Гены, связанные с остеоартритом собак, и относящиеся к этому способы и композиции
Изобретение относится к области молекулярной биологии и касается генов, включающих полинуклеотиды, дифференциально экспрессирующиеся у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии. Описана комбинация, содержащая молекулы полинуклеотидов, выбранных из группы SEQ ID NO 1:396, подвергающиеся дифференциальной экспрессии при остеоартрите. Также описаны способы, которые могут применяться для диагностики и прогнозирования остеоартрита, а также способы, которые могут применяться для скрининга тестируемых веществ на эффективность в возможных способах терапии остеоартрита. Преимущество изобретения заключается в идентификации последовательностей нуклеиновых кислот, подвергающихся дифференциальной экспрессии у субъекта. 10 н. и 5 з.п. ф-лы, 23 табл., 2 ил.
Текст описания приведен в факсимильном виде.
1. Комбинация, включающая множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, в которой множество молекул полинуклеотидов включает две или больше молекул, выбранных из SEQ ID NO:1-396.
2. Способ выявления дифференциальной экспрессии нуклеиновых кислот в образце, включающий стадии
a) гибридизации комбинации, включающей множество молекул полинуклеотидов, причем молекулы полинуклеотидов дифференциально экспрессируются у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, с нуклеиновыми кислотами образца, образуя таким образом один или несколько гибридизационных комплексов, где молекулы полинуклеотидов гибридизуются с последовательностями нуклеиновых кислот, выбранными из SEQ ID NO: 1-396;
b) детектирования гибридизационных комплексов; и
c) сравнения гибридизационных комплексов с таковыми для стандарта, при этом различия между гибридизационными комплексами стандарта и образца указывают на дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот в образце.
3. Способ по п.2, дополнительно включающий стадию обработки образца тестируемым соединением, причем сравнение со стандартом указывает на то, изменяет ли обработка тестируемым соединением дифференциальную экспрессию нуклеиновых кислот или полипептидов в образце.
4. Композиция веществ, включающая набор из двух или больше зондов для детектирования экспрессии генов, дифференциально экспрессируемых у субъектов, страдающих остеоартритом или в предостеоартритном состоянии, по сравнению с субъектами, не страдающими остеоартритом или не в предостеоартритном состоянии, причем зонды включают две или больше из молекул нуклеиновых кислот, которые специфически гибридизуются с двумя или больше генами, где гены включают SEQ ID NO: 1-396.
5. Устройство для детектирования экспрессии множества генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающее подложку, на которой фиксировано в известных местах множество зондов, причем зонды включают множество олигонуклеотидов или полинуклеотидов, каждый из которых специфически гибридизуется с другой последовательностью, выбранной из числа SEQ ID NO: 1-396.
6 Способ измерения эффекта тестируемого соединения на экспрессию одного или нескольких генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий стадии
a) измерения стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции одного или нескольких генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396, в стандартном образце в отсутствии тестируемого соединения;
b) измерения опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции одного или нескольких генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396 в опытном образце в присутствии тестируемого соединения;
c) сравнения стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.
7. Способ по п.6, в котором при измерении используют композицию веществ, включающую множество зондов, причем зонды включают два или больше генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396.
8. Способ по п.6, в котором стандартный и опытный образцы получают из, по меньшей мере, одного субъекта-млекопитающего.
9. Способ диагностики или составления прогноза для субъекта, проявляющего признаки остеоартрита, (OA) включающий
a) получение образца от субъекта;
b) измерение в образце продукции продуктов транскрипции, образующихся при экспрессии одного или нескольких связанных с OA генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396;
c) сравнение продуктов транскрипции образца с таковыми для стандарта, причем отличие в экспрессии любого из связанных с OA генов указывает на остеоартрит.
10. Набор для выявления наличия остеоартрита или предрасположенности к остеоартриту у субъекта, включающий один или несколько олигонуклеотидов, содержащих, по меньшей мере, 10 следующих друг за другом нуклеотидов из последовательности, выбранной из последовательностей, гибридизующихся с двумя или более генами, включающими любые из SEQ ID NO: 1-396, причем олигонуклеотиды специфически связываются с нуклеиновыми кислотами, дифференциально экспрессирующимися у субъектов, страдающих остеоартритом или предрасположенных к нему, по сравнению с экспрессией у субъектов, не страдающих остеоартритом или не предрасположенных к нему.
11. Набор для определения экспрессии генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, включающий контейнер, содержащий набор из двух или больше зондов, причем зонды включают один или более из олигонуклеотидов или полинуклеотидов, специфически гибридизующихся с двумя или более генами, включающими любые из SEQ ID NO: 1-396; а также инструкции по проведению анализа экспрессии генов.
12. Способ модулирования экспрессии связанных с остеоартритом генов в клетке путем введения эффективного количества соединения в соответствующих условиях с тем, чтобы повлиять на экспрессию, по меньшей мере, одного связанного с остеоартритом гена, имеющего последовательность, выбранную из SEQ ID NO: 1-396.
13. Способ по п.12, в котором соединение представляет собой витамин, минерал, нутрицевтик, низкомолекулярное фармацевтическое средство, белок, полипептид, нуклеиновую кислоту, жирную кислоту или полисахарид.
14. Способ по п.13, в котором соединение представляет собой эйкозапентаеновую кислоту, арахидоновую кислоту, глюкозамин, хондроитинсульфат, 1α,25-дигидроксивитамин D3 или 24R,25-дигидроксивитамин D3.
15. Способ идентификации соединений, модулирующих связанные с остеоартритом гены, включающий
a) измерение стандартной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции одного или нескольких генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396, в стандартном образце в отсутствие тестируемого соединения;
b) измерение опытной экспрессии путем измерения продуктов транскрипции одного или нескольких генов, включающих любые из SEQ ID NO: 1-396, в опытном образце в присутствии тестируемого соединения; и
c) сравнение стандартной экспрессии с опытной экспрессией, причем изменение опытной экспрессии по сравнению со стандартной экспрессией указывает на эффект тестируемого соединения на экспрессию генов, дифференциально экспрессирующихся при остеоартрите, по сравнению с состоянием без остеоартрита.
