2163 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237334-105237354 UACCUACACAUCUGCAAGAU 626
54790_4_2165 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237335-105237355 UUACCUACACAUCUGCAAGA 627
54790_4_2170 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237361-105237381 CAUGUGUCUCAGUACAUUUC 628
54790_4_2174 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237392-105237412 GAAGAUAAAUUUGCUAAUUC 629
54790_4_2180 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237429-105237449 ACUCAAGAUUUAAAAAAAGA 630
54790_4_2197 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237510-105237530 CUUUCACAAGACACAAGCAU 631
54790_4_2206 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237558-105237578 GCACGAUUAUUUAAUUCUUU 632
54790_4_2213 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237593-105237613 UUUUACAGGAUCUGAAGAGA 633
54790_4_2215 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237594-105237614 AUUUUACAGGAUCUGAAGAG 634
54790_4_2221 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237607-105237627 CAGAUACAUUCAAAUUUUAC 635
54790_4_2225 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237645-105237665 UAAUAUACAAAGAGCUAAAU 636
54790_4_2233 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237671-105237691 UGCUGCCUAGCUGUCUCUCC 637
54790_4_2247 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237727-105237747 UUCGUACAUUAGACUGCCUA 638
54790_4_2270 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237874-105237894 AAUGGAGAAAAGGAAACUUU 639
54790_4_2274 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237884-105237904 CAAAUGUAUAAAUGGAGAAA 640
54790_4_2277 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237892-105237912 CAACAUUCCAAAUGUAUAAA 641
54790_4_2284 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237936-105237956 AGAUGAAAUUUUAGAGAAAA 642
54790_4_2287 TET2 ЭКЗОН - chr4:105237937-105237957 AAGAUGAAAUUUUAGAGAAA 643
54790_4_2323 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240511-105240531 AGGGAAAACAUGGCACGGGU 644
54790_4_2325 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240515-105240535 CAAGAGGGAAAACAUGGCAC 645
54790_4_2326 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240516-105240536 GCAAGAGGGAAAACAUGGCA 646
54790_4_2328 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240521-105240541 UCAUUGCAAGAGGGAAAACA 647
54790_4_2330 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240530-105240550 UGGGGUAUCUCAUUGCAAGA 648
54790_4_2331 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240531-105240551 GUGGGGUAUCUCAUUGCAAG 649
54790_4_2336 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240548-105240568 CCAUCCUUCUACACAGUGUG 650
54790_4_2337 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240549-105240569 UCCAUCCUUCUACACAGUGU 651
54790_4_2338 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240550-105240570 CUCCAUCCUUCUACACAGUG 652
54790_4_2342 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240581-105240601 CACACGCAAAGAGGGACAGU 653
54790_4_2345 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240589-105240609 UUAAUAACCACACGCAAAGA 654
54790_4_2347 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240590-105240610 CUUAAUAACCACACGCAAAG 655
54790_4_2353 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240616-105240636 UGUGGUGUUUUAGCCCAGUG 656
54790_4_2357 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240634-105240654 AAUAUUAUCUAUGAGAUGUG 657
54790_4_2365 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240693-105240713 AAAAGUGGGAAGAUAGGGGU 658
54790_4_2366 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240694-105240714 GAAAAGUGGGAAGAUAGGGG 659
54790_4_2368 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240697-105240717 AUGGAAAAGUGGGAAGAUAG 660
54790_4_2369 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240698-105240718 GAUGGAAAAGUGGGAAGAUA 661
54790_4_2370 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240699-105240719 AGAUGGAAAAGUGGGAAGAU 662
54790_4_2373 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240707-105240727 ACCAACAAAGAUGGAAAAGU 663
54790_4_2377 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240708-105240728 AACCAACAAAGAUGGAAAAG 664
54790_4_2380 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240716-105240736 CUGUUGCAAACCAACAAAGA 665
54790_4_2382 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240739-105240759 GAGAGUCAGGCAAAAAGAAG 666
54790_4_2383 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240740-105240760 GGAGAGUCAGGCAAAAAGAA 667
54790_4_2384 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240741-105240761 UGGAGAGUCAGGCAAAAAGA 668
54790_4_2389 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240752-105240772 AGAGAAAAUCCUGGAGAGUC 669
54790_4_2393 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240761-105240781 UUUAUGAUGAGAGAAAAUCC 670
54790_4_2422 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240882-105240902 UAUUGCUUGGUUUAUUGUCA 671
54790_4_2424 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240895-105240915 CCCACCCCCAGAAUAUUGCU 672
54790_4_2434 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240954-105240974 CUGGAAGCCUACCUAUUACU 673
54790_4_2439 TET2 ЭКЗОН - chr4:105240973-105240993 AAAAAACAUUUAAAGCUAAC 674
54790_4_2446 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241000-105241020 UACAAUCCAAUUUUUUGAGC 675
54790_4_2454 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241052-105241072 CUAAACAAAGAAUACAGUGA 676
54790_4_2456 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241053-105241073 ACUAAACAAAGAAUACAGUG 677
54790_4_2468 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241107-105241127 AUAUAUUACAUUUCAGAUAU 678
54790_4_2469 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241108-105241128 AAUAUAUUACAUUUCAGAUA 679
54790_4_2475 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241136-105241156 UAUAUGUACAUGCUGGUUGU 680
54790_4_2477 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241143-105241163 AAUUAAGUAUAUGUACAUGC 681
54790_4_2488 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241193-105241213 CUUUAAAAUGAGUAGAUUGA 682
54790_4_2498 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241245-105241265 AACCCCCAACUACACAUUAA 683
54790_4_2499 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241246-105241266 UAACCCCCAACUACACAUUA 684
54790_4_2503 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241285-105241305 CUCAAUUAUACUAAAUAUAA 685
54790_4_2519 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241367-105241387 GCUCCUAGAUGGGUAUAAAA 686
54790_4_2522 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241377-105241397 AUUAGGACCUGCUCCUAGAU 687
54790_4_2523 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241378-105241398 CAUUAGGACCUGCUCCUAGA 688
54790_4_2527 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241394-105241414 UCUCUAAUAGCUGCCACAUU 689
54790_4_2538 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241470-105241490 AAAAUUCUGACAUAUACAAA 690
54790_4_2546 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241494-105241514 ACUGCUUUGUGUGUGAAGGC 691
54790_4_2548 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241498-105241518 GUUUACUGCUUUGUGUGUGA 692
54790_4_2555 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241568-105241588 AAUAGCACAGUGUGUAGUGU 693
54790_4_2558 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241593-105241613 UGUCAAAUAUUGUGACUCUC 694
54790_4_2563 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241647-105241667 UCUGGCAUCCAUCGCAAAGU 695
54790_4_2564 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241648-105241668 UUCUGGCAUCCAUCGCAAAG 696
54790_4_2568 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241665-105241685 CUGUUCAUGCCUGGGUUUUC 697
54790_4_2569 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241673-105241693 GCCGAUUCCUGUUCAUGCCU 698
54790_4_2570 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241674-105241694 GGCCGAUUCCUGUUCAUGCC 699
54790_4_2573 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241695-105241715 CUUGUGGCUGGCAGCCUGGC 700
54790_4_2574 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241699-105241719 GUACCUUGUGGCUGGCAGCC 701
54790_4_2575 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241707-105241727 CUGUGCCAGUACCUUGUGGC 702
54790_4_2577 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241711-105241731 GAGCCUGUGCCAGUACCUUG 703
54790_4_2578 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241733-105241753 GCCAGAGUGGGACCUCUCGU 704
54790_4_2582 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241745-105241765 UCAGGUGGGAAAGCCAGAGU 705
54790_4_2585 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241746-105241766 AUCAGGUGGGAAAGCCAGAG 706
54790_4_2591 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241759-105241779 UUGACACUUUAUUAUCAGGU 707
54790_4_2595 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241760-105241780 UUUGACACUUUAUUAUCAGG 708
54790_4_2598 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241763-105241783 UGCUUUGACACUUUAUUAUC 709
54790_4_2609 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241819-105241839 ACUAGGUGAAUUUAAUUCAG 710
54790_4_2613 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241836-105241856 AAGUACUCAUUUGCAACACU 711
54790_4_2622 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241878-105241898 UCACACUUGCUCUCUUUUUA 712
54790_4_2629 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241939-105241959 AUAGCGAAAAAAAAAAAAAA 713
54790_4_2633 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241986-105242006 UCUUCUACAUGCAGGAGUAA 714
54790_4_2635 TET2 ЭКЗОН - chr4:105241994-105242014 CAUAAGAGUCUUCUACAUGC 715
54790_4_2642 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242038-105242058 GCUGUAUAAAUUUAUAUGAA 716
54790_4_2652 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242086-105242106 CUGCCUACCUCUUAAUGAAA 717
54790_4_2663 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242173-105242193 AGAAAUGAAUAAUUUGGAAA 718
54790_4_2665 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242179-105242199 UAAUUUAGAAAUGAAUAAUU 719
54790_4_2679 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242236-105242256 GGAAAUUCACUAUUUCUGCC 720
54790_4_2681 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242257-105242277 GUUGUUUUUUUUGGCACUUA 721
54790_4_2683 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242258-105242278 UGUUGUUUUUUUUGGCACUU 722
54790_4_2685 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242266-105242286 UGUUUUUUUGUUGUUUUUUU 723
54790_4_2694 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242360-105242380 AUCCAGCCACAUGGAAAAUA 724
54790_4_2697 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242369-105242389 AUAGUUAGUAUCCAGCCACA 725
54790_4_2701 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242395-105242415 CACAAUUUAGAAAAGGAGGC 726
54790_4_2702 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242399-105242419 GUCUCACAAUUUAGAAAAGG 727
54790_4_2703 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242402-105242422 AAUGUCUCACAAUUUAGAAA 728
54790_4_2721 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242462-105242482 UUUAGCUAUUUUAAAACUUG 729
54790_4_2723 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242463-105242483 AUUUAGCUAUUUUAAAACUU 730
54790_4_2726 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242464-105242484 AAUUUAGCUAUUUUAAAACU 731
54790_4_2742 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242539-105242559 UUUCACAAAGCACAAAAUUC 732
54790_4_2749 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242583-105242603 AAUUACAUGUGGGUGAAAAU 733
54790_4_2752 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242584-105242604 AAAUUACAUGUGGGUGAAAA 734
54790_4_2755 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242593-105242613 CUAUUUUGUAAAUUACAUGU 735
54790_4_2756 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242594-105242614 ACUAUUUUGUAAAUUACAUG 736
54790_4_2769 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242669-105242689 ACGCCAAGCAAACUGGAUAA 737
54790_4_2772 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242676-105242696 CAGGUCUACGCCAAGCAAAC 738
54790_4_2780 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242695-105242715 CGGUUUAUUAUUUUUUAAAC 739
54790_4_2781 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242715-105242735 ACCACAUCCUGAGAAAUGAA 740
54790_5_3 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242816-105242836 CUGUGGGUUUCUUUAAGGUU 741
54790_5_7 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242824-105242844 UUCUUUAAGGUUUGGACAGA 742
54790_5_8 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242825-105242845 UCUUUAAGGUUUGGACAGAA 743
54790_5_15 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242838-105242858 GACAGAAGGGUAAAGCUAUU 744
54790_5_20 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242861-105242881 AUUGAAAGAGUCAUCUAUAC 745
54790_5_23 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242870-105242890 GUCAUCUAUACUGGUAAAGA 746
54790_5_26 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242884-105242904 UAAAGAAGGCAAAAGUUCUC 747
54790_5_27 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242885-105242905 AAAGAAGGCAAAAGUUCUCA 748
54790_5_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242904-105242924 AGGGAUGUCCUAUUGCUAAG 749
54790_5_31 TET2 ЭКЗОН + chr4:105242905-105242925 GGGAUGUCCUAUUGCUAAGU 750
54790_5_51 TET2 ЭКЗОН - chr4:105242915-105242935 ACACUUACCCACUUAGCAAU 751
54790_6_1 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243550-105243570 GGAAUGGUGAUCCACGCAGG 752
54790_6_7 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243589-105243609 UGAAGAGAAGCUACUGUGUU 753
54790_6_9 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243594-105243614 AGAAGCUACUGUGUUUGGUG 754
54790_6_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243595-105243615 GAAGCUACUGUGUUUGGUGC 755
54790_6_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243605-105243625 UGUUUGGUGCGGGAGCGAGC 756
54790_6_18 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243619-105243639 GCGAGCUGGCCACACCUGUG 757
54790_6_19 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243646-105243666 AGUGAUUGUGAUUCUCAUCC 758
54790_6_21 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243651-105243671 UUGUGAUUCUCAUCCUGGUG 759
54790_6_24 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243652-105243672 UGUGAUUCUCAUCCUGGUGU 760
54790_6_27 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243656-105243676 AUUCUCAUCCUGGUGUGGGA 761
54790_6_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243673-105243693 GGAAGGAAUCCCGCUGUCUC 762
54790_6_32 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243691-105243711 UCUGGCUGACAAACUCUACU 763
54790_6_37 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243711-105243731 CGGAGCUUACCGAGACGCUG 764
54790_6_39 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243719-105243739 ACCGAGACGCUGAGGAAAUA 765
54790_6_41 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243738-105243758 ACGGCACGCUCACCAAUCGC 766
54790_6_48 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243771-105243791 AUGAAGAGUAAGUGAAGCCC 767
54790_6_49 TET2 ЭКЗОН + chr4:105243772-105243792 UGAAGAGUAAGUGAAGCCCA 768
54790_6_51 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243564-105243584 GCUUCUGCGAACCACCUGCG 769
54790_6_56 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243631-105243651 UCACUGCAGCCUCACAGGUG 770
54790_6_57 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243636-105243656 CACAAUCACUGCAGCCUCAC 771
54790_6_62 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243667-105243687 GCGGGAUUCCUUCCCACACC 772
54790_6_66 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243685-105243705 GUUUGUCAGCCAGAGACAGC 773
54790_6_67 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243686-105243706 AGUUUGUCAGCCAGAGACAG 774
54790_6_75 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243723-105243743 GCCGUAUUUCCUCAGCGUCU 775
54790_6_80 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243753-105243773 AUUCAAGGCACACCGGCGAU 776
54790_6_82 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243760-105243780 ACUCUUCAUUCAAGGCACAC 777
54790_6_84 TET2 ЭКЗОН - chr4:105243768-105243788 CUUCACUUACUCUUCAUUCA 778
54790_7_10 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259615-105259635 CAGGAGAACUUGCGCCUGUC 779
54790_7_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259616-105259636 AGGAGAACUUGCGCCUGUCA 780
54790_7_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259617-105259637 GGAGAACUUGCGCCUGUCAG 781
54790_7_16 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259621-105259641 AACUUGCGCCUGUCAGGGGC 782
54790_7_20 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259637-105259657 GGGCUGGAUCCAGAAACCUG 783
54790_7_21 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259655-105259675 UGUGGUGCCUCCUUCUCUUU 784
54790_7_23 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259665-105259685 CCUUCUCUUUUGGUUGUUCA 785
54790_7_31 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259682-105259702 UCAUGGAGCAUGUACUACAA 786
54790_7_35 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259713-105259733 UUGCCAGAAGCAAGAUCCCA 787
54790_7_41 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259730-105259750 CCAAGGAAGUUUAAGCUGCU 788
54790_7_42 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259731-105259751 CAAGGAAGUUUAAGCUGCUU 789
54790_7_44 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259732-105259752 AAGGAAGUUUAAGCUGCUUG 790
54790_7_48 TET2 ЭКЗОН + chr4:105259747-105259767 GCUUGGGGAUGACCCAAAAG 791
54790_7_53 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259632-105259652 UUCUGGAUCCAGCCCCUGAC 792
54790_7_54 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259649-105259669 AAGGAGGCACCACAGGUUUC 793
54790_7_56 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259656-105259676 AAAAGAGAAGGAGGCACCAC 794
54790_7_57 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259665-105259685 UGAACAACCAAAAGAGAAGG 795
54790_7_58 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259668-105259688 CCAUGAACAACCAAAAGAGA 796
54790_7_72 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259719-105259739 CUUCCUUGGGAUCUUGCUUC 797
54790_7_73 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259732-105259752 CAAGCAGCUUAAACUUCCUU 798
54790_7_74 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259733-105259753 CCAAGCAGCUUAAACUUCCU 799
54790_7_80 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259762-105259782 GAAGUAAACAAACCUCUUUU 800
54790_7_81 TET2 ЭКЗОН - chr4:105259763-105259783 GGAAGUAAACAAACCUCUUU 801
54790_8_8 TET2 ЭКЗОН + chr4:105261748-105261768 CUUUAUACAGGAAGAGAAAC 802
54790_8_12 TET2 ЭКЗОН + chr4:105261781-105261801 GCAAAACCUGUCCACUCUUA 803
54790_8_18 TET2 ЭКЗОН + chr4:105261826-105261846 ACCUGAUGCAUAUAAUAAUC 804
54790_8_27 TET2 ЭКЗОН - chr4:105261790-105261810 UUGGUGCCAUAAGAGUGGAC 805
54790_8_30 TET2 ЭКЗОН - chr4:105261795-105261815 AUAUGUUGGUGCCAUAAGAG 806
54790_8_34 TET2 ЭКЗОН - chr4:105261809-105261829 GGUGCAAGUUUCUUAUAUGU 807
54790_8_38 TET2 ЭКЗОН - chr4:105261830-105261850 ACCUGAUUAUUAUAUGCAUC 808
54790_9_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269623-105269643 CAGAGCACCAGAGUGCCGUC 809
54790_9_15 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269624-105269644 AGAGCACCAGAGUGCCGUCU 810
54790_9_19 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269632-105269652 AGAGUGCCGUCUGGGUCUGA 811
54790_9_20 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269636-105269656 UGCCGUCUGGGUCUGAAGGA 812
54790_9_22 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269651-105269671 AAGGAAGGCCGUCCAUUCUC 813
54790_9_24 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269652-105269672 AGGAAGGCCGUCCAUUCUCA 814
54790_9_25 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269653-105269673 GGAAGGCCGUCCAUUCUCAG 815
54790_9_27 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269668-105269688 CUCAGGGGUCACUGCAUGUU 816
54790_9_35 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269714-105269734 GACUUGCACAACAUGCAGAA 817
54790_9_37 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269725-105269745 CAUGCAGAAUGGCAGCACAU 818
54790_9_39 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269733-105269753 AUGGCAGCACAUUGGUAAGU 819
54790_9_40 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269734-105269754 UGGCAGCACAUUGGUAAGUU 820
54790_9_43 TET2 ЭКЗОН + chr4:105269740-105269760 CACAUUGGUAAGUUGGGCUG 821
54790_9_49 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269633-105269653 UUCAGACCCAGACGGCACUC 822
54790_9_50 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269641-105269661 GGCCUUCCUUCAGACCCAGA 823
54790_9_51 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269662-105269682 CAGUGACCCCUGAGAAUGGA 824
54790_9_52 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269666-105269686 CAUGCAGUGACCCCUGAGAA 825
54790_9_61 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269709-105269729 CAUGUUGUGCAAGUCUCUGU 826
54790_9_62 TET2 ЭКЗОН - chr4:105269710-105269730 GCAUGUUGUGCAAGUCUCUG 827
54790_10_10 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272578-105272598 AGAGAAGACAAUCGAGAAUU 828
54790_10_13 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272581-105272601 GAAGACAAUCGAGAAUUUGG 829
54790_10_16 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272592-105272612 AGAAUUUGGAGGAAAACCUG 830
54790_10_23 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272637-105272657 UUUAUACAAAGUCUCUGACG 831
54790_10_29 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272647-105272667 GUCUCUGACGUGGAUGAGUU 832
54790_10_30 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272648-105272668 UCUCUGACGUGGAUGAGUUU 833
54790_10_33 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272655-105272675 CGUGGAUGAGUUUGGGAGUG 834
54790_10_36 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272664-105272684 GUUUGGGAGUGUGGAAGCUC 835
54790_10_40 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272667-105272687 UGGGAGUGUGGAAGCUCAGG 836
54790_10_46 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272678-105272698 AAGCUCAGGAGGAGAAAAAA 837
54790_10_48 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272683-105272703 CAGGAGGAGAAAAAACGGAG 838
54790_10_49 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272694-105272714 AAAACGGAGUGGUGCCAUUC 839
54790_10_51 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272711-105272731 UUCAGGUACUGAGUUCUUUU 840
54790_10_55 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272723-105272743 GUUCUUUUCGGCGAAAAGUC 841
54790_10_64 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272759-105272779 CAGUCAAGACUUGCCGACAA 842
54790_10_71 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272805-105272825 AGCUGAAAAGCUUUCCUCCC 843
54790_10_78 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272832-105272852 CAGCUCAAAUAAAAAUGAAA 844
54790_10_81 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272880-105272900 ACAAACUGAAAACGCAAGCC 845
54790_10_82 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272892-105272912 CGCAAGCCAGGCUAAACAGU 846
54790_10_83 TET2 ЭКЗОН + chr4:105272896-105272916 AGCCAGGCUAAACAGUUGGC 847
54790_10_85 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272557-105272577 GUGAGAGUGCAUACCUGGUA 848
54790_10_87 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272558-105272578 AGUGAGAGUGCAUACCUGGU 849
54790_10_91 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272562-105272582 CUCUAGUGAGAGUGCAUACC 850
54790_10_99 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272611-105272631 ACGUGAAGCUGCUCAUCCUC 851
54790_10_105 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272638-105272658 ACGUCAGAGACUUUGUAUAA 852
54790_10_114 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272711-105272731 AAAAGAACUCAGUACCUGAA 853
54790_10_127 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272761-105272781 CUUUGUCGGCAAGUCUUGAC 854
54790_10_132 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272775-105272795 UGGCUUCUAGUUUCCUUUGU 855
54790_10_136 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272795-105272815 CUUUUCAGCUGCAGCUUUCU 856
54790_10_145 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272822-105272842 AUUUGAGCUGUUCUCCAGGG 857
54790_10_147 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272825-105272845 UUUAUUUGAGCUGUUCUCCA 858
54790_10_150 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272826-105272846 UUUUAUUUGAGCUGUUCUCC 859
54790_10_167 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272867-105272887 AGUUUGUUUUGUACGUGAUG 860
54790_10_168 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272868-105272888 CAGUUUGUUUUGUACGUGAU 861
54790_10_169 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272869-105272889 UCAGUUUGUUUUGUACGUGA 862
54790_10_177 TET2 ЭКЗОН - chr4:105272901-105272921 UACCUGCCAACUGUUUAGCC 863
54790_11_9 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275178-105275198 GUCAACUCUUAUUCUGCUUC 864
54790_11_14 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275203-105275223 CCACCAAUCCAUACAUGAGA 865
54790_11_19 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275256-105275276 UCACACACUUCAGAUAUCUA 866
54790_11_24 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275304-105275324 UCCACCUCAUCUCAAGCUGC 867
54790_11_34 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275346-105275366 AAUCCCAUGAACCCUUACCC 868
54790_11_35 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275347-105275367 AUCCCAUGAACCCUUACCCU 869
54790_11_44 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275391-105275411 UAUCCAUCAUAUCAAUGCAA 870
54790_11_47 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275405-105275425 AUGCAAUGGAAACCUAUCAG 871
54790_11_49 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275426-105275446 GGACAACUGCUCCCCAUAUC 872
54790_11_50 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275427-105275447 GACAACUGCUCCCCAUAUCU 873
54790_11_53 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275456-105275476 UUCUCCCCAGUCUCAGCCGA 874
54790_11_55 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275467-105275487 CUCAGCCGAUGGAUCUGUAU 875
54790_11_56 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275533-105275553 UCCAUACACUUUACCAGCCA 876
54790_11_59 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275538-105275558 ACACUUUACCAGCCAAGGUU 877
54790_11_65 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275571-105275591 AGUUUUACAUCUAAAUACUU 878
54790_11_68 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275577-105275597 ACAUCUAAAUACUUAGGUUA 879
54790_11_74 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275594-105275614 UUAUGGAAACCAAAAUAUGC 880
54790_11_77 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275595-105275615 UAUGGAAACCAAAAUAUGCA 881
54790_11_79 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275601-105275621 AACCAAAAUAUGCAGGGAGA 882
54790_11_85 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275643-105275663 AGACCAAAUGUACAUCAUGU 883
54790_11_86 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275644-105275664 GACCAAAUGUACAUCAUGUA 884
54790_11_92 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275675-105275695 UCCUUAUCCCACUCAUGAGA 885
54790_11_93 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275679-105275699 UAUCCCACUCAUGAGAUGGA 886
54790_11_96 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275690-105275710 UGAGAUGGAUGGCCACUUCA 887
54790_11_99 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275691-105275711 GAGAUGGAUGGCCACUUCAU 888
54790_11_104 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275735-105275755 CAAUCUGAGCAAUCCAAACA 889
54790_11_105 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275748-105275768 CCAAACAUGGACUAUAAAAA 890
54790_11_110 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275798-105275818 CCAUAACUACAGUGCAGCUC 891
54790_11_111 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275799-105275819 CAUAACUACAGUGCAGCUCC 892
54790_11_116 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275843-105275863 UGCCCUGCAUCUCCAAAACA 893
54790_11_120 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275874-105275894 AUGCUUUCCCACACAGCUAA 894
54790_11_121 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275875-105275895 UGCUUUCCCACACAGCUAAU 895
54790_11_129 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275928-105275948 GAUAGAACUGCUUGUGUCCA 896
54790_11_131 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275931-105275951 AGAACUGCUUGUGUCCAAGG 897
54790_11_133 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275958-105275978 CACAAAUUAAGUGAUGCUAA 898
54790_11_137 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275963-105275983 AUUAAGUGAUGCUAAUGGUC 899
54790_11_139 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275978-105275998 UGGUCAGGAAAAGCAGCCAU 900
54790_11_141 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275990-105276010 GCAGCCAUUGGCACUAGUCC 901
54790_11_142 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275991-105276011 CAGCCAUUGGCACUAGUCCA 902
54790_11_143 TET2 ЭКЗОН + chr4:105275996-105276016 AUUGGCACUAGUCCAGGGUG 903
54790_11_145 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276003-105276023 CUAGUCCAGGGUGUGGCUUC 904
54790_11_148 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276011-105276031 GGGUGUGGCUUCUGGUGCAG 905
54790_11_150 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276023-105276043 UGGUGCAGAGGACAACGAUG 906
54790_11_152 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276028-105276048 CAGAGGACAACGAUGAGGUC 907
54790_11_156 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276053-105276073 AGACAGCGAGCAGAGCUUUC 908
54790_11_158 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276066-105276086 AGCUUUCUGGAUCCUGACAU 909
54790_11_160 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276067-105276087 GCUUUCUGGAUCCUGACAUU 910
54790_11_162 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276068-105276088 CUUUCUGGAUCCUGACAUUG 911
54790_11_165 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276069-105276089 UUUCUGGAUCCUGACAUUGG 912
54790_11_168 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276074-105276094 GGAUCCUGACAUUGGGGGAG 913
54790_11_169 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276080-105276100 UGACAUUGGGGGAGUGGCCG 914
54790_11_172 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276093-105276113 GUGGCCGUGGCUCCAACUCA 915
54790_11_173 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276094-105276114 UGGCCGUGGCUCCAACUCAU 916
54790_11_182 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276160-105276180 CCCCUUUAAAGAAUCCCAAU 917
54790_11_186 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276175-105276195 CCAAUAGGAAUCACCCCACC 918
54790_11_193 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276225-105276245 AGCAUGAAUGAGCCAAAACA 919
54790_11_194 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276230-105276250 GAAUGAGCCAAAACAUGGCU 920
54790_11_196 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276238-105276258 CAAAACAUGGCUUGGCUCUU 921
54790_11_199 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276239-105276259 AAAACAUGGCUUGGCUCUUU 922
54790_11_200 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276251-105276271 GGCUCUUUGGGAAGCCAAAA 923
54790_11_210 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276275-105276295 UGAAAAAGCCCGUGAGAAAG 924
54790_11_214 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276294-105276314 GAGGAAGAGUGUGAAAAGUA 925
54790_11_217 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276324-105276344 UAUGUGCCUCAGAAAUCCCA 926
54790_11_221 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276340-105276360 CCCAUGGCAAAAAAGUGAAA 927
54790_11_223 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276341-105276361 CCAUGGCAAAAAAGUGAAAC 928
54790_11_231 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276409-105276429 UCAUCAAGUCUCUUGCCGAA 929
54790_11_236 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276466-105276486 CAUCUCCAUAUGCCUUCACU 930
54790_11_237 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276467-105276487 AUCUCCAUAUGCCUUCACUC 931
54790_11_239 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276474-105276494 UAUGCCUUCACUCGGGUCAC 932
54790_11_240 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276475-105276495 AUGCCUUCACUCGGGUCACA 933
54790_11_243 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276515-105276535 AUGAUAUCACCCCCUUUUGU 934
54790_11_252 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276573-105276593 GUAGUAUAGUUCUCAUGACG 935
54790_11_253 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276574-105276594 UAGUAUAGUUCUCAUGACGU 936
54790_11_256 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276580-105276600 AGUUCUCAUGACGUGGGCAG 937
54790_11_258 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276581-105276601 GUUCUCAUGACGUGGGCAGU 938
54790_11_259 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276582-105276602 UUCUCAUGACGUGGGCAGUG 939
54790_11_262 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276587-105276607 AUGACGUGGGCAGUGGGGAA 940
54790_11_263 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276611-105276631 CACAGUAUUCAUGACAAAUG 941
54790_11_265 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276614-105276634 AGUAUUCAUGACAAAUGUGG 942
54790_11_267 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276615-105276635 GUAUUCAUGACAAAUGUGGU 943
54790_11_271 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276646-105276666 CAGCUCACCAGCAACAAAAG 944
54790_11_273 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276677-105276697 CCAUAGCACUUAAUUUUCAC 945
54790_11_275 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276688-105276708 AAUUUUCACUGGCUCCCAAG 946
54790_11_280 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276698-105276718 GGCUCCCAAGUGGUCACAGA 947
54790_11_283 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276706-105276726 AGUGGUCACAGAUGGCAUCU 948
54790_11_285 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276738-105276758 AAGCAUUCUAUGCAAAAAGA 949
54790_11_288 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276741-105276761 CAUUCUAUGCAAAAAGAAGG 950
54790_11_289 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276742-105276762 AUUCUAUGCAAAAAGAAGGU 951
54790_11_291 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276743-105276763 UUCUAUGCAAAAAGAAGGUG 952
54790_11_297 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276780-105276800 CAAUUUACAUUUUUAAACAC 953
54790_11_302 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276792-105276812 UUAAACACUGGUUCUAUUAU 954
54790_11_316 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276885-105276905 AUAUCAAGUUUGCAUAGUCA 955
54790_11_321 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276925-105276945 UACUGUAGUAUUACAGUGAC 956
54790_11_323 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276945-105276965 AGGAAUCUUAAAAUACCAUC 957
54790_11_329 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276975-105276995 UAUAUGAUGUACUGAAAUAC 958
54790_11_330 TET2 ЭКЗОН + chr4:105276983-105277003 GUACUGAAAUACUGGAAUUA 959
54790_11_344 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277042-105277062 UUAUUUAUCAAAAUAGCUAC 960
54790_11_352 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277058-105277078 CUACAGGAAACAUGAAUAGC 961
54790_11_356 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277078-105277098 AGGAAAACACUGAAUUUGUU 962
54790_11_359 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277094-105277114 UGUUUGGAUGUUCUAAGAAA 963
54790_11_367 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277108-105277128 AAGAAAUGGUGCUAAGAAAA 964
54790_11_377 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277187-105277207 CUCCAGUGCCCUUGAAUAAU 965
54790_11_378 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277188-105277208 UCCAGUGCCCUUGAAUAAUA 966
54790_11_379 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277189-105277209 CCAGUGCCCUUGAAUAAUAG 967
54790_11_393 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277255-105277275 CAAGCUUAGUUUUUAAAAUG 968
54790_11_395 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277267-105277287 UUAAAAUGUGGACAUUUUAA 969
54790_11_401 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277274-105277294 GUGGACAUUUUAAAGGCCUC 970
54790_11_410 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277304-105277324 UCAUCCAGUGAAGUCCUUGU 971
54790_11_419 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277438-105277458 UGACAACUUGAACAAUGCUA 972
54790_11_437 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277501-105277521 AUGCAAAGUUGAUUUUUUUA 973
54790_11_465 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277599-105277619 ACAGCCAGUUAAAUCCACCA 974
54790_11_466 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277600-105277620 CAGCCAGUUAAAUCCACCAU 975
54790_11_467 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277601-105277621 AGCCAGUUAAAUCCACCAUG 976
54790_11_469 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277609-105277629 AAAUCCACCAUGGGGCUUAC 977
54790_11_472 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277617-105277637 CAUGGGGCUUACUGGAUUCA 978
54790_11_474 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277618-105277638 AUGGGGCUUACUGGAUUCAA 979
54790_11_478 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277649-105277669 AGUCCACAAAACAUGUUUUC 980
54790_11_492 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277753-105277773 AAGAAUUUUCUAUUAACUGC 981
54790_11_503 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277818-105277838 CUGAAGCCUAUGCUAUUUUA 982
54790_11_504 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277826-105277846 UAUGCUAUUUUAUGGAUCAU 983
54790_11_511 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277846-105277866 AGGCUCUUCAGAGAACUGAA 984
54790_11_524 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277924-105277944 UAAGUGUCCUCUUUAACAAG 985
54790_11_532 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277963-105277983 CCUGCAUAAGAUGAAUAAAC 986
54790_11_533 TET2 ЭКЗОН + chr4:105277964-105277984 CUGCAUAAGAUGAAUAAACA 987
54790_11_539 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278008-105278028 AGUUAAAAAGAAACAAAAAC 988
54790_11_541 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278015-105278035 AAGAAACAAAAACAGGCAGC 989
54790_11_542 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278025-105278045 AACAGGCAGCUGGUUUGCUG 990
54790_11_543 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278028-105278048 AGGCAGCUGGUUUGCUGUGG 991
54790_11_574 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278210-105278230 AAGCAGAAUUCACAUCAUGA 992
54790_11_587 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278310-105278330 CAUAUACCUCAACACUAGUU 993
54790_11_589 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278317-105278337 CUCAACACUAGUUUGGCAAU 994
54790_11_627 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278467-105278487 CCUUUUUGUUCUAAAAAUUC 995
54790_11_628 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278468-105278488 CUUUUUGUUCUAAAAAUUCA 996
54790_11_637 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278532-105278552 UGUUUAUGUAAAAUUGUUGU 997
54790_11_643 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278556-105278576 UAAUAAAUAUAUUCUUUGUC 998
54790_11_645 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278557-105278577 AAUAAAUAUAUUCUUUGUCA 999
54790_11_664 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278640-105278660 AACUAAUUUUGUAAAUCUGU 1000
54790_11_679 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278680-105278700 AAAAGCAUUUUAAAAGUUUG 1001
54790_11_686 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278704-105278724 AUCUUUUGACUGUUUCAAGC 1002
54790_11_700 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278748-105278768 AGAAUGCACUGAGUUGAUAA 1003
54790_11_701 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278749-105278769 GAAUGCACUGAGUUGAUAAA 1004
54790_11_703 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278762-105278782 UGAUAAAGGGAAAAAUUGUA 1005
54790_11_707 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278766-105278786 AAAGGGAAAAAUUGUAAGGC 1006
54790_11_708 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278773-105278793 AAAAUUGUAAGGCAGGAGUU 1007
54790_11_710 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278780-105278800 UAAGGCAGGAGUUUGGCAAG 1008
54790_11_711 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278787-105278807 GGAGUUUGGCAAGUGGCUGU 1009
54790_11_721 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278846-105278866 UUUGAUCCUGUAAUCACUGA 1010
54790_11_728 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278862-105278882 CUGAAGGUACAUACUCCAUG 1011
54790_11_729 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278878-105278898 CAUGUGGACUUCCCUUAAAC 1012
54790_11_731 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278892-105278912 UUAAACAGGCAAACACCUAC 1013
54790_11_733 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278897-105278917 CAGGCAAACACCUACAGGUA 1014
54790_11_734 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278927-105278947 CAGAUUGUACAAUUACAUUU 1015
54790_11_748 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278978-105278998 UAAAAUAAAUUCUUAAUCAG 1016
54790_11_751 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278981-105279001 AAUAAAUUCUUAAUCAGAGG 1017
54790_11_753 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278988-105279008 UCUUAAUCAGAGGAGGCCUU 1018
54790_11_754 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278989-105279009 CUUAAUCAGAGGAGGCCUUU 1019
54790_11_757 TET2 ЭКЗОН + chr4:105278998-105279018 AGGAGGCCUUUGGGUUUUAU 1020
54790_11_762 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279017-105279037 UUGGUCAAAUCUUUGUAAGC 1021
54790_11_772 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279052-105279072 UAAAAAAUUUCUUGAAUUUG 1022
54790_11_799 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279173-105279193 UUUGAUUACUACAUGUGCAU 1023
54790_11_813 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279240-105279260 ACUGUCAUUUGUUAAACUGC 1024
54790_11_818 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279254-105279274 AACUGCUGGCCAACAAGAAC 1025
54790_11_822 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279267-105279287 CAAGAACAGGAAGUAUAGUU 1026
54790_11_825 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279268-105279288 AAGAACAGGAAGUAUAGUUU 1027
54790_11_827 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279269-105279289 AGAACAGGAAGUAUAGUUUG 1028
54790_11_828 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279270-105279290 GAACAGGAAGUAUAGUUUGG 1029
54790_11_829 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279271-105279291 AACAGGAAGUAUAGUUUGGG 1030
54790_11_832 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279275-105279295 GGAAGUAUAGUUUGGGGGGU 1031
54790_11_833 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279276-105279296 GAAGUAUAGUUUGGGGGGUU 1032
54790_11_836 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279277-105279297 AAGUAUAGUUUGGGGGGUUG 1033
54790_11_841 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279292-105279312 GGUUGGGGAGAGUUUACAUA 1034
54790_11_851 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279311-105279331 AAGGAAGAGAAGAAAUUGAG 1035
54790_11_859 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279373-105279393 CCUGCCUCAGUUAGAAUGAA 1036
54790_11_864 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279402-105279422 GAUCUACAAUUUGCUAAUAU 1037
54790_11_865 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279411-105279431 UUUGCUAAUAUAGGAAUAUC 1038
54790_11_871 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279449-105279469 UACUUGAAAAUGCUUCUGAG 1039
54790_11_886 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279524-105279544 CAGUUCACUUCUGAAGCUAG 1040
54790_11_890 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279538-105279558 AGCUAGUGGUUAACUUGUGU 1041
54790_11_912 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279632-105279652 UUUCAUUUUCAUGAGAUGUU 1042
54790_11_920 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279648-105279668 UGUUUGGUUUAUAAGAUCUG 1043
54790_11_921 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279652-105279672 UGGUUUAUAAGAUCUGAGGA 1044
54790_11_928 TET2 ЭКЗОН + chr4:105279691-105279711 UAUUGUAAUGUUAUGAAUGC 1045
54790_11_954 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275038-105275058 UCGCAAAAGUUCUGUGGACA 1046
54790_11_955 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275039-105275059 GUCGCAAAAGUUCUGUGGAC 1047
54790_11_957 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275044-105275064 ACAAAGUCGCAAAAGUUCUG 1048
54790_11_960 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275165-105275185 AGUUGACAGACUCUGUCUGA 1049
54790_11_961 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275166-105275186 GAGUUGACAGACUCUGUCUG 1050
54790_11_970 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275206-105275226 CCGUCUCAUGUAUGGAUUGG 1051
54790_11_972 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275209-105275229 GGGCCGUCUCAUGUAUGGAU 1052
54790_11_973 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275214-105275234 GGAUUGGGCCGUCUCAUGUA 1053
54790_11_977 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275229-105275249 GGAUAAGGACUAACUGGAUU 1054
54790_11_978 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275230-105275250 UGGAUAAGGACUAACUGGAU 1055
54790_11_980 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275235-105275255 GAGUUUGGAUAAGGACUAAC 1056
54790_11_982 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275244-105275264 GUGUGUGAAGAGUUUGGAUA 1057
54790_11_984 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275250-105275270 UCUGAAGUGUGUGAAGAGUU 1058
54790_11_991 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275287-105275307 GGAAUAGAAGUUCAUAGGGC 1059
54790_11_992 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275291-105275311 AGGUGGAAUAGAAGUUCAUA 1060
54790_11_993 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275292-105275312 GAGGUGGAAUAGAAGUUCAU 1061
54790_11_999 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275308-105275328 ACCUGCAGCUUGAGAUGAGG 1062
54790_11_1001 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275311-105275331 UGAACCUGCAGCUUGAGAUG 1063
54790_11_1012 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275352-105275372 AGCCCAGGGUAAGGGUUCAU 1064
54790_11_1013 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275353-105275373 AAGCCCAGGGUAAGGGUUCA 1065
54790_11_1017 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275360-105275380 GAUUCAAAAGCCCAGGGUAA 1066
54790_11_1018 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275361-105275381 UGAUUCAAAAGCCCAGGGUA 1067
54790_11_1021 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275366-105275386 UAUUCUGAUUCAAAAGCCCA 1068
54790_11_1022 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275367-105275387 GUAUUCUGAUUCAAAAGCCC 1069
54790_11_1026 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275389-105275409 GCAUUGAUAUGAUGGAUAUU 1070
54790_11_1027 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275390-105275410 UGCAUUGAUAUGAUGGAUAU 1071
54790_11_1031 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275397-105275417 UUUCCAUUGCAUUGAUAUGA 1072
54790_11_1034 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275420-105275440 GGGAGCAGUUGUCCACUGAU 1073
54790_11_1035 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275440-105275460 AGAAUAGGAACCCAGAUAUG 1074
54790_11_1037 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275441-105275461 GAGAAUAGGAACCCAGAUAU 1075
54790_11_1040 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275442-105275462 GGAGAAUAGGAACCCAGAUA 1076
54790_11_1042 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275455-105275475 CGGCUGAGACUGGGGAGAAU 1077
54790_11_1046 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275463-105275483 AGAUCCAUCGGCUGAGACUG 1078
54790_11_1049 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275464-105275484 CAGAUCCAUCGGCUGAGACU 1079
54790_11_1050 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275465-105275485 ACAGAUCCAUCGGCUGAGAC 1080
54790_11_1055 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275475-105275495 GGAUACCUAUACAGAUCCAU 1081
54790_11_1058 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275496-105275516 UUAGACAGAGGGUCUUGGCU 1082
54790_11_1060 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275501-105275521 UGAGCUUAGACAGAGGGUCU 1083
54790_11_1061 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275507-105275527 GUAGACUGAGCUUAGACAGA 1084
54790_11_1062 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275508-105275528 GGUAGACUGAGCUUAGACAG 1085
54790_11_1067 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275529-105275549 UGGUAAAGUGUAUGGAUGGG 1086
54790_11_1068 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275532-105275552 GGCUGGUAAAGUGUAUGGAU 1087
54790_11_1069 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275533-105275553 UGGCUGGUAAAGUGUAUGGA 1088
54790_11_1072 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275537-105275557 ACCUUGGCUGGUAAAGUGUA 1089
54790_11_1075 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275549-105275569 GGCUAUUUCCAAACCUUGGC 1090
54790_11_1076 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275553-105275573 CUCUGGCUAUUUCCAAACCU 1091
54790_11_1079 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275570-105275590 AGUAUUUAGAUGUAAAACUC 1092
54790_11_1085 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275606-105275626 AACCAUCUCCCUGCAUAUUU 1093
54790_11_1089 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275641-105275661 AUGAUGUACAUUUGGUCUAA 1094
54790_11_1092 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275649-105275669 UUCCCUACAUGAUGUACAUU 1095
54790_11_1093 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275676-105275696 AUCUCAUGAGUGGGAUAAGG 1096
54790_11_1095 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275679-105275699 UCCAUCUCAUGAGUGGGAUA 1097
54790_11_1097 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275685-105275705 UGGCCAUCCAUCUCAUGAGU 1098
54790_11_1098 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275686-105275706 GUGGCCAUCCAUCUCAUGAG 1099
54790_11_1102 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275705-105275725 UAGAGGUGGCUCCCAUGAAG 1100
54790_11_1105 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275719-105275739 AUUGGGUGGUAAUCUAGAGG 1101
54790_11_1107 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275722-105275742 CAGAUUGGGUGGUAAUCUAG 1102
54790_11_1111 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275733-105275753 UUUGGAUUGCUCAGAUUGGG 1103
54790_11_1112 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275736-105275756 AUGUUUGGAUUGCUCAGAUU 1104
54790_11_1113 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275737-105275757 CAUGUUUGGAUUGCUCAGAU 1105
54790_11_1120 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275751-105275771 CCAUUUUUAUAGUCCAUGUU 1106
54790_11_1125 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275787-105275807 UAGUUAUGGAUUAUGUGAGA 1107
54790_11_1129 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275801-105275821 CCGGAGCUGCACUGUAGUUA 1108
54790_11_1133 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275820-105275840 AGAGAGCUGUUGAACAUGCC 1109
54790_11_1144 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275848-105275868 CUCCUUGUUUUGGAGAUGCA 1110
54790_11_1145 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275849-105275869 UCUCCUUGUUUUGGAGAUGC 1111
54790_11_1148 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275858-105275878 GCAUGUCAUUCUCCUUGUUU 1112
54790_11_1154 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275884-105275904 UGAUAACCCAUUAGCUGUGU 1113
54790_11_1155 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275885-105275905 UUGAUAACCCAUUAGCUGUG 1114
54790_11_1161 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275916-105275936 GUUCUAUCAUGGUUAAGAGC 1115
54790_11_1165 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275927-105275947 GGACACAAGCAGUUCUAUCA 1116
54790_11_1169 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275948-105275968 UUAAUUUGUGUAAGCCUCCU 1117
54790_11_1175 TET2 ЭКЗОН - chr4:105275997-105276017 ACACCCUGGACUAGUGCCAA 1118
54790_11_1176 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276011-105276031 CUGCACCAGAAGCCACACCC 1119
54790_11_1182 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276081-105276101 ACGGCCACUCCCCCAAUGUC 1120
54790_11_1186 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276100-105276120 UGACCCAUGAGUUGGAGCCA 1121
54790_11_1188 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276108-105276128 AUGAGAAUUGACCCAUGAGU 1122
54790_11_1200 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276157-105276177 GGGAUUCUUUAAAGGGGUUG 1123
54790_11_1202 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276163-105276183 CCUAUUGGGAUUCUUUAAAG 1124
54790_11_1203 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276164-105276184 UCCUAUUGGGAUUCUUUAAA 1125
54790_11_1205 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276165-105276185 UUCCUAUUGGGAUUCUUUAA 1126
54790_11_1207 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276177-105276197 CUGGUGGGGUGAUUCCUAUU 1127
54790_11_1209 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276178-105276198 CCUGGUGGGGUGAUUCCUAU 1128
54790_11_1211 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276191-105276211 AGACGAGGGAGAUCCUGGUG 1129
54790_11_1212 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276192-105276212 AAGACGAGGGAGAUCCUGGU 1130
54790_11_1214 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276193-105276213 AAAGACGAGGGAGAUCCUGG 1131
54790_11_1216 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276196-105276216 GUAAAAGACGAGGGAGAUCC 1132
54790_11_1219 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276205-105276225 CUUAUGCUGGUAAAAGACGA 1133
54790_11_1221 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276206-105276226 UCUUAUGCUGGUAAAAGACG 1134
54790_11_1228 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276218-105276238 GCUCAUUCAUGCUCUUAUGC 1135
54790_11_1230 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276240-105276260 CAAAGAGCCAAGCCAUGUUU 1136
54790_11_1241 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276268-105276288 ACGGGCUUUUUCAGCCAUUU 1137
54790_11_1246 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276286-105276306 ACACUCUUCCUCUUUCUCAC 1138
54790_11_1247 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276287-105276307 CACACUCUUCCUCUUUCUCA 1139
54790_11_1251 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276320-105276340 AUUUCUGAGGCACAUAGUCU 1140
54790_11_1252 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276321-105276341 GAUUUCUGAGGCACAUAGUC 1141
54790_11_1260 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276333-105276353 UUUUUGCCAUGGGAUUUCUG 1142
54790_11_1263 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276343-105276363 CCGUUUCACUUUUUUGCCAU 1143
54790_11_1265 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276344-105276364 CCCGUUUCACUUUUUUGCCA 1144
54790_11_1269 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276369-105276389 GAAGUUUCAUGUGGCUCAGC 1145
54790_11_1270 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276378-105276398 GUGGGCUCUGAAGUUUCAUG 1146
54790_11_1273 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276396-105276416 UUGAUGAAACGCAGGUAAGU 1147
54790_11_1274 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276397-105276417 CUUGAUGAAACGCAGGUAAG 1148
54790_11_1277 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276404-105276424 CAAGAGACUUGAUGAAACGC 1149
54790_11_1281 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276427-105276447 GGUCACGGACAUGGUCCUUU 1150
54790_11_1282 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276436-105276456 GGAGUCUGUGGUCACGGACA 1151
54790_11_1284 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276442-105276462 UACUGUGGAGUCUGUGGUCA 1152
54790_11_1286 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276448-105276468 UGUAGUUACUGUGGAGUCUG 1153
54790_11_1288 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276457-105276477 AUAUGGAGAUGUAGUUACUG 1154
54790_11_1290 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276474-105276494 GUGACCCGAGUGAAGGCAUA 1155
54790_11_1294 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276481-105276501 AGGCCCUGUGACCCGAGUGA 1156
54790_11_1297 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276501-105276521 UAUCAUAUAUAUCUGUUGUA 1157
54790_11_1300 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276527-105276547 GUGAGGUAACCAACAAAAGG 1158
54790_11_1301 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276528-105276548 AGUGAGGUAACCAACAAAAG 1159
54790_11_1303 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276529-105276549 AAGUGAGGUAACCAACAAAA 1160
54790_11_1305 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276530-105276550 CAAGUGAGGUAACCAACAAA 1161
54790_11_1310 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276544-105276564 GGUUGUGGUCUUUUCAAGUG 1162
54790_11_1312 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276559-105276579 UACUACUGACAGGUUGGUUG 1163
54790_11_1313 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276565-105276585 GAACUAUACUACUGACAGGU 1164
54790_11_1314 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276569-105276589 AUGAGAACUAUACUACUGAC 1165
54790_11_1331 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276646-105276666 CUUUUGUUGCUGGUGAGCUG 1166
54790_11_1334 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276656-105276676 AAGAUAACCUCUUUUGUUGC 1167
54790_11_1336 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276680-105276700 CCAGUGAAAAUUAAGUGCUA 1168
54790_11_1339 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276705-105276725 GAUGCCAUCUGUGACCACUU 1169
54790_11_1344 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276706-105276726 AGAUGCCAUCUGUGACCACU 1170
54790_11_1354 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276738-105276758 UCUUUUUGCAUAGAAUGCUU 1171
54790_11_1363 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276780-105276800 GUGUUUAAAAAUGUAAAUUG 1172
54790_11_1370 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276841-105276861 AGAGUUGUAAGCGGGGGGGG 1173
54790_11_1371 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276842-105276862 UAGAGUUGUAAGCGGGGGGG 1174
54790_11_1374 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276843-105276863 GUAGAGUUGUAAGCGGGGGG 1175
54790_11_1376 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276844-105276864 UGUAGAGUUGUAAGCGGGGG 1176
54790_11_1378 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276845-105276865 GUGUAGAGUUGUAAGCGGGG 1177
54790_11_1379 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276846-105276866 UGUGUAGAGUUGUAAGCGGG 1178
54790_11_1382 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276847-105276867 AUGUGUAGAGUUGUAAGCGG 1179
54790_11_1383 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276848-105276868 GAUGUGUAGAGUUGUAAGCG 1180
54790_11_1386 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276849-105276869 AGAUGUGUAGAGUUGUAAGC 1181
54790_11_1388 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276850-105276870 CAGAUGUGUAGAGUUGUAAG 1182
54790_11_1394 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276876-105276896 AAACUUGAUAUUAUUAAAAG 1183
54790_11_1406 TET2 ЭКЗОН - chr4:105276963-105276983 AUCAUAUAUUCAGCACCAGA 1184
54790_11_1440 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277160-105277180 AUAGCAUCUUGAUGAUAUAA 1185
54790_11_1444 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277192-105277212 CCCCUAUUAUUCAAGGGCAC 1186
54790_11_1446 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277198-105277218 AAGGUACCCCUAUUAUUCAA 1187
54790_11_1447 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277199-105277219 AAAGGUACCCCUAUUAUUCA 1188
54790_11_1451 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277217-105277237 UGAUAAAAACUUGAAUGAAA 1189
54790_11_1457 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277246-105277266 AACUAAGCUUGUGUAAGAAU 1190
54790_11_1463 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277293-105277313 ACUGGAUGAGCAAAAUCCAG 1191
54790_11_1469 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277311-105277331 UUGUCCUACAAGGACUUCAC 1192
54790_11_1471 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277321-105277341 AUAUCGUUUAUUGUCCUACA 1193
54790_11_1478 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277432-105277452 UGUUCAAGUUGUCAAAGCUU 1194
54790_11_1501 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277563-105277583 AUUGCUCAUCAGCAGAUGCA 1195
54790_11_1505 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277591-105277611 UUAACUGGCUGUGUUAAAAA 1196
54790_11_1507 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277606-105277626 AGCCCCAUGGUGGAUUUAAC 1197
54790_11_1509 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277616-105277636 GAAUCCAGUAAGCCCCAUGG 1198
54790_11_1512 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277619-105277639 CUUGAAUCCAGUAAGCCCCA 1199
54790_11_1517 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277655-105277675 GCACCAGAAAACAUGUUUUG 1200
54790_11_1547 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277827-105277847 UAUGAUCCAUAAAAUAGCAU 1201
54790_11_1553 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277879-105277899 GUACAUAAUUAUCAACACAA 1202
54790_11_1558 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277934-105277954 GCUCAAUCCUCUUGUUAAAG 1203
54790_11_1565 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277966-105277986 CCUGUUUAUUCAUCUUAUGC 1204
54790_11_1574 TET2 ЭКЗОН - chr4:105277996-105278016 UUUUAACUGACAGAUUCACA 1205
54790_11_1613 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278246-105278266 CAUUAUGAUAUAUUUGUAGC 1206
54790_11_1621 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278304-105278324 UGUUGAGGUAUAUGACAAGU 1207
54790_11_1624 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278319-105278339 CUAUUGCCAAACUAGUGUUG 1208
54790_11_1630 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278373-105278393 AAGGACUUGGAAAAAAAUGA 1209
54790_11_1636 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278386-105278406 UAACAAUAAAAAAAAGGACU 1210
54790_11_1643 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278392-105278412 UUUUUUUAACAAUAAAAAAA 1211
54790_11_1647 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278423-105278443 AGAAAUCAAGUAUUGAAAAA 1212
54790_11_1658 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278470-105278490 CCUGAAUUUUUAGAACAAAA 1213
54790_11_1667 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278513-105278533 ACAGGUGACAUGUUGGCAUA 1214
54790_11_1669 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278514-105278534 CACAGGUGACAUGUUGGCAU 1215
54790_11_1674 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278520-105278540 CAUAAACACAGGUGACAUGU 1216
54790_11_1675 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278531-105278551 CAACAAUUUUACAUAAACAC 1217
54790_11_1682 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278589-105278609 AGAAGGGAUUCAAAAUAAAA 1218
54790_11_1683 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278590-105278610 UAGAAGGGAUUCAAAAUAAA 1219
54790_11_1685 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278605-105278625 CAUGUACAAGUAAAAUAGAA 1220
54790_11_1687 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278606-105278626 ACAUGUACAAGUAAAAUAGA 1221
54790_11_1733 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278813-105278833 GAGAGUUACAAGUAAGUCUC 1222
54790_11_1739 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278855-105278875 UAUGUACCUUCAGUGAUUAC 1223
54790_11_1746 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278880-105278900 CUGUUUAAGGGAAGUCCACA 1224
54790_11_1749 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278892-105278912 GUAGGUGUUUGCCUGUUUAA 1225
54790_11_1751 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278893-105278913 UGUAGGUGUUUGCCUGUUUA 1226
54790_11_1754 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278910-105278930 CUGUUGCACACCAUACCUGU 1227
54790_11_1758 TET2 ЭКЗОН - chr4:105278953-105278973 UAGUAAGCAAAAAUGUAUUU 1228
54790_11_1768 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279007-105279027 AUUUGACCAAUAAAACCCAA 1229
54790_11_1784 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279084-105279104 UUUUGGAAAUGUUUGCAAAU 1230
54790_11_1789 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279101-105279121 GUAAGCAAAGCAAACAUUUU 1231
54790_11_1792 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279127-105279147 CAAAAAACAUUAAAAUCAUG 1232
54790_11_1796 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279154-105279174 AUGUUUGGGGCUAGAUAUUA 1233
54790_11_1797 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279167-105279187 AUGUAGUAAUCAAAUGUUUG 1234
54790_11_1798 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279168-105279188 CAUGUAGUAAUCAAAUGUUU 1235
54790_11_1800 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279169-105279189 ACAUGUAGUAAUCAAAUGUU 1236
54790_11_1803 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279212-105279232 CAGAAAUCAAAUAUUAAGAA 1237
54790_11_1809 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279240-105279260 GCAGUUUAACAAAUGACAGU 1238
54790_11_1814 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279266-105279286 ACUAUACUUCCUGUUCUUGU 1239
54790_11_1832 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279376-105279396 CCAUUCAUUCUAACUGAGGC 1240
54790_11_1833 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279380-105279400 CUUUCCAUUCAUUCUAACUG 1241
54790_11_1841 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279449-105279469 CUCAGAAGCAUUUUCAAGUA 1242
54790_11_1877 TET2 ЭКЗОН - chr4:105279748-105279768 AACACUCACAUAGCAUUAUC 1243

Системы редактирования генов TALEN

TALEN получают искусственным образом путем слияния эффекторного ДНК-связывающего домена TAL с доменом расщепления ДНК. Эффекты активатора транскрипции (TALE) можно модифицировать способами инженерии для связывания с любой желаемой последовательностью ДНК, включая часть гена HLA или TCR. Путем комбинирования модифицированных способами инженерии TALE с доменом расщепления ДНК можно получать фермент рестрикции, который является специфичным к любой желаемой последовательности ДНК, включая последовательность HLA или TCR. Затем их можно вводить в клетку, где их можно использовать для редактирования генома. Boch (2011) Nature Biotech. 29: 135-6; и Boch et al. (2009) Science 326: 1509-12; Moscou et al. (2009) Science 326: 3501.

TALE представляют собой белки, секретируемые бактериями Xanthomonas. ДНК-связывающий домен содержит повторяющуюся высококонсервативную последовательность из 33-34 аминокислот, за исключением 12-ой и 13-ой аминокислот. Эти два положения являются в высокой степени вариабельными, демонстрируя строгую корреляцию со специфическим распознаванием нуклеотидов. Таким образом, их можно модифицировать способами инженерии для связывания с желаемой последовательностью ДНК.

Для получения TALEN белок TALE подвергают слиянию с нуклеазой (N), которая представляет собой эндонуклеазу FokI дикого типа или мутантную эндонуклеазу FokI. В FokI было внесено несколько мутаций для ее применения в TALEN; они, например, повышают специфичность расщепления или активность. Cermak et al. (2011) Nucl. Acids Res. 39: e82; Miller et al. (2011) Nature Biotech. 29: 143-8; Hockemeyer et al. (2011) Nature Biotech. 29: 731-734; Wood et al. (2011) Science 333: 307; Doyon et al. (2010) Nature Methods 8: 74-79; Szczepek et al. (2007) Nature Biotech. 25: 786-793; и Guo et al. (2010) J. Mol. Biol. 200: 96.

Домен FokI функционирует в качестве димера, требующего две конструкции с уникальными ДНК-связывающими доменами для участков в геноме-мишени с надлежащей ориентаций и расстояниями. Как число аминокислотных остатков между ДНК-связывающим доменом TALE и доменом расщепления FokI, так и число оснований между двумя индивидуальными участками связывания TALEN, по-видимому, являются важными параметрами для достижения высоких уровней активности. Miller et al. (2011) Nature Biotech. 29: 143-8.

TALEN против Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, можно использовать внутри клетки для обеспечения двухцепочечного разрыва (DSB). Мутацию можно вносить в участке разрыва, если механизмы репарации ненадлежащим образом репарируют разрыв посредством негомологичного соединения концов. Например, ненадлежащая репарация может вносить мутацию со сдвигом рамки считывания. Альтернативно вместе с TALEN в клетку можно вводить чужеродную ДНК, например, ДНК, кодирующую CAR, например, как описано в настоящем описании; в зависимости от последовательности чужеродной ДНК и хромосомной последовательности, этот процесс можно использовать для встраивания ДНК, кодирующей CAR, например, как описано в настоящем описании, в или вблизи участка, на который нацелен TALEN. Как показано в настоящем описании в примерах, но без связи с теорией, такое встраивание может приводить экспрессии CAR, а также нарушению гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Такую чужеродную молекулу ДНК называют в настоящем описании "матричной ДНК". В некоторых вариантах осуществления матричная ДНК дополнительно содержит плечи гомологии с 5'-стороны, с 3'-стороны или как с 5'-, так и с 3'-стороны от нуклеиновой кислоты матричной ДНК, которая кодирует представляющую интерес молекулу или молекулы (например, которая кодирует CAR, описанный в настоящем описании), где указанные плечи гомологии комплементарны последовательности геномной ДНК, фланкирующей последовательность-мишень.

TALEN, специфичные к последовательностям в Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, можно конструировать с использованием любого способа, известного в данной области, включая различные схемы с использованием модульных компонентов. Zhang et al. (2011) Nature Biotech. 29: 149-53; Geibler et al. (2011) PLoS ONE 6: e19509; US 8420782; US 8470973, содержание которых включено в настоящее описание путем ссылок в полном объеме.

Нуклеаза с цинковыми пальцами для ингибирования Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2

"ZFN" или "нуклеаза с цинковыми пальцами" относятся к нуклеазе с цинковыми пальцами, которая представляет собой искусственную нуклеазу, которую можно использовать для модификации, например, делеции, одной или нескольких нуклеиновых кислот с желаемой последовательностью нуклеиновой кислоты, например, Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Подобно TALEN, ZFN содержит нуклеазный домен FokI (или его производное), слитый с ДНК-связывающим доменом. В случае ZFN ДНК-связывающий домен содержит один или несколько цинковых пальцев. Carroll et al. (2011) Genetics Society of America 188: 773-782; и Kim et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 1156-1160.

Цинковый палец представляет собой небольшой белковый структурный мотив, стабилизированный одним или несколькими ионами цинка. Цинковый палец может содержать, например, Cys2His2, и может распознавать последовательность размером приблизительно 3 п.о. Различные цинковые пальцы известной специфичности можно комбинировать для получения полипептидов с несколькими пальцами, которые распознают последовательности размером приблизительно 6, 9, 12, 15 или 18 п.о. Для получения цинковых пальцев (и их комбинаций), распознающих конкретные последовательности, доступны различные способы селекции и модульной сборки, включая фаговый дисплей, дрожжевые моногибридные системы, бактериальные моногибридные и двухгибридные системы и клетки млекопитающих.

Подобно TALEN, ZFN должна димеризоваться для расщепления ДНК. Таким образом, для нацеливания на непалиндромные участки ДНК требуется пара ZFN. Две индивидуальных ZFN должны связывать противоположные цепи ДНК, причем между их нуклеазами должно быть надлежащее пространство. Bitinaite et al. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 10570-5.

Также подобно TALEN, ZFN может вносить двухцепочечный разрыв в ДНК, что может приводить к мутации со сдвигом рамки считывания при ненадлежащей репарации, вызывая снижение экспрессии и количества Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, в клетке. ZFN также можно использовать с гомологичной рекомбинацией для внесения мутации в ген Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, или для внесения нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в участок в или вблизи последоватлеьности-мишени. Как описано выше, нуклеиновая кислота, кодирующая CAR, может быть внесена в качестве части матричной ДНК. В некоторых вариантах осуществления матричная ДНК дополнительно содержит плечи гомологии с 5'-стороны, с 3'-стороны или как с 5'-, так и с 3'-стороны от нуклеиновой кислоты матричной ДНК, которая кодирует представляющую интерес молекулу или молекулы (например, которая кодирует CAR, описанный в настоящем описании), где указанные плечи гомологии комплементарны последовательности геномной ДНК, фланкирующей последовательность-мишень.

ZFN, специфичные к последовательностям в гене Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, можно конструировать с использованием любого способа, известного в данной области. См., например, Provasi (2011) Nature Med. 18: 807-815; Torikai (2013) Blood 122: 1341-1349; Cathomen et al. (2008) Mol. Ther. 16: 1200-7; и Guo et al. (2010) J. Mol. Biol. 400: 96; публикацию патента США 2011/0158957; и публикацию патента США 2012/0060230, содержание которых включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме. В некоторых вариантах осуществления система редактирования генов ZFN также может содержать нуклеиновую кислоту, кодирующую один или несколько компонентов системы редактирования генов ZFN, например, системы редактирования генов ZFN, нацеленной на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Без связи с теорией полагают, что использование систем редактирования генов (например, систем редактирования генов CRISPR/Cas), которые нацелены на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, может позволить ингибирование одной или нескольких функций Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, обеспечивая событие редактирования, которое приводит к экспрессии укороченного Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. Вновь, без связи с теорией, такие укороченные белки Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, могут сохранять одну или несколько функций Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 (например, каркасная функция), одновременно ингибируя одну или несколько других функций, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 (например, каталитическая функция), и в силу этого могут быть предпочтительными. Системы редактирования генов, которые нацелены на поздний экзон или интрон гена Tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, гена Tet2, могут быть особенно предпочтительными в этом отношении. В одном аспекте ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2, системы редактирования генов по изобретению нацелен на поздний экзон или интрон гена tet. В одном аспекте ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2 система редактирования генов по изобретению нацелен на экзон или интрон ниже экзона 8. В одном аспекте ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2, системы редактирования генов нацелен на экзон 8 или экзон 9, например, экзон 9, гена tet2.

Без связи с теорией полагают, что в других вариантах осуществления также может быть предпочтительным на ранний экзон или интрон гена Tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, гена Tet2, например, для внесения преждевременного стоп-кодона в ген-мишень, что приводит к отсутствию продукта гена или экспрессии полностью нефункционального продукта гена. Системы редактирования генов, которые нацелены на ранний экзон или интрон гена Tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, гена Tet2, может быть особенно предпочтительной в этом отношении. В одном аспекте ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2, системы редактирования генов по изобретению нацелен на ранний экзон или интрон гена tet. В одном аспекте ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2 система редактирования генов по изобретению нацелен на экзон или интрон выше экзона 4. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet, например, ингибитор Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, ингибитор Tet2 системы редактирования генов, нацелен на экзон 1, экзон 2, или экзон 3, например, экзон 3, гена tet2.

Без связи с теорией, в других вариантах осуществления также может быть предпочтительным нацеливание на последовательность гена Tet, например, гена Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, гена Tet2, которое является специфичным к одной или нескольким изоформам tet (например, ген tet2), но не влияет на одну или несколько других изоформ tet (например Tet2). В некоторых вариантах осуществления может быть предпочтительным специфическое нацеливание на изоформы tet (например Tet2), которые содержат каталитический домен.

Ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, на основе дцРНК, например, миРНК или кшРНК

В качестве ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 в соответствии с настоящим изобретением можно использовать двухцепочечную РНК ("дцРНК"), например, миРНК или кшРНК. Также в рамках настоящего изобретения предусматривается применение нуклеиновой кислоты, кодирующей указанные ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, на основе дцРНК.

В одном варианте осуществления ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, представляет собой нуклеиновую кислоту, например, дцРНК, например, миРНК или кшРНК, специфичную к нуклеиновой кислоте, кодирующей Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, геномной ДНК или мРНК, кодирующей Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Один аспект изобретения предусматривает композицию, содержащую дцРНК, например, миРНК или кшРНК, содержащую по меньшей мере 15 последовательно расположенных нуклеотидов, например, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25 последовательно расположенных нуклеотидов, например, 21 последовательно расположенный нуклеотид, которые комплементарны (например, на 100% комплементарны) последовательности нуклеиновой кислоты Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 (например, геномной ДНК или мРНК, кодирующей Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2). В некоторых вариантах осуществления по меньшей мере 15 последовательно расположенных нуклеотидов, например, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 или 25 последовательно расположенных нуклеотидов, например, 21 последовательно расположенный нуклеотид, включают последовательно расположенные нуклеотиды последовательности-мишени кшРНК или нуклеиновой кислоты, кодирующей кшРНК Tet2, приведенной в таблице 4. Понятно, что некоторые из последовательностей-мишеней и/или молекул кшРНК присутствуют в качестве ДНК, однако средства на основе дцРНК, нацеленные на эти последовательности или содержащие эти последовательности, могут представлять собой РНК, или любой нуклеотид, модифицированный нуклеотид или их заместитель, описанный в настоящем описании и/или известный в данной области, при условии, что молекула все еще может опосредовать РНК-интерференцию.

В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, функционально связана с промотором, например, промотором, происходящим из H1 или U6, так что молекула дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, экспрессируется в экспрессирующей CAR клетке. См. например, Tiscornia G., "Development of Lentiviral Vectors Expressing siRNA", Chapter 3, Gene Transfer: Delivery and Expression of DNA and RNA (eds. Friedmann и Rossi). Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2007; Brummelkamp TR, et al. (2002) Science 296: 550-553; Miyagishi M, et al. (2002) Nat. Biotechnol. 19: 497-500. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, находится на том же векторе, например, лентивирусном векторе, который содержит молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует компонент, например, все компоненты, CAR. В таком варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, расположена на векторе, например, лентивирусном векторе с 5'-стороны или с 3'-стороны от нуклеиновой кислоты, которая кодирует компонент, например, все компоненты CAR. Молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, может транскрибироваться в том же или отличающемся положении относительно нуклеиновой кислоты, которая кодирует компонент, например, все компоненты, CAR. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, находится на векторе, отличном от вектора, который содержит молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует компонент, например, все компоненты, CAR. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, временно экспрессируется в экспрессирующей CAR клетке. В одном варианте осуществления молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует молекулу дцРНК, которая ингибирует экспрессию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, стабильно встраивается в геном экспрессирующей CAR клетки.

Примеры последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют последовательности кшРНК, представлены ниже. Последовательность-мишень относится к последовательности в геномной ДНК Tet2 (или окружающей ДНК). Нуклеиновая кислота, кодирующая кшРНК против Tet2, кодирует молекулы кшРНК, пригодные в рамках настоящего изобретения. В одном варианте осуществления ингибитор Tet2 представляет собой миРНК или кшРНК, специфичную к последовательности-мишени, приведенной ниже, или специфичную к комплементарной ей мРНК. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 представляет собой кшРНК, кодируемую нуклеиновой кислотой, кодирующей кшРНК против Tet2, согласно таблице 4 ниже. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 представляет собой нуклеиновую кислоту, содержащую нуклеиновую кислоту, кодирующую кшРНК против Tet2 согласно таблице 4 ниже, например, которая находится под контролем промотора U6 или H1, так чтобы продуцировалась кшРНК против Tet2. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к миРНК или кшРНК, содержащей последовательность, которая является аналогом РНК (т.е. все остатки нуклеиновой кислоты T заменены остатками нуклеиновой кислоты U) последовательности-мишени кшРНК, например, последовательности-мишени кшРНК любой из кшРНК, приведенных в таблице 4.

Таблица 4

НАЗВАНИЕ кшРНК Последовательность-мишень кшРНК Нуклеиновая кислота, кодирующая кшРНК против Tet2
TET2 TET2-3838_76472_insert
(кшРНК против TET2 #1)
CACATGGCGTTTATCCAGAAT (SEQ ID NO: 1244) CACATGGCGTTTATCCAGAAT CTCGAGATTCTGGATAAACGCCATGTGTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCACACACAGTACACACACTGACGTTTCGCCGTCTTC (SEQ ID NO: 1253)
TET2 TET2_NM_017628.4_25616_concept
(кшРНК против TET2 #2)
CAGATGCACAGGCCAATTAAG (SEQ ID NO: 1245) GAAGACGCACCGGCAGATGTACAGGCTAATTAAGGTTAATATTCATAGCCTTAATTGGCCTGTGCATCTGTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCAACACGTCAACCAGTGTCAGTGTTTCGCCGT (SEQ ID NO: 1254)
TET2 TET2_NM_017628.4_25625_concept
(кшРНК против TET2 #3)
GAGCTGCTGAATTCAACTAGA (SEQ ID NO: 1246) GAAGACGCACCGGGAGCTGCTGAATTCAATTAGAGTTAATATTCATAGCTCTAGTTGAATTCAGCAGCTCTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCATGCAGTCAACCAGTGTCAACCATTCGCCGT (SEQ ID NO: 1255)
TET2 TET2-6571_76471_target
(кшРНК против TET2 #4)
CAGATCGCCATAACATAAATA (SEQ ID NO: 1247) CAGATCGCCATAACATAAATACTCGAGTATTTATGTTATGGCGATCTGTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCATGACCAGTACACACACTGCATGTTCGCCGTCTTC (SEQ ID NO: 1256)
TET2 TET2_NM_017628.4_25619_target
(кшРНК против TET2 #5)
GACCATGGAGCAGCATCTGAA (SEQ ID NO: 1248) GAAGACGCACCGGGACCATGGAGTAGCATTTGAAGTTAATATTCATAGCTTCAGATGCTGCTCCATGGTCTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCATGGTGTCAACCAGTGTCAGTTGTTCGCCGT (SEQ ID NO: 1257)
TET2 кшРНК против TET2 #6 GCCAAGTCATTATTTGACCAT (SEQ ID NO: 1249) GCCAAGTCATTATTTGACCATCTCGAGATGGTCAAATAATGACTTGGCTTTTTTGA (SEQ ID NO: 1258)
TET2 кшРНК против TET2 #7 CCTCAGAGATATTGTGGGTTT (SEQ ID NO: 1250) CCTCAGAGATATTGTGGGTTTCTCGAGAAACCCACAATATCTCTGAGGTTTTTTGA (SEQ ID NO: 1259)
TET2 кшРНК против TET2 #8 GGGTAAGCCAAGAAAGAAA (SEQ ID NO: 1251) GGGTAAGCCAAGAAAGAAACTCGAGTTTCTTTCTTGGCTTACCCTTTTTTGA (SEQ ID NO: 1260)
TET2 TET2 8 long
(кшРНК против TET2 #9)
GGGTAAGCCAAGAAAGAAA (SEQ ID NO: 1252) GAAGACGCACCGGGGGTAAGCCAAGAAAGAAAGTTAATATTCATAGCTTTCTTTCTTGGCTTACCCTTTTTTGAATTCGCACCAGCACGCTACGCAACACGTCAACCAGTGTCAGTGTTTCGCCGT (SEQ ID NO: 1261)

Дополнительный ингибитор Tet2 на основе молекул дцРНК, например, кшРНК и миРНК, можно конструировать и тестировать с использованием способов, известных в данной области и описанных в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1358. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1359. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1360. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1361. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1362. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность SEQ ID NO: 1363. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, нацелен на последовательность мРНК, кодирующей Tet2.

В некоторых вариантах осуществления ингибитор представляет собой нуклеиновую кислоту, например, ДНК, кодирующую ингибитор Tet2 на основе дцРНК, например, кшРНК или миРНК, согласно любому из описанных выше вариантов осуществления. В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота, например, ДНК, находится в векторе, например, любой общепринятой экспрессирующей системе, например, как описано в настоящем описании, например, в лентивирусном векторе.

Без связи с теорией, ингибитор TET на основе дцРНК (например, миРНК или кшРНК), нацеленный на последовательность мРНК гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например, мРНК Tet2, который специфичен к одной или нескольким изоформам tet (например Tet2), но не влияет на одну или несколько других изоформ tet (например Tet2) (например, вследствие нацеливания на уникальную точку сплайсинга или нацеливания на домен, который присутствует в одной или нескольких изоформах tet, например Tet2, но не присутствует в одной или нескольких других изоформах tet, например Tet2). В некоторых вариантах осуществления может быть предпочтительным специфическое нацеливание на изоформы tet (например Tet2), которые содержат каталитический домен.

Низкомолекулярные соединения

Ингибиторы Tet

В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet представляет собой низкомолекулярное соединение, которое ингибирует экспрессию и/или функцию Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2.

Ингибиторы Tet2

В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 представляет собой низкомолекулярное соединение, которое ингибирует экспрессию и/или функцию Tet2. Например, ингибитором Tet2 в соответствии с настоящим изобретением является 2-гидроксиглутарат (CAS #2889-31-8).

В другом примере ингибитор Tet2 в соответствии с настоящим изобретением имеет следующую структуру:

Плурипотин SC1

В другом примере ингибитор Tet2 в соответствии с настоящим изобретением представляет собой N-[3-[7-(2,5-диметил-2H-пиразол-3-иламино)-1-метил-2-оксо-1,4-дигидро-2H-пиримидо[4,5-d]пиримидин-3-ил]-4-метилфенил]-3-трифторметилбензамид (CAS #839707-37-8) и имеет следующую структуру:

В другом примере ингибитор Tet2 в соответствии с настоящим изобретением представляет собой 2-[(2,6-дихлор-3-метилфенил)амино]бензойную кислоту (CAS # 644-62-2) и имеет следующую структуру:

меклофенаминовая кислота

В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 по настоящему изобретению представляет собой фармацевтически приемлемую соль любого из вышеуказанных.

Ингибиторы HDAC

В соответствии с настоящим изобретением можно использовать любые известные ингибиторы HDAC. Неограничивающие примеры ингибиторов HDAC включают Вониностат (Zolinza®); Ромидепсин (Istodax®); Трихостатин A (TSA); Оксамфлатин; Вориностат (Zolinza®, субероиланилидгидроксамовая кислота); Пироксамид (субероил-3-аминопиридинамидгидроксамовая кислота); Трапоксин A (RF-1023A); Трапоксин B (RF-10238); цикло[(αS,2S)-α-амино-η-оксо-2-оксираноктаноил-O-метил-D-тирозил-L-изолейцил-L-пролил] (Cyl-1); цикло[(αS,2S)-α-амино-η-оксо-2-оксираноктаноил-O-метил-D-тирозил-L-изолейцил-(2S)-2-пиперидинкарбонил] (Cyl-2); цикло[L-аланил-D-аланил-(2S)-η-оксо-L-α-аминооксираноктаноил-D-пролил] (HC-токсин); цикло[(αS,2S)-α-амино-η-оксо-2-оксираноктаноил-D-фенилаланил-L-лейцил-(2S)-2-пиперидинкарбонил] (WF-3161); Хламидоцин ((S)-цикло(2-метилаланил-L-фенилаланил-D-пролил-η-оксо-L-α-аминооксираноктаноил); Апидицин (цикло(8-оксо-L-2-аминодеканоил-1-метокси-L-триптофил-L-изолейцил-D-2-пиперидинкарбонил); Ромидепсин (Istodax®, FR-901228); 4-фенилбутират; Спирухостатин A; Милпроин (вальпроевая кислота); Энтиностат (MS-275, N-(2-аминофенил)-4-[N-(пиридин-3-илметоксикарбонил)-амино-метил]-бензамид); Депудецин (4,5:8,9-диангидро-1,2,6,7,11-пентадезокси-D-трео-D-идо-ундека-1,6-диенитол); 4-(ацетиламино)-N-(2-аминофенил)-бензамид (также известный как CI-994); N1-(2-аминофенил)-N8-фенилоктандиамид (также известный как BML-210); 4-(диметиламино)-N-(7-(гидроксиамино)-7-оксогептил)бензамид (также известный как M344); (E)-3-(4-(((2-(1H-индол-3-ил)этил)(2-гидроксиэтил)амино)-метил)фенил)-N-гидроксиакриламид (NVP-LAQ824); Панобиностат (Farydak®); Моцетиностат и Белиностат.

Белки

Доминантно-негативный Tet2

В соответствии с настоящим изобретением, в качестве ингибиторов Tet2 можно использовать доминантно-негативные изоформы Tet2 и нуклеиновую кислоту, кодирующую доминантно-негативный Tet2. В некоторых вариантах осуществления доминантно-негативный Tet2 лишен каталитической функции Tet2. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией R1261G, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией R1262A, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией S1290A, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией WSMYYN (аминокислоты 1291-1296 SEQ ID NO: 1357) на GGSGGS (SEQ ID NNO: 67), в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией M1293A и Y1294A, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией Y1295A, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией S1303N, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией H1382Y, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией D1384A, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. Примером доминантно-негативного Tet2 является белок, содержащий или состоящий из SEQ ID NO: 1357 с мутацией D1384V, в соответствии с нумерацией SEQ ID NO: 1357. В некоторых вариантах осуществления доминантно-негативный Tet2 может включать комбинации любых из вышеперечисленных мутаций. Такие мутации, кроме того, описаны, например, в Chen et al., Nature, 493:561-564 (2013); Hu et al, Cell, 155:1545-1555 (2013), содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме.

Доминантно-негативные партнеры по связыванию Tet2

Без связи с теорией полагают, что Tet2 взаимодействует, например, связывается с одной или несколькими HDAC, например, одной или несколькими HDAC, экспрессируемыми в иммунных эффекторных клетках, например, в T-клетках, и что такие комплексы Tet2:HDAC могут вносить вклад в активность Tet2 в клетке. В некоторых вариантах осуществления ингибитор Tet2 по изобретению представляет собой доминантно-негативный партнер по связыванию Tet2, например, доминантно-негативную Tet2-связывающую HDAC. В других вариантах осуществления ингибитор Tet2 по изобретению содержит нуклеиновую кислоту, кодирующую доминантно-негативный партнер по связыванию Tet2, например, доминантно-негативную Tet2-связывающую HDAC.

Векторы, кодирующие ингибиторы Tet2

Как описано в настоящем описании, изобретение относится к векторам, например, как описано в настоящем описании, которые кодируют ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, такие как системы редактирования генов, ингибиторы на основе кшРНК или миРНК или доминантно-негативные ингибиторы Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2 (например, как описано в настоящем описании).

В некоторых вариантах осуществления дополнительно включающих, например, CAR, нуклеиновая кислота может дополнительно содержать последовательность, кодирующую CAR, например, как описано в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к вектору, содержащему последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, описанный в настоящем описании, и содержащему последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую молекулу CAR, описанную в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления последовательности нуклеиновых кислот находятся на отдельных векторах. В других вариантах осуществления две или более последовательности нуклеиновой кислоты кодируются одной молекулой нуклеиновой кислоты в одной рамке считывания и в качестве одной полипептидной цепи. В этом аспекте два или более CAR, например, могут быть одним или несколькими участками расщепления пептидов (например, участок ауторасщепления или субстрат для внутриклеточной протеазы). Примеры участков расщепления пептидов пептид включают следующие, где остатки GSG являются необязательными:

T2A: (GSG) E G R G S L L T C G D V E E N P G P (SEQ ID NO: 68)

P2A: (GSG) A T N F S L L K Q A G D V E E N P G P (SEQ ID NO: 69)

E2A: (GSG) Q C T N Y A L L K L A G D V E S N P G P (SEQ ID NO: 70)

F2A: (GSG) V K Q T L N F D L L K L A G D V E S N P G P (SEQ ID NO: 71).

Эти участки расщепления пептидов в совокупности обозначаются в настоящем описании как "участки 2A". В некоторых вариантах осуществления вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR, описанный в настоящем описании, и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую ингибитор Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, на основе кшРНК или миРНК, описанный в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления вектор содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR, описанный в настоящем описании, и последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую ингибитор Tet например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, на основе системы редактирования генома (например, систему CRISPR/Cas), описанный в настоящем описании.

Способы применения ингибиторов Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2

Изобретение относится к способам повышения терапевтической эффективности экспрессирующей CAR клетки, например, клетки, экспрессирующей CAR, как описано в настоящем описании, например, экспрессирующей CAR19 клетки (например, CTL019), включающим стадию снижения уровня 5-гидроксиметилцитозина в указанной клетке. В некоторых вариантах осуществления способ включает снижение или устранение функции или экспрессии Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления способ включает приведение указанных клеток в контакт с ингибитором Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, как описано в настоящем описании.

Кроме того, изобретение относится к способам получения экспрессирующей CAR клетки, например, экспрессирующей CAR клетки, имеющей улучшенную функцию (например, имеющую увеличенную эффективность, например, нацеливание на опухоль или пролиферацию), включающим стадию снижения или устранения экспрессии или функции Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, в указанной клетке. В некоторых вариантах осуществления способ включает приведение указанных клеток в контакт с ингибитором Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, как описано в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления приведение в контакт проводят ex vivo. В некоторых вариантах осуществления приведение в контакт проводят in vivo. В некоторых вариантах осуществления приведение в контакт проводят до, одновременно или после модификации указанных клеток для экспрессии CAR, например, CAR, как описано в настоящем описании.

В некоторых вариантах осуществления изобретение относится к способу ингибирования функции или экспрессии Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, в экспрессирующей CAR клетке, например, клетке, экспрессирующей CAR, как описано в настоящем описании, например, экспрессирующей CAR19 клетке (например, экспрессирующей CTL019 клетке), причем способ включает стадию снижения уровня 5-гидроксиметилцитозина в указанной клетке. В некоторых вариантах осуществления способ включает снижение или устранение функции или экспрессии Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления способ включает приведение указанных клеток в контакт с ингибитором Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, как описано в настоящем описании.

В одном варианте осуществления изобретение относится к способу, например, к способу, описанному выше, который включает введение нуклеиновой кислоты, кодирующей CAR, в клетку, например, иммунную эффекторную клетку, например, T-клетку, в участке в гене Tet или его регуляторных элементах, чтобы экспрессия Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, нарушалась. Встраивание в участке в гене Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, можно проводить, например, с использованием нацеленной на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, системы редактирования генов как описано выше.

В одном варианте осуществления изобретение относится к способу, например, к способу, описанному выше, включающему стадию введения в клетку системы редактирования генов, например, системы редактирования генов CRISPR/Cas, которая нацелена на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2, например, системы CRISPR/Cas, содержащей гРНК, которая имеет нацеливающую последовательность, комплементарную последовательности-мишени гена Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В некоторых вариантах осуществления систему CRISPR/Cas вводят в указанную клетку в качестве рибонуклеопротеинового комплекса гРНК и фермента, например, вводят посредством электропорации. В одном варианте осуществления способ включает введение нуклеиновой кислоты, кодирующей один или несколько компонентов системы CRISPR/Cas, в указанную клетку. В одном варианте осуществления указанная нуклеиновая кислота находится на векторе, кодирующем CAR, например, CAR, как описано в настоящем описании.

В одном варианте осуществления изобретение относится к способу, например, к способу, описанному выше, включающему стадию введения в клетку ингибиторной дцРНК, например, кшРНК или миРНК, которая нацелена на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В одном варианте осуществления способ включает введение в указанную клетку нуклеиновой кислоты, кодирующей ингибиторную дцРНК, например, кшРНК или миРНК, которая нацелена на Tet, например, Tet1, Tet2 и/или Tet3, например Tet2. В одном варианте осуществления указанная нуклеиновая кислота находится на векторе, кодирующем CAR, например, CAR, как описано в настоящем описании.

Дополнительные компоненты CAR и CART-клеток и способы, касающиеся изобретения, описаны ниже.

В рамках настоящего изобретения предусматриваются композиции и способы применения для лечения заболевания, такого как злокачественная опухоль, с использованием иммунных эффекторных клеток (например, T-клеток, NK-клеток), сконструированных с CAR по изобретению.

В одном аспекте изобретение относится к ряду химерных рецепторов антигенов (CAR), содержащих антигенсвязывающий домен (например, антитело или фрагмент антитела, TCR или фрагмент TCR), сконструированный для специфического связывания с опухолевым антигеном, например, опухолевым антигеном, описанным в настоящем описании. В одном аспекте изобретение относится к иммунной эффекторной клетке (например, T-клетке, NK-клетке), модифицированной способами инженерии для экспрессии CAR, где модифицированная иммунная эффекторная клетка проявляет противораковое свойство. В одном аспекте клетка трансформирована CAR и CAR экспрессируется на поверхности клетки. В некоторых вариантах осуществления клетка (например, T-клетка, NK-клетка) трансдуцирована вирусным вектором, кодирующим CAR. В некоторых вариантах осуществления вирусный вектор представляет собой ретровирусный вектор. В некоторых вариантах осуществления вирусный вектор представляет собой лентивирусный вектор. В некоторых таких вариантах осуществления клетка может стабильно экспрессировать CAR. В другом варианте осуществления клетка (например, T-клетка, NK-клетка) трансфицирована нуклеиновой кислотой, например, мРНК, кДНК, ДНК, кодирующей CAR. В некоторых таких вариантах осуществления клетка может временно экспрессировать CAR.

В одном аспекте антигенсвязывающий домен CAR, описанного в настоящем описании, представляет собой scFv-фрагмент антитела. В одном аспекте такие фрагменты антител являются функциональными, поскольку они сохраняют эквивалентную аффинность связывания, например, они связывают тот же антиген с аффинностью, сравнимой с IgG-антителом, из которого они происходят. В других вариантах осуществления фрагмент антитела имеет более низкую аффинность связывани, например, он связывает тот же антиген с более низкой аффинностью связывания, чем антитело, из которого он происходит, однако является функциональным в том, что он обеспечивает биологический ответ, описанный в настоящем описании. В одном варианте осуществления молекула CAR содержит фрагмент антитела, который обладает аффинностью связывания KD от 10-4 M до 10-8 M, например, от 10-5 M до 10-7 M, например, 10-6 M или 10-7 M, в отношении антигена-мишени. В одном варианте осуществления фрагмент антитела обладает аффинностью связывания, которая по меньшей мере в пять раз, в 10 раз, в 20 раз, в 30 раз, в 50 раз, в 100 раз или в 1000 раз меньше, чем у эталонного антитела, например, антитела, описанного в настоящем описании.

В одном аспекте такие фрагменты антител являются функциональными в том, что они обеспечивают биологический ответ, который может включать, но не ограничивается ими, активацию иммунного ответа, ингибирование передачи сигнала от антигена-мишени, ингибирование киназной активности и т.п., как будет понятно специалисту в данной области.

В одном аспекте антигенсвязывающий домен CAR представляет собой scFv-фрагмент антитела, который является гуманизированным по сравнению с последовательностью scFv мыши, из которой он происходит.

В одном аспекте антигенсвязывающий домен CAR по изобретению (например, scFv) кодируется молекулой нуклеиновой кислоты, последовательность которой подвергнута оптимизации кодонов для экспрессии в клетке млекопитающего. В одном аспекте вся конструкция CAR по изобретению кодируется молекулой нуклеиновой кислоты, полная последовательность которой подвергнута оптимизации кодонов для экспрессии в клетке млекопитающего. Оптимизация кодонов относится к открытию, что частота встречаемости синонимичных кодонов (т.е. кодонов, которые кодируют одну и ту же аминокислоту) в кодирующей ДНК является смещенной в различных видах. Такая вырожденность кодонов позволяет кодирование идентичных полипептидов различными нуклеотидными последовательностями. Различные способы оптимизации кодонов известны в данной области и включают, например, способы, описанные по меньшей мере в патентах США под номерами 5786464 и 6114148.

В одном аспекте в CAR по изобретению антигенсвязывающий домен специфического антитела комбинирован с внутриклеточной сигнальной молекулой. Например, в некоторых аспектах внутриклеточная сигнальная молекула включает, но не ограничивается ими, сигнальные модули цепи CD3-зета, 4-1BB и CD28 и их комбинации.

Более того, настоящее изобретение относится к CAR и экспрессирующим CAR клеткам и к их применению в лекарственных средствах и способах лечения, среди прочих заболеваний, рака или любого злокачественного новообразования, или аутоиммунных заболеваний, вовлекающих клетки или ткани, которые экспрессируют опухолевый антиген, как описано в настоящем описании.

В одном аспекте CAR по изобретению можно использовать для устранения нормальных клеток, которые экспрессируют опухолевый антиген, как описано в настоящем описании, тем самым, его можно использовать в качестве клеточного кондиционирования перед трансплантацией клеток. В одном аспекте нормальная клетка, которая экспрессирует опухолевый антиген, как описано в настоящем описании, представляет собой нормальную стволовую клетку, и трансплантация клеток представляет собой трансплантацию столовых клеток.

В одном аспекте изобретение относится к иммунной эффекторной клетке (например, T-клетке, NK-клетке), модифицированной способами инженерии для экспрессии химерного рецептора антигена (CAR), где модифицированная способами инженерии иммунная эффекторная клетка демонстрирует противоопухолевое свойство. Предпочтительным антигеном является ассоциированный со злокачественной опухолью антиген (т.е. опухолевый антиген), описанный в настоящем описании. В одном аспекте антигенсвязывающий домен CAR содержит частично гуманизированный фрагмент антитела. В одном аспекте антигенсвязывающий домен CAR содержит частично гуманизированный scFv. Таким образом, изобретение относится к CAR, который содержит гуманизированный антигенсвязывающий домен и введен способами инженерии в клетку, например, T-клетку или NK-клетку, и к способам его применения для адоптивной терапии.

В одном аспекте CAR по изобретению содержат по меньшей мере один внутриклеточный домен, выбранный из группы из сигнального домена CD137 (4-1BB), сигнального домена CD28, сигнального домена CD27, сигнального домена CD3-зета и любой их комбинации. В одном аспекте CAR по изобретению, содержащий по меньшей мере один внутриклеточный сигнальный домен, происходит из одной или нескольких костимулирущей молекулы(молекул), отличной от CD137 (4-1BB) или CD28.

Последовательности некоторых примеров различных компонентов CAR по настоящему изобретению приведены в таблице 1, где а.к. означает аминокислоты, и н.к. означает нуклеиновые кислоты, которые кодируют соответствующий пептид.

Таблица 1. Последовательности различных компонентов CAR (а.к. - аминокислоты, н.к. - нуклеиновые кислоты, которые кодируют соответствующий белок)

SEQ ID NO Описание Последовательность Соответствует huCD19
1 Промотор EF-1 CGTGAGGCTCCGGTGCCCGTCAGTGGGCAGAGCGCACATCGCCCACAGTCCCCGAGAAGTTGGGGGGAGGGGTCGGCAATTGAACCGGTGCCTAGAGAAGGTGGCGCGGGGTAAACTGGGAAAGTGATGTCGTGTACTGGCTCCGCCTTTTTCCCGAGGGTGGGGGAGAACCGTATATAAGTGCAGTAGTCGCCGTGAACGTTCTTTTTCGCAACGGGTTTGCCGCCAGAACACAGGTAAGTGCCGTGTGTGGTTCCCGCGGGCCTGGCCTCTTTACGGGTTATGGCCCTTGCGTGCCTTGAATTACTTCCACCTGGCTGCAGTACGTGATTCTTGATCCCGAGCTTCGGGTTGGAAGTGGGTGGGAGAGTTCGAGGCCTTGCGCTTAAGGAGCCCCTTCGCCTCGTGCTTGAGTTGAGGCCTGGCCTGGGCGCTGGGGCCGCCGCGTGCGAATCTGGTGGCACCTTCGCGCCTGTCTCGCTGCTTTCGATAAGTCTCTAGCCATTTAAAATTTTTGATGACCTGCTGCGACGCTTTTTTTCTGGCAAGATAGTCTTGTAAATGCGGGCCAAGATCTGCACACTGGTATTTCGGTTTTTGGGGCCGCGGGCGGCGACGGGGCCCGTGCGTCCCAGCGCACATGTTCGGCGAGGCGGGGCCTGCGAGCGCGGCCACCGAGAATCGGACGGGGGTAGTCTCAAGCTGGCCGGCCTGCTCTGGTGCCTGGCCTCGCGCCGCCGTGTATCGCCCCGCCCTGGGCGGCAAGGCTGGCCCGGTCGGCACCAGTTGCGTGAGCGGAAAGATGGCCGCTTCCCGGCCCTGCTGCAGGGAGCTCAAAATGGAGGACGCGGCGCTCGGGAGAGCGGGCGGGTGAGTCACCCACACAAAGGAAAAGGGCCTTTCCGTCCTCAGCCGTCGCTTCATGTGACTCCACGGAGTACCGGGCGCCGTCCAGGCACCTCGATTAGTTCTCGAGCTTTTGGAGTACGTCGTCTTTAGGTTGGGGGGAGGGGTTTTATGCGATGGAGTTTCCCCACACTGAGTGGGTGGAGACTGAAGTTAGGCCAGCTTGGCACTTGATGTAATTCTCCTTGGAATTTGCCCTTTTTGAGTTTGGATCTTGGTTCATTCTCAAGCCTCAGACAGTGGTTCAAAGTTTTTTTCTTCCATTTCAGGTGTCGTGA 100
2 Лидерная последовательность (а.к.) MALPVTALLLPLALLLHAARP 13
3 Лидерная последовательность (н.к.) ATGGCCCTGCCTGTGACAGCCCTGCTGCTGCCTCTGGCTCTGCTGCTGCATGCCGCTAGACCC 54
4 Шарнирная область CD8 (а.к.) TTTPAPRPPTPAPTIASQPLSLRPEACRPAAGGAVHTRGLDFACD 14
5 Шарнирная область CD8 (н.к.) ACCACGACGCCAGCGCCGCGACCACCAACACCGGCGCCCACCATCGCGTCGCAGCCCCTGTCCCTGCGCCCAGAGGCGTGCCGGCCAGCGGCGGGGGGCGCAGTGCACACGAGGGGGCTGGACTTCGCCTGTGAT 55
6 Шарнирная область Ig4 (а.к.) ESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKM 102
7 Шарнирная область Ig4 (н.к.) GAGAGCAAGTACGGCCCTCCCTGCCCCCCTTGCCCTGCCCCCGAGTTCCTGGGCGGACCCAGCGTGTTCCTGTTCCCCCCCAAGCCCAAGGACACCCTGATGATCAGCCGGACCCCCGAGGTGACCTGTGTGGTGGTGGACGTGTCCCAGGAGGACCCCGAGGTCCAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCACAACGCCAAGACCAAGCCCCGGGAGGAGCAGTTCAATAGCACCTACCGGGTGGTGTCCGTGCTGACCGTGCTGCACCAGGACTGGCTGAACGGCAAGGAATACAAGTGTAAGGTGTCCAACAAGGGCCTGCCCAGCAGCATCGAGAAAACCATCAGCAAGGCCAAGGGCCAGCCTCGGGAGCCCCAGGTGTACACCCTGCCCCCTAGCCAAGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTGTCCCTGACCTGCCTGGTGAAGGGCTTCTACCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAACGGCCAGCCCGAGAACAACTACAAGACCACCCCCCCTGTGCTGGACAGCGACGGCAGCTTCTTCCTGTACAGCCGGCTGACCGTGGACAAGAGCCGGTGGCAGGAGGGCAACGTCTTTAGCTGCTCCGTGATGCACGAGGCCCTGCACAACCACTACACCCAGAAGAGCCTGAGCCTGTCCCTGGGCAAGATG 103
8 Шарнирная область IgD (а.к.) RWPESPKAQASSVPTAQPQAEGSLAKATTAPATTRNTGRGGEEKKKEKEKEEQEERETKTPECPSHTQPLGVYLLTPAVQDLWLRDKATFTCFVVGSDLKDAHLTWEVAGKVPTGGVEEGLLERHSNGSQSQHSRLTLPRSLWNAGTSVTCTLNHPSLPPQRLMALREPAAQAPVKLSLNLLASSDPPEAASWLLCEVSGFSPPNILLMWLEDQREVNTSGFAPARPPPQPGSTTFWAWSVLRVPAPPSPQPATYTCVVSHEDSRTLLNASRSLEVSYVTDH 47
9 Шарнирная область IgD (н.к.) AGGTGGCCCGAAAGTCCCAAGGCCCAGGCATCTAGTGTTCCTACTGCACAGCCCCAGGCAGAAGGCAGCCTAGCCAAAGCTACTACTGCACCTGCCACTACGCGCAATACTGGCCGTGGCGGGGAGGAGAAGAAAAAGGAGAAAGAGAAAGAAGAACAGGAAGAGAGGGAGACCAAGACCCCTGAATGTCCATCCCATACCCAGCCGCTGGGCGTCTATCTCTTGACTCCCGCAGTACAGGACTTGTGGCTTAGAGATAAGGCCACCTTTACATGTTTCGTCGTGGGCTCTGACCTGAAGGATGCCCATTTGACTTGGGAGGTTGCCGGAAAGGTACCCACAGGGGGGGTTGAGGAAGGGTTGCTGGAGCGCCATTCCAATGGCTCTCAGAGCCAGCACTCAAGACTCACCCTTCCGAGATCCCTGTGGAACGCCGGGACCTCTGTCACATGTACTCTAAATCATCCTAGCCTGCCCCCACAGCGTCTGATGGCCCTTAGAGAGCCAGCCGCCCAGGCACCAGTTAAGCTTAGCCTGAATCTGCTCGCCAGTAGTGATCCCCCAGAGGCCGCCAGCTGGCTCTTATGCGAAGTGTCCGGCTTTAGCCCGCCCAACATCTTGCTCATGTGGCTGGAGGACCAGCGAGAAGTGAACACCAGCGGCTTCGCTCCAGCCCGGCCCCCACCCCAGCCGGGTTCTACCACATTCTGGGCCTGGAGTGTCTTAAGGGTCCCAGCACCACCTAGCCCCCAGCCAGCCACATACACCTGTGTTGTGTCCCATGAAGATAGCAGGACCCTGCTAAATGCTTCTAGGAGTCTGGAGGTTTCCTACGTGACTGACCATT 48
10 Шарнирная область GS /линкер (а.к.) GGGGSGGGGS 49
11 Шарнирная область GS /линкер (н.к.) GGTGGCGGAGGTTCTGGAGGTGGAGGTTCC 50
12 CD8TM (а.к.) IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC 15
13 CD8 TM (н.к.) ATCTACATCTGGGCGCCCTTGGCCGGGACTTGTGGGGTCCTTCTCCTGTCACTGGTTATCACCCTTTACTGC 56
14 Внутрикле-точный домен 4-1BB (а.к.) KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL 16
15 Внутрикле-точный домен 4-1BB (н.к.) AAACGGGGCAGAAAGAAACTCCTGTATATATTCAAACAACCATTTATGAGACCAGTACAAACTACTCAAGAGGAAGATGGCTGTAGCTGCCGATTTCCAGAAGAAGAAGAAGGAGGATGTGAACTG 60
16 CD27 (а.к.) QRRKYRSNKGESPVEPAEPCRYSCPREEEGSTIPIQEDYRKPEPACSP 51
17 CD27 (н.к.) AGGAGTAAGAGGAGCAGGCTCCTGCACAGTGACTACATGAACATGACTCCCCGCCGCCCCGGGCCCACCCGCAAGCATTACCAGCCCTATGCCCCACCACGCGACTTCGCAGCCTATCGCTCC 52
18 CD3-зета (а.к.) RVKFSRSADAPAYKQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR 17
19 CD3-зета (н.к.) AGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACAAGCAGGGCCAGAACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTTTGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGAAGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGGAGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGCACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGCCCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGC 101
20 CD3-зета (а.к.) RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR 43
21 CD3-зета (н.к.) AGAGTGAAGTTCAGCAGGAGCGCAGACGCCCCCGCGTACCAGCAGGGCCAG
AACCAGCTCTATAACGAGCTCAATCTAGGACGAAGAGAGGAGTACGATGTTT
TGGACAAGAGACGTGGCCGGGACCCTGAGATGGGGGGAAAGCCGAGAAGGA
AGAACCCTCAGGAAGGCCTGTACAATGAACTGCAGAAAGATAAGATGGCGG
AGGCCTACAGTGAGATTGGGATGAAAGGCGAGCGCCGGAGGGGCAAGGGGC
ACGATGGCCTTTACCAGGGTCTCAGTACAGCCACCAAGGACACCTACGACGC
CCTTCACATGCAGGCCCTGCCCCCTCGC
44
22 Линкер GGGGS 18
23 Линкер GGTGGCGGAGGTTCTGGAGGTGGAGGTTCC 50
24 Внеклеточ-ный домен PD-1 (а.к.) Pgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlv
25 Внеклеточ-ный домен PD-1 (н.к.) Cccggatggtttctggactctccggatcgcccgtggaatcccccaaccttctcaccggcactcttggttgtgactgagggcgataatgcgaccttcacgtgctcgttctccaacacctccgaatcattcgtgctgaactggtaccgcatgagcccgtcaaaccagaccgacaagctcgccgcgtttccggaagatcggtcgcaaccgggacaggattgtcggttccgcgtgactcaactgccgaatggcagagacttccacatgagcgtggtccgcgctaggcgaaacgactccgggacctacctgtgcggagccatctcgctggcgcctaaggcccaaatcaaagagagcttgagggccgaactgagagtgaccgagcgcagagctgaggtgccaactgcacatccatccccatcgcctcggcctgcggggcagtttcagaccctggtc
26 PD-1 CAR (а.к.) с сигнальной последовательностью Malpvtalllplalllhaarppgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr
27 PD-1 CAR (н.к.) Atggccctccctgtcactgccctgcttctccccctcgcactcctgctccacgccgctagaccacccggatggtttctggactctccggatcgcccgtggaatcccccaaccttctcaccggcactcttggttgtgactgagggcgataatgcgaccttcacgtgctcgttctccaacacctccgaatcattcgtgctgaactggtaccgcatgagcccgtcaaaccagaccgacaagctcgccgcgtttccggaagatcggtcgcaaccgggacaggattgtcggttccgcgtgactcaactgccgaatggcagagacttccacatgagcgtggtccgcgctaggcgaaacgactccgggacctacctgtgcggagccatctcgctggcgcctaaggcccaaatcaaagagagcttgagggccgaactgagagtgaccgagcgcagagctgaggtgccaactgcacatccatccccatcgcctcggcctgcggggcagtttcagaccctggtcacgaccactccggcgccgcgcccaccgactccggccccaactatcgcgagccagcccctgtcgctgaggccggaagcatgccgccctgccgccggaggtgctgtgcatacccggggattggacttcgcatgcgacatctacatttgggctcctctcgccggaacttgtggcgtgctccttctgtccctggtcatcaccctgtactgcaagcggggtcggaaaaagcttctgtacattttcaagcagcccttcatgaggcccgtgcaaaccacccaggaggaggacggttgctcctgccggttccccgaagaggaagaaggaggttgcgagctgcgcgtgaagttctcccggagcgccgacgcccccgcctataagcagggccagaaccagctgtacaacgaactgaacctgggacggcgggaagagtacgatgtgctggacaagcggcgcggccgggaccccgaaatgggcgggaagcctagaagaaagaaccctcaggaaggcctgtataacgagctgcagaaggacaagatggccgaggcctactccgaaattgggatgaagggagagcggcggaggggaaaggggcacgacggcctgtaccaaggactgtccaccgccaccaaggacacatacgatgccctgcacatgcaggcccttccccctcgc
28 Линкер (Gly-Gly-Gly-Ser)n, где n=1-10 105
29 Линкер (Gly4 Ser)4 106
30 Линкер (Gly4 Ser)3 107
31 линкер (Gly3Ser) 108
32 Поли-A aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 118
33 Поли-A aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 104
34 Поли-A aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 109
35 Поли-A tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt 110
36 Поли-A tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt 111
37 Поли-A aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 112
38 Поли-A aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa
113
39 PD1 CAR (а.к.) Pgwfldspdrpwnpptfspallvvtegdnatftcsfsntsesfvlnwyrmspsnqtdklaafpedrsqpgqdcrfrvtqlpngrdfhmsvvrarrndsgtylcgaislapkaqikeslraelrvterraevptahpspsprpagqfqtlvtttpaprpptpaptiasqplslrpeacrpaaggavhtrgldfacdiyiwaplagtcgvlllslvitlyckrgrkkllyifkqpfmrpvqttqeedgcscrfpeeeeggcelrvkfsrsadapaykqgqnqlynelnlgrreeydvldkrrgrdpemggkprrknpqeglynelqkdkmaeayseigmkgerrrgkghdglyqglstatkdtydalhmqalppr

Ассоциированные со злокачественной опухолью антигены

Настоящее изобретение относится к иммунным эффекторным клеткам (например, T-клеткам, NK-клеткам), которые модифицированы способами инженерии так, чтобы они содержали один или несколько CAR, которые направляют иммунные эффекторные клетки к злокачественной опухоли. Этого достигают через антигенсвязывающий домен на CAR, который является специфичным к антигену, ассоциированному со злокачественной опухолью. Существует два класса ассоциированных со злокачественной опухолью антигенов (опухолевые антигены), на которые можно нацеливать CAR по настоящему изобретению: (1) ассоциированные со злокачественной опухолью антигены, которые экспрессируются на поверхности злокачественных клеток; и (2) ассоциированные со злокачественной опухолью антигены, которые сами по себе являются внутриклеточными, однако фрагмент такого антигена (пептид) презентируется на поверхности злокачественных клеток посредством MHC (основной комплекс гистосовместимости).

Таким образом, настоящее изобретение относится к CAR, которые нацелены на следующие ассоциированные со злокачественной опухолью антигены (опухолевые антигены): CD19, CD123, CD22, CD30, CD171, CS-1, CLL-1 (CLECL1), CD33, EGFRvIII, GD2, GD3, BCMA, Tn Ag, PSMA, ROR1, FLT3, FAP, TAG72, CD38, CD44v6, CEA, EPCAM, B7H3, KIT, IL-13Ra2, мезотелин, IL-11Ra, PSCA, VEGFR2, LewisY, CD24, PDGFR-beta, PRSS21, SSEA-4, CD20, рецептор фолатов альфа, ERBB2 (Her2/neu), MUC1, EGFR, NCAM, простаза, PAP, ELF2M, эфрин B2, рецептор IGF-I, CAIX, LMP2, gp100, bcr-abl, тирозиназа, EphA2, фукозил-GM1, sLe, GM3, TGS5, HMWMAA, o-ацетил-GD2, рецептор фолатов бета, TEM1/CD248, TEM7R, CLDN6, TSHR, GPRC5D, CXORF61, CD97, CD179a, ALK, полисиаловая кислота, PLAC1, GloboH, NY-BR-1, UPK2, HAVCR1, ADRB3, PANX3, GPR20, LY6K, OR51E2, TARP, WT1, NY-ESO-1, LAGE-1a, легумаин, HPV E6,E7, MAGE-A1, MAGE A1, ETV6-AML, белок спермы 17, XAGE1, Tie 2, MAD-CT-1, MAD-CT-2, Fos-родственный антиген 1, p53, мутантный p53, простеин, сурвивин и теломераза, PCTA-1/галектин 8, MelanA/MART1, мутантный Ras, hTERT, точек разрыва при транслокации саркомы, ML-IAP, ERG (слитый ген TMPRSS2 ETS), NA17, PAX3, рецептор андрогенов, циклин B1, MYCN, RhoC, TRP-2, CYP1B1, BORIS, SART3, PAX5, OY-TES1, LCK, AKAP-4, SSX2, RAGE-1, обратная транскриптаза теломеразы человека, RU1, RU2, кишечная карбоксилэстераза, mut hsp70-2, CD79a, CD79b, CD72, LAIR1, FCAR, LILRA2, CD300LF, CLEC12A, BST2, EMR2, LY75, GPC3, FCRL5 и IGLL1.

Поддерживающие опухоль антигены

CAR, описанный в настоящем описании, может содержать антигенсвязывающий домен (например, антитело или фрагмент антитела, TCR или фрагмент TCR), который связывается с поддерживающим опухоль антигеном (например, поддерживающий опухоль антиген, как описано в настоящем описании). В некоторых вариантах осуществления поддерживающий опухоль антиген представляет собой антиген, присутствующий на стромальной клетке или супрессорной клетке миелоидного происхождения (MDSC). Стромальные клетки могут секретировать факторы роста для стимуляции деления клеток в микроокружении. Клетки MDSC могут ингибировать пролиферацию и активацию T-клеток. Без связи с теорией, в некоторых вариантах осуществления экспрессирующие CAR клетки разрушают поддерживающие опухоль клетки, тем самым непрямо ингибируя рост или выживание опухоли.

В некоторых вариантах осуществления стромальный клеточный антиген выбран из одного или нескольких из: стромального клеточного антигена 2 костного мозга (BST2), белка активации фибробластов (FAP) и тенасцинв. В одном варианте осуществления FAP-специфическое антитело представляет собой, конкурирует за связывание с или имеет те же CDR, что и сибротузумаб. В некоторых вариантах осуществления антиген MDSC выбран из одного или нескольких из: CD33, CD11b, C14, CD15 и CD66b. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления поддерживающий опухоль антиген выбран из одного или нескольких из: стромального клеточного антигена 2 костного мозга (BST2), белка активации фибробластов (FAP) или тенасцина, CD33, CD11b, C14, CD15 и CD66b.

Химерный рецептор антигена (CAR)

Настоящее изобретение относится к рекомбинантной конструкции ДНК, содержащей последовательности, кодирующие CAR, где CAR содержит антигенсвязывающий домен (например, антитело или фрагмент антитела, TCR или фрагмент TCR), которые специфически связываются с ассоциированным со злокачественной опухолью антигеном, описанным в настоящем описании, где последовательность антигенсвязывающего фрагмента является соседней с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующая внутриклеточный сигнальный домен, и находящейся в одной рамке считывания с ней. Внутриклеточный сигнальный домен может содержать костимулирующий сигнальный домен и/или первичный сигнальный домен, например, зета-цепь. Костимулирующий сигнальный домен относится к части CAR, содержащей по меньшей мере часть внутриклеточного домена костимулирующей молекулы.

В конкретных аспектах конструкция CAR по изобретению содержит scFv-домен, где scFv может предшествовать необязательная лидерная последовательность, такая как последовательность, представленная в SEQ ID NO: 2, и за ним может следовать необязательная шарнирная последовательность, такая как последовательность, представленная в SEQ ID NO: 4, или SEQ ID NO: 6, или SEQ ID NO: 8, или SEQ ID NO: 10, трансмембранная область, такая как последовательность, представленная в SEQ ID NO: 12, внутриклеточный сигнальный домен, который включает SEQ ID NO: 14 или SEQ ID NO: 16, и последовательность CD3-зета, которая включает SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20, где домены являются соседними и находятся в одной рамке считывания для формирования слитого белка.

В одном аспекте иллюстративные конструкции CAR содержат необязательную лидерную последовательность (например, лидерную последовательность, описанную в настоящем описании), внеклеточный антигенсвязывающий домен (например, антигенсвязывающий домен, описанный в настоящем описании), шарнирную область (например, шарнирную область, описанную в настоящем описании), трансмембранный домен (например, трансмембранный домен, описанный в настоящем описании) и внутриклеточный стимулирующий домен (например, внутриклеточный стимулирующий домен, описанный в настоящем описании). В одном аспекте иллюстративная конструкция CAR содержит необязательную лидерную последовательность (например, лидерную последовательность, описанную в настоящем описании), внеклеточный антигенсвязывающий домен (например, антигенсвязывающий домен, описанный в настоящем описании), шарнирную область (например, шарнирную область, описанную в настоящем описании), трансмембранный домен (например, трансмембранный домен, описанный в настоящем описании), внутриклеточный костимулирующий сигнальный домен (например, костимулирующий сигнальный домен, описанный в настоящем описании) и/или внутриклеточный первичный сигнальный домен (например, первичный сигнальный домен, описанный в настоящем описании).

Иллюстративная лидерная последовательность предоставлена в качестве SEQ ID NO: 2. Иллюстративная шарнирная/спейсерная последовательность предоставлена в качестве SEQ ID NO: 4 или SEQ ID NO: 6, или SEQ ID NO: 8, или SEQ ID NO: 10. Иллюстративная последовательность трансмембранного домена представлена в качестве SEQ ID NO: 12. Иллюстративная последовательность внутриклеточного сигнального домена белка 4-1BB представлена в качестве SEQ ID NO: 14. Иллюстративная последовательность внутриклеточного сигнального домена CD27 представлена в качестве SEQ ID NO: 16. Иллюстративная последовательность домена CD3-зета представлена в качестве SEQ ID NO: 18 или SEQ ID NO: 20.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к рекомбинантной конструкции нуклеиновой кислоты, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR, где молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую антигенсвязывающий домен, например, описанный в настоящем описании, которая является соседней и находится в одной рамке считывания с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей внутриклеточный сигнальный домен.

В одном аспекте настоящее изобретение относится к рекомбинантной конструкции нуклеиновой кислоты, содержащей молекулу нуклеиновой кислоты, кодирующую CAR, где молекула нуклеиновой кислоты содержит последовательность нуклеиновой кислоты, кодирующую антигенсвязывающий домен, где последовательность является соседней с последовательностью нуклеиновой кислоты, кодирующей внутриклеточный сигнальный домен, и находится в одной рамке считывания с ней. Иллюстративный внутриклеточный сигнальный домен, который можно использовать в CAR, включает, но не ограничивается ими, один или несколько внутриклеточных сигнальных доменов из, например, CD3-зета, CD28, CD27, 4-1BB и т.п. В некоторых случаях CAR может содержать любую комбинацию CD3-зета, CD28, 4-1BB и т.п.

Последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие желаемые молекулы, можно получать с использованием рекомбинантных способов, известных в данной области, например, таких как скрининг библиотек клеток, экспрессирующих молекулу нуклеиновой кислоты, получение молекулы нуклеиновой кислоты из вектора, о котором известно, что он включает его, или выделение непосредственно из клеток и тканей, содержащих его, с использованием стандартных способов. Альтернативно представляющую интерес нуклеиновую кислоту можно получать синтетически, а не клонировать.

Настоящее изобретение включает конструкции ретровирусных и лентивирусных векторов, экспресирующие CAR, которые можно прямо трансдуцировать в клетку.

Настоящее изобретение также включает конструкцию РНК, которая может быть прямо трансфицирована в клетку. Способ получения мРНК для применения в трансфекции вовлекает транскрипцию in vitro (IVT) матрицы с использованием специально сконструированных праймеров, с последующим присоединением поли-A, с получением конструкции, содержащей 3'- и 5'-нетранслируемую последовательность ("UTR") (например, 3'- и/или 5'-UTR, описанную в настоящем описании), 5'-кэп (например, 5'-кэп, описанный в настоящем описании) и/или участок внутренней посадки рибосомы (IRES) (например, IRES, описанный в настоящем описании), нуклеиновую кислоту, подлежащую экспрессии, и поли-A хвостовую часть, как правило, длиной 50-2000 оснований (SEQ ID NO: 32). РНК, полученную таким образом, можно эффективно трансфицировать в различные типы клеток. В одном варианте осуществления матрица включает последовательности CAR. В одном варианте осуществления РНК-вектор CAR трансдуцируют в клетку, например, T-клетку или NK-клетку, способом электропорации.

Антигенсвязывающий домен

В одном аспекте CAR по изобретению содержит специфичный к мишени связывающий элемент, иначе называемый антигенсвязывающим доменом. Выбор части зависит от типа и количества лигандов, которые определяют поверхность клетки-мишени. Например, антигенсвязывающий домен может быть выбран так, чтобы он распознавал лиганд, который выступает в качестве маркера клеточной поверхности на клетках-мишенях, ассоциированных с конкретным болезненным состоянием. Таким образом примеры маркеров клеточной поверхности, которые могут выступать в качестве лигандов для антигенсвязывающего домена в CAR по изобретению, включают маркеры, ассоциированные с вирусными, бактериальными и паразитарными инфекциями, аутоиммунным заболеванием и злокачественными клетками.

В одном аспекте опосредуемый CAR T-клеточный ответ может быть направлен на представляющий интерес антиген посредством встраивания способами инженерии антигенсвязывающего домена, который специфически связывает желаемый антиген, в CAR.

В одном аспекте часть CAR, содержащая антигенсвязывающий домен, содержит антигенсвязывающий домен, который нацелен на опухолевый антиген, например, на опухолевый антиген, описанный в настоящем описании.

Антигенсвязывающий домен может представлять собой любой домен, который связывается с антигеном, включая, но не ограничиваясь ими, моноклональное антитело, поликлональное антитело, рекомбинантное антитело, антитело человека, гуманизированное антитело и его функциональный фрагмент, включая, но не ограничиваясь ими, однодоменное антитело, такое как вариабельный домен тяжелой цепи (VH), вариабельный домен легкой цепи (VL) и вариабельный домен (VHH) наноантитела, происходящего из животного семейства верблюжьих, и альтернативный каркас, о котором в данной области известно, что он функционирует в качестве антигенсвязывающего домена, такой как рекомбинантный домен фибронектина, T-клеточный рецептор (TCR) или их фрагмент, например, одноцепочечный TCR и т.п. В некоторых случаях является полезным, чтобы антигенсвязывающий домен доставлялся тому же виду, в котором в конечном итоге будет использоваться CAR. Например, для применения у человека может быть полезным, чтобы антигенсвязывающий домен CAR содержал человеческие или гуманизированные остатки антигенсвязывающего домена антитела или фрагмента антитела.

В одном варианте осуществления CAR против CD19 представляет собой CAR против CD19, описанный в патенте США № 8399645; патенте США № 7446190; Xu et al., Leuk Lymphoma. 2013 54(2):255-260(2012); Cruz et al., Blood 122(17):2965-2973 (2013); Brentjens et al., Blood, 118(18):4817-4828 (2011); Kochenderfer et al., Blood 116(20):4099-102 (2010); Kochenderfer et al., Blood 122 (25):4129-39(2013); или 16th Annu Meet Am Soc Gen Cell Ther (ASGCT) (May 15-18, Salt Lake City) 2013, Abst 10 (каждая из которых включена в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD19 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из CAR, антитела или их антигенсвязывающего фрагмента, описанных, например, в публикации PCT WO2012/079000 (включенной в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD19 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из CAR, антитела или их антигенсвязывающего фрагмента, описанных, например, в публикации PCT WO2014/153270; Kochenderfer, J.N. et al., J. Immunother. 32 (7), 689-702 (2009); Kochenderfer, J.N., et al., Blood, 116 (20), 4099-4102 (2010); публикации PCT WO2014/031687; Bejcek, Cancer Research, 55, 2346-2351, 1995; или патенте США № 7446190 (каждый из которых включен в настоящее описание путем ссылки в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против мезотелина представляет собой или может происходить из антигенсвязывающего домена, например, CDR, scFv или VH и VL, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO2015/090230 (в одном варианте осуществления CAR представляет собой CAR, описанный в WO2015/090230, содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен против мезотелина представляет собой или происходит из антигенсвязывающей части, например, CDR, scFv или VH и VL, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикациях PCT WO1997/025068, WO1999/028471, WO2005/014652, WO2006/099141, WO2009/045957, WO2009/068204, WO2013/142034, WO2013/040557 или WO2013/063419 (каждая из которых включена в настоящее описание путем ссылки в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD123 представляет собой или происходит из антигенсвязывающей части, например, CDR, scFv или VH и VL, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO2014/130635 (включенной в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD123 представляет собой или происходит из антигенсвязывающей части, например, CDR, scFv или VH и VL, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO2016/028896 (включенной путем ссылки в полном объеме); в некоторых вариантах осуществления CAR представляет собой CAR, описанный в WO2016/028896. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD123 представляет собой или происходит из антигенсвязывающей части, например, CDR, scFv или VL и VH, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO1997/024373, WO2008/127735 (например, связывающий CD123 домен из 26292, 32701, 37716 или 32703), WO2014/138805 (например, связывающий CD123 домен из CSL362), WO2014/138819, WO2013/173820, WO2014/144622, WO2001/66139, WO2010/126066 (например, связывающий CD123 домен из любого из Old4, Old5, Old17, Old19, New102 или Old6), WO2014/144622 или US2009/0252742 (каждая из которых включена путем ссылки в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD22 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Haso et al., Blood, 121(7): 1165-1174 (2013); Wayne et al., Clin Cancer Res 16(6): 1894-1903 (2010); Kato et al., Leuk Res 37(1):83-88 (2013); Creative BioMart (creativebiomart.net): MOM-18047-S(P).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CS-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из элотузумаба (BMS), см., например, Tai et al., 2008, Blood 112(4):1329-37; Tai et al., 2007, Blood. 110(5):1656-63.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CLL-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR или VH и VL, антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO2016/014535, содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CLL-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, доступного от R&D, ebiosciences, Abcam, например, PE-CLL1-hu, каталожный номер № 353604 (BioLegend); и PE-CLL1 (CLEC12A), каталожный номер № 562566 (BD).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD33 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Bross et al., Clin Cancer Res 7(6):1490-1496 (2001) (Гемтузумаб озагомицин, hP67.6), Caron et al., Cancer Res 52(24):6761-6767 (1992) (Lintuzumab, HuM195), Lapusan et al., Invest New Drugs 30(3):1121-1131 (2012) (AVE9633), Aigner et al., Leukemia 27(5): 1107-1115 (2013) (AMG330, CD33 BiTE), Dutour et al., Adv hematol 2012:683065 (2012) и Pizzitola et al., Leukemia doi:10,1038/Lue.2014,62 (2014). Иллюстративные молекулы CAR, которые нацелены на CD33, описаны в настоящем описании и представлены в WO2016/014576, например, в таблице 2 WO2016/014576 (включенной в настоящее описание в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GD2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Mujoo et al., Cancer Res. 47(4):1098-1104 (1987); Cheung et al., Cancer Res 45(6):2642-2649 (1985), Cheung et al., J Clin Oncol 5(9):1430-1440 (1987), Cheung et al., J Clin Oncol 16(9):3053-3060 (1998), Handgretinger et al., Cancer Immunol Immunother 35(3):199-204 (1992). В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен против GD2 представляет собой антигенсвязывающую часть антитела, выбранного из mAb 14.18, 14G2a, ch14.18, hu14.18, 3F8, hu3F8, 3G6, 8B6, 60C3, 10B8, ME36.1 и 8H9, см., например, WO2012033885, WO2013040371, WO2013192294, WO2013061273, WO2013123061, WO2013074916 и WO201385552. В некоторых вариантах осуществления антигенсвязывающий домен против GD2 представляет собой антигенсвязывающую часть антитела, описанного в публикации США № 20100150910 или публикации PCT № WO 2011160119.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против BCMA представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в WO2012163805, WO200112812 и WO2003062401. В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием антигенсвязывающего домена, например, последовательностей CDR, scFv или VH и VL их публикации PCT WO2012/0163805 (содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием антигенсвязывающего домена, например, последовательностей CDRs, scFv или VH и VL из публикации PCT WO2016/014565 (содержание которых включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием антигенсвязывающего домена, например, последовательностей CDR, scFv или VH и VL из публикации PCT WO2014/122144 (содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием молекул CAR и/или связывающих BCMA доменов (например, последовательностей CDR, scFv или VH и VL) из публикации PCT WO2016/014789 (содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием молекул CAR и/или связывающих BCMA доменов (например, последовательностей CDR, scFv или VH и VL) из публикации PCT WO2014/089335 (содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления дополнительные иллюстративные конструкции CAR против BCMA получают с использованием молекул CAR и/или связывающих BCMA доменов (например, последовательностей CDR, scFv или VH и VL) из публикации PCT WO2014/140248 (содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против антигена Tn представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US 2014/0178365, US8440798, Brooks et al., PNAS 107(22):10056-10061 (2010), и Stone et al., OncoImmunology 1(6):863-873(2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против PSMA представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Parker et al., Protein Expr Purif 89(2):136-145 (2013), US 20110268656 (J591 ScFv); Frigerio et al, European J Cancer 49(9):2223-2232 (2013) (scFvD2B); WO 2006125481 (mAb 3/A12, 3/E7 и 3/F11) и одноцепочечных фрагментов антител (scFv A5 и D7).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ROR1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Hudecek et al., Clin Cancer Res 19(12):3153-3164 (2013); WO 2011159847 и US20130101607.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против FLT3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в WO2011076922, US5777084, EP0754230, US20090297529, и нескольких коммерческих антител из каталогов (R&D, ebiosciences, Abcam).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против TAG72 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Hombach et al., Gastroenterology 113(4):1163-1170 (1997); и Abcam ab691.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против FAP представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Ostermann et al., Clinical Cancer Research 14:4584-4592 (2008) (FAP5), публикации патента США № 2009/0304718; сибротузумаба (см., например, Hofheinz et al., Oncology Research and Treatment 26(1), 2003); и Tran et al., J Exp Med 210(6):1125-1135 (2013).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD38 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из даратумумаба (см., например, Groen et al., Blood 116(21):1261-1262 (2010); MOR202 (см., например, US8263746); или антител, описанных в US8362211.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD44v6 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Casucci et al., Blood 122(20):3461-3472 (2013).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CEA представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Chmielewski et al., Gastoenterology 143(4):1095-1107 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против EPCAM представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, выбранного из MT110, биспецифического Ab против EpCAM-CD3 (см., например, clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00635596); эдреколомаба; 3622W94; ING-1 и адекатумумаба (MT201).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против PRSS21 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного в патенте США №:8080650.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против B7H3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела MGA271 (Macrogenics).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против KIT представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US7915391, US20120288506, и нескольких коммерческих антител из каталогов.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против IL-13Ra2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в WO2008/146911, WO2004087758, из нескольких коммерческих антител из каталогов, и из WO2004087758.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD30 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US7090843 B1 и EP0805871.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GD3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US7253263; US 8207308; US 20120276046; EP1013761; WO2005035577 и US6437098.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD171 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Hong et al., J Immunother 37(2):93-104 (2014).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против IL-11Ra представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, доступного от Abcam (каталожный номер # ab55262) или Novus Biologicals (каталожный номер # EPR5446). В другом варианте осуществления антигенсвязывающий домен против IL-11Ra представляет собой пептид, см., например, Huang et al., Cancer Res 72(1):271-281 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против PSCA представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Morgenroth et al., Prostate 67(10):1121-1131 (2007) (scFv 7F5); Nejatollahi et al., J of Oncology 2013(2013), article ID 839831 (scFv C5-II); и в публикации патента США № 20090311181.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против VEGFR2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Chinnasamy et al., J Clin Invest 120(11):3953-3968 (2010).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против LewisY представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Kelly et al., Cancer Biother Radiopharm 23(4):411-423 (2008) (hu3S193 Ab (scFvs)); Dolezal et al., Protein Engineering 16(1):47-56 (2003) (NC10 scFv).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD24 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Maliar et al., Gastroenterology 143(5):1375-1384 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против PDGFR-бета представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела Abcam ab32570.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против SSEA-4 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела MC813 (Cell Signaling), или из других коммерчески доступных антител.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD20 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела ритуксимаба, офатумумаба, окрелизумаба, велтузумаба или GA101.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против рецептора-альфа фолатов представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела IMGN853 или антитела, описанного в US20120009181; US4851332, LK26: US5952484.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ERBB2 (Her2/neu) представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела трастузумаба или пертузумаба.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против MUC1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела SAR566658.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против EGFR представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела цетуксимаба, панитумумаба, залутумумаба, нимотузумаба или матузумаба. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против EGFRvIII представляет собой или может происходить из антигенсвязывающего домена, например, CDR, scFv или VH и VL антитела, антигенсвязывающего фрагмента или CAR, описанного, например, в публикации PCT WO2014/130657 (в одном варианте осуществления CAR представляет собой CAR, описанный в WO2014/130657, содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против NCAM представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела клона 2-2B: MAB5324 (EMD Millipore)

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против эфрина B2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Abengozar et al., Blood 119(19):4565-4576 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против рецептора IGF-I представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US8344112 B2; EP2322550 A1; WO 2006/138315 или PCT/US2006/022995.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CAIX представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела клона 303123 (R&D Systems).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против LMP2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US7410640 или US20050129701.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против gp100 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела HMB45, NKIbetaB, или антитела, описанного в WO2013165940 или US20130295007

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против тирозиназы представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US5843674 или US19950504048.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против EphA2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Yu et al., Mol Ther 22(1):102-111 (2014).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GD3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US7253263; US 8207308; US 20120276046; EP1013761 A3; 20120276046; WO2005035577 или US6437098.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против фукозил-GM1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US20100297138 или WO2007/067992.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против sLe представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела G193 (for lewis Y), см. Scott AM et al, Cancer Res 60: 3254-61 (2000), как также описано в Neeson et al, J Immunol May 2013 190 (Meeting Abstract Supplement) 177.10.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GM3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела CA 2523449 (mAb 14F7).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против HMWMAA представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Kmiecik et al., Oncoimmunology 3(1):e27185 (2014) (PMID: 24575382) (mAb9.2.27); US6528481; WO2010033866 или US 20140004124.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против o-ацетил-GD2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела 8B6.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против TEM1/CD248 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Marty et al., Cancer Lett 235(2):298-308 (2006); Zhao et al., J Immunol Methods 363(2):221-232 (2011).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CLDN6 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела IMAB027 (Ganymed Pharmaceuticals), см., например, clinicaltrial.gov/show/NCT02054351.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против TSHR представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US8603466; US8501415 или US8309693.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GPRC5D представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела FAB6300A (R&D Systems) или LS-A4180 (Lifespan Biosciences).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD97 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в US6846911;de Groot et al., J Immunol 183(6):4127-4134 (2009); или антитела из R&D:MAB3734.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ALK представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Mino-Kenudson et al., Clin Cancer Res 16(5):1561-1571 (2010).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против полисиаловая кислота представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Nagae et al., J Biol Chem 288(47):33784-33796 (2013).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против PLAC1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Ghods et al., Biotechnol Appl Biochem 2013 doi:10.1002/bab.1177.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GloboH представляет собой антигенсвязывающую часть антитела VK9 или антитела, описанного, например, в Kudryashov V et al, Glycoconj J.15(3):243-9 ( 1998), Lou et al., Proc Natl Acad Sci USA 111(7):2482-2487 (2014); MBr1: Bremer E-G et al. J Biol Chem 259:14773-14777 (1984).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против NY-BR-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Jager et al., Appl Immunohistochem Mol Morphol 15(1):77-83 (2007).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против WT-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Dao et al., Sci Transl Med 5(176):176ra33 (2013) или WO2012/135854.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против MAGE-A1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Willemsen et al., J Immunol 174(12):7853-7858 (2005) (TCR-подобный scFv).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против sperm белок 17 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Song et al., Target Oncol 2013 Aug 14 (PMID: 23943313); Song et al., Med Oncol 29(4):2923-2931 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против Tie 2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела AB33 (Cell Signaling Technology).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против MAD-CT-2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в PMID: 2450952; US7635753.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против Fos-родственного антигена 1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела 12F9 (Novus Biologicals).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против MelanA/MART1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного в EP2514766 A2 или US 7749719.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против точек разрыва при транслокации саркомы представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Luo et al, EMBO Mol. Med. 4(6):453-461 (2012).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против TRP-2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Wang et al, J Exp Med. 184(6):2207-16 (1996).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CYP1B1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, описанного, например, в Maecker et al, Blood 102 (9): 3287-3294 (2003).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против RAGE-1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела MAB5328 (EMD Millipore).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против обратной транскриптазы теломеразы человека представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела, имеющего каталожный номер LS-B95-100 (Lifespan Biosciences)

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против кишечной карбоксилэстеразы представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитело 4F12, каталожный номер: LS-B6190-50 (Lifespan Biosciences).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против mut hsp70-2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела Lifespan Biosciences, моноклональное, каталожный номер: LS-C133261-100 (Lifespan Biosciences).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD79a представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела против CD79a [HM47/A9] (ab3121), доступного от Abcam; антитела CD79A Antibody #3351, доступного от Cell Signalling Technology; или антитела HPA017748 - антитела против CD79A, продуцируемого в кролике, доступного от Sigma Aldrich.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD79b представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела полатузумаба ведотина, антитела против CD79b, описанного в Dornan et al., "Therapeutic potential of an anti-CD79b antibody-drug conjugate, anti-CD79b-vc-MMAE, for the treatment of non-Hodgkin lymphoma" Blood. 2009 Sep 24;114(13):2721-9. doi: 10,1182/blood-2009-02-205500. Epub 2009 Jul 24, или биспецифического антитела против CD79b/CD3, описанного в "4507 Pre-Clinical Characterization of T Cell-Dependent Bispecific Antibody Anti-CD79b/CD3 As a Potential Therapy for B Cell Malignancies" Abstracts of 56th ASH Annual Meeting и Exposition, San Francisco, CA December 6-9 2014.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD72 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела J3-109, описанного в Myers and Uckun, "An anti-CD72 immunotoxin against therapy-refractory B-lineage acute lymphoblastic leukemia". Leuk Lymphoma. 1995 Jun;18(1-2):119-22, или антитела против CD72 (10D6.8.1, mIgG1), описанного в Polson et al., "Antibody-Drug Conjugates for the Treatment of Non-Hodgkin's lymphoma: Target and Linker-Drug Selection" Cancer Res March 15, 2009 69; 2358.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против LAIR1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела ANT-301 LAIR1, доступного от ProSpec; или антитела против CD305 человека (LAIR1), доступного от BioLegend.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против FCAR представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела CD89/FCARAntibody (каталожный номер #10414-H08H), доступного Sino Biological Inc.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против LILRA2 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из моноклонального антитела против LILRA2 (M17), клон 3C7, доступного от Abnova, или антитела мыши против LILRA2, моноклонального (2D7), доступного от Lifespan Biosciences.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CD300LF представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела мыши против CMRF35-подобной молекулы 1, моноклонального [UP-D2], доступного от BioLegend, или антитела крысы против CMRF35-молекулы 1, моноклонального [234903], доступного от R&D Systems.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против CLEC12A представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из биспецифического scFv-антитела антитело против рекрутера T-клеток (BiTE) и ADC, описанного в Noordhuis et al., "Targeting of CLEC12A In Acute Myeloid Leukemia by Antibody-Drug-Conjugates and Bispecific CLL-1xCD3 BiTE Antibody" 53rd ASH Annual Meeting and Exposition, December 10-13, 2011, и MCLA-117 (Merus).

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против BST2 (также называемого CD317) представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела мыши против CD317, моноклонального [3H4], доступного от Antibody-Online, или антитела мыши против CD317, моноклонального [696739], доступного от R&D Systems.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против EMR2 (также называемого CD312) представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела мыши против CD312, моноклонального [LS-B8033], доступного от Lifespan Biosciences, или антитела мыши против CD312, моноклонального [494025], доступного от R&D Systems.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против LY75 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела мыши против лимфоцитарного антигена 75, моноклонального [HD30], доступного от EMD Millipore, или антитела мыши против лимфоцитарного антигена 75, моноклонального [A15797], доступного от Life Technologies.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против GPC3 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела hGC33, описанного в Nakano K, Ishiguro T, Konishi H, et al. Generation of a humanized anti-glypican 3 antibody by CDR grafting and stability optimization. Anticancer Drugs. 2010 Nov; 21(10):907-916, или MDX-1414, HN3 или YP7, все три из которых описаны в Feng et al., "Glypican-3 antibodies: a new therapeutic target for liver cancer". FEBS Lett. 2014 Jan 21;588(2):377-82.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против FCRL5 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела против FcRL5, описанного в Elkins et al., "FcRL5 as a target of antibody-drug conjugates for the treatment of multiple myeloma" Mol Cancer Ther. 2012 Oct;11(10):2222-32.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против IGLL1 представляет собой антигенсвязывающую часть, например, CDR, из антитела мыши против иммуноглобулин лямбда-подобного полипептида 1, моноклонального [AT1G4], доступного от Lifespan Biosciences, антитела против иммуноглобулин лямбда подобного полипептида 1, моноклонального [HSL11], доступного от BioLegend.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен содержит одну, две, три (например, все три) CDR тяжелой цепи, CDR1 HC, CDR2 HC и CDR3 HC, из антитела, приведенного выше, и/или одну, две, три (например, все три) CDR легкой цепи, CDR1 LC, CDR2 LC и CDR3 LC, из антитела, приведенного выше. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен содержит вариабельную область тяжелой цепи и/или вариабельную область легкой цепи антитела, приведенного выше.

В другом аспекте антигенсвязывающий домен содержит гуманизированное антитело или фрагмент антитела. В некоторых аспектах, не являющееся человеческим антитело является гуманизирвоанным, где определенные последовательности или области антитела являются модифицированными для повышения сходства с антителом, естественным образом продуцируемым у человека, или его фрагментом. В одном аспекте антигенсвязывающий домен является гуманизированным.

Гуманизированное антитело можно получать с использованием различных способов, известных в данной области, включая, но не ограничиваясь ими, пересадку CDR (см., например, патент Европы № EP 239400; международную публикацию № WO 91/09967 и патенты США № 5225539, 5530101 и 5585089, каждый из которых включен в настоящее описание путем ссылки в полном объеме), венирование или изменение поверхности см., например, патенты Европы № EP 592106 и EP 519596; Padlan, 1991, Molecular Immunology, 28(4/5):489-498; Studnicka et al., 1994, Protein Engineering, 7(6):805-814; и Roguska et al., 1994, PNAS, 91:969-973, каждый из которых включен в настоящее описание путем ссылки в полном объеме), шаффлинг цепей (см., например, патент США № 5565332, который включен в настоящее описание путем ссылки в полном объеме) и способы, описанные, например, в публикации патентной заявки США № US2005/0042664, публикации патентной заявки США № US2005/0048617, патенте США № 6407213, патенте США № 5766886, международной публикации № WO 9317105, Tan et al., J. Immunol., 169:1119-25 (2002), Caldas et al., Protein Eng., 13(5):353-60 (2000), Morea et al., Methods, 20(3):267-79 (2000), Baca et al., J. Biol. Chem., 272(16):10678-84 (1997), Roguska et al., Protein Eng., 9(10):895-904 (1996), Couto et al., Cancer Res., 55 (23 Supp):5973s-5977s (1995), Couto et al., Cancer Res., 55(8):1717-22 (1995), Sandhu J S, Gene, 150(2):409-10 (1994), и Pedersen et al., J. Mol. Biol., 235(3):959-73 (1994), каждый из которых включен в настоящее описание путем ссылки в полном объеме. Часто, каркасные остатки в каркасных областях заменяют соответствующим остатком из антитела, являющегося донором CDR, для изменения, например, повышения, связывания антигена. Эти замены каркасной области идентифицируют способами, хорошо известными в данной области, например, посредством моделирования взаимодействий CDR и каркасных остатков для идентификации каркасных остатков, важных для связывания антигена, сравнения последовательностей для идентификации необычных каркасных остатков в конкретных положениях (См., например, Queen et al., патент США № 5585089; и Riechmann et al., 1988, Nature, 332:323, которые включены в настоящее описание путем ссылок в полном объеме).

Гуманизированное антитело или фрагмент антитела имеют один или несколько аминокислотных остатков, оставшихся в них из источника, не являющегося человеческим. Эти не являющиеся человеческими аминокислотные остатки часто называют "импортными" остатками, которые, как правило, взяты из "импортного" вариабельного домена. Как описано в настоящем описании, гуманизированные антитела или фрагменты антитела содержат одну или несколько CDR из не являющихся человеческими молекул иммуноглобулинов и каркасных областей, где аминокислотные остатки, содержащие каркасную область, происходят полностью или по большей части из последовательности человека эмбирионального типа. Множество способов гуманизации антител или фрагментов антител хорошо известны в данной области, и ее можно проводить по существу согласно способу Winter и коллег (Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature, 332:323-327 (1988); Verhoeyen et al., Science, 239:1534-1536 (1988)), путем замены CDR или последовательностями CDR грызунов соответствующих последовательностей антитела человека, т.е. пересадки CDR (EP 239400; публикация PCT № WO 91/09967; и патенты США № 4816567; 6331415; 5225539; 5530101; 5585089; 6548640, содержание которых включено в настоящее описание путем ссылок в полном объеме). В таких гуманизированных антителах и фрагментах по существу менее чем интактный вариабельный домен человека заменен соответствующей последовательностью из не являющегося человеком вида. Гуманизированные антитела часто представляют собой антитела человека, в которых некоторые остатки CDR и, возможно, некоторые каркасные (FR) остатки заменены остатками из аналогичных участков антител грызунов. Гуманизацию антител и фрагментов антител также можно осуществлять посредством венирования или изменения поверхности (EP 592,106; EP 519,596; Padlan, 1991, Molecular Immunology, 28(4/5):489-498; Studnicka et al., Protein Engineering, 7(6):805-814 (1994); и Roguska et al., PNAS, 91:969-973 (1994)) или шаффлинга цепей (патент США № 5565332), содержание которых включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме.

Выбор вариабельных доменов человека, как легких, так и тяжелых, для применения для получения гуманизированных антител, проводят так, чтобы снизить антигенность. Согласно так называемому способу "наилучшего соответствия", последовательность вариабельного домена антитела грызуна подвергают скринингу против целой библиотеки известных последовательностей вариабельного домена человека. Последовательность человека, которая является наиболее сходной с последовательностью грызуна, затем принимают в качестве каркасной области человека (FR) для гуманизированного антитела (Sims et al., J. Immunol., 151:2296 (1993); Chothia et al., J. Mol. Biol., 196:901 (1987), содержание которой включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме). В другом способе используют конкретную каркасную область, происходящую из консенсусной последовательности всех антител человека конкретной подгруппы легких или тяжелых цепей. Для нескольких различных гуманизированных антител можно использовано одну и ту же каркасную область (см., например, Nicholson et al. Mol. Immun. 34 (16-17): 1157-1165 (1997); Carter et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); Presta et al., J. Immunol., 151:2623 (1993), содержание которых включены в настоящее описание путем ссылок в полном объеме). В некоторых вариантах осуществления каркасная область, например, все четыре каркасных области, вариабельной области тяжелой цепи происходит из последовательности эмбрионального типа VH4_4-59. В одном варианте осуществления каркасная область может содержать одну, две, три, четыре или пять модификаций, например, замен, например, на аминокислоту соответствующей последовательности мыши. В одном варианте осуществления каркасная область, например, все четыре каркасных области вариабельной области легкой цепи, происходит из последовательности эмбрионального типа VK3_1.25. В одном варианте осуществления каркасная область может содержать одну, две, три, четыре или пять модификаций, например, замен, на аминокислоту соответствующей последовательности мыши.

В некоторых аспектах часть композиции CAR по изобретению, которая содержит фрагмент антитела, является гуманизированной с сохранением высокой аффинности в отношении антигена-мишени и других благоприятных биологических свойств. Согласно одному аспекту изобретения гуманизированные антитела и фрагменты антител получают посредством процесса анализа родительских последовательностей и различных концептуальных гуманизированных продуктов с использованием трехмерных моделей родительских и гуманизированных последовательностей. Трехмерные модели иммуноглобулинов являются общедоступными и известны специалистам в данной области. Доступны компьютерные программы, которые иллюстрируют и проявляют возможные трехмерные конформационные структуры выбранных последовательностей иммуноглобулинов, являющихся кандидатами. Исследование этих изображений позволяют анализ вероятной роли остатков в функционировании последовательности иммуноглобулина, являющейся кандидатом, например, анализ остатков, которые влияют на способность иммуноглобулина, являющегося кандидатом, связывать антиген-мишень. Таким образом, остатки FR можно выбирать и комбинировать из реципиентных и импортных последовательностей, так чтобы достигать желаемых характеристик антитело или фрагмент антитела, таких как увеличенная аффинность в отношении антигена-мишени. Как правило, остатки CDR прямо и наиболее существенно вовлечены во влияние на связывание антигена.

Гуманизированное антитело или фрагмент антитела могут сохранять антигенную специфичность, сходную с исходным антителом, например, в рамках настоящего изобретения, способность связывать ассоциированный со злокачественной опухолью антиген человека, как описано в настоящем описании. В некоторых вариантах осуществления гуманизированное антитело или фрагмент антитела могут иметь увеличенную аффинность и/или специфичность связывания с ассоциированным со злокачественной опухолью антигеном человека, как описано в настоящем описании.

В одном аспекте антигенсвязывающий домен по изобретению характеризуется конкретными функциональными признаками или свойствами антитела или фрагмента антитела. Например, в одном аспекте часть композиции CAR по изобретению, которая содержит антигенсвязывающий домен, специфически связывает опухолеый антиген, как описано в настоящем описании.

В одном аспекте домен, связывающий ассоциированый со злокачетвенной опухолью антиген, как описано в настоящем описании, представляет собой фрагмент, например, одноцепочечный вариабельный фрагмент (scFv). В одном аспекте домен, связывающий ассоциированный со злокачественной опухолью антиген, как описано в настоящем описании, представляет собой Fv, Fab, (Fab')2 или бифункциональное (например, биспецифическое) гибридное антитело (например, Lanzavecchia et al., Eur. J. Immunol. 17, 105 (1987)). В одном аспекте антитела и их фрагменты по изобретению связывают ассоциированный со злокачественной опухолью антиген, как описано в настоящем описании, с аффинностью дикого типа или усиленной аффинностью.

В некоторых случаях scFv можно получать в соответствии со способом, известным в данной области (см., например, Bird et al., (1988) Science 242:423-426 и Huston et al., (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883). Молекулы ScFv можно получать путем связывания областей VH и VL вместе с использованием гибких полипептидных линкеров. Молекулы scFv содержат линкер (например, линкер Ser-Gly) с оптимизированной длиной и/или аминокислотным составом. Длина линкера может в значительной степени влиять на то, как вариабельные области scFv будут сворачиваться и взаимодействовать. В действительности, если используют короткий полипептидный линкер (например, 5-10 аминокислот), это препятствует внутрицепочечному фолдингу. Внутрицепочечный фолдинг также требуется для сближения двух вариабельных областей для формирования функционального участка связывания эпитопа. Для примера ориентации и размера линкера см., например, Hollinger et al. 1993 Proc Natl Acad. Sci. U.S.A. 90:6444-6448, публикации патентных заявок США № 2005/0100543, 2005/0175606, 2007/0014794, и публикации PCT № WO2006/020258 и WO2007/024715, которые включены в настоящее описание путем ссылок.

scFv может содержать линкер по меньшей мере из 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 или более аминокислотных остатков между его областями VL и VH. Линкерная последовательность может содержать любую встречающуюся в природе аминокислоту. В некоторых вариантах осуществления линкерная последовательность содержит аминокислоты глицин и серин. В другом варианте осуществления линкерная последовательность содержит наборы глициновых и сериновых повторов, такие как (Gly4Ser)n, где n представляет собой положительное целое число, равное или превышающее 1 (SEQ ID NO: 22). В одном варианте осуществления линкер может представлять собой (Gly4Ser)4 (SEQ ID NO: 29) или (Gly4Ser)3 (SEQ ID NO: 30). Варьирование длины линкера может сохранять или повышать активность, обеспечивая улучшенную эффективность в исследованиях активности.

В другом аспекте антигенсвязывающий домен представляет собой T-клеточный рецептор ("TCR") или его фрагмент, например, одноцепочечный TCR (scTCR). Способы получения таких TCR известны в данной области. См., например, Willemsen RA et al, Gene Therapy 7: 1369-1377 (2000); Zhang T et al, Cancer Gene Ther 11: 487-496 (2004); Aggen et al, Gene Ther. 19(4):365-74 (2012) (ссылки включены в настоящее описание в полном объеме). Например, можно конструировать scTCR, который содержит гены Vα и Vβ из клона T-клеток, связанные линкером (например, гибкий пептид). Этот подход является очень полезным для ассоциированной со злокачественной опухолью мишени, которая сама по себе является внутриклеточной, но фрагмент такого антигена (пептид) презентируется на поверхности клеток посредством MHC.

Биспецифические CAR

В одном варианте осуществления мультиспецифическая молекула антитела представляет собой биспецифическую молекулу антитела. Биспецифическое антитело обладает специфичностью в отношении не более чем двух антигенов. Биспецифическая молекула антитела характеризуется первой последовательностью вариабельного домена иммуноглобулина, которая обладает аффинностью связывания в отношении первого эпитопа, и второй последовательностью вариабельного домена иммуноглобулина, которая обладает специфичностью связывания в отношении второго эпитопа. В одном варианте осуществления первый и второй эпитопы находятся на одном и том же антигене, например, на одном и том же белке (или субъединице мультимерного белка). В одном варианте осуществления первый и второй эпитопы перекрываются. В одном варианте осуществления первый и второй эпитопы не перекрываются. В одном варианте осуществления первый и второй эпитопы находятся на различных антигенах, например, различных белках (или различных субъединицах мультимерного белка). В одном варианте осуществления биспецифическая молекула антитела содержит последовательность вариабельного домена тяжелой цепи и последовательность вариабельного домена легкой цепи, которые обладают специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, и последовательность вариабельного домена тяжелой цепи и последовательность вариабельного домена легкой цепи, которые обладают специфичностью связывания в отношении второго эпитопа. В одном варианте осуществления биспецифическая молекула антитела содержит половинное антитело, обладающее специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, и половинное антитело, обладающее специфичностью связывания в отношении второго эпитопа. В одном варианте осуществления биспецифическая молекула антитела содержит половинное антитело или его фрагмент, обладающие специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, и половинное антитело или его фрагмент, обладающие специфичностью связывания в отношении второго эпитопа. В одном варианте осуществления биспецифическая молекула антитела содержит scFv или его фрагмент, которые обладают специфичностью связывания в отношении первого эпитопа, и scFv или фрагмент, которые обладают специфичностью связывания в отношении второго эпитопа.

В определенных вариантах осуществления молекула антитела является полиспецифической (например, биспецифической или триспецифической) молекулой антитела. Протоколы получения биспецифических или гетеродимерных молекул антител известны в данной области; включая, но не ограничиваясь ими, например, подход "выступа в полости", описанный, например, в US 5731168; образование Fc-пар посредством электростатического наведения, как описано, нарпример, в WO 09/089004, WO 06/106905 и WO 2010/129304; образование гетеодимеров посредством сконструированных путем обмена цепей доменов (SEED), как описано. например, в WO 07/110205; обмен Fab-плечами, как описано, например, в WO 08/119353, WO 2011/131746 и WO 2013/060867; двойной конъюгат антитела, например, путем сшивания антител с образованием биспецифической структуры с использованием гетеробифункционального реагента, имеющего амин-реактивную группу и реакционноспособную сульфгидрильную группу, как описано, например, в US 4433059; детерминанты биспецифических антител, получаемые путем рекомбинации половинных антител (пары тяжелая-легкая цепи или Fab) из различных антител посредством цикла восстановления и окисления дисульфидных связей между двумя тяжелыми цепями, как описано, например, в US 4444878; трифункциональные антитела, например, три Fab'-фрагментыа, сшитых через сульфгидрильные реакционноспособные группы, как описано, например, в US5273743; биосинтетические связывающие белки, например, пару scFv, сшитых через C-концы, предпочтительно посредством дисульфидного или амин-реактивного химического сшивания, как описано, например, в US5534254; бифункциональные антитела, например, Fab-фрагменты, с различающейся специфичностью связывания, димеризованные через лейциновые молнии (например, c-fos и c-jun), которые заменили константный домен, как описано, например, в US5582996; биспецифические и олигоспецифические моно-и олиговалентные рецепторы, например, области VH-CH1 двух антител (два Fab-фрагмента), связанных через полипептидный спейсер между CH1-областью одного антитела и VH-областью другого антитела, как правило, с ассоциированными с ними легкими цепями, как описано, например, в US5591828; биспецифические конъюгаты ДНК, например, сшивание антител или Fab-фрагменты через двухцепочечный фрагмент ДНК, как описано, например, в US5635602; биспецифические слитые белки, например, экспрессирующую конструкцию, содержащую два scFv с гидрофильным спиралевидным пептидным линкером между ними и полную константную область, как описано, например, в US5637481; поливалентные и полиспецифические связывающие белки, например, димер полипептидов, имеющих первый домен со связывающей областью вариабельной области тяжелой цепи Ig и второй домен со связывающей областью вариабельной области легкой цепи Ig, обычно называемые диантителами (также предусматриваются структуры более высокого порядка, образующие биспецифические, триспецифические или тетраспецифические молекулы, как описано, например, в US5837242; конструкции миниантител со связанными VL- и VH-цепями, дополнительно соединенными пептидными спейсерами с шарнирной областью антитела и областью CH3, которые могут димеризоваться с образованием биспецифических/поливалентных молекул, как описано, например, в US5837821; VH- и VL-домены, связанны коротким пептидным линкером (например, 5 или 10 аминокислот) или совсем без линкера в любой ориентации, которые могут образовывать димеры с образованием биспецифических диантител; тримеров и тетрамеров, как описано, например, в US5844094; цепь VH-доменов (или VL-доменов в представителях семейства), соединенных пептидными связями с поддающимися сшиванию группами на C-конце, кроме того, связанные с VL-доменами с образованием серии FV (или scFv), как описано, например, в US5864019; и одноцепочечные связывающие полипептиды как с VH-, так и с VL-доменом, связанными через пептидный линкер, объединенные в поливалентные структуры посредством нековалентного или химического сшивания с образованием, например, гомобивалентных, гетеробивалентных, трехвалентных и четырехвалентных структур с использованием как формата scFV, так и формата диантител, как описано, например, в US5869620. Дополнительные иллюстративные полиспецифические и биспецифические молекулы и способы их получения могут быть найдены, например, в US5910573, US5932448, US5959083, US5989830, US6005079, US6239259, US6294353, US6333396, US6476198, US6511663, US6670453, US6743896, US6809185, US6833441, US7129330, US7183076, US7521056, US7527787, US7534866, US7612181, US2002004587A1, US2002076406A1, US2002103345A1, US2003207346A1, US2003211078A1, US2004219643A1, US2004220388A1, US2004242847A1, US2005003403A1, US2005004352A1, US2005069552A1, US2005079170A1, US2005100543A1, US2005136049A1, US2005136051A1, US2005163782A1, US2005266425A1, US2006083747A1, US2006120960A1, US2006204493A1, US2006263367A1, US2007004909A1, US2007087381A1, US2007128150A1, US2007141049A1, US2007154901A1, US2007274985A1, US2008050370A1, US2008069820A1, US2008152645A1, US2008171855A1, US2008241884A1, US2008254512A1, US2008260738A1, US2009130106A1, US2009148905A1, US2009155275A1, US2009162359A1, US2009162360A1, US2009175851A1, US2009175867A1, US2009232811A1, US2009234105A1, US2009263392A1, US2009274649A1, EP346087A2, WO0006605A2, WO02072635A2, WO04081051A1, WO06020258A2, WO2007044887A2, WO2007095338A2, WO2007137760A2, WO2008119353A1, WO2009021754A2, WO2009068630A1, WO9103493A1, WO9323537A1, WO9409131A1, WO9412625A2, WO9509917A1, WO9637621A2, WO9964460A1. Содержание вышеупомянутых заявок включено в настоящее описание путем ссылки в полном объеме.

В каждом антителе или фрагменте антитела (например, scFv) биспецифической молекулы антитела VH может находиться выше или ниже VL. В некоторых вариантах осуществления вышележащее антитело или фрагмент антитела (например, scFv) организованы так, что их VH (VH1) находится выше их VL (VL1), и нижележащее антитело или фрагмент антитела (например, scFv) организованы так, что их VL (VL2) находится выше их VH (VH2), так что целая биспецифическая молекула антитела имеет порядок VH1-VL1-VL2-VH2. В других вариантах осуществления вышележащее антитело или фрагмент антитела (например, scFv) организованы так, что их VL (VL1) находится выше их VH (VH1) и нижележащее антитело или фрагмент антитела (например, scFv) организованы так, что их VH (VH2) находится выше их VL (VL2), так что целая биспецифическая молекула антитела имеет порядок VL1-VH1-VH2-VL2. Необязательно линкер расположен между двумя антителами или фрагментами антител (например, scFv), например, между VL1 и VL2, если конструкция имеет порядок VH1-VL1-VL2-VH2, или между VH1 и VH2, если конструкция имеет порядок VL1-VH1-VH2-VL2. Линкер может представлять собой линкер, как описано в настоящем описании, например, линкер (Gly4-Ser)n, где n равен 1, 2, 3, 4, 5 или 6, предпочтительно 4 (SEQ ID NO: 72). Как правило, линкер между двумя scFv должен быть достаточно длинным, чтобы избегать неправильного образования пар между доменами двух scFv. Необязательно, линкер расположен между VL и VH первого scFv. Необязательно, линкер расположен между VL и VH второго scFv. В конструкциях, которые имеют множество линкеров, любые два или более из линкеров могут быть одинаковыми или могут различаться. Таким образом, в некоторых вариантах осуществления биспецифический CAR содержит VL, VH и необязательно один или несколько линкеров в таком порядке, который описан в настоящем описании.

Стабильность и мутации

Стабильность антигенсвязывающего домена против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, как описано в настоящем описании, например, молекулы scFv (например, растворимые scFv), можно оценивать по сравнению с биофизическими свойствами (например, термической стабильностью) общепринятой контрольной молекулы scFv или полноразмерного антитела. В одном варианте осуществления гуманизированный scFv имеет термическую стабильность, которая более чем приблизительно на 0,1, приблизительно на 0,25, приблизительно на 0,5, приблизительно на 0,75, приблизительно на 1, приблизительно на 1,25, приблизительно на 1,5, приблизительно на 1,75, приблизительно на 2, приблизительно на 2,5, приблизительно на 3, приблизительно на 3,5, приблизительно на 4, приблизительно на 4,5, приблизительно на 5, приблизительно на 5,5, приблизительно на 6, приблизительно на 6,5, приблизительно на 7, приблизительно на 7,5, приблизительно на 8, приблизительно на 8,5, приблизительно на 9, приблизительно на 9,5, приблизительно на 10 градусов, приблизительно на 11 градусов, приблизительно на 12 градусов, приблизительно на 13 градусов, приблизительно на 14 градусов или приблизительно на 15 градусов Цельсия улучшена относительно контрольной связывающей молекулы (например, общепринятой молекулы scFv) в описанных анализах.

Таким образом, улучшенная термическая стабильность антигенсвязывающего домена против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, сообщается всей конструкции CAR, что приводит к улучшенным терапевтическим свойствам конструкции CAR. Термическая стабильность антигенсвязывающего домена против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, может быть улучшена по меньшей мере приблизительно на 2°C или 3°C по сравнению с общепринятым антителом. В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, имеет на 1°C улучшенную термическую стабильность по сравнению с общепринятым антителом. В другом варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, имеет на 2°C улучшенную термическую стабильность по сравнению с общепринятым антителом. В другом варианте осуществления scFv имеет на 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15°C улучшенную термическую стабильность по сравнению с общепринятым антителом. Сравнения можно проводить, например, между молекулами scFv, описанными в настоящем описании, и молекулами scFv или Fab-фрагментами антитела, из которого происходят VH и VL scFv. Термическую стабильность можно количественно определять с использованием способов, известных в данной области. Например, в одном варианте осуществления можно количественно определять Tm. Способы измерения Tm и другие способы определения стабильности белка более подробно описаны ниже.

Мутации в scFv (вследствие гуманизации или прямого мутагенеза растворимого scFv) могут измерять стабильность scFv и улучшать общую стабильность scFv и конструкции CAR. Стабильность гуманизированного scFv сравнивают с scFv мыши с использованием таких показателей, как Tm, температура денатурации и температура агрегации.

Связывающую способность мутантных scFv можно определять с использованием способов анализа, известных в данной области и описанных в настоящем описании.

В одном варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, содержит по меньшей мере одну мутацию вследствие процесса гуманизации, так чтобы мутантный scFv сообщал улучшенную стабильность конструкции CAR. В другом варианте осуществления антигенсвязывающий домен против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, например, scFv, содержит по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 мутаций вследствие процесса гуманизации, так чтобы мутантный scFv сообщал улучшенную стабильность конструкции CAR.

Способы оценки стабильности белка

Стабильность антигенсвязывающего домена можно оценивать с использованием, например, способов, описанных ниже. Такие способы позволяют определение множественных термических переходов разворачивания, где наименее стабильный домен либо разворачивается первым, либо ограничивает общий порог стабильности мультидоменного элемента, который разворачивается кооперативно (например, мультидоменный белок, который демонстрирует единичный переход разворачивания). Наименее стабильный домен можно идентифицировать рядом дополнительных способов. Для изучения того, какой домен ограничивает общую стабильность, можно проводить мутагенез. Кроме того, изучение резистентности мультидоменного белка к протеазам можно проводить в условиях, в которых, как известно, наименее стабильный домен от природы разворачивается, посредством DSC или других спектроскопических способов (Fontana, et al., (1997) Fold. Des., 2: R17-26; Dimasi et al. (2009) J. Mol. Biol. 393: 672-692). После идентификации наименее стабильного домена последовательность, кодирующую этот домен (или ее часть) можно использовать в качестве исследуемой последовательности в способах.

a) Термическая стабильность

Термическую стабильность композиций можно анализировать с использованием ряда неограничивающих биофизических или биохимических способов, известных в данной области. В определенных вариантах осуществления термическую стабильность оценивают посредством аналитической спектроскопии.

Иллюстративным аналитическим способом спектроскопии является дифференциальная сканирующая калориметрия (DSC). В DSC используется калориметр, который является чувствительным к поглощению тепла, сопровождающему разворачивания большинства белков или доменов белков (см., например, Sanchez-Ruiz, et al., Biochemistry, 27: 1648-52, 1988). Для определения термической стабильности белка образец белка помещают в калориметр и температуру повышают до тех пор, пока Fab или scFv не развернется. Температура, при которой белок разворачивается, указывает на общую стабильность белка.

Другим иллюстративным способом аналитической спектроскопии является спектроскопия кругового дихроизма (CD). Спектроскопия CD измеряет оптическую активность композиции в зависимости от повышения температуры. Спектроскопия кругового дихроизма (CD) измеряет различия в поглощении левополяризованного слева провополяризованного света, которая является результатом структурной асимметрии. Нарушенная или развернутая структура приводит к спектру CD, значительно отличающемуся от спектра упорядоченной или свернутой структуры. Спектр CD отражает чувствительность белков к денатурирующим эффектам повышения температуры и, таким образом, указывает на термическую стабильность белка (см. van Mierlo and Steemsma, J. Biotechnol., 79(3):281-98, 2000).

Другим иллюстративным способом аналитической спектроскопии для измерения термической стабильности является флуоресцентная эмиссионная спектроскопия (см. van Mierlo and Steemsma, выше). Другим иллюстративным способом аналитической спектроскопии для измерения термической стабильности является спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) (см., например, van Mierlo and Steemsma, выше).

Термическую стабильность композиции можно измерять биохимическим путем. Иллюстративным биохимическим способом оценки термической стабильности является анализ с термической нагрузкой. В "анализе с термической нагрузкой" композицию подвергают воздействию диапазона повышенных температур в течение заданного периода времени. Например, в одном варианте осуществления исследуемые молекулы scFv или молекулы, содержащие молекулы scFv, подвергают диапазону возрастающих температур, например, в течение 1-1,5 часа. Затем анализируют активность белка подходящим биохимическим анализом. Например, если белок представляет собой связывающий белок (например, scFv или scFv-содержащий полипептид), активность связывания связывающего белка можно определять функциональным или количественным ELISA.

Такой анализ можно проводить в высокопроизводительном формате и в форматах, описанных в разделе "Примеры" с использованием E. coli и высокопроизводительного скрининга. Можно создавать библиотеку антигенсвязывающих доменов, например, которая включает антигенсвязывающий домен против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, вариантов scFv, с использованием способов, известных в данной области. Можно индуцировать экспрессию антигенсвязывающего домена, например, против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, и антигенсвязывающий домен, например, против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFv, можно подвергать термической нагрузке. Исследуемые образцы после нагрузки можно анализировать в отношении связывания, и те антигенсвязывающие домены против ассоциированного со злокачественной опухолью антигена, описанного в настоящем описании, например, scFvs, которые являются стабильными, можно получать в большем количестве и далее охарактеризовывать.

Термическую стабильность оценивают путем измерения температуры плавления (Tm) композиции с использованием любого из описанных выше